传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性

为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析.根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式.对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入.S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异.不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异.     

猪流行性腹泻病毒山西分离株ORF3基因序列分析

为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13核苷酸同源性分别为96.6%~97.0%,90.6%,97.6%~98.1%,氨基酸同源性分别为95.1%~96.0%,88.0%,97.1%~98.1%。遗传进化分析结果显示,4株PEDV山西分离毒株与12株2010-2015年我国各地方分离的毒株和2009年分离的CH/JL/09毒株亲缘关系较近;与CV777、LZC、Brl/87和2个疫苗株(CV777truncated和attenuated DR13)亲缘关系较远。     

河南省猪流行性腹泻病毒S和ORF3基因的克隆与序列分析

为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。     

H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞表位预测及初步鉴定

摘　要 　目的 预测H7N7亚型禽流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)B细胞和Th细胞相关抗原表位,并对所获表位的抗原性进行初步鉴定。方法 根据禽流感流行趋势,从GeneBank下载H7N7禽流感病毒HA氨基酸序列,使用生物信息学方法,对所下载序列进行预测与分析,获得H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞相关抗原表位。通过H7亚型禽流感病毒阳性血清,初步验证所选表位抗原性。结果 获得了5个H7N7亚型禽流感病毒候选B细胞和Th细胞表位,经过间接ELISA方法分析,其中HA165~178,HA180~193,HA241~255表序列相对保守,与流行的H7N7亚型禽流感病毒HA相应区域具有较好的一致性,同时具有与H7型禽流感病毒阳性血清抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能。结论 所筛选的表位具有成为H7N7亚型禽流感病毒HAB细胞和Th细胞相关抗原表位的可能,为H7N7亚型禽流感表位疫苗的研究奠定基础。     

产蛋异常蛋鸭H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定

从表现产蛋异常的蛋鸭中分离到1 株病毒, 经血凝抑制试验（HI）和聚合酶链反应（PCR）方法鉴定为H9N2亚型禽流感病毒。在GenBank中,BLAST分析扩增的该病毒3个基因片段表明,该株病毒与96年我国山东鸡H9N2亚型禽流感病毒(A/chicken/Shandong/6/96(H9N2))各相应的基因片段同源性最高,均为99%,所扩增的3个片段均为禽源H9N2亚型禽流感病毒的相应基因片段。对HA基因的遗传进化分析表明,该病毒与参考毒株（A/CK/BJ/94）处于同一进化分支上。     

一株鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

摘要：对从山西省分离到的1株IBV (IBVSX16)的膜蛋白基因片段进行序列测定及分析,结果发现, IBVSX16株膜蛋白基因含有一个长681bp的ORF,编码226个氨基酸残基组成的多肽,与疫苗株H120和我国分离株LX4推导的氨基酸序列比对发现,存在基因突变现象,未发现缺失和插入现象,变异主要发生在2~l7位。系统进化关系显示19株IBV毒株分属于5个群。IBVSX16株位于第II群,我国IBV分离毒株主要集中在第III群和第Ⅳ群,具有较明显的地理区域性,可见IBV分离株在基因进化关系上形成了自己较为独立的进化群。关键词：鸡传染性支气管炎病毒;M基因;遗传变异     

犬瘟热病毒Lederle株H,N全基因序列分析及表达研究

采用RT-PCR方法自犬瘟热病毒Lederle株基因组RNA中扩增出H基因(1 911 bp)和N基因(1 707 bp)片段,序列测定和分析表明与Onderstepoort株、CDV3株等疫苗毒株的同源性在95%以上,而与野外分离株的同源性介于90%～95%;以获得的H,N全基因片段为模板,分别扩增H基因近3′端996 bp的基因片段以及N基因中间高度保守区562 bp的基因片段,经克隆测序后分别插入原核表达载体pET-32a中进行表达,结果显示H片段和N片段分别表达大小约为57 kD和37 kD的融合蛋白,Western blotting检测结果显示,表达蛋白均可与CDV抗血清发生阳性反应,提示原核表达产物具有与CDV抗血清结合的免疫反应性。     

犬瘟热病毒核衣壳蛋白N基因的真核表达及鉴定

根据GenBank发表的犬瘟热病毒N基因全序列,设计合成了1对特异扩增CDV N基因的引物。以山东泰安分离的CDV-FOX-TA株细胞毒中提取病毒RNA来制模板,利用RT-PCR扩增出了1.6kb的N基因,将其克隆到pIREShyg载体上,构建了pIRES-N真核表达载体。然后通过磷酸钙共沉淀法转染CHO-K1细胞,通过潮霉素筛选得到阳性克隆,间接免疫荧光实验（IFA）鉴定N基因在CHO细胞中的表达,并用RT-PCR方法从转录水平证实N基因在CHO-K1细胞中的表达,最终建立了CHO/ CDV-N细胞株,为犬瘟热病毒的血清学检测和基因疫苗的研制奠定了基础。     

2009年山东H9N2亚型禽流感M基因的分子进化分析及对哺乳动物致病性的研究

根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)M基因序列设计引物,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增H9N2亚型禽流感病毒M基因,并与GenBank中AIV M基因序列进行了同源性比较和氨基酸编码分析,绘制了M基因的系统发育进化树。结果表明：这6株病毒的M基因的核苷酸同源性在95.9-99.4%。M1蛋白的同源性在97.6-99.6%。M2蛋白的同源性在95.1-100%。进化分析这6株病毒都属于A/Quail/Hong- Kong/G1/97 (G1)-like 分支。这6株病毒的M2蛋白的第31位氨基酸存在S→N（AGT→AAT）的变异,都具有金刚烷胺的抗性。以106 EID50 的剂量,将H9N2 病毒鼻腔感染BALB/c 小鼠,结果表明H9N2 亚型流感病毒可以对哺乳动物小鼠可使得体重下降,也可致死。.本研究结果对于揭示H9N2 亚型禽流感流行规律和病毒的致病机理具有一定的意义。     

H1N1亚型猪流感病毒SW/HN/405/10株神经氨酸酶基因来源的探究

为了研究H1N1亚型猪流感遗传演化与变异的特性,2010年2月从河南省某发病猪场采集疑似猪流感的病猪鼻拭子,通过鸡胚尿囊腔传代接种法分离病毒,利用血凝试验(HA)、血凝抑制试验(HI)及RT-PCR方法对病毒分离株进行鉴定,并对分离株的NA基因进行了序列扩增及遗传进化分析。结果表明：分离到一株H1N1病毒,命名为A/swine/Henan/405/2010(H1N1)(SW/HN/405/10);同源性分析结果发现：分离毒株NA基因与GeneBank中登录的类禽型H1N1流感病毒代表株有较高的同源性(92.1%~99.4%),与A /swine/ Hong Kong/ NS62 /2005的同源性最高;NA核苷酸序列分析发现：没有核苷酸插入或缺失,其酶活性中心,二硫键及糖基化位点高度保守,但抗原位点有变异;系统进化树分析发现：该分离株的NA基因与类禽型H1N1猪流感病毒进化关系最近且处于同一分支上。由此推测该分离株NA基因可能来源于类禽型H1N1猪源谱系,遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明该分离株还在不断地变异和演化。     

北极狐增食欲素基因结构特征及多态性与生产性能相关性分析

摘要： 本研究针对大兴安岭地区北极狐增食欲素基因结构特征进行分析并且通过PCR-SSCP方法寻找影响北极狐生产性能的增食欲素基因外显子突变位点。数据利用SignalP 3.0 Server 、 ClustalX1.83、Mega4.0、Promoter predictions、TMHM2.0、 ProtComp-v6.0等生物学软件和SPSS13.0软件完成分析,结果北极狐与狗的遗传距离是最近,增食欲素它可能是一个分泌蛋白,具有一个信号肽的序列的可能性很大,增食欲素基因外显子中存在多态,但是个基因型之间没有显著型的差异。     

贵州禾落粒性基因qSH1调控区SNP分析

贵州禾是在贵州省黔东南地区种植的一类特殊的稻种,为探究其遗传特性,本研究对49份贵州禾和来源中国11个省市(自治区)和韩日的112份稻种的落粒性基因qSH1调节区序列进行测序分析.结果 表明,161份供试品种在696个碱基序列上存在13个变异位点,归为6种DNA单倍型,在功能位点12 290上,仅H6为T,属不易落粒单...     

水貂病原细菌的鉴定及其对抗生素及中药的敏感性

为了调查水貂群体中携带的病原菌种类及其耐药性,利用细菌鉴定的手段对分离自病死水貂肝脏的病原菌进行了鉴定,并对其进行了抗生素及中药的耐药性检测。结果表明,在水貂病原细菌中鉴定出绿色气球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、蜂房哈夫尼菌、成团泛菌、副伤寒沙门氏菌、福氏志贺氏菌及小肠结肠炎耶尔森菌等8种细菌,共计21株。除了100%的细菌对头孢西丁、头孢吡肟及头孢他啶敏感外,50%以上的菌株对链霉素、红霉素、青霉素G及四环素耐药,30%左右的细菌对黄连和黄柏耐药,14%的细菌对复方中药耐药,该结果为水貂细菌病的防治提供参考。     

10株不同年代H9N2 AIV NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术克隆了10株涵盖不同分离年代和不同毒力的H9N2亚型AIV的NA基因,序列分析表明,10株AIV的NA基因的核苷酸和推导的氨基酸同源性高,进化稳定。系统进化树分析表明,其NA基因都属欧亚大陆禽分支,H9N2流感病毒的分布与地域有相关性。其NA蛋白氨基酸序列潜在的糖基化位点以及氨基酸红细胞吸附位点出现的变化尚不能解释这些毒株生物学特性上的差别。但这些研究结果从理论上丰富了H9N2亚型禽流感的分子流行病学,也为进一步研究该类毒株的进化提供了依据。     

猪细环病毒k2型福建株ORF2基因克隆

为丰富福建省猪细环病毒的分子流行病学数据,本研究根据猪细环病毒1a型、1b型和k2型特异性检测引物对临床顽固性腹泻仔猪病料组织进行PCR检测,结果从1例病料中检测到猪细环病毒k2型阳性。并通过设计猪细环病毒k2型ORF2基因特异性引物对阳性病料扩增后进行克隆测序,获得猪细环病毒k2型ORF2基因完整编码区序列。分析发现所克隆的猪细环病毒k2型福建株ORF2基因全长为203 bp,编码有67个氨基酸。本实验株ORF2基因和猪细环病毒k2型代表株德国家猪分离株2p株(Gen Bank登录号AY823991)核苷酸同源性高达97.5%;和猪细环病毒1a型(Sd_TTV31株)和1b型(1p株)代表株核苷酸同源性均低于50.0%,分别为43.9%和47.3%。从遗传进化关系上看,本实验株ORF2基因和Gen Bank中猪细环病毒k2型处于同一遗传进化分支,而猪细环病毒1a型和猪细环病毒1b型均处于其他遗传分支。本研究首次在福建猪群中检测到猪细环病毒k2型感染。