四川境内山羊群体毛色性状的主成分分析

用主成分分析法研究了四川境内11个山羊群体毛色位点的遗传变异类型，结果表明：山羊群体85％以上的遗传变异来源于6个变异类型；以主成分为依据的欧式距离聚类分析结果，与已有山羊群体系统的认识基本一致。     

山羊毛色遗传基础研究进展

毛色为绒制品、毛制品、羔皮或裘皮制品用山羊的一种关键经济性状,也是个体辨识、血液系统乃至品种划分的一种遗传体现.如今关于山羊的遗传学各领域中的包括基因工程学、经典理论的研究成果中,对于毛色遗传基础的认知为我国农村、经济牧区的技术环境下,由"中试"转为商业性推广的重要构成,需要引起足够的重视.     

山羊Agouti基因第1内含子T128缺失在中国主要地方山羊品种中的变异

Agouti基因在哺乳动物毛色形成过程中扮演着很重要的角色,通过对山羊Agouti基因序列测定发现第1内含子T128缺失位点,利用PCR-RFLP技术检测该位点在国内10个山羊品种中的多态性,并将其与毛色进行相关性分析。结果表明,T128位点存在2个等位基因A（不缺失）和B（缺失）,产生3种基因型AA、AB和BB,其中AB基因型在白色山羊品种中占优势（76.14%）,AA基因型在棕褐色山羊品种中频率较高（77.41%）,BB基因型是黑色山羊品种的优势基因型（87.92%）,推测该位点可能在山羊毛色形成过程中发挥一定作用。T128缺失位点在10个山羊品种的平均期望杂合度仅为0.471 8,基因流为0.319 0,遗传分化系数为0.439 3,表明这10个山羊群体间遗传分化程度较低,遗传多样性相对贫乏。     

山羊DCT基因启动子区甲基化水平、SNP与毛色特征关系研究

旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045～-318)。在g.-348～-150区域和g.+222～+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222～+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222～+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。     

牛、绵羊和山羊染色体同源性分析及山羊部分毛色候选基因染色体电子定位

旨在为牛科物种进化和山羊毛色基因染色体定位研究提供更多的理论依据.利用GOATMAP DATA-BASE和NCBI生物学数据库查询牛、山羊和绵羊常染色体上的标记,然后用Phylogenetic Computer Tools与进化树软件Phylip进行牛、绵羊和山羊染色体同源性分析;利用比较基因组学和生物信息学方法对山羊部分皮毛颜色候选基因进行定位.结果表明,山羊、牛和绵羊染色体具有较高的同源性,相应同源染色体间相似性系数在0.000 0～1.000 0;结果,山羊皮毛颜色候选基因Myo5a,Brca1、Sox10、Zic2、kit、Snai2、Wnt3a和Tyrp1分别电子定位于山羊10、17、5、12、6、14、7和8号染色体上.     

波尔山羊与麻城黑山羊杂交后代的毛色表观分析

分析波尔山羊和麻城黑山羊杂交后代的毛色表现型。结果表明,波尔山羊对后代毛色的影响力很强,其棕头白身的毛色特征在74.22%的后代中得到不同程度的体现,回交后的纯黑色和黑头白身个体比例有所提高,横交后代中黑头白身个体的比例高于其他组合。各毛色比例在公母羊之间的差异均不显著,表明毛色遗传可能不受性别影响。窝内个体毛色对比发现,同窝个体并不一定具有相同毛色。本研究对丰富山羊毛色遗传理论、指导麻城黑山羊新品种的培育有一定意义。     

山羊可溶型干细胞因子mRNA在不同毛色皮肤组织中的表达水平简

为探讨可溶性干细胞因子（stem cell factor, SCF）基因表达水平与山羊毛色间的相关性,本试验利用实时荧光定量PCR（QRT-PCR）技术研究了SCF基因mRNA在黑色和白色山羊皮肤中的表达量,并对结果进行统计分析。经内参基因校正后,黑色山羊皮肤中可溶型SCF的相对表达量是白色山羊相对表达量的0.27倍（P>0.05）。可溶型SCF mRNA表达量可能与山羊毛色表型不存在相关性。     

TRPM1在不同毛色绵羊不同时期皮肤中的表达与定位

瞬时受体式基因1(Transient Receptor Potential Melastatin 1,TRPM1)对正常黑素细胞中的色素沉积至关重要,是色素沉积障碍的潜在靶点。为确定TRPM1在不同发育阶段不同毛色绵羊皮肤中的表达与定位,并探讨其在调控绵羊毛色形成中的作用机制。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、Western Bloting、免疫组化技术分别检测不同发育阶段不同毛色绵羊皮肤中TRPM1的表达与定位。结果表明,不同月龄的杂交黑白公绵羊中TRPM1 mRNA均有不同程度的表达：在白色绵羊皮肤中,6月龄TRPM1 mRNA的表达高于其他月龄（P<0.05）;在黑色绵羊皮肤中,3、6、12月龄TRPM1 mRNA的表达均高于0月龄（P<0.05）;不同月龄黑绵羊皮肤中TRPM1 mRNA的表达量均高于白绵羊（P<0.05）。Western Bloting结果显示,0、3、6、12月龄黑白绵羊皮肤中TRPM1蛋白均有不同程度表达,且表达水平趋势与mRNA水平一致,进一步证实TRPM1参与绵羊毛色的调控。免疫组化检测结果显示,在白色和黑色绵羊皮肤毛囊毛干、...     

miR-193b及其靶基因Kit在不同毛色羊驼皮肤中的表达

本研究旨在检测miR-193b及其靶基因Kit在不同毛色羊驼皮肤中的表达,并分析它们与羊驼毛色的关系。试验以不同毛色的成年羊驼为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR)对miR-193b及Kit在不同毛色羊驼皮肤中的相对表达量进行检测。结果显示,miR-193b在棕色羊驼中显著表达,其相对表达量是白色羊驼的1.741346倍;而Kit在白色羊驼中显著表达,其相对表达量是棕色羊驼的4.6029倍。通过以上研究结果显示miR-193b及其靶基因Kit可能参与羊驼毛色形成过程。提示,miR-193b可能通过负调控Kit参与羊驼毛色形成。     

羊驼酪氨酸酶基因家族在不同毛色个体中的基因表达水平

黑色素对动物毛色的形成起重要作用,酪氨酸酶基因家族成员参与了黑色素的合成。为了探索羊驼酪氨酸酶基因家族的基因表达与其毛色之间的相关性,本研究利用实时荧光定量PCR技术分析了不同毛色羊驼酪氨酸酶基因家族成员TYR、TRP1和TRP2的相对基因表达量。研究结果显示：棕色羊驼中的TYR、TRP1和TRP2的mRNA相对表达量经内参基因校正后分别是白色羊驼中的13.669倍、3.417倍和8.593倍。结论表明棕色羊驼中酪氨酸酶基因家族3种成员的基因表达水平均高于白色羊驼,揭示了羊驼TYR基因家族成员的基因表达量与其毛色表型具有相关性。     

基于线粒体细胞色素b基因的细颈囊尾蚴种群遗传多样性研究

为探讨我国细颈囊尾蚴种群之间的遗传相似性及与其他带科带属绦虫的亲缘关系,用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列研究了分离自我国四川和云南2省7地区猪、山羊和绵羊共33个细颈囊尾蚴的遗传变异,并用MEGA 4.0程序NJ法和PAUP 4.0程序MP法绘制种系发育树.本研究结果显示:细颈囊尾蚴分离株的Cyt b基因全长为1 068 bp,共检测到22个单倍型,单倍型间核苷酸相似性较高(97.3％～99.9％),其与带科带属其他5种绦虫的相似性均在82％以下.系统发育树显示,7个不同地域的细颈囊尾蚴聚为一支,分为3个亚群,且与地理区域、宿主没有直接的相关性,呈现混杂的分布格局,未形成明显的地理分支或宿主分支.研究结果表明:细颈囊尾蚴Cytb基因存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,并为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究及其与其他带科绦虫病的鉴别诊断的建立奠定基础.     

5个黄牛群体垂体转录因子基因变异研究

 为了阐明云南黄牛垂体转录因子(POU1F1)基因的群体变异特征,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区5个黄牛群体（3个本地群体和2个引进品种）的垂体转录因子(POU1F1)基因的第5内含子和第6外显子进行了基因克隆测序和群体变异检测分析。在5个群体中均发现存在A和B两个等位基因,在国外引进的短角牛和安格斯牛中,A等位基因为优势等位基因,其基因频率分别为0.944和0.700;而在云南的昭通黄牛、迪庆黄牛和荷斯坦奶牛中B等位基因占优势,其基因频率分别为0.645,0.727和0.917;在短角牛和安格斯牛中,BB基因型频率为0;而在云南荷斯坦奶牛中,AA基因型频率为0。在所检测的座位中,昭通黄牛、迪庆黄牛和安格斯牛具有较高的杂合度,而其他群体该座位杂合度较低。     

中国南方地区7个山羊群体的遗传分化与基因流分析

利用23对微卫星标记分析了中国南方7个山羊群体的遗传分化、基因流、遗传分化程度与地理距离之间的关系,同时利用DC遗传距离构建系统树和STRUCTURE进行动态聚类。结果表明：7个山羊群体总近交系数（Fis）为-7．73％,群体内近交系数（Fis）为-26．5％,群体间基因分化系数（Fis）为14．84％,3个指标均达到极显著水平（P〈0．001）,说明这7个山羊群体总体上和群体内杂合度较高,群体间遗传分化较明显,14．84％的遗传变异来自于群体间,85．16％遗传变异来自于群体内个体间的差异。7个山羊群体每世代两群体间有效迁移个体数（Nem）变化范围为0．8313（宜昌白山羊与黄淮山羊）到3．4103（马头山羊与湘东黑山羊）,平均为1．5770。7个山羊群体间的基因分化程度与地理距离和遗传距离相关不显著（P〉O．05）。宜昌白山羊、马头山羊、湘东黑山羊、福清山羊、戴云山羊、黄淮山羊、长江三角洲白山羊群体中属于各自采样群体的概率分别为99．1％、98％、96．2％、96．6％、98．7％、98．7％和98．7％。同时,STRUCTURE软件通过变化的分群数体现的聚类情况与用DC遗传距离所构建的系统聚类图结果一致。研究结果表明：这7个山羊群体间的遗传分化主要是自然选择作用的结果。     

肉碱棕榈酰转移酶基因在绵羊和山羊不同肌肉组织中的表达分析

采用实时荧光定量PCR方法比较分析了肉碱棕榈酰转移酶(carnitine palmitoyl transferase,CPT)基因在绵羊和山羊不同组织中的表达差异。研究结果表明,CPT1A mRNA在绵羊肝脏、脾脏中表达明显高于CPT1B、CPT2,CPT1B mRNA在绵羊腹外斜肌中的表达明显高于CPT1A、CPT2。CPT1A mRNA在山羊脾脏中表达明显高于CPT1B、CPT2 mRNA在山羊脾脏中的表达,CPT1B mRNA在山羊后腿股二头肌、腹外斜肌中的表达明显高于CPT1A、CPT2 mRNA在山羊后腿股二头肌中的表达。CPT1A mRNA在绵羊肝脏中的表达显著高于山羊中CPT1A mRNA的表达(P＜0.05)。CPT1A、CPT1B、CPT2基因在绵羊心脏、脾脏、腰大肌中的表达显著高于在山羊中的表达(P＜0.05),CPT1A、CPT1B、CPT2基因在山羊后腿股二头肌中的表达显著高于在绵羊中的表达(P＜0.05)。CPT1A、CPT1B、CPT2基因在绵羊、山羊各组织中的表达存在差异,可能与各基因表达模式、肌肉组织纤维类型、脂肪沉积含量不同等因素有关。     

不同鸡品种TYR基因遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。     

山羊痘病毒不同基因片段PCR诊断方法的研究

山羊痘(goat pox)是由羊痘病毒属(Capripoxvirus)山羊痘病毒(Goat poxvirus,GPV)引起山羊及绵羊的一种急性、热性、高度接触性传染病.本试验根据GenBank上公布的山羊痘病毒P32基因与ITR(inverted terminal repeat)基因序列设计2对特异性引物,比较2对引物扩增山羊痘病毒基因的特异性、敏感性,并将扩增片段进行了克隆、测序,分析基因片段的同源性,拟为山羊痘的诊断提供快速、可靠、简便的诊断与检测技术.     

绒山羊不同肌肉组织及肌内脂肪细胞的基因表达分析

试验旨在研究脂肪沉积关键基因在内蒙古白绒山羊的表达规律,以期深入分析绒山羊肌内脂肪沉积特征.利用实时荧光定量PCR技术检测PPARγ、FTO、Lipin、LPL、HSL、A-FABP和Perilipin7个基因在绒山羊10个不同肌肉组织及肌内前体脂肪细胞分化的3个时期(早期(D3)、中期(D7)、末期(D11))、诱导分化关键时间点(24、48、72和96 h)的变化,分别从组织和细胞角度对其进行分析,并研究其与肌内脂肪含量的关系.结果表明,FTO基因的表达水平高于其他基因;Lipin基因的表达量最低;LPL和HSL是脂肪合成和分解的关键酶类,其表达趋势大致相同,仅仅在腰大肌和斜方肌这两个部位的表达模式相反.A-FABP和Perilipin基因表达模式也较为特殊,整体表达量较低,前者仅仅在胸下矩肌中有较高表达,后者在股二头肌中有较高表达.从细胞水平分析发现Lipin、PPARγ、A-FABP和Perilipin的表达模式相似,随着前体脂肪细胞培养日龄的增加和甘油三酯的积聚,其表达量逐渐升高;Lipin基因在各个时间点的表达丰度极低;HSL基因的表达量随分化程度的升高而逐渐降低;Perilipin基因仅仅在诱导分化的后期有较高表达.相关性统计分析发现,PPARγ基因mRNA与肌内脂肪多呈负相关;而其他成脂基因HSL、LPL、FTO、Lipin、Perilipin、A-FABP mRNA与肌内脂肪含量多呈正相关.因此,脂肪沉积关键基因的表达具有特异性,总体上看基因表达量为FTO> PPARγ> LPL >HSL> A-FABP >Perilipin >Lipin,该结果为进一步研究脂肪沉积机制及优化山羊肉品质奠定基础.     

桑树花青素合成酶(ANS)基因的克隆及在2种果色桑树中的表达特征

花青素合成酶(anthocyanidin synthase,ANS)是植物花青素生物合成途径末端的关键酶,催化无色花色素到有色花色素的转变。从广东桑品种粤椹大10中克隆得到一条ANS序列,其ORF为1 077 bp,编码358个氨基酸,预测蛋白质分子质量为41 kD,等电点为5.62,具有2-酮戊二酸双加氧酶的保守结构域。多重序列比对表明物种间的ANS序列高度保守,系统进化树中桑树ANS与芍药科、芸香科、葡萄科等植物的同源序列聚在一个类群上。RT-PCR检测桑树ANS在结紫色果的粤椹大10的幼叶和桑椹中特异性表达,并且随着果色加深其表达水平呈上升趋势,而在结白色果的桑品种珍珠白的幼叶和桑椹中检测不到ANS的表达,暗示桑树ANS在桑椹的颜色形成中起到重要作用。     

Gene Expression Analysis on Different Muscles and Intramuscular Adipocytes in Cashmere Goat

The objective of this study was to discover the expression of key genes for fatty deposition in Inner Mongolia cashmere goat,so that deeply analysize the change features of intramuscular fat deposition.Real-time PCR was used to detect the expression pattern of seven different genes (PPARγ,FTO,Lipin,LPL,HSL,A-FABP and Perilipin) in ten different muscle tissues,and in intramuscular adipocyte for three periods as early (D3),middle (D7),and end (D11),as well as the changes in key points of induced differentiation time (24,48,72 and 96 h).The correlation between the seven genes and the intramuscular fat content was researched from the prospective of analyzing the tissues and cells.The results showed that FTO gene mRNA had a higher expression in different tissues than that of other genes.While the Lipin gene mRNA expression was the lowest than others,LPL and HSL were the key enzymes in the fat synthesis and splitting,the expression trends of which were basically similar,they only showed the opposite expression pattern in the psoas major muscle,and trapezius A-FABP and Perilipin gene expression patterns were more special,the overall expression level was lower,the former's expression level was higher in next moment chest muscle than other tissues,while the latter's expression level was higher in biceps femoris muscle than other tissues.Analyzing from the cell level,the expression patterns of Lipin,PPARγ,A-FABP and Perilipin were similar,with the increase of adipocytes cultivating day age and the triglyceride accumulation,the corresponding expression level increased gradually;The expression abundance of Lipin gene in each time point was extremely low;The expression level of HSL gene reduced gradually as the differentiation degree increases;The expression level of Perilipin gene was higher only in the late period of induction and differentiation.Through statistical analysis of the correlation,the PPARγ gene mRNA of cashmere goat formed negative correlation with intramuscular fat;While other adipogenic genes like HSL,LPL,FTO,Lipin,Perilipin and A-FABP mRNA formed positive correlation with intramuscular fat content.Therefore,the key gene expression of fat deposition had the specificity,generally,the amount of gene expression by quantitative analysis was FTO> PPARγ> LPL >HSL> A-FABP >Perilipin >Lipin,such results lay foundation for further researching the fat deposition mechanism and improving the quality of cashmere goat.