薰衣草ISSR-PCR反应体系的正交优化

本研究以19份薰衣草品种为材料,采用正交设计对ISSR-PCR反应中的5个影响因素:DNA浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、d NTP浓度,进行5个水平的优化试验,并在48℃~59℃范围内摸索退火温度。研究结果建立了稳定的、可重复的薰衣草ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数。在20μL的反应体系中,DNA模板浓度为2.50 ng/μL,Mg2+浓度为2.00 mmol/L,d NTP浓度为0.20 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Taq DNA聚合酶为0.75 U,退火温度为52℃。该体系可为开展薰衣草种质资源的遗传多样性分析评价奠定基础。     

酥瓜(Cucumis melo var. conomon Group)ISSR-PCR反应体系建立与优化

利用正交设计L_(16)(4~5),对酥瓜ISSR-PCR反应体系的5个影响因素(引物,d NTPs,Taq DNA聚合酶,Mg2+和模板DNA)在4个水平上进行优化试验,并在36℃~56℃范围内摸索退火温度,建立适合酥瓜ISSR-PCR反应体系,结果表明,在20μL反应体系中,含有引物0.2μmol/L、d NTPs 0.3 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板70 ng、10×Buffer 2.0μL为最佳反应体系,ISSR-PCR扩增程序中最佳退火温度为52.5℃。该体系为酥瓜种质资源的遗传多样性分析评价提供了帮助。     

均匀设计优化棉花ISSR-PCR反应体系

为探索适宜棉花的ISSR-PCR反应体系,采用两轮均匀设计试验,对ISSR-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs、模板DNA、引物、Taq DNA聚合酶的浓度或用量进行优化。结果表明,棉花20μL的ISSR反应体系的最佳组分包括2μL 10×PCR Buffer、0.5 U Taq DNA聚合酶、40 ng模板DNA、0.25 mmol.L-1 dNTPs、0.5μmol.L-1引物和2.0 mmol.L-1 Mg2+。利用8个棉花品种和三条不同引物验证该反应体系,结果表明,该反应体系的稳定性和重复性较好。     

食用向日葵SSR-PCR反应体系的优化

为建立食用向日葵分子标记反应体系,以食用向日葵四叶期叶片为DNA模板提取材料,采用单因素试验和正交试验设计,对SSR-PCR反应体系中的6因素(10×PCR Buffer、Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板)在5水平上进行正交优化试验,并比较了不同浓度Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA对扩增效果的影响,结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响为Mg2+Taq DNA聚合酶(引物)DNA模板10×PCR Bufferd NTPs。最终建立食用向日葵SSR-PCR最佳反应体系为:在总体系为20μL的SSR-PCR反应体系中包括10×PCR Buffer 0.2mmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、d NTPs 1.8 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.2 U、DNA 50 ng、引物1.5 mmol/L。     

催吐萝芙木SRAP反应体系的优化及引物筛选

本研究以催吐萝芙木为材料,利用正交试验设计对影响SRAP-PCR反应的不同浓度模板DNA、Taq DNA聚合酶、引物和d NTP进行优化,建立催吐萝芙木的SRAP-PCR最佳反应体系。20μL反应体系包括:10×Taq Plus Buffer(含1.5 mmol/L Mg2+)2μL,d NTP 0.2 mmo1/L,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 40 ng、正/反引物各1.2μmo1/L。在此条件下,对能够在催吐萝芙木、四叶萝芙、蛇根木、苏门答腊萝芙木、云南萝芙木中扩增的引物进行了筛选,获得30对具有通用性扩增的引物,为后续通过SRAP探讨其遗传多样性和亲缘关系方面的研究提供参考。     

月季ISSR-PCR体系的建立

通过研究月季杂交品系的遗传多样性,解决其在月季品种中的分类问题.本试验利用正交设计,从Mg2+、dNTPs、引物、Taq聚合酶和模板DNA 5种因素和4个浓度水平来优化月季杂交品系ISSR-PCR反应体系,其建立的最佳反应体系为:在25μL反应体系中分别加入Mg2+ 2.0 mmol/L、dNTPs 2.0 mmol/L、引物10μ mol/L、Taq酶0.4 U、模板DNA 20 ng/25μL,并含2.5μL的10×PCR Buffer(Mg2+ free)加dd H2O至25μL.此ISSR-PCR反应优化体系为进一步利用ISSR分子标记技术进行月季遗传多样性分析奠定了良好的技术条件和试验基础.     

山羽藓ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

本研究采用L16(45)正交试验设计法对山羽藓ISSR-PCR反应进行优化试验。研究结果表明,山羽藓ISSR-PCR最佳反应体系(25μL)为:Taq DNA聚合酶0.8 U,Mg2+1.5 mmol/L,d NTPs 0.4 mmol/L,引物0.6μmol/L和模板DNA 40 ng,对该反应体系的影响顺序为:Taq DNA聚合酶引物d NTPs模板DNAMg2+。同时筛选出12条适合山羽藓的ISSR引物,并确定了每条引物的最适退火温度。所建立的体系稳定可靠,条带清晰且多态性丰富,可为后续开展山羽藓种植资源、遗传多样性及分子亲缘地理学研究奠定基础。     

战骨ISSR-PCR反应条件的筛选与优化

采用正交和单因素试验设计方法,研究Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA、退火温度及循环次数对ISSR-PCR扩增效果的影响,建立并优化战骨ISSR-PCR反应体系和程序,即25μl的体系中合Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.8μmol/L,模板DNA 50 ng,10×Buffer 2.5μl.退火温度、循环次数分别为52℃、45次.结论:结合正交和单因素试验可快速建立ISSR-PCR反应体系.该体系稳定、可靠,可用于战骨遗传多样性分析.     

旱半夏ISSR-PCR反应体系的优化

为了建立和完善旱半夏的ISSR-PCR反应体系,本研究以四川地区野生旱半夏为试验材料。以旱半夏整株的基因组DNA为模板,初筛的UBC818号引物用于ISSR-PCR体系,采用正交实验L₁₆(4⁵)并结合单因素实验方法对体系进行优化。通过正交试验结果直观评分可知各因素对该实验结果的影响强度从高到低依次为:d NTPs,引物,Mg²⁺,Taq DNA聚合酶,DNA模板;单因素实验结果表明,最优的20μL反应体系为:d NTPs 0.2 mmol/L,引物0.8μmol/L,Mg²⁺2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.075 U/μL,DNA模板15 ng,退火温度为56℃。本研究通过优化ISSR-PCR反应体系,此体系将应用于半夏组培苗遗传稳定性的检测。     

油松cDNA SRAP-PCR反应体系的建立与优化

为了建立油松cDNA SRAP-PCR反应体系,利用正交设计L16(45)对PCR反应体系的Taq酶、模板cDNA、引物、Mg~(2+)、d NTP这五个因素在四个水平上进行优化。使用SPSS软件对PCR结果结合方差分析和直观分析。结果表明:不同因素水平的变化对SRAP-PCR反应的影响大小依次为d NTP模板c DNATaq酶引物Mg~(2+)。筛选各因素最佳水平,油松c DNA SRAP-PCR最佳反应体系(20μL):Taq酶2 U,c DNA模板用量80~120 ng,引物浓度0.4μmol/L,Mg2+浓度1.5 mmol/L,d NTP浓度0.2 mmol/L。这一优化体系的建立有助于今后利用cDNA-SRAP技术对油松进行基因表达差异的分析。     

长柄石杉ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

长柄石杉ISSR反应体系的建立能为利用ISSR标记技术进行长柄石杉品种鉴别、分类、种质资源遗传多样性分析奠定良好基础。利用正交试验设计的方法,从dNTP浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度和Mg2+浓度4种因素,对长柄石杉ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度进行梯度检测。结果表明,20 μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为1×PCR buffer、300 μmol/L dNTP、0.2 μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg2+、1.75 U Taq DNA聚合酶、40 ng模板DNA。该优化体系的建立为下一步进行长柄石杉ISSR分子标记奠定了基础。     

均匀设计优化新疆主要葡萄品种ISSR-PCR反应体系

为了建立适用于新疆主要葡萄品种的ISSR-PCR反应体系,本研究以新疆不同葡萄品种DNA为模板,采用均匀设计法,对影响ISSR-PCR体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶等进行了U20(54)和U12(34)两轮优化,并在此基础上对退火温度及循环数进行了摸索.结果表明:在一定的浓度范围之内,Mg2+、...     

文冠果ISSR反应体系的建立及优化

为了建立文冠果ISSR-PCR最佳反应体系,从而为文冠果遗传多样性研究提供理论依据,从定西巉口林场文冠果人工林内选取健康嫩叶为试验材料,通过单因子试验研究了影响ISSR-PCR反应各因素的浓度,分析因子包括模板DNA用量、退火温度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度及TaqDNA聚合酶用量等。通过研究,找出了各因子合适的条件,建立并优化了文冠果ISSR反应体系,即20μL总反应体系含模板DNA约30 ng,Mg²⁺2.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,dNTP 0.20 mmol/L,Taq聚合酶1 U。试验结果表明,在此反应体系下可得到多样性好、条带清晰的图谱。     

枇杷ISSR扩增反应体系的优化

采用正交设计对影响枇杷ISSR-PCR的模板DNA、dNTPs、Primer、Taq酶及Buffer(含Mg2+)进行优化。试验结果表明:20μL反应体系中,含模板DNA5ng、dNTPs0.25mmol/L、Primer0.25μmol/L、Taq酶0.5U和10×Buffer(含Mg2+)3μL。此外,从95条ISSR引物中筛选出11条具有丰富的多态性位点的引物,同时优化各引物退火温度。     

壳菜果ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立一个稳定、可重复的壳菜果ISSR-PCR反应体系,以壳菜果的总DNA为实验材料,通过单因素实验、正交试验和方差分析对模板DNA浓度、dNTPs浓度、镁离子浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度5因素进行研究,确定了壳菜果ISSR-PCR反应的最优体系为：在20 μL的反应体系中模板DNA为30 ng,dNTPs浓度为0.20 mmol/L,Mg2+浓度为2.75 mmol/L,引物浓度为0.6 μmol/L,TaqDNA聚合酶为2.2 U。方差分析表明：5个因素中只有Mg2+浓度对反应体系影响最大,达到了显著性水平。     

正交设计优化扁蓿豆ISSR反应体系的研究(英文)

以扁蓿豆(Medicago ruthenica)为试材,采用改良的CTAB法提取DNA,利用正交设计L16(45)探讨10×PCRBuffer(含Mg2+)、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对扁蓿豆ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了扁蓿豆的ISSR-PCR优化反应体系,在25μL反应体系中,TaqDNA聚合酶1.5U,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.0 mmol/L,模板DNA0.5 ng/μL,dNTPs 0.6 mmol/L,引物0.9μmol/L。同时探讨引物HZD09211的最适退火温度为52.3℃。2个不同引物对20份扁蓿豆材料DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示该体系具有较高的稳定性。     

西番莲科龙珠果ISSR-PCR体系的建立和优化

为了获得适于龙珠果ISSR-PCR的反应体系,本研究以龙珠果叶片为试验材料,提取基因组DNA,采用L16(45)正交设计试验,对影响龙珠果ISSR-PCR扩增结果的Mg²⁺浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和模板DNA量进行优化,并筛选了最适退火温度。试验结果分析表明,各因素影响显著性为dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶用量>Mg²⁺浓度>模板DNA量>引物浓度。在20μL反应体系中,dNTPs浓度0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg²⁺浓度2.0 mmol/L、模板DNA 25 ng、引物浓度0.4μmol/L为最佳用量。实验从100条UBC引物中筛选得到22条多态性较好的引物。本研究为龙珠果ISSR标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供科学依据。     

大蒜ISSR-PCR反应体系的正交优化建立

为探寻出更适宜大蒜的ISSR反应体系,以‘弥渡紫皮’大蒜为试材,对ISSR-PCR反应体系中的5个主要因素（dNTPs、Taq酶、Mg2+、引物浓度、模板DNA）在4个不同水平上进行正交设计L16(45)优化。结果表明,含10×PCR Buffer 2.5 μL、2.5 mmol Mg2+、0.15 mmol dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、0.4 μmol引物、20 ng/μL模扳DNA的25 μL反应体系为大蒜的最佳反应体系。利用新建立的反应体系对20个不同大蒜品种进行扩增,具有极好的稳定性和重复性。     

龙眼SRAP反应体系的建立和优化

采用分步优化的方法对影响龙眼SRAP-PCR反应的模板DNA用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TagDNA聚合酶用量等进行了研究。确立了适合龙眼SRAP分析的反应体系,即体系总体积25μl,包含1×PCR Buffer ,Mg2+ 2.0mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.3μmol/L,模板DNA 10ng, TaqDNA聚合酶1.5 U。结果表明,该体系能很好地满足龙眼基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于龙眼遗传研究是可行的。     

新疆野生欧洲李ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立适合新疆野生欧洲李的ISSR-PCR反应体系,本研究以野生欧洲李为供试材料,采用L₁₆(4⁵)正交试验设计和单因素试验设计相结合的方法,对影响野生欧洲李ISSR-PCR反应体系的5个因素(DNA模板,Taq酶,dNTPs,引物,Mg²⁺)进行筛选与优化,对16条引物的退火温度进行筛选。结果表明,Taq酶对PCR扩增反应的影响最大,野生欧洲李ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积20μL,5 U Taq酶0.10μL,10 mmol/L引物1.00μL,2.5 mmol/L dNTPs 1.50μL,10×Buffer(含Mg²⁺)2.00μL,50 ng/μL DNA模板1.00μL,双蒸水14.40μL。建立的ISSR-PCR反应体系经过22份野生欧洲李样品验证,表明反应体系稳定可靠,可用于后续遗传多样性研究,为野生欧洲李种质资源的保护和利用提供理论参考。