禽巴氏杆菌链霉素耐药株转录组测序与分析

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Pm)链霉素(Str)敏感株与耐药株(MIC=1024μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Str敏感株与耐药株进行双向测序,筛选得到差异表达基因,通过GO、KEGG和ARDB数据库对差异表达基因进行分组和富集性分析,并利用荧光定量PCR对筛选出的差异表达基因进行验证。结果显示,共筛选获得625个差异表达基因,其中包括581个上调基因和44个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数发挥细胞膜转运功能;对差异表达基因进行信号通路富集性分析显示,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与双组分系统代谢途径中;采用ARDB对差异表达基因进行耐药基因分析,显示其中的耐药基因主要为氨基糖苷转移酶类和外排系统两类。本研究结果表明,禽源Pm对Str的耐药机制可能与细胞膜上多药外排泵的过量表达和氨基糖苷转移酶类灭活抗菌药物有关。同时,也为进一步研究禽源Pm对Str的耐药机制奠定了基础。     

禽巴氏杆菌环丙沙星耐药株转录组测序与分析

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Avian Pasteurella multocida,Pm)敏感株与环丙沙星(Cip)耐药株的差异表达基因,本研究采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对敏感株与Cip耐药株进行检测,参考Pm70株基因组(NC_002663.1)进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得表达差异基因,利用GO和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,并利用荧光定量PCR对转录组测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,所有样品测序数据参考Pm70全基因组匹配率均达到95.87%以上,对基因差异表达进行分析后鉴定得到19个差异表达基因,其中15个上调,4个下调。通过GO功能富集分析显示差异表达基因主要为转运运输功能,并对差异表达基因进行信号通路富集性分析,结果表明最具代表性的信号通路为"ABC转运蛋白"(ko02010)。推测禽源Pm中的ABC转运蛋白超家族可能在Cip耐药机制中具有重要作用。     

体外诱导禽巴氏杆菌环丙沙星耐药株及耐药机制的初步分析

为了探讨在环丙沙星(ciprofloxacin,CIP)药物培养后,多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)对CIP的药物敏感性变化及其耐药机制,试验采用体外递增药物浓度的方法诱导出禽源Pm标准株C48-1对CIP的耐药菌株,并对CIP耐药菌株的最小抑菌浓度(MIC)值变化及耐药稳定性、生化特性、生长曲线和基因组位点突变进行了研究。结果表明:诱导的CIP耐药菌株的MIC由0.25μg/mL上升至16μg/mL;与亲本株比较,生化特性与生长曲线无显著差异,但诱导株的喹诺酮类耐药决定区(QRDR)gyrA基因编码的氨基酸发生了Thr99→Ala的变化,该位点突变首次发现,gyrB、parC、parE耐药基因均未发生变化。说明逐步递增药物浓度可以诱导禽源Pm对氟喹诺酮类药物的耐药性,并导致靶基因发生突变。     

禽巴氏杆菌Pm-HB株的分离与鉴定

湖北省某鸡场疑似巴氏杆菌(Pasteurella)感染,从送检病鸡的肺脏和肝脏中分离到1株细菌,通过菌落形态、培养特性、生化试验、16S rRNA序列比对鉴定为禽多杀性巴氏杆菌,并命名为Pm-HB株。动物回归试验表明,10 CFU细菌即可100%致死30日龄SPF鸡,可确诊为巴氏杆菌病。     

42株禽巴氏杆菌特性的研究

从本省１８个鸡场、６个鸭场患禽出败病死禽中分离,鉴定４２株多杀性巴氏杆菌。按荧光分类Ｆｏ２７株,Ｆｇ６株,中间型９株。药敏试验,多数菌株对常用抗菌药耐药,仅对环丙沙星,蒽诺沙星等少数药敏感。对试验动物有很强毒力,以１０～１００个活菌对小鼠,５～５０个活菌对鸡,７０％以上菌株可致死亡。有５７％菌株对小鼠用鸡试验１９株７９％菌株对鸡有较好免疫原性。不同荧光菌株抗原对小鼠保护差异较大,具保护力菌株Ｆｏ为９０９％,Ｆｇ为６９％,中间型为２２％。采用本地菌株和标准菌株混合制苗３００多万羽份,用后获得良好免疫效果。     

鼠伤寒沙门菌ATCC13311诱导耐药株的转录组测序和分析

为研究鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株在转录组水平上的差异,使用环丙沙星为诱导药物,采用梯度浓度诱导法,诱导鼠伤寒沙门菌ATCC13311产生耐药性。构建ATCC13311和其诱导耐药株TW4的转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双向测序及数据分析。诱导获得ATCC13311对环丙沙星MIC值为4mg/L的耐药菌TW4。测序获得了4.46G有效数据,通过de novo拼接,获得了311条unigene,平均长度为15 587bp。拼接所得到的全序列长度为4 847 532bp,经预测4 998条基因中有4 902条得到GO注释。采用COG功能将注释基因划分为25类。初步确定TW4有3 434个基因表达量显著上升,32个基因表达量显著下降,7条代谢途径表达差异显著。利用转录组测序技术对鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株TW4进行研究,揭示了鼠伤寒沙门菌耐药性诱导前后差异表达的基因和显著变化的代谢途径,为深入研究细菌耐药分子机制及与细菌代谢途径之间的联系提供重要依据。     

禽巴氏杆菌链霉素依赖株选育的研究

本研究用亚硝酸作为禽多杀性巴氏杆菌诱变剂,在含有一定剂量的链霉素的选择培养基上,将一株毒力较强的野生型禽多杀性巴氏杆菌经过诱变选育出一株依赖链霉素的突变株。突变株的形态、染色、生长特性、生化反应等与原野生型菌株相同,突变株经扫描电子显微镜观察,亦显示有荚膜,菌体不呈链状,经动物测试,其遗传稳定性及安全性良好,具有中等程度的保护效力。     

1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。     

中草药治疗禽巴氏杆菌

禽巴氏杆菌病又称禽霍乱，是一种高度接触性、传染性疾病，临床上表现为各脏器出血及败血症状，可危害家禽及野禽，是一种具有高发病率和高死亡率的败血性疾病。近年来，吴江市为适应生态养鸡的需要，在全市大力发展了林园、桑园、果园、竹园等养殖产蛋草鸡，养鸡户得到了较好的经济效益，达到了生态、效益、市场多赢的目的。     

禽巴氏杆菌病防治浅析

<正>禽巴氏杆菌病也称禽霍乱或禽出血性败血症,简称禽出败,是由多杀性巴氏杆菌引起的接触性传染病,临床主要特征是发病急、持续时间长、出现急性败血症等。该病流行快、死亡率高,给养禽业造成较大的损失,为此,本文对该病的病原及临床诊断、防治措施进行浅析。1病原多杀性巴氏杆菌为球杆状或短杆状菌,两端钝圆。单个存在,有时成双排列。病料涂片用瑞氏染色或美蓝染色时,可见典型的两极着色,及     

禽巴氏杆菌病疫苗研究进展

综述了国内外禽巴氏杆菌病疫苗的研究现状和趋势,对禽巴氏杆菌病灭活疫苗、弱毒活疫苗、亚单位疫苗、免疫复合物疫苗、基因疫苗等的研究进展进行了概述,重点阐述了禽巴氏杆菌病亚单位疫苗和基因工程疫苗等新型疫苗的研究进展,为进一步研究和开发新的禽巴氏杆菌病疫苗,从而有效控制禽巴氏杆菌病提供了一定的参考.     

8株禽多杀性巴氏杆菌外膜蛋白H基因序列分析

为了解国内禽多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,Pm）流行株外膜蛋白 H（OmpH）基因的变异情况,参考GenBank中已发表的多杀性巴氏杆菌序列设计1对特异性引物,采用PCR方法对不同来源的8株禽Pm菌株和3个荚膜型参考株（A、B、D）的OmpH基因进行扩增、测序。结果显示,11个菌株的OmpH基因开放阅读框在1002~1071 bp 之间;SignalIP 4.0预测结果表明,信号肽均为N端20个氨基酸残基,成熟蛋白氨基酸残基数量在314~337 aa之间,推测的分子质量在33.76~37.04 ku之间。与GenBank中15个菌株OmpH基因序列比对结果发现,核苷酸同源性在84.9%~100.0%之间;氨基酸同源性在81.5%~100.0%之间;其中C48-1、1010、9003、890920、921012、XJ-e 6个国内禽Pm分离株OmpH序列同源性为100.0%。试验结果表明,国内禽Pm菌株OmpH基因非常保守。     

一株禽多杀性巴氏杆菌的分离鉴定

为弄清湖南省某鸡场发病病因,对送检的病死鸡进行了解剖、组织细菌的分离,并对分离菌株进行了生化鉴定、16SrDNA扩增测序分析,且进一步测序分析了其荚膜和脂多糖PCR分型。解剖结果发现,6只鸡均有心包积液、肺脏实变、肝脏表面有许多针尖状灰白色的坏死点,脾脏和肠无明显症状。对采集组织脏器肝脏、肺脏、脾脏,接种TSA平皿后,均有长出卵圆形菌落。纯化后革兰氏染色为G-短小杆菌,经细菌鉴定仪鉴定为多杀性巴氏杆菌。16SrDNA测序结果显示其与巴氏杆菌美国株CCUG17978的同源性为100%;通过荚膜和脂多糖PCR分型鉴定为荚膜A型和脂多糖L1型。经使用巴氏杆菌较为敏感的磺胺类药物对应性治疗后,鸡群恢复健康。该鸡场发病系荚膜A型和脂多糖L1型巴氏杆菌感染。     

天津地区禽多杀性巴氏杆菌分离株血清型鉴定

通过Ｃａｒｔｅｒ氏荚膜型鉴定方法和琼脂扩散试验,对天津地区禽多杀性巴氏杆菌血清型进行鉴定。结果１６株分离菌中１１株为Ａ：１（４）,４株为Ａ：１（３,４）,１株为－：１（４）表明引起天津地区禽霍乱的致病菌与国内报道的以Ａ：１型为主有一定的差异。     

牦牛皱胃全长转录组测序分析

【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time, SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分析及可变剪接分析。【结果】通过测序共获得14 467 420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296 840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8 544条Unigenes; Swiss-Prot数据库注释了...     

10株禽源多杀性巴氏杆菌药物敏感性与质粒多样性分析

为探究禽源多杀性巴氏杆菌是否携带质粒与耐药性的关系,分别采用培养法、纸片法、碱裂解法等对10株病原菌(FC1701~FC1710)进行复苏培养、药物敏感性试验、质粒观察。结果发现:有5株携带有大小不同的质粒,其大小在1~20 kb之间,质粒数量为1~4个不等;10株多杀性巴氏杆菌均出现多重耐药,且所有菌株对氟苯尼考敏感,对克林霉素不敏感;携带有质粒的菌株耐药数量多于未携带质粒的菌株耐药数量,多黏菌素、利福平和左氧氟沙星这三种耐受药物只在携带质粒的菌株中出现。试验结果表明,禽源多杀性巴氏杆菌质粒的耐药可能与多黏菌素、利福平和左氧氟沙星的耐药有关。     

一株四环素耐药大肠杆菌耐药基因检测

黑龙江省齐齐哈尔市周边牛场发生了犊牛腹泻情况,通过检测发现致病菌为致病性大肠杆菌。通过纸片法药敏试验发现这株大肠杆菌对四环素极为耐药,通过PCR探究其携带的耐药基因,发现其携带tetK耐药基因。表明该株大肠杆菌通过tetK基因编码四环素类抗生素药物外排泵,将四环素类药物排出体外,保护细菌核糖体,从而使细菌产生耐药性。     

禽巴氏杆菌病的防治

禽巴氏杆菌病又称禽霍乱或禽出血性败血症,是由多杀性巴氏杆菌引起鸡、鸭、鹅等家禽的一种败血性传染病。该病常呈急性经过,发病率和死亡率均较高。其病理特征为全身浆膜和黏膜有广泛的出血斑点,肝脏有大量坏死病灶。从该病病原、流行病学、诊治等方面进行阐述,以期为该病的科学防控提供参考依据。     

禽巴氏杆菌病的防控

禽巴氏杆菌病是由巴氏杆菌所引起的鸡、鸭、鹅、火鸡及野禽等的一种急性败血性和接触性传染病,发病急、范围广、持续时间长、死亡率高,给养禽生产造成了极大的损失。本文介绍了禽巴氏杆菌的病原学特征、流行病学特点、临床症状和临床诊断以及防治措施等。