芜菁实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选适宜芜菁(Brassica rapa L.ssp.rapa)基因表达分析的内参基因,在ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page)中以十字花科作物为参照选择10个候选内参基因。实时荧光定量PCR结果显示ACT、TIP41、Tub-a、UBC30、CyP、UBC21 6个内参基因重复性较好,均能特异扩增并有较高的扩增效率,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对内参基因在不同组织中的表达稳定性进行分析,为芜菁基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,ACT、Tub-a和CyP的M值大于geNorm程序的默认值1.5,稳定性相对较差,6个候选内参基因的表达稳定性排序为:UBC21=TIP41UBC30ACTTub-aCyP,所以,UBC21和TIP41是最稳定的组合。NormFinder的分析结果显示稳定性排序为TIP41ACTTub-aUBC30UBC21CyP,TIP41为最优内参基因,与geNorm分析结果一致,BestKeeper分析结果同geNorm和NormFinder的结果一致。通过RefFinder软件综合分析得出TIP41和UBC21为芜菁不同组织基因表达分析比较理想的内参基因,本研究首次评价了芜菁内参基因的稳定性,为该物种基因表达分析提供了参考。     

金银花花器官实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选金银花花器官基因表达分析的适宜内参基因,试验以金银花花器官6个时期为材料,选取金银花的9个候选内参基因Lonja.ACT11,Lonja.ACT2/7,Lonja.G6PD,Lonja.GAPDH,Lonja.MTP,Lonja.TUA,Lonja.UBQ10,Lonja.EF1A,Lonja.UBC,利用q RT-PCR技术及Ge Norm,Norm Finder软件对它们的表达稳定性进行分析评价。结果表明,Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD在金银花花器官生长的不同时期表达水平较稳定,运用q RT-PCR研究金银花花器官基因表达时可选用Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD组合作为内参基因。     

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13aRPL19GAPDHACTBSDHAHPRT1,其中RPL13和RPL13a的M值均最小(0.62);NormFinder分析显示,7个候选内参基因的M值依次为RPL13RPL13aRPL19GAPDHACTBSDHAHPRT1,其中RPL13的M值最小(0.30);BestKeeper分析显示,7个候选内参基因的标准差(S.D.)依次为RPL13RPL19GAPDHHPRT1RPL13aSDHAACTB,变异系数(CV)值依次为RPL13RPL19HPRT1GAPDHSDHARPL13aACTB,其中RPL13的标准差(0.84)和变异系数(4.54%)均最小;7个候选内参基因在尖裸鲤不同组织中的表达量存在差异。研究表明,7个内参基因中RPL13的表达较为稳定,可作为尖裸鲤实时荧光定量PCR分析的适宜内参基因,本研究结果可为尖裸鲤遗传学及分子生物学等研究提供基础数据。     

枸杞实时荧光定量RT-qPCR内参基因筛选与验证

以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS₁～FS₅)的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法,评估候选内参基因的表达稳定性,并选择Beat基因验证内参基因。结果表明,Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因,Gapdh为表达最不稳定的内参基因;在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证,表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。     

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13a相似文献   

鲜切马铃薯实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

[目的]选择鲜切马铃薯实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析中合适的内参基因。[方法]以受到高温、光照等胁迫的鲜切马铃薯为材料,应用qRT-PCR技术,分析18S rRNA、GAPDH、Actin和EF1a 4个常用内参基因的表达情况。[结果]经GeNorm软件分析发现,当利用qRT-PCR分析比较鲜切马铃薯中的基因表达差异时,可选择Actin作为校正内参基因。[结论]该研究为进一步开展鲜切马铃薯分子生物学研究奠定了方法学基础。     

竹林金针虫实时荧光定量PCR内参基因的筛选与应用

  目的   筛选平沙绿僵菌Metarhizium pingshaense侵染条件下筛胸梳爪叩甲Melanotus cribricollis幼虫稳定表达的内参基因,为该竹林金针虫相关基因的表达研究奠定基础。   方法   基于筛胸梳爪叩甲幼虫的转录组数据,利用实时荧光定量PCR扩增特异性引物,分析相关性和扩增效率;利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件评估筛选出6个候选内参基因(β-actin、GAPDH、α-tubulin、RPL13α、RPS3、RPS27a),并验证其表达稳定性。   结果   GeNorm分析结果显示:PRS27a和RPS3的表达最稳定,随后依次是α-tubulin、RPL13α、β-actin和GAPDH;最适合的内参基因数目为2。NormFinder分析结果显示:RPL13α的表达最稳定,随后依次是α-tubulin、RPS3、RPS27a、β-actin和GAPDH。BestKeeper分析结果显示:β-actin和GAPDH的P＞0.5,不适合作为本试验条件下的内参基因。不同软件分析得出的候选内参排序存在一定差异。综合分析和表达稳定性验证表明PRS27a或RPS3是最佳内参基因,6个目的基因的表达水平变化趋势均基本一致。   结论   PRS27a和RPS3是研究平沙绿僵菌侵染的竹林金针虫相关基因表达的最佳内参基因。图3表3参27     

杜鹃红山茶实时定量PCR 内参基因筛选及验证

【目的】实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）以高灵敏度和特异性等优点,成为基因表达分析的主要工具,而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提。筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因,为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因。【方法】选择转录延伸因子编码基因（EF1α）、α-tubulin（TUA）、β-tubulin（TUB）、Ubiquitin（UBQ）、肌动蛋白（Actin）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH）6个看家基因,使用2种不同的计算程序GeNorm和NormFinder评估了6个基因表达的稳定性。进一步通过CaGASA3基因的表达模式验证了所选内参基因的适用性。【结果】在不同器官中通过GeNorm和NormFinder筛选出稳定性最好的基因,排名前2位的均为TUA和GAPDH,GAPDH基因在两种计算程序评估中稳定性均最佳。而在不同时期花瓣中,通过2种程序得出排名前2位的内参基因均为TUB和UBQ;UBQ基因在GeNorm程序评估中稳定性最好,TUB基因在NormFinder程序的评估中稳定性最佳。【结论】杜鹃红山茶不同器官中最佳内参基因为TUA和GAPDH,不同时期花瓣中最适内参基因为TUB和UBQ。     

大花卷丹鳞片室内繁殖研究

研究室内不同基质(蛭石、锯沫、沙子)、不同温度(19℃、23℃、27℃)和不同低温(5℃)时间(0d、15d、30d、45d、60d)对大花卷丹鳞片产生小鳞茎的影响。结果表明,不同基质对大花卷丹鳞片形成小鳞茎的影响为锯末增量率最高,锯末和沙子鳞片增量率差异显著;沙子鳞片腐烂率高,鳞茎直径大;蛭石繁殖率高,根数多,芽短。不同温度对大花卷丹鳞片产生小鳞茎的影响是19℃鳞片增量率、繁殖率和鳞茎直径较大,芽短;23℃根数多;27℃鳞片腐烂率最高。不同低温时间对大花卷丹鳞片产生小鳞茎的影响是5℃0d根数和繁殖率高,5℃0d与15d、45d及30d与45d根数差异显著,0d和30d根数差异极显著;5℃15d芽最短,5℃0d和15d、30d、45d芽长差异极显著;45d鳞茎直径、鳞片增量率和腐烂率最高,5℃45d和60d鳞片增量率差异显著;60d鳞片腐烂率最高,与30d差异显著。综合来看,大花卷丹鳞片不需5℃处理,蛭石包埋19℃产生小鳞茎效果好。     

杏鲍菇采后木质化相关基因实时定量PCR中内参基因的选择

【目的】筛选出合适的内参基因,为分析不同贮藏时期杏鲍菇(Pleurotus eryngii)子实体中木质化相关基因的表达提供支持。【方法】以4℃低温贮藏0,3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体为材料,采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)技术,分析了β-actin、18SrRNA、β-tubulin、ELF和GAPDH 5个候选内参基因在不同贮藏时期杏鲍菇的表达情况;通过GeNorm和NormFinder 2种软件筛选出最稳定的内参基因;选取最佳内参基因,采用相对表达定量法对木质素合成途径中的关键酶,即苯丙氨酸转氨酶(Phenylalanina ammonia-lyse,PAL)基因的表达进行定量分析。【结果】5个内参基因均能特异扩增,其中GAPDH基因表达丰度较低,不适合用作内参基因;经GeNorm软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA表达稳定度平均值M分别为0.527,0.527,0.584,0.875,最适内参基因组合为β-actin、β-tubulin和ELF;由NormFinder软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA稳定值S分别为0.221,0.356,0.583,1.092,β-actin稳定性最高;综合分析认为β-actin的表达稳定性最高,为最佳内参基因;以β-actin为内参基因,发现4℃低温贮藏3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体中PAL基因表达量分别比新鲜样品(0d)增加了11.3%,10.8%,11.3%,11.5%,11.4%,10.7%。【结论】β-actin可作为杏鲍菇子实体采后贮藏条件下品质变化相关基因表达研究的内参基因。     

兰州百合和有斑百合的核型研究

【目的】研究兰州百合及有斑百合的染色体核型。【方法】利用染色体常规压片的方法,对兰州百合和有斑百合的染色体数目及核型进行了研究和分析。【结果】兰州百合的核型公式为2n=2x=24=2m+2sm+6st+14t,相对长度为6.35%～12.07%,核型不对称系数为83.25%,染色体相对差异较大。有斑百合的核型公式为2n=2x=24=4m+12st+8t,相对长度为6.11%～12.90%,核型不对称系数为80.11%。【结论】兰州百合的核型类型属于3A型,有斑百合的核型类型为3B型,以有斑百合核型的进化较高,可见不同居群的百合间核型存在差异。     

桉属植物内参基因的筛选及评估

【目的】分析桉属植物候选内参基因的表达稳定性,筛选合适的内参基因,为深入研究桉属植物愈伤组织芽分化及体细胞胚胎发生过程中基因的表达变化提供参考。【方法】以尾巨桉、粗皮桉、尾叶桉的叶片及尾叶桉的绿色、红色和白色3种愈伤组织为材料,提取其总RNA后逆转录得cDNA;分别将桉属植物actin基因和拟南芥actin基因的GenBank序列输入Primer3Plus软件,设计Real-time quantitative PCR(qPCR)引物,同时选择RTEF和RARS为候选内参基因;以cDNA为模板进行qPCR,得4个候选内参基因的Ct值;并用RefFinder软件分析候选内参基因的表达稳定性。【结果】RefFinder软件分析结果显示,4个候选内参基因RTEF、RARS、EACT、AACT的稳定系数分别为1.189,1.861,2.828和3.224,基因表达稳定性由高到低依次为RTEF、RARS、EACT、AACT。【结论】以RTEF为内参基因分析桉属植物的基因表达变化较为理想。     

复合探针实时荧光PCR技术快速检测海产品中 副溶血性弧菌方法的建立

副溶血性弧菌是一种食源性致病菌,海产品和其制品海鲜酱油等最容易被副溶血性弧菌污染,而副溶血性弧菌寄生于鲜虾、海鲜酱油等复杂的食品基质中有时却很难被检测出。以快速检测食品中的副溶血性弧菌为目的,针对副溶血性弧菌的tlh基因,设计引物和复合探针,采用实时荧光PCR方法检测鲜虾和海鲜酱油中的副溶血性弧菌,得出以下结论,该方法检测副溶血性弧菌具有较强的特异性和灵敏度,当鲜虾(固体)中的样品菌含量为10~3cfu·g~(-1)或海鲜酱油中的样品菌含量为10~3cfu·m L~(-1)时,无需增菌培养,即可快速检出。增菌6~8 h即可检出鲜虾(固体)或海鲜酱油(液体)的1cfu的副溶血性弧菌。     

重庆卷丹病毒检测与脱毒方法研究

为建立一种卷丹(Lilium lancifolium Thunb.)的脱毒快繁技术。以重庆南川种植的卷丹为材料,通过RT-PCR检测表明,其主要含百合斑驳病毒(Lily mottle virus, LMoV)和百合无症病毒(Lily symptomless virus, LSV)。采用38℃和4℃高低温交替处理卷丹珠芽,通过连续2次直剥1.0～1.5 mm的茎尖接种到10 mg/L病毒唑培养基中培养,检测脱毒效果。结果表明,该方法能有效脱除LMoV和LSV病毒,脱毒率分别为86%和88%,茎尖成苗率均为90%。利用无毒幼苗外层鳞片在培养基(MS+1.5 mg/L 6-BA+0.2 mg/LNAA+30 g/L蔗糖)中进行组培效果最佳,芽诱导系数达6.35;不定芽在培养基(MS+2.5 mg/L6-BA+0.3 mg/L NAA+30 g/L蔗糖)中增值最显著,增殖系数为3.39;鳞片在添加50 g/L蔗糖的继代培养基中生根效果最优,生根率为98.72%。可获取大量脱毒幼苗,方法简便,可操作性强,为重庆卷丹产业发展提供技术支持。     

实时定量PCR法快速检测水产品中的副溶血性弧菌

副溶血性弧菌是一种广泛存在于水产品中的食源性致病菌,可污染食物,引起严重的食物中毒。利用实时定量PCR方法建立一种快速检测水产品中副溶血性弧菌的方法,根据随机扩增多态性分析(RAPD)鉴定特异性片段,设计特异性引物。采用建立的实时定量PCR方法检测市售水产品20份,检出阳性食品6份,最小检测灵敏度为50 fg DNA,与传统微生物检测结果相比无显著差异。该检测方法特异性强,灵敏度高。     

有斑百合花色素的稳定性研究

对有斑百合花色素的稳定性进行研究,为开发天然色素提供试验依据.在常温下用90%乙醇-0.1 mol/L HCl溶液浸提有斑百合花瓣,过滤、定容得到色素原液,然后对该色素液在酸碱性、热、光、食品添加剂、金属离子及氧化剂、还原剂等作用下的稳定性进行了测定和分析.结果表明,有斑百合花色素为水溶性、醇溶性色素,其耐热性、耐光性和耐氧化性都很差,有一定耐还原能力,对食品添加剂如蔗糖、有机酸等适应能力较强;强碱性环境以及部分金属离子(Cu2+、Mn2+)对色素稳定性的影响较大,多数金属离子如Na+、K+、Al3+、Mg2+、Ca2+对该色素无明显影响.表明该色素在食品、化妆品等工业方面具有很大的开发应用前景.     

响应面法优化商洛百合多糖的提取工艺研究

采用响应面法优化商洛百合多糖的工艺条件。以百合多糖提取率为考察指标,选择提取温度、液料比、提取时间三个因素,经过响应曲面法进行优化,得到最佳提取工艺条件。试验结果：提取时间为3 h,液料比20∶1 mL/g,提取温度60℃,百合多糖的提取率最高可达26.131%,与预测值无显著差异。     

土壤镉对龙牙百合生长过程中生理生化特性的影响

为探究土壤不同含量Cd对龙牙百合生长及其生理生化指标的影响,设置对照（无Cd）、低（0.86 mg·kg^-1）、中（2.16 mg·kg^-1）、高（4.76 mg·kg^-1）Cd含量的盆栽实验进行研究。结果表明：随着土壤Cd含量的增加,龙牙百合植株的生长量和叶片中叶绿素含量呈上升趋势;龙牙百合各部位Cd含量分布为下盘根>叶>地上茎>地下茎>上盘根>鳞茎,各处理下鳞茎Cd含量最低,最安全。在中浓度Cd处理下,百合下盘根的富集能力大于上盘根。土壤Cd浓度增加显著提高了龙牙百合鳞茎向地下茎的转移系数（P<0.05）。百合叶、地上茎、鳞茎和下盘根的丙二醛含量在高浓度Cd处理下分别显著提高了11.72%、11.31%、133.72%和79.37%（P<0.05）,而超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性整体随Cd含量升高呈先上升后下降趋势。研究表明,龙牙百合有较强的耐Cd能力。