环介导等温扩增技术的研究进展

环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术是利用2对特殊设计的引物和一种具有链置换活性的DNA聚合酶,在恒温条件下特异、高效地扩增DNA的新技术,扩增产物为一系列反向重复的靶序列构成的茎环结构和多环花椰菜样结构的DNA片段混合物,电泳图谱呈阶梯式带状分布,反应伴有白色的副产物焦磷酸镁沉淀产生,可通过肉眼定性判断反应结果.LAMP技术已在核酸的科学研究、疾病诊断和动物胚胎性别的鉴定等领域得到了广泛的应用.从LAMP技术的原理、引物组成及反应过程、技术特点、方法延伸和应用等方面对其进行了概述,以期为同类研究提供参考.     

环介导等温扩增技术检测沙门氏菌反应体系的优化

[目的]建立快速检测沙门氏菌的环介导等温扩增（LAMP）技术。[方法]以沙门氏菌的特异性基因（invA）序列为靶序列设计引物,并对该序列进行等温扩增;对Mg2＋浓度、反应温度和反应时间扩增条件进行优化,并对沙门氏菌进行检测和鉴定。[结果]在Mg2＋浓度为2.0mmol/L时,62℃反应40min,扩增可达最佳效果,LAMP法检测的灵敏度为7.8cfu/ml。[结论]建立了快速检测沙门氏菌的LAMP技术,该方法灵敏度高、耗时短、方法简便,便于在基层推广,为检测食源性致病菌构建了一个技术平台。     

环介导等温扩增技术的改良及其在检测中的应用进展

环介导等温扩增(LAMP)技术是一种具有特异性强、灵敏度高、快速简便、扩增高效等优点的等温核酸扩增方法。近年来,该技术在许多方面得到了进一步的改进和发展,主要体现在多重LAMP技术的实现以及LAMP技术与其他技术的联合应用方面。对LAMP技术在细菌检测、病毒检测、寄生虫检测、真菌和支原体检测、动物胚胎性别鉴定、转基因食品检测以及肿瘤基因检测中的应用进展进行了综述,并对LAMP技术的应用前景进行了展望,为今后LAMP技术的发展及应用提供参考。     

环介导等温扩增方法在生物检测方面的研究进展

综述了环介导等温扩增(LAMP)技术的原理、引物设计、方法创新、应用、技术特点等,并指出了LAMP技术的优点及可能存在的问题。     

减蛋综合征病毒环介导等温扩增检测方法的建立

根据GenBank登录的减蛋综合征病毒(EDSV)六邻体基因的保守区,设计了3对环介导等温基因扩增(LAMP)引物,优化反应体系,并对其灵敏性、特异性进行验证.结果表明:LAMP优化后的反应体系为外引物浓度0.1μm01·L-1,内引物浓度0.8 μmol·L-1,环引物浓度0.4μmol·L-1,Mg2+浓度8.0 ...     

菜豆晕疫病菌环介导等温核酸扩增检测方法的建立

为了建立菜豆晕疫病菌的环介导等温扩增方法,本试验利用菜豆晕疫病菌arg K特异性序列设计环介导等温核酸扩增(LAMP)引物,进行反应条件和反应体系的优化,并进行特异性和灵敏度验证。特异性检测结果显示,5株菜豆晕疫病菌的LAMP产物呈阳性结果,而参试的其他病原菌不产生扩增反应。LAMP检测基因组DNA和菌悬液时,其灵敏度分别达到0.632×10-4ng/μl和7.3×102CFU/ml,该方法比常规PCR灵敏度高100倍。表明本研究所建立的LAMP检测方法简便、快速、准确、灵敏,可有效应用于口岸菜豆晕疫病菌的检测。     

淋巴囊肿病毒环介导等温扩增检测方法的建立与应用

根据淋巴囊肿病毒的主要衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因保守序列,利用Primer Explorer 3软件设计了5条引物,对LAMP反应温度和反应时间等参数进行了优化.与流行性造血器官坏死病毒、虎纹蛙病毒、蛙虹彩病毒、新加坡石斑虹彩病毒、鳜传染性脾肾坏死病毒、真鲷虹彩病毒等其它虹彩病毒及对虾白斑综合症病毒都没有交叉反应.将LAMP检测方法与常规PCR进行灵敏度的比较分析,结果显示LAMP的检测灵敏度约为15fg,比常规PCR灵敏度高一个数量级.该方法检测时间短,在1 h内即可完成检测.用建立的LAMP方法对临床鱼样进行了检测,结果表明12尾外观有淋巴囊肿病症状的牙鲆样品中都含有淋巴囊肿病毒,而10尾外观正常牙鲆鱼苗则没有检测到淋巴囊肿病毒(与预期结果一致),说明LAMP方法比较适合淋巴囊肿病毒的早期及现场诊断.     

牙鲆弹状病毒环介导等温扩增检测方法的建立与应用

建立了牙鲆弹状病毒的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,首先根据牙鲆弹状病毒的糖蛋白的基因保守序列,利用Primer Explorer V3软件设计了6条引物,并对LAMP反应温度和反应时间等条件进行了优化。该方法的检测限为30fgRNA,比常规RT-PCR灵敏度高100倍,与鲤春血症病毒、传染性胰脏坏死病毒、传染性造血器官坏死病毒、海洋双RNA病毒、病毒性出血败血症病毒以及病毒性神经坏死病毒等没有交叉反应。该方法检测时间短,在1h内即可完成检测。用建立的LAMP方法对临床鱼样进行了检测,结果表明40尾石鲽鱼样品中有3尾感染HRV,与病毒分离结果一致,说明LAMP方法比较适合牙鲆弹状病毒的早期及现场诊断。     

环介导等温扩增技术在畜禽病原 微生物检测中的应用及进展

畜禽食品安全一直是全世界公共健康的关注焦点。环介导等温扩增(LAMP)是在等温条件下对目标DNA序列进行扩增的一种技术,在微生物检测方面,与常规技术相比,具有方法简单、特异性强、便于观察结果、不需要精密仪器等优势。该文主要对LAMP在畜禽微生物检测上的应用及进展进行综述,并对其优缺点进行分析。     

环介导等温扩增法（LAMP）检测最短尾短体线虫

为了快速、简便、准确地检测重要植物病原线虫—最短尾短体线虫（ Pratylenchus brachyurus ）,依据GenBank中短体线虫的线粒体DNA细胞色素氧化酶I（mtDNA COI）序列,设计了扩增最短尾短体线虫的环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）引物,并对LAMP反应条件进行优化,成功建立了一种可特异、快速检测最短尾短体线虫的LAMP体系。该体系在64℃下反应60 min,扩增效率最高。用琼脂糖凝胶电泳、酶切分析和SYBR Green I染色均能特异检测到最短尾短体线虫的扩增产物。所建立的LAMP体系能从供试的9种短体线虫和另外10种植物线虫中特异检测出最短尾短体线虫,其灵敏度可检测到1/200条线虫DNA,是常规PCR的10倍。表明本研究建立的最短尾短体线虫的LAMP检测体系,可用于最短尾短体线虫的快速检测。     

Rapid detection of potato late blight using a loop-mediated isothermal amplification assay

Potato late blight caused by Phytophthora infestans is one of the most destructive plant diseases that threaten global food security. Early and effective diagnosis of P. infestans is required before disease management decisions are made. Here, we developed a quick protocol to detect P. infestans based on a loop-mediated isothermal amplification(LAMP) assay. The P. infestans specific multiple copy DNA sequences(PiSMC), a transposon-like element, provides an ideal target for molecular detection of this pathogen. We designed highly specific and sensitive primers allowing effective LAMP detection of the pathogen at 64℃ in 70 min. In the validation assay, all 15 P. infestans isolates collected from China, Europe and South America could be positively detected, but results of the other 9 Phytophthora species infecting different plants, fungal and bacterial plant pathogens tested were negative. The detection limit of this assay is 1 pg P. infestans DNA. Moreover, the LAMP-PiSMC assay is able to detect P. infestans from infected leaves, tubers and soil. Taken together, this study reports the development of a specific and sensitive LAMP-PiSMC assay for early diagnosis of potato late blight.     

利用LAMP法快速检测致病性哈维氏弧菌

从浙江宁波的发病鲈鱼(Lateolabrax japonicus)分离到1株致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi) LY-1。从该菌的DNA样本中成功扩增出大小为873 bp的ToxR基因片段。DNA序列分析表明:该序列与已登录哈维氏弧菌(Vibrio harveyi) ToxR基因同源性为96.57%,与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)、鳗弧菌(V.anguilarum)、创伤弧菌(V.vulnificus)、费氏弧菌(V.fisheri)、溶藻胶弧菌(V.alginolyticus)、霍利斯弧菌(V.hollisae)、拟态弧菌(V.mimicus)、河弧菌(V.fluvialis)的ToxR基因相似性为27.62%~72.49%。选择哈维氏弧菌ToxR基因种内保守区段,设计1套环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术的特异引物,对扩增条件进行优化实验,在65℃孵育45 min的条件下即可完成哈维氏弧菌特异性扩增,成功建立了海水致病菌-哈维氏弧菌的LAMP快速检测方法。结果分析表明:该方法对哈维氏弧菌DNA的最小检出量为1 fg,比PCR法灵敏度高3个数量级。利用LAMP方法快速检测哈维氏弧菌,目前在国内外还未见报道。     

转基因玉米NK603品系成分LAMP快速PCR检测方法的建立

根据转基因玉米品系NK603外源插入片段与玉米基因组序列设计品系特异性引物,建立转基因玉米品系NK603的品系特异性环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对此方法进行灵敏度、特异性测试。试验表明该方法能够快速检测出转基因玉米NK603品系成分,检测灵敏度为0.1%,并具有较高的特异性和较好的稳定性。     

家蚕核型多角体病毒LAMP可视化检测技术的建立

[目的]建立针对家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的环介导等温扩增(LAMP)可视化检测技术,为生产现场进行家蚕血液型脓病早期诊断提供技术支持.[方法]以BmNPV多角体蛋白基因po如为扩增靶标,分别设计5组内/外引物和5条环引物,根据扩增效率筛选最佳引物组合;优化LAMP反应条件,并进行LAMP检测的特异性、敏感性及临床样本检测试验;使用羟基萘酚蓝(HNB)染色对结果进行比色观察,对简化样品处理的条件进行摸索.[结果]使用环引物后LAMP对BmNPV基因组DNA的最低检测浓度为7fg/μL,检测灵敏度得到有效提高,且反应时间缩短.建立的LAMP检测方法对靶标DNA扩增具有特异性,对样本的检出率高于常规PCR,其最低检测限是常规PCR的100倍.在反应前加入HNB,结果易判断且能减少交叉污染.感染家蚕血淋巴进行100℃煮沸处理后即可直接用于LAMP反应,既简化了操作步骤,又降低了检测成本.[结论]针对BmNPV建立的LAMP可视化检测技术具有灵敏、快捷、可靠的特点,适合用于生产现场的BmNPV感染早期诊断.     

红尾皇冠鱼无乳链球菌病LAMP检测方法的建立与应用

以cfb基因保守序列的6个区域设计4条特异性引物,利用链置换DNA聚合酶( BstDNA polymer：ase)在恒温(65℃)下保温40 min,建立了无乳链球菌 Streptococcus agalactiae 的 LAMP 技术。建立的LAMP方法能够特异性地检测无乳链球菌,检测灵敏度为3·7×101~3·7×102 cfu/mL,反应前加入显色剂钙黄绿素避免二次污染。现场应用中采用FTA卡采集红尾皇冠鱼Aequidens rivulatus病鱼肝脏组织病原菌,操作简便、快捷。研究表明,针对无乳链球菌cfb基因建立的LAMP检测方法具有较高的特异性及稳定性,尤其是具有快速、简便、成本低等优点,可用于无乳链球菌的野外现场快速检测。     

环媒恒温基因扩增技术文献计量分析

摘要：通过环媒恒温的文献量、文献内容、文献作者分布等方面分析国内外环媒恒温基因扩增技术的研究现状及存在问题,揭示并预测环媒恒温基因扩增技术在基因检测中的特点和其研究趋势、发展方向,为环媒恒温科学研究及信息交流提供参考依据。     

H5亚型禽流感病毒RT-LAMP可视化检测技术的建立

【目的】建立一种适用于H5亚型禽流感病毒（AIV）的逆转录环介导等温扩增（RT-LAMP）可视化快速检测技术,为控制疫情扩散、减少经济损失争取了时间。【方法】根据GenBank中H5亚型AIV血凝素（HA）基因序列,设计一套针对HA基因6个区域的4条特异性引物,在反应之前向反应液中加入荧光试剂（Calcein／MnCl2混合液）,然后对反应条件和体系进行优化。【结果】优化的RT-LAMP技术操作简便迅速,常规水浴锅中50min可完成,能特异性地检测出H5亚型AIV,但对其他HA亚型AIV、禽呼吸道病原体无交叉扩增反应,灵敏度是常规RT-PCR的10倍;反应结束后无需打开反应管盖,即可根据反应液的颜色变化对结果进行判定。【结论】建立的H5亚型AIVRT-LAMP可视化检测技术具有简便、快速、特异等特点,可在设备有限的基层兽医站及养殖场对H5亚型AIV进行快速初步诊断。