基于XML中国地方鸡种核酸序列元数据模型的建立

在中国地方鸡种核酸序列数据库建立研究中,在比较现有国际主流生物信息数据库文件格式特点基础上,采用XML Schema设计核酸序列元数据.提出以XML用于中国地方鸡种核酸序列数据存储、表示和共享,阐述XML作为分子序列格式文件的优势.研究通过定义元数据模型,以XML作为核酸序列表示文件,可以与数据库无缝连接,便于与生物信息常用序列文件进行格式转换与分析,XML适用于构建大范围、强适应性生物信息系统.     

基于MapXtreme的中国地方鸡种信息管理系统的设计与实现

众多优良的地方鸡种是中国宝贵的遗传资源,必须建立品种资源数据库进行管理。考虑到鸡种资源具有显著的分散地域特征,针对目前鸡种信息管理系统缺乏GIS显示与分析功能的现状,以MapXtreme技术为支撑开发了中国地方鸡种信息管理系统。利用地理信息技术实现鸡种资源的可视化管理,能够方便、快捷地存储、显示、查找和分析鸡种资源信息...     

中国鹅遗传资源数据库信息查询系统的开发与应用

中国鹅遗传资源数据库信息查询系统V1.0是在收集、整理我国鹅遗传资源领域多年研究成果和试验数据的基础上,以HTML、CSS、JavaScript为开发语言,建立适应HTML4、HTML5、CSS2、CSS3运行环境的中国鹅遗传资源综合数据查询应用软件,通过Internet以http://www.yzcom.com/webdemo/goose/网址发布。重点阐述了基于构建的中国鹅遗传资源数据库,共享中国地方鹅品种分布、外貌特征、品种体量及繁殖性能等数据信息,便于用户快速查询、分析和利用中国鹅资源数据信息,共同推动中国地方鹅品种开发进程。     

基于代理程序快速开发生物信息二次数据库

以构建鸡基因组全序列二次数据库为例,探讨Windows操作系统下,编译Web代理程序,快速开发生物信息二次数据库的一般过程。研究通用代理程序开发本地化生物信息二次数据库的具体步骤,所涉及的关键技术以及常见问题解决。解决了海量生物信息自动下载与处理问题,经反复调试实现了示例程序鸡基因组全序列二级数据库系统的快速构建。     

基于SQL Server的红萍品种资源数据库系统构建

设计并构建了一个基于SQL Server的红萍种质资源数据库系统。系统采用SQL Server数据库技术和C++面向对象编程技术进行开发。系统结构合理、使用简单、运行稳定。通过本系统可以广泛了解各个品种的优良性状,为红萍种质资源的全社会共享构建了基础的服务平台,促进种质资源特性信息的保护、利用和研究。     

13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析

选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 4~0.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。     

基于mtDNA中国地方鸡种系统发生数据库建立

在.NET编程环境下,运用代理程序的方法从GenBank中获取中国地方鸡种数据,并将有关mtDNA的数据进行整理,引用Matlab生物信息学工具箱,以组件技术将其打包和发布,建成中国地方鸡种mtDNA数据库。实验人员可以应用系统发生分析组件、经过运算得到中国地方鸡种进化树图结果。说明通过Matlab、SQL和.NET混合编程构建中国地方鸡种mtDNA数据库系统,实现了基于mtDNA的中国地方鸡种生物进化关系分析功能。     

大豆油脂追溯系统的研究与开发

以大豆产地信息、品种选择、栽培管理及油脂加工的实际生产为基础,利用Delphi、Dreaweaver、ASP.NET、SQL Server系统软件,建立了大豆、种植信息及加工过程中的检测数据数据库,实现了大豆种植和加工信息的查询,提供了“从农田到餐桌”的追溯系统模式。     

贵州省数字化生物标本馆的研究与建设

阐述了建立贵州省生物标本信息化标准体系的原则;应用Powerbuilder 9.0作为前端开发工具,并用SQL Server作为服务端开发工具建成了贵州省数字化生物标本馆管理系统和数据库,该系统和数据库至少能存储40万份标本数据;数据录入记录数总计8435条（图像7553幅）,共计130科、382属、1291余种。实现了网上生物标本资源信息发布。并对目前存在的问题进行了出讨论。     

中国受威胁地方鸡品种的遗传多样性

对我国8个受威胁地方鸡品种(西双版纳斗鸡、高脚鸡、漳州斗鸡、浦东鸡、北京油鸡、静宁鸡、灵昆鸡、吐鲁番鸡)的遗传变异进行了微卫星多态性研究.结果表明:8个受威胁地方鸡品种的杂合度都较高,最高的是吐鲁番鸡(0.684 9),最低的是灵昆鸡(0.616 8),而且杂合度的高低与多态信息含量(PIC)的大小体现了较高的一致性;通过计算遗传距离Ds发现8个品种的遗传距离较远;uPGMA的聚类分析结果与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的.这些地方品种的遗传多样性极其丰富,各具特色,应根据各品种受威胁程度进行必要的紧急保护,将其转变为安全遗传资源.