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相似文献
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1.
【目的】克隆牛BMPRⅠA基因cDNA全长,以进行生物信息学分析和组织表达谱研究。【方法】运用生物信息学方法,结合RT-PCR和SMART RACE技术,对牛BMPRⅠA基因进行cDNA全长克隆和生物信息学分析,并通过RT-PCR方法进行了组织表达谱研究。【结果】克隆得到了牛BMPRⅠA基因4 067 bp的cDNA全长序列,通过核酸序列分析发现,该基因编码532个氨基酸,与人、黑猩猩、小鼠、大鼠、犬和红原鸡在核酸序列上分别有91%,93%,89%,88%,91%和82%的同源性;在氨基酸序列上分别有97%,95%,96%,95%,97%和91%的同源性。通过生物信息学分析发现,牛BMPRⅠA蛋白包含一个信号肽序列和一个跨膜区序列,其成熟蛋白可能位于细胞膜上。在牛卵巢、肝、肌肉、小肠、脂肪、子宫、肾脏、心肌、肺、胰腺、睾丸、乳腺、瘤胃、脾脏、淋巴、胸腺等组织中都检测到有BMPRⅠA基因表达。【结论】牛BMPRⅠA基因是一个功能重要、进化保守的基因,具有广泛的组织表达谱。  相似文献   

2.
【目的】对青海湖裸鲤TOB1和TOB2基因进行克隆及表达分析,为揭示其在青海湖裸鲤生长和生理过程中的作用奠定基础。【方法】采用PCR和RACE技术克隆青海湖裸鲤中TOB1和TOB2基因的cDNA全长序列,对其特性进行了生物信息学分析。以β-actin为内参基因,采用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测TOB1和TOB2基因在3龄成鱼肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织及发育12,72,120,168,216 h胚胎中的表达水平。【结果】青海湖裸鲤TOB1 cDNA全长为1 734 bp,5′非编码区为466 bp,3′非编码区为296 bp,开放阅读框长972 bp,编码323个氨基酸。TOB2 cDNA全长为2 785 bp,5′非编码区为51 bp,3′非编码区为1 582 bp,开放阅读框为1 152 bp,编码383个氨基酸。TOB1和TOB2在N端均具有明显的BTG家族结构域,且系统进化分析显示2个TOB蛋白与鲤科鱼类同源性较高,亲缘较近。qRT-PCR结果表明,TOB1和TOB2在3龄成鱼的肾脏、肠、鳃、脑、心脏、肌肉等组织中均有表达;TOB1在3龄成鱼的心脏组织中表达量最高,其次为脑和肌肉组织,在鳃组织中的表达量最低;TOB2在3龄成鱼的脑组织中表达量最高,其次为肌肉。TOB1及TOB2在不同发育时期胚胎中均有表达,且都在12 h胚胎中表达量最高。【结论】TOB1及TOB2在3龄成鱼各个组织及胚胎中均有表达,但表达量有较大差异,表明2个基因均具有时空表达特异性。  相似文献   

3.
以鲤肾脏组织RNA为模板,扩增并克隆鲤环指蛋白2(RING Finger Protein 2,RNF2)基因的CDS区全长,分析其组织表达谱.结果显示,鲤RNF2基因的CDS区序列长1011 bp,编码336个氨基酸;该基因与鲫、斑马鱼、金头鲷、海洋青鳉鱼、鳕鱼、非洲爪蟾、尖尾娇鹟、小鼠、智人的同源性分别为98.2%、...  相似文献   

4.
【目的】 分析牦牛心肌脂肪酸结合蛋白3(FABP3)基因的结构和功能,并检测其在成年牦牛和胎牛中的表达水平,为探究该基因在牦牛育种中的生物学功能提供理论参考。【方法】以美仁牦牛的心脏组织为试验材料,PCR扩增FABP3基因,对得到的编码区序列(CDS)进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR),检测FABP3基因在成年牦牛和胎牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织的表达水平。【结果】牦牛FABP3基因编码区序列长度为402 bp,编码133个氨基酸;蛋白质的高级结构主要是β 转角和延伸链;牦牛FABP3蛋白不存在跨膜区域和信号肽,属于具有一定亲水性的稳定蛋白;牦牛FABP3基因CDS区核苷酸及其编码氨基酸序列的同源性分析显示,FABP3基因在牛属动物中具有一定的保守性;系统进化树分析表明,牦牛与野牦牛和瘤牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,FABP3基因在成年牦牛和胎牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏及肌肉组织中均有表达,但在胎牛肝脏、脾脏、肾脏和肌肉中的表达水平显著或极显著高于成年牦牛,在成年牦牛肺脏中的表达水平极显著高于胎牛。【结论】克隆了牦牛FABP3基因,探究了FABP3基因在牦牛中的组织表达规律,为进一步研究该基因在牦牛脂肪沉积中的作用提供了基础数据。  相似文献   

5.
为了促进沙柳(Salix psammophila)分子定向育种,研究了其分枝及材性发育相关遗传机制。克隆获得了沙柳PNY基因。研究发现:沙柳PNY基因编码区全长1 446 bp,编码481个氨基酸残基。PNY蛋白由55.09%无规卷曲、29.73%α-螺旋及15.18%延伸链构成。保守结构域分析表明,该蛋白分子存在PNY蛋白典型的SKY、BELL、Homeodomain结构域。系统进化分析表明,沙柳与杞柳(Salix purpurea)、毛果杨(Populus trichocarpa)的PNY基因亲缘关系最近。qRT-PCR组织特异性表达分析发现,PNY基因在沙柳腋芽部位表达量最高,茎、叶、顶芽、根中表达量依次降低。  相似文献   

6.
为了解催乳素(prolactin,PRL)的基因序列以及在建鲤渗透调节组织中的表达情况,采用同源克隆和末端快速扩增(rapid amplication of cDNA ends,RACE)的方法分离克隆了建鲤(Cyprinus carpiovar.Jian) PRL基因全长cDNA,得到1 028 bp的全长cDNA,包括633 bp的开放阅读框(ORF),51 bp 的5′末端非编码区(UTR)以及344 bp的3′末端非编码区(UTR)。对该基因序列和推测的氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其它硬骨鱼类该基因的氨基酸序列相似度为55.02%~94.76%,与草鱼(Ctenopharyngodon idella)相似度最高(94.76%),与齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)、斑马鱼(Danio rerio)相似度稍低,与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的相似度较低(55.02%),表明不同物种间PRL的氨基酸序列具有较高的保守性。用实时定量PCR (RT PCR)检测该基因在建鲤脑垂体、脑、肠、鳃、性腺、肝、脾、肾中PRL的相对表达量,其中脑垂体最高,其次是肝、鳃、脾、脑、肠、肾,在性腺中也有较低的表达量,表明脑垂体是建鲤PRL基因的主要表达场所,在性腺、肝、脾的表达说明其在鱼体内除了渗透调控可能还存在多种生理功能。  相似文献   

7.
【目的】 探明瓠瓜KNOX基因家族特征,在瓠瓜全基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定和分析,研究其组织表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对瓠瓜KNOX家族基因成员进行鉴定、编码蛋白理化性质分析及家族成员结构域和保守基序分析,利用MEGA 5.05软件构建系统进化树,采用实时荧光定量PCR技术,分析KNOX基因在瓠瓜不同组织(根、茎、叶、花、果实)中的表达情况。【结果】鉴定到12个瓠瓜KNOX家族基因,这些基因分布在6条染色体上,且均定位于细胞核。大多数瓠瓜KNOX家族蛋白含有同源异型盒蛋白特有的4种结构域KNOX1、KNOX2、ELK 和Homeobox_KN。系统进化分析将瓠瓜KNOX基因分为KNOX Class Ⅰ和KNOX Class Ⅱ 2大类群,2个类群又可进一步分为5个分支,其中Class Ⅰ-C为瓠瓜特有的进化分支。KNOX基因启动子区有多个激素响应元件和植物生长相关元件。组织表达分析发现,瓠瓜KNOX基因具有不同的表达模式,KNOX Class Ⅰ类基因表达具有组织特异性,在根、茎和果实中表达量较高,在其余组织中表达量较低或不表达,其中Lsi04G014450在根和茎中表达量最高,Lsi11G006380在果实中表达量最高;KNOX Class Ⅱ类基因在所有组织中均有较高表达。【结论】瓠瓜KNOX基因家族有12个成员,分布于6条染色体上,在进化关系上可分为5组,具有瓠瓜特有的进化分支,在不同组织中的表达具有特异性。  相似文献   

8.
【目的】明确nanos3基因在黄鳝卵巢发育和维持过程中的重要作用,为黄鳝PGCs可视化分子标记、生殖细胞移植及性腺发育分化机制研究打下基础。【方法】通过RACE克隆黄鳝nanos3基因cDNA序列,运用ProtParam、SOMPA、SWISS-MODEL、SignalP、TMHMM及NetPhos等在线软件进行Nanos3蛋白生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR检测nanos3基因在黄鳝不同组织中的表达情况,并以冰冻切片荧光原位杂交进行性腺组织定位。【结果】黄鳝nanos3基因cDNA序列全长1289 bp,包括147 bp的5’非编码区(5’-UTR)、531 bp的开放阅读框(ORF)及611 bp的3’非编码区(3’-UTR),共编码176个氨基酸残基。黄鳝Nanos3蛋白分子量为19.61 kD,理论等电点(pI)为9.07,为碱性蛋白;在黄鳝Nanos3氨基酸序列第108~162位处存在2个锌指基序“CCHC”结构域,无信号肽和跨膜结构域;蛋白二级结构以无规则卷曲的占比最高(64.20%),其次是α-螺旋(占24.43%),延伸链、β-转角的占比分别为6.82%和4.55...  相似文献   

9.
全先庆  杨辉霞  单雷  毕玉平 《安徽农业科学》2006,34(21):5483-5484,5490
利用噬菌斑原位杂交技术从花生未成熟种子cDNA文库中筛选到一个花生种子贮藏蛋白基因全长cDNA,该cDNA包含一个1 886 bp的开放阅读框,可编码536个氨基酸残基,Northern分析发现,该基因在种子发育早期开始表达,在之后的各个时期表达水平均较高。  相似文献   

10.
南疆不同品种绵羊MSTN基因克隆及其组织表达谱分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
本研究旨在对山区型和田羊、平原型和田羊、卡拉库尔羊的MSTN基因进行组织表达谱分析。参考GenBank上(登录号:NM_001009428.1)绵羊MSTN基因序列设计引物,采用RT-PCR技术克隆绵羊MSTN基因序列,进行组织表达谱分析。结果表明:MSTN基因在各品种绵羊不同组织中表达的差异较大,MSTN在各品种绵羊的肌肉、肾脏和脾脏中都有表达,其中肌肉中表达量最高,其次是肾脏和脾脏;MSTN在山区型、平原型和田羊的心脏中表达丰度较低,而在卡拉库尔羊心脏中则几乎无表达;MSTN在山区型、平原型和田羊的肝脏中几乎无表达,而在卡拉库尔羊肝脏中则有一定量表达;MSTN在山区型和田羊、平原型和田羊与卡拉库尔羊的肺脏中则都无表达。  相似文献   

11.
稻鱼共生(Rice-fish co-culture)作为“全球重要的农业遗产系统”,已成为我国发展可持续农业的重要模式。为研究稻田环境条件下,鲤血清生化特性、肠道显微结构及肠道微生物菌群多样性、物种丰度的影响。于2019年6月在连南瑶族自治县,分别选取稻田和池塘,放养规格大小一致的鲤幼鱼进行3个月的不投喂养殖。试验结束后统一进行采样与检测。结果表明:稻田环境显著提高了鲤的体长和体质量,显著降低了鲤血清谷丙转氨酶(ALT)活性和肠道微绒毛高度(P<0.05),血清补体C3和C4的含量有上升趋势,但差异不显著(P>0.05);在肠道微生物方面,稻田环境显著提高了鲤肠道内菌群多样性,并在门水平显著提高了疣微菌门(Verrucomicrobia)和变形菌门(Proteobacteria)的丰度(P<0.05),显著降低了梭杆菌门(Fusobacteria)的丰度(P<0.05);在纲水平,显著提高了α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)的丰度;在属水平,显著降低鲸杆菌属(Cetobacterium)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)以及气单胞菌属(Aeromonas)的丰度(P<0.05)。实验结果证实,稻田环境改变了肠道微生物多样性及与代谢能力有关的功能基因丰度,降低了部分条件致病菌的丰度,减少了疾病爆发的几率,同时有利于维持肝功能稳定。对于保持养殖鱼类健康生长有积极作用。  相似文献   

12.
酪氨酸酶是生物体黑色素合成的关键限速酶,黑色斑纹是瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var. color) 体色的主要特点之一。以瓯江彩鲤的5种体色选育系F5为材料,探讨酪氨酸酶基因5个外显子及其在不同体色间的变异特性和承受选择压力的敏感性。结果发现:酪氨酸酶基因外显子1和外显子5的核苷酸变异率最高,选择性位点最多,易承受到选择压力;5个外显子的非同义替换率(dN) 与同义替换率(dS) 的比值(ω值)均小于1(0.10~0.67),表明它们均受到净化选择压力;不同体色瓯江彩鲤的酪氨酸酶基因也均受到净化选择压力(ω=0.12~0.23)。应用PAML软件中的M2a和M8两种模型检测显示:无黑斑体色瓯江彩鲤所受正向选择压力位点数高于有黑斑体色,但不存在显著差异(P>0.05);酪氨酸酶基因中的部分氨基酸位点较易受正向选择压力。研究结果表明:瓯江彩鲤酪氨酸酶基因较保守,主要受净化选择作用,当前的人工选育未对酪氨酸酶基因造成显著的选择压力。  相似文献   

13.
以框镜鲤Cyprinus carpio维氏气单胞菌Aeromonas veronii CY0806株细菌基因组DNA为模板,经PCR扩增,获得flaA基因,将其克隆并测序,测序结果与气单胞菌属的不同菌株进行相似性分析,并对flaA基因编码蛋白质进行生物信息学分析.结果显示:获得框镜鲤维氏气单胞菌鞭毛flaA基因,长915 bp,编码304个氨基酸,系统进化树分析,其与其他维氏气单胞菌flaA基因处于同一分支,相关生物信息学分析显示,flaA基因编码的蛋白质相对分子质量32 098.66,等电点5.57,半衰期30 h,不稳定系数为32.31,脂肪系数81.05,不存在信号肽和跨膜区,二级结构预测:flaA基因以α螺旋和β折叠为主,同时,以同源建模法预测了flaA基因编码蛋白的三维立体结构.  相似文献   

14.
鲤(Cyprinus carpio)slc15a1基因是利用质子梯度逆浓度转运小肽和肽类似物到各种组织细胞内的一种低亲和力、高容量的转运载体,该基因在免疫反应中也起到重要作用。从蛋白质水平上探究slc15a1(slc15a1a和slc15a1b)基因在鲤体内免疫应答机制中的变化,将slc15a1a和slc15a1b基因含有部分抗原决定簇的片段加入双酶切位点BamHⅠ和HindⅢ后连接至pET-32a(+),构建表达载体,并成功制备鼠源slc15a1a和slc15a1b基因多克隆抗体。采用ELISA法检测抗体效价,获得的鼠抗Slc15a1a和Slc15a1b的效价分别为8.1×105和2.7×105。在嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染后,Slc15a1a和Slc15a1b的最高蛋白表达水平与空白对照相比,分别增加了3.39和2.85倍,说明本实验制备的多克隆抗体具有较高的亲和力、特异性和较强的免疫原性,能够及时地诱导机体产生免疫应答。Slc15a1a在嗜水气单胞菌感染后3 h和6 h迅速做出高表达量响应,在12 h后开始出现表达水平的下降,但Slc15a1b在3~24 h时却一直维持着较稳定的高表达响应,表明Slc15a1a和Slc15a1b之间具有一定的表达差异。在感染过程中,Slc15a1a的表达量基本高于Slc15a1b,因此slc15a1a基因可能是slc15a1基因的主效基因,在鲤免疫应答过程中发挥重要作用。  相似文献   

15.
比较分析青田、金华田鱼肌肉的常规营养成分、矿物元素、氨基酸和脂肪酸组成。结果表明:青田田鱼粗脂肪含量显著高于金华田鱼(P0.01);两种田鱼中均测得常见氨基酸17种,除甘氨酸和胱氨酸外,金华田鱼各氨基酸含量均显著高于青田田鱼(P0.05);根据氨基酸评分(AAS),青田田鱼的第一、二限制氨基酸分别为缬氨酸和蛋氨酸+半胱氨酸,金华田鱼的第一、二限制氨基酸分别为蛋氨酸+半胱氨酸和缬氨酸;在两种田鱼中共测得16种脂肪酸,其中青田田鱼的C16∶1(棕榈油酸)、C18∶1n9c(油酸)和C18∶3n3(α-亚油酸)含量显著高于金华田鱼(P0.05),且青田田鱼的单不饱和脂肪酸含量显著高于金华田鱼(P0.05),金华田鱼的C18∶0(硬脂酸)和C20∶4n6(花生四烯酸)含量显著高于青田田鱼(P0.05);在矿物元素中,青田田鱼的锌、铜含量显著高于金华田鱼(P0.05),金华田鱼的钙、磷、镁含量显著高于青田田鱼(P0.05)。  相似文献   

16.
以瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)为研究对象,探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明,在转录组拼接和注释方面,基于序列比对优先策略(Cufflinks软件)拼接的转录组序列平均长度为1 545 bp,注释77 601个转录本;基于从头拼接策略(Trinity软件)拼接的转录组序列平均长度为979 bp,注释转录本数为69 406个。在基因结构和选择性剪切预测方面,Cufflinks软件所拼接的转录组,每个基因平均含有3个转录本数目,而对于Trinity版本转录组,每个基因平均含有4个转录本(P0.001)。经比较发现Cufflinks版本转录组预测的基因结构较Trinity版本更加准确。因此,与从头拼接策略相比,序列比对优先策略所拼接的瓯江彩鲤转录本序列长度更长、注释的基因数目更多,且在基因结构和选择性剪切预测方面更为准确,适用于后续与功能基因表达相关的功能研究;相反,从头拼接策略拼接的转录组更易得到瓯江彩鲤的特异基因序列,对于后续需要利用瓯江彩鲤特异基因序列进行分子进化相关的研究非常重要。本文的研究结果为根据不同的实验目的合理地选用相应的转录组拼接方法提供了依据,也为其他鱼类转录组学研究提供了借鉴。  相似文献   

17.
【目的】研究外源性肉碱对鲤鱼幼鱼生长性能、背肌生化组成及血浆生化指标的影响,为水产饲料中肉碱的添加提供理论依据。【方法】在基础饲料中分别添加0(对照组),50,100,150,200和400mg/kg L-肉碱组成试验饲料,饲喂平均体质量(2.5±0.5)g/尾的鲤鱼(Cyprinus carpio)幼鱼60d,试验结束后取样,测定增重率、特定生长率、饲料系数、成活率、背肌生化组成及血浆甘油三酯、总胆固醇、白蛋白、尿素氮等指标。【结果】L-肉碱的添加量为200mg/kg时,鲤鱼幼鱼的试验末体质量、增重率和特定生长率显著提高,饲料系数显著降低(P<0.05),成活率与对照组无显著差异(P>0.05)。随着L-肉碱添加量的增大,背肌粗蛋白含量总体呈增加趋势,粗脂肪含量呈下降趋势,当L-肉碱添加量为200mg/kg时,与对照组相比,粗蛋白含量增加了11.18%,粗脂肪含量降低了12.65%,差异均达显著水平(P<0.05),但其与添加400 mg/kg L-肉碱试验组相比,二者粗蛋白和粗脂肪含量无显著差异(P>0.05)。饲料中添加L-肉碱可显著降低血浆中总胆固醇和甘油三酯质量浓度,当L-肉碱添加量为150mg/kg时,总胆固醇质量浓度最低,与对照组相比降低了36.08%,差异显著(P<0.05);添加50mg/kg L-肉碱时,与对照组比较,甘油三酯质量浓度下降了50.28%,差异显著(P<0.05)。添加L-肉碱后,鲤鱼幼鱼血浆中尿素氮浓度显著下降,白蛋白质量浓度显著增加(P<0.05),当L-肉碱添加量为200mg/kg时,尿素氮浓度最低,白蛋白质量浓度最高,分别为13.49mmol/L和9.12g/L,与对照组相比较分别下降了17.49%和增加了32.56%,差异均达显著水平(P<0.05)。【结论】本试验条件下,外源L-肉碱可促进鲤鱼幼鱼生长,降低背肌中粗脂肪含量及血浆中尿素氮浓度,增加背肌中粗蛋白含量及血浆中白蛋白质量浓度,其中添加200mg/kg L-肉碱效果最好。  相似文献   

18.
19.
【目的】探究不同浓度栀子苷对双酚A(BPA)致鲤鱼(Cyprinus carpio)肝毒性的影响,为鱼类保肝药物的筛选提供依据。【方法】以75条鲤鱼为试验材料,设5个处理组,即空白对照组、模型组(0.5 mg/L BPA暴露)及栀子苷处理组(BPA+栀子苷),其中,栀子苷设低(1.25 g/kg)、中(2.50 g/kg)、高(5.00 g/kg)3个浓度,养殖70 d后,检测血清中谷丙转氨酶(GPT)、谷草转氨酶(GOT)、碱性磷酸酶(AKP)、甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的水平,肝组织中超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)和总抗氧化能力(T-AOC)的水平,以及肝脏中fatp1、fas、ppar-α、nrf2、keap1、ho-1、tlr1、myd88、il-1β、il-6和il-10基因的表达量,来评价栀子苷对鲤鱼肝毒性的治疗效果。【结果】与对照组相比,模型组鲤鱼的特定生长率显著降低,饵料系数显著增高(P< 0.05,下同),而联合投喂3种浓度的栀子苷可显著提高特定生长率,降低饵料系数,改善鲤鱼的生长情况。与模型组相比,饲喂中、高浓度的栀子苷显著降低鲤鱼血清中GPT、GOT和AKP活性,缓解鲤鱼肝损伤的程度。饲喂低、中浓度的栀子苷显著降低血清中TG和LDL-C的水平和肝组织中fatp1和ppar-α基因的表达量,增加血清中HDL-C的含量,改善了鲤鱼肝脏脂质代谢紊乱。同时,经过3种浓度的栀子苷处理后,肝组织中SOD活性和nrf2、ho-1基因的表达量显著升高,keap1基因的表达量显著降低,表明栀子苷对双酚A引起的肝脏氧化应激有缓解作用。此外,饲喂3种浓度的栀子苷较模型组显著下调了myd88、il-1β和il-6基因的表达量,但显著上调了il-10基因的表达,抑制了鲤鱼肝脏的炎症反应。【结论】栀子苷可不同程度缓解双酚A引起的鲤鱼肝毒性,并通过改善肝脏脂质异常代谢,增强抗氧化能力,抑制炎症反应等,减轻鲤鱼肝损伤程度。考虑到实际生产成本,推荐以中浓度(2.50 g/kg)的栀子苷作为保肝药物的筛选依据。  相似文献   

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