葡萄基因组DNA的提取及RAPD条件优化

采用改良CTAB法提取葡萄属22种植物的基因组DNA,对其完整性进行了测定,通过单因素五水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了葡萄RAPD技术最优体系,即25 μL体积中模板DNA为40 ng·μL-1,MgCl２ 2.0 mmol·L-1,dNTP 0.8 mmol·L-1,Taq DNA 聚合酶1 U·μL-1,引物 0.8 μmol·L-1,建立了葡萄基因组DNA的RAPD 反应扩增程序,即94℃预变性4 min, 94℃循环变性 45 s,37℃退火 55 s,72℃ 延伸 80 s,40个循环,最后72℃ 延伸10 min。     

大蒜RAPD反应体系的建立及优化

该试验以弥渡紫皮大蒜叶片基因组DNA为试材,采用不同浓度MgCl2、引物、dNTP、TapDNA聚合酶对大蒜的RAPD体系进行单因素反应条件优化.结果表明,25μL总反应体积中,最佳浓度配比为模板DNA 40ng,MgCl2 2.0 mmol/L,引物12 pmol,dNTP 50μmol/L,Taq DNA聚合酶1 unit,10×反应缓冲液2.5μL.扩增程序为94℃变性3 min,94℃变性30 s,37℃退火30 s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃最终延伸10 min.     

苹果梨变异单系基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化

采用CTAB改良法,以苹果梨及其变异单系叶片为材料,进行苹果梨基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化.结果表明,提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为25μL(15 ng DNA模板,1.0 mmol·L-1dNTP,1.0 mmol·L-1MgCl2,2.5μL Buffer,15 pmol·L-1引物,1UTaqDNA聚合酶,15.67μL ddH2O).扩增反应程序为94℃预变性5 min,94℃变性1 min,37℃退火1 min,72℃延伸1.5 min;45个循环;最后72℃延伸7min;终止温度为4℃.     

濒危竹种小蓬竹（Drepanostachyum luodianense） RAPD PCR反应体系优化

为了建立小蓬竹（Drepanostachyum luodianense） RAPD PCR反应的最优体系,以小蓬竹基因组DNA为模板,对影响其RAPD扩增的dNTPs浓度、模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度、Mg2+浓度等重要参数进行了单因子和正交试验。试验得出小蓬竹RAPD最优反应体系为: 20 μL反应体系,10×PCR buffer为1/10体积,dNTPs为100 μmol·L-1,模板DNA量为30 ng,Taq DNA聚合酶为10 U,引物浓度为02 μmol·L-1,Mg2+浓度为15 mmol·L-1。优化后的RAPD PCR反应程序为: 94℃预变性5 min,然后进入35个循环,即94℃变性1 min,35℃退火30 s,72℃延伸90 s,循环完毕后于72℃延伸7 min,最后在4℃保持。     

人参黑斑病菌RAPD反应体系的优化

采用改良的CTAB法提取人参黑斑病菌的基因组DNA,建立人参黑斑病菌RAPD反应的体系.最佳体系容积为25μL,其中包括10×Taq配套缓冲液2.5μL,模板DNA 20 ng/μL,引物15 pmol/L,dNTP 150μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,Mg2+1.5 mmol/L,其余部分用DW补充.PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,40℃退火1 min,72℃延伸2 min,40次循环,72℃延伸7 min.     

黑木耳菌丝体DNA提取及RAPD扩增条件的优化

对黑木耳菌株基因组DNA进行RAPD-PCR反应体系及扩增程序优化.结果表明,采用CTAB法快速提取到较高质量黑木耳基因组总DNA用于RAPD-PCR扩增,确定黑木耳基因组DNA RAPD-PCR最适25μL反应体系为:模板DNA浓度15 ng/μL,Mg2 浓度2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,dNTP浓度150μmol/L,10碱基引物浓度10 pmol,10×缓冲液,其余用重蒸馏水补充.扩增程序为:预变性94℃5 min,变性94℃1 min,退火36℃1 min,延伸72℃1.5 min,共40个循环,72℃最终延伸7 min.     

长白山杜鹃花基因组DNA提取及RAPD体系的建立

采用改良的CTAB法提取杜鹃花的基因组DNA,所得的DNA纯度高、质量好,可用于RAPD分析.筛选出的杜鹃花RAPD反应的最佳体系为25μL反应体系中包括模板DNA20～200ng.引物10pmol,dNTPs100μmol·L-1,TaqDNA聚合酶0.5U,Mg2 2.5 mmol·L-1,10xbuffer缓冲液2.5 mmol·-1,其余部分用无茵超纯水补充.PCR扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1min,72℃延伸2min,40次循环;72℃最终延伸7min.应用优化后的反应体系PCR扩增获得的RAPD指纹图谱带型清晰,重复性好,为长白山杜鹃花品种鉴定、分类的研究提供了一定基础.     

巴东木莲DNA的提取及SRAP-PCR反应体系的正交优化

研究确定了提取巴东木莲基因组DNA的方法,采用正交试验设计法对影响SRAP-PCR反应的引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量、Mg2 和dNTPs浓度及PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了比较、优化.同时对DNA模板浓度进行了筛选.结果表明,Mg2 、dNTPs、Taq酶及引物的不同水平均对PCR反应结果有显著的影响.建立了巴东木莲20μL SRAP-PCR的反应体系为lxbuffer、Mg2 浓度为2.O mmol.L-1、dNTPs浓度为O.25 mmol·L-1、引物浓度为0.45μmol·L-1、Taq酶为0.5 U和模板DNA 40ng.适宜的扩增程序为94℃预变性1 min,94℃变性1 min,33℃复性1 min,72℃延伸1 min,10个循环;94℃变性1 min.55℃复性l min,72℃延伸1 rain,30个循环;最后72℃延伸5min.试验表明,该体系重复性好、稳定性强.     

枣树基因组DNA提取及其RAPD体系优化

以不同生长期的枣和酸枣为研究对象,采用CTAB法提取枣基因组DNA;通过单因素5水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了枣和酸枣RAPD技术最优体系,即25μl反应体系中各组分含量为10×Taq Buffer+KCl 2.5μl;Taq DNA聚合酶0.04 U/μl;MgCl22.0 mmol/L;模板DNA2 ng/μl;引物0.3μmol/L;dNTP为0.2 mmol/L。适宜的扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃循环变性50 s,36℃退火50 s,72℃延伸1.5 min,38个循环;72℃延伸10 min。     

蜜蜂DNA提取纯化与RAPD反应体系的建立

以意大利蜜蜂为材料，研究了蜜蜂DNA的提取以及对RAPD分析的影响因素，包括模板浓度、Mg^2 、dNTP和引物，建立了适于蜜蜂RAPD分析的PCR反应体系，即20μL反应体系中，包括10mmol／L Tris—HCl(pH8．3)、50mmol／L KCl、20～60ng DNA、3．0mol／L MgCl2、0．2mmol／L dNTP、0．5μmol／L随机引物和1．5unit Taq聚合酶。扩增程序为：94℃预变性5min，94℃变性1min，36℃退火1min，72℃延伸2min，40个循环：最后在72℃延伸10min．     

烟草雄性不育的分子机理研究进展

综述了烟草雄性不育分子机理研究的最新进展，包括：线粒体DNA与雄性不育；叶绿体DNA与雄性不育；核DNA与雄性不育等研究。     

茄子雄性不育株和可育株的胞质DNA和核DNA差异分析

以茄子(Solanum melongenaL)雄性不育株“正兴1号”(S)和可育株(F)的总DNA为模板,对60个随机引物进行了筛选,找到5个其RAPD(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)扩增产物在茄子雄性不育系和对照材料间存在稳定差异的引物．将该5个引物同时扩增总DNA、核DNA和线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)．以总DNA为模板时得到多态性片段9个,以核DNA为模板时得到5个,以mtDNA为模板时得到9个．以总DNA为模板时得到的9个扩增片段中,有5个在总DNA和mtDNA中同时出现,而在核中没有出现,即认为来自mtDNA,这5个片段中,有4个来自可育株,1个来自不育株,说明不育株和可育株在mtDNA上存在差异;有4个片段同时出现在以总DNA和核DNA为模板的扩增中,但在以mtDNA为模板的扩增中却没有出现,认为是来自核DNA,这4个片段中,有3个来自不育株,一个来自可育株,说明可育株和不育株在核DNA上也存在差异．结果初步表明：新发现的茄子雄性不育可能是核质相互作用所引起．     

小菇一种Mycena sp.的DNA提取及测序

[目的]为新野生真菌小菇一种Mycenasp.的分类提供依据。[方法]采集到一种新的野生真菌,经形态学观察初步确定为小菇一种Mycenasp.。对该真菌进行了DNA提取、18SrDNA的PCR扩增与产物回收、琼脂糖凝胶电泳检测和测序等一系列分子生物学研究,对其基因序列进行了Blast比对和同源性数据检索。[结果]利用通用引物进行18SrDNA的PCR扩增,可获得约1.8 kb的扩增片段。通过序列分析,对回收后的产物进行鉴定,确定其为18SrDNA基因序列。通过对小菇一种Mycenasp.的18SrDNA基因序列进行Blast比对和同源性数据检索,发现其与白蘑属、毛伞属和脐伞属的亲缘关系最近。[结论]可推测该野生真菌为担子菌亚门、层菌纲、伞菌目、白蘑科一种,并结合其形态特征,暂时确定为小菇一种Mycenasp.。     

氟罗沙星-铜络合物与DNA的电化学研究

采用单扫描法和循环伏安法研究了氟罗沙星-铜-DNA三元体系的电化学行为,建立了利用电活性物质氟罗沙星-铜测定DNA的新方法。在0 05mol/L、pH=7 12的KH2PO4-NaOH缓冲溶液中,氟罗沙星-铜络合物在-0 36V(vs.SCE)处产生一个不可逆的并具有吸附性质的还原峰,DNA的加入使其峰电流降低,但峰电位不变。在最佳实验条件下,峰电流的差值(Δip)与DNA的浓度成正比,小牛胸腺DNA的线性范围为5 0×10-7～2 0×10-5g/mL,检出限为8 0×10-8g/mL。采用本方法测定了合成样品中DNA的含量,结果满意。     

植物表观遗传中的RNA介导的DNA甲基化

植物基因组对基因的表达调控不仅表现在转录水平上,也表现在染色质结构的变化上。在植物中存在着特有的RNA 聚合酶Ⅳ (RNA Pol Ⅳ) 和 RNA聚合酶Ⅴ (RNA Pol Ⅴ),它们与RNA 聚合酶Ⅱ(RNA Pol Ⅱ)相似。RNA Pol Ⅳ和RNA Pol Ⅴ的转录产物包括参与表观遗传调控的长链非编码RNA (lncRNAs)和干扰小RNA (siRNAs)。这类非编码RNA广泛地参与了基因组上发生的胞嘧啶甲基化,去甲基化以及甲基化扩散。近年来,研究已经发现RNA介导的染色质水平的基因沉默涉及植物的生长发育、胁迫应答、表观遗传多态性,并对植物的表型多样化、生理适应性以及植物进化具有显著影响。     

RAPD法鉴定紫花苜蓿品种的条件优化

以阿尔冈金等6个地方主栽的紫花苜蓿品种为材料,对随机扩增多态性DNA标记(random amplified polymorphic DNA,RAPD)法鉴定不同紫花苜蓿品种的试验条件进行了优化。结果表明,使用改良的CTAB法提取紫花苜蓿基因组DNA蛋白较少,质量较高;PCR扩增反应体系中使用1 U/μL的TaqDNA聚合酶、10 ng/μL的DNA模板和300μmol/L的dNTP,扩增的条带较多,且较清晰,适宜于后续RAPD法鉴定;从100条10个碱基的随机引物中筛选出S37与S140两条引物,适用于6个不同苜蓿品种的鉴定。     

雷公藤总DNA提取方法的研究

由于雷公藤叶片富含多糖及酚类物质,要获得高质量的DNA有一定难度。本研究以雷公藤植物叶片为材料,对传统提取方法进行改进、优化,比较了4种不同的提取方法,最终获得了一种以CTAB法为基础,试剂盒纯化的获得高质量DNA的方法。试验结果表明,使用该方法从雷公藤叶片中分离的DNA,纯度高、杂质少,且相对于其他方法,试验成功率明显提高,适用性强。     

藏獒基因组DNA提取及RAPD扩增体系的优化

采用改进的盐析法提取了藏獒血液基因组DNA,并对RAPD扩增体系进行了优化。结果表明,改进的盐析法所提取的藏獒基因组DNA完整、无降解,完全可以满足RAPD分析的需要;20μL的最佳扩增体系组成为2.50 mmol/L Mg2+、0.60 mmol/L dNTP、50 ng模板DNA、1.25U Taq酶和0.3μmol/L随机引物,最佳退火温度为36.5℃。     

阿特拉津污染胁迫对典型细菌DNA损伤研究

采用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)方法,研究阿特拉津浓度为0、25、50、75、100和125 mg·L-1污染胁迫条件下对阿特拉津高效降解菌Arthrobacter sp.DNS10和Acinetobacter sp.DNS32与非阿特拉津降解菌Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19生长影响及基因组DNA损伤情况。结果表明,在阿特拉津污染胁迫24 h后,随阿特拉津浓度增高,Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19生长速度受抑制强度逐渐明显。利用随机引物对上述四种细菌基因组DNA进行PCR扩增。结果表明,菌株Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19处理组与对照组之间RAPD指纹图谱存在明显差异,在阿特拉津浓度为100 mg·L-1时,基因组模板稳定性(GTS)分别降至52.3%和61.2%。同一浓度下,阿特拉津降解菌Acinetobacter sp.DNS32基因组模板稳定性为82.9%,Arthrobacter sp.DNS10基因组模板稳定性为92.1%。研究表明,阿特拉津胁迫对Escherichia coli K12和Micrococcus luteus N19基因组DNA产生损伤;阿特拉津降解菌Arthrobacter sp.DNS10和Acinetobacter sp.DNS32对阿特拉津胁迫有较高耐受性,适于阿特拉津降解。     

辣椒细胞质雄性不育系与其保持系线粒体DNA的RAPD分析

以辣椒细胞质雄性不育系21A及其相应的保持系21B为试材,从苗龄10~15 d的黄化苗中分离纯化线粒体并提取线粒体DNA。线粒体负染后电镜观察发现,分离纯化的线粒体形态完整,呈椭球形,杂质较少。电泳检测提取的线粒体DNA的琼脂糖,结果表明,线粒体DNA纯度较高,无降解现象,浓度为20~50 ng/μl,可用作RAPD分析。经初步筛选,100个RAPD随机引物中有8个引物表现出多态性,经再次重复筛选,获得了辣椒细胞质雄性不育系21A线粒体DNA与雄性不育性相关的RAPD标记CMSAG3430。