BBTV两个株系DNA组分3的克隆及序列分析

通过常规的基因克隆技术，对广东BBTV两个株系（NSP株系和NS株系）的代表分离物（广州一在河分离物和高州分离物）的DNA组分3进行了克隆和序列分析。结果表明：该组分的核苷酸全序列、ORF及其编码的氨基酸序列在两个代表分离物间的变异率分别为4.2%、2.5%和5.9%。两者差异显著，从而进一步支持了广东BBTV存在两个株系的结论。此外，这两个株系的DNA组分3、ORF及其编码的氨基酸序列与肖火根等报道了中国（广东）分离物、澳大利亚分离物分别进行比较，结果表明：在这两个株系中，NS株系与中国（广东）分离物的亲缘关系最密切，可以认为是属同一株系（NS株系）；而这两个株系与澳大利亚分离物的亲缘关系均较远。     

侵染东方百合的黄瓜花叶病毒两个分离物cp 基因克隆和进化分析

从浙江丽水和杭州的东方百合(Lilium cv．Oriental hybrids)上得到2个黄瓜花叶病毒分离物CMV-LS和CMV-HZ，采用RT-PCR法分别扩增得到2条长约1000nt片段，经序列测定，全长分别为996nt和998nt，两分离物的外壳蛋白(cp)基因由657nt组成。将两分离物的cp基因与其它24个CMV分离物进行了同源性比较，在cp基因核苷酸水平上，CMV-LS与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为90．6％～99．7％和68．6％～77％，CMV-HZ与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为90．7％～98．8％和68．6%-77％。在氨基酸水平上，CMV-LS与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为94．5％-99．1％和65．7％-78．5％，CMV-HZ与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为94．1％-98．6％和66．4％-78．1％。表明两分离物均属于CMV亚组Ⅰ成员。cp基因序列系统进化树分析表明，来自百合的CMV分离物在系统进化树中单独成簇，不受地域差异的影响，出现了寄主适应性变异，形成明显的株系分化趋势。     

柑橘速衰病毒CP基因的序列变异性分析

以提取的宽皮橘(Citrus reticulata Blanco)总RNA为模板，用RT-PCR扩增柑橘速衰病毒(Citrus tristeza virus, CTV)的外壳蛋白基因(CP )，扩增产物经克隆与测序证实，来自湖南道县和江西崇义的3份样品(HN、JX-1和JX-2)都感染了CTV。单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)分析表明，来源于3份样品的CTV的CP基因在遗传上存在变异，其中来自HN和JX-1的CTV的CP基因序列仅含有1种序列类型，而来自JX-2的CP基因序列群体则含有2种主序列。序列分析表明，克隆HN-K与葡萄牙分离物28C和以色列茎陷分离物VT的同源性均为98%；克隆JX-1-1与印度茎馅分离物Pune和Bangalore的同源性分别达98%和99%；克隆JX-2-7、JX-2-17与日本苗黄分离物NUagA和美国加利福尼亚严重茎陷分离物SY568相比，同源性为97%%~98%；4个克隆与佛罗里达速衰分离物T36、弱毒分离物T30和西班牙弱毒分离物T385的同源性仅有91%%~93%。系统发育分析显示，4个中国克隆分属3个不同的族，与地理起源不同的茎陷或苗黄分离物的亲源关系更近，而与速衰和弱毒分离物的亲源关系更远，暗示CTV的地理起源与其核苷酸距离之间没有相关性。     

中国台湾番茄曲叶病毒侵染引起广东番茄黄化曲叶病

广东汕头番茄(Lycopersicon eseulentum)上发生的黄化曲叶病毒病,田间症状表现为病株明显矮化、病叶褪绿黄化、叶小且卷曲和叶质较脆硬。对该病毒代表分离物(BS)基因组DNA-A克隆和测定结果表明,其全长为2740nt(GenBank acces-sion No.DQ237918),具有菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒基因组典型特征,为闭合环状单链DNA,有6个ORFs,分别位于病毒链上的AV1、AV2及位于互补链上的AC1、AC2、AC3和AC4;在基因AV2与AC1之间有269nt的非编码区。BLAST结果显示,BSDNA-A与Begomovirus中来自亚洲的病毒同源性较高,而与美洲、非洲等地的相对较低;其中与中国台湾番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Taiwan virus,ToLCTWV)DNA-A全序列同源性最高,为97.7%,而二者的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4基因及IR的同源性分别为98.6%、98.0%、98.0%、97.5%、96.3%、98.6%和96.6%,推导编码的6个蛋白的氨基酸序列同源性分别为97.7%、99.1%、97.5%、95.6%、91.8%和99.0%%。全序列系统进化关系树显示,BS与ToLCTWV的亲缘关系最近,并形成一个独立分支,再与广东番茄曲叶病毒G2(Tomato leaf curl Guangdong virus G2,ToLCGDV-[G2]和广东番茄曲叶病毒G3(Tomato leaf curl Guangdong virus G3,ToLCGDV-[G3]形成一个大的分支,而与其它33种Begomovirus病毒的亲缘关系均相对较远。这些结果表明,BS应是ToLCTWV的一个分离物。     

番茄果实中LeERF1、LeERF2基因的克隆及序列分析

乙烯反应元件结合蛋白属于植物特有的一个转录因子家族，这个家族保守的DNA结合域称为ERF结构域。根据对番茄(Lycopersicon esculentum)和其它植物物种中EREBP基因家族的同源性比较，在保守区(ERF区域)设计合成一对简并引物，通过RT-PCR扩增得到一个114bp的片段，用此片段作探针筛选番茄cDNA文库(粉红期)，得到两个基因LeERF1和LeERF2。通过BLAST工具在GenBank中搜索表明，LeERF1和LeERF2基因属于EREBP家族，LeERF1与EREBP-4和DDTFR10／A在氨基酸水平上的序列相似性为35％，LeERF2与EREBP-3和p65在氨基酸水平上的序列相似性为46％，是新的基因。LeERF1和LeERF2的核酸序列在GenBank发表，登录号分别为AY077626和AY275554。     

白菜WRKY转录因子cDNA全长的克隆及分析

参照拟南芥WRKY转录因子基因保守序列设计引物，利用RT-PCR及RACE技术克隆了白菜WRKY转录因子基因cDNA全长，命名为BcWRKY1 (GenBank登录号为AY836002)。序列分析发现，白菜BcWRKY1基因核苷酸序列长980bp，推导的氨基酸序列编码285个氨基酸残基，与拟南芥AtWRKY18 氨基酸序列的同源性为74%，与拟南芥AtWRKY60同源性为59%；与其它植物WRKY基因的同源性则较低。Southern杂交显示该基因在白菜基因组中为单拷贝。半定量RT-PCR分析表明，用2mmol/L的水杨酸处理后2h~8h，以及用霜霉病菌接种后6h~12h，白菜BcWRKY1基因的表达量最高。     

水稻瘤矮病毒基因组S8片段全序列测定及其结构分析

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）中国广东信宜分离物（RGDV-C）的基因组S8片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C基因组s8片段全长1578bp（GenBank登录No．AY216767），含有一个ORF，编码一个含有426个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为96．0％和99．1％，与植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的三叶草伤瘤病毒（Wound tumor virus，WTV）和水稻矮缩病毒（Rice dwarf virus,RDV）各分离物的核苷酸同源性分别为56．8％和55．3％～56．0％。从s8编码的外层衣壳蛋白亲缘关系、反向重复序列、病毒粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV与WTV比RGDV与RDV具有更近的亲缘关系。     

小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的绵羊品种小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种多赛特羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A，MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明, 小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的绵羊序列(GenBank登录号U14109)完全相同。小尾寒羊与多赛特羊MTNR1A基因外显子2的差异由5个变化的核苷酸(分别为C329T、G355T、C566T、C580A和A675G)组成，核苷酸同源性为99.4%。小尾寒羊与山羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠和鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.2%～98.5%，氨基酸序列同源性为78.5%～98.5%。     

钩刺山羊草（Aegilops triuncialis L.）低分子量谷蛋白基因序列分析

根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物，对钩刺山羊草(Aegilops triuncialis L, 2n=4x=28, CCUU)PI483029总DNA进行PCR扩增，得到长度为900和1 065 bp的DNA片段，克隆测序后获得2个LMW-GS基因，GenBank登录号分别为AY841016和AY841017。它们具有小麦LMW-GS基因的典型结构特征。其中，AY841017具有完整编码区，长度为1 065 bp，可编码322个氨基酸残基的成熟蛋白，第一个半胱氨酸残基出现在重复区第13位。在重复区，AY841017的两个疏水单元为PIIIL和PVIIL，重复区中还存在一个连续13个Q(谷氨酰胺)组成的短肽。AY841016由于编码区内存在提前终止密码子，为假基因。氨基酸序列比较发现，AY841017与普通小麦(Iriticum aestivum L.)Glu-D3位点编码的LMW-GS基因有很高的一致性。     

氮素诱导的甜菜gln2的克隆及序列分析

本文探索了在氮素诱导下,甜菜gln2序列变化情况及氮素对gln2的调控表达情况。根据已知甜菜谷氨酰胺合成酶基因(gln2,登录号为AY026353)设计特异引物,利用RT-PCR方法克隆甜菜质体型谷氨酰胺合成酶的cDNA(GS2 cDNA)片段和甜菜质体型谷氨酰胺合成酶基因组DNA(GS2 DNA)序列,并进行生物信息学分析。获得甜菜GS2 cDNA片段序列,并首次得到甜菜GS2 DNA序列,并将GS2DNA登录到了NCBI网站的GenBank(登录号为EU558132)。生物信息学分析结果表明,GS2 DNA长度为6 144bp,含有13个外显子和12个内含子;氮素诱导的GS2 cDNA序列长度为1 296bp,与gln2序列相似性达99.92%,可编码431个氨基酸残基;其氨基酸序列与其它植物的质体型谷氨酰胺合成酶(GS2)有很高的同源性,与菠菜GS2的同源性最高,属于混合型蛋白,具有Gln-synt保守功能域,N端为beta-Grasp domain,C端为catalytic domain。采用半定量PCR分析该基因在氮素处理下的诱导表达情况,结果表明,NO3-N∶NH4+-N=80∶20和NO3-N∶NH4+-N=50∶50的处理对GS2基因表达的促进效果最好,NO3-N∶NH4+-N=0∶100对GS基因诱导作用最差。研究甜菜GS基因的结构功能及表达调控对甜菜实现高同化氨及增产增糖有重要意义。     

7株解有机磷细菌的分离和鉴定

从土壤中分离筛选出7株解有机磷的微生物。对这7株解磷细菌进行了形态、生理生化性状测定及16SrDNA序列分析(GenBankaccessionNo:S2,AY651922;S3,AY661923;X1,AY651925;Y1,AY651924;H1,AY663435;H2,AY663436andHe,AY663436)。其中S2、S3、X1和He属于假单胞菌属(Pseudomonas),Y1属于芽孢杆菌属(Bacillus),H1属于不动杆菌属(Acinetobacter),H2属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)。进一步通过G C含量和DNA-DNA杂交研究,结果表明,S2、S3和X1为产碱假单胞菌(Pseudomonasalcaligenes),Y1为蜡状芽孢杆菌(Bacilluscereus)。     

从烟草上分离的中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA全基因组结构特征

本研究从具有典型曲叶病症状的广西靖西烟草病植株上分离到病毒分离物JX-2,全基因组序列测定结果表明,JX-2DNA．A全长2738个核苷酸,共编码6个开放阅读框架（openreadingframes,ORFs）,其中病毒链编码AV1（CP）和AV2两个ORFs,互补链编码AC1、AC2、AC3和AC4共4个ORFs。BLAST结果表明,JX-2DNA—A与中国番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl Chinavirus,ToLCCNV）各分离物的相似性在93．0％-99．7％之间,其中与ToLCCNV广西番茄分离物ToLCCNV．G32的相似性最高,达99．7％,而与其它双生病毒的同源性均在88．0％以下,表明Jx-2是ToLCCNV的一个分离物。基于Jx-2和已报道的双生病毒属代表种DNA-A全基因组核苷酸序列构建的系统进化树显示,JX-2与ToLCCNV-G32分离物的亲缘关系最近,并与ToLCCNV其它分离物形成一个分支,而与其它10种双生病毒的亲缘关系均相对较远。利用双生病毒卫星DNAβ的特异性引物β01／β02在Jx-2样品中扩增到DNAβ分子（JX-2β）,全长为1341个核苷酸,其互补链编码1个ORF（即βC1）,并包含一个富含A序列和一个卫星病毒保守序列。序列分析表明,JX-2β与ToLCCNV伴随的DNAβ的相似性在91．0％～96．1％之间,其中与ToLCCNV-G61DNAβ和ToLCCNV—G18DNAβ的相似性最高（96．1％）,与其它卫星DNAβ的相似性均低于61．8％。基于JX-2β全基因组核苷酸序列构建的系统进化关系树显示,JX-29与ToLCCNVG61分离物伴随的DNAβ亲缘关系最近,并形成一个独立的分支,再与ToLCCNV其余两个分离物伴随的DNAβ形成一个较大的分支。这是首次报道从烟草中分离到的中国番茄曲叶病毒及其伴随卫星DNA分子的全基因组结构特征。     

Isolation and characterization of phosphate solubilizing bacteria from the rhizosphere of crop plants of Korea

Whole-cell fatty acids methyl ester (FAME) profile and 16S rDNA sequence analysis were employed to isolate and identify the bacterial groups that actively solubilized phosphates in vitro from rhizosphere soil of various crops of Korea. Out of several hundred colonies that grew on Pikovskaya's medium 13 best isolates were selected based on the solubilization of insoluble phosphates in liquid culture and further characterized and identified. They were clustered under the genera Enterobacter, Pantoea and Klebsiella and the sequences of three representative strains were deposited in the GenBank nucleotide sequence data library under the accession numbers AY335552, AY335553, AY335554.     

番茄果实中LeERFl、LeERF2基因的克隆及序列分析

乙烯反应元件结合蛋白属于植物特有的一个转录因子家族,这个家族保守的DNA结合域称为ERF结构域.根据对番茄(Lycopersicon esculenturm)和其它植物物种中EREBP基因家族的同源性比较,在保守区(ERF区域)设计合成一对简并引物,通过RT-PCR扩增得到一个114bp的片段,用此片段作探针筛选番茄cDNA文库(粉红期),得到两个基因LeERFl和LeERF2.通过BLAST工具在GenBank中搜索表明,LeERFl和LeERF2基因属于EREBP家族,LeERFl与EREBP-4和DDTFRl0/A在氨基酸水平上的序列相似性为35%,LeERF2与EREBP-3和pti5在氨基酸水平上的序列相似性为46%,是新的基因.LeERFl和LeERF2的核酸序列在GenBank发表,登录号分别为AY077626和AY275554.     

几株固氮芽孢杆菌的分离与鉴定

摘要： 从小麦（Triticum aestivum）、玉米（Zea mays）、黑麦草（Lolium sp.）和柳树（Salix sp.）的根际土壤中分离得到能在无氮培养基上生长的29株芽孢杆菌（Bacilli），通过固氮酶活的测定以及固氮酶结构基因 nifH 的PCR扩增得到7株固氮芽孢杆菌。对这7株固氮菌株进行了生理生化性状测定、16S rDNA序列分析(GenBank accession No. AY373358, AY373360,~AY373364和AY376876)、G+C mol%含量的测定及DNA-DNA杂交实验，结果表明，其中5株菌属于芽孢杆菌，另外2株菌属于类芽孢杆菌。在这7株被鉴定的菌株中，菌株T1被鉴定为Bacillus cereus；菌株G1、C4和C5被鉴定为B. megaterium；菌株W5的生理生化性状、16S rDNA和G+C mol%与Bacillus marisflavi 相近；G2的生理生化性状和16S rDNA 与Paenibacillus polymyxa 接近，但在基于16S rDNA的系统发育树中却与P. durus 聚在最小的分支内；T7可能是Paenibacillus属中的一个新种。     

钩刺山羊草(Aegilops triuncialis)低分子量谷蛋白基因序列分析

根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物,对钩刺山羊草(AegilopstriuncialisL,2n=4x=28,CCUU)PI483029总DNA进行PCR扩增,得到长度为900和1065bp的DNA片段,克隆测序后获得2个LMW-GS基因,GenBank登录号分别为AY841016和AY841017。它们具有小麦LMW-GS基因的典型结构特征。其中,AY841017具有完整编码区,长度为1065bp,可编码322个氨基酸残基的成熟蛋白,第一个半胱氨酸残基出现在重复区第13位。在重复区,AY841017的两个疏水单元为PIIIL和PVIIL,重复区中还存在一个连续13个Q(谷氨酰胺)组成的短肽。AY841016由于编码区内存在提前终止密码子,为假基因。氨基酸序列比较发现,AY841017与普通小麦(IriticumaestivumL.)Glu-D3位点编码的LMW-GS基因有很高的一致性。     

猪胸膜肺炎放线杆菌毒素II基因的克隆、表达及其对小鼠的保护性研究

根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物，对钩刺山羊草(Aegilops triuncialis L, 2n=4x=28, CCUU)PI483029总DNA进行PCR扩增，得到长度为900和1 065 bp的DNA片段，克隆测序后获得2个LMW-GS基因，GenBank登录号分别为AY841016和AY841017。它们具有小麦LMW-GS基因的典型结构特征。其中，AY841017具有完整编码区，长度为1 065 bp，可编码322个氨基酸残基的成熟蛋白，第一个半胱氨酸残基出现在重复区第13位。在重复区，AY841017的两个疏水单元为PIIIL和PVIIL，重复区中还存在一个连续13个Q(谷氨酰胺)组成的短肽。AY841016由于编码区内存在提前终止密码子，为假基因。氨基酸序列比较发现，AY841017与普通小麦(Iriticum aestivum L.)Glu-D3位点编码的LMW-GS基因有很高的一致性。     

嗜水气单胞菌aer毒素基因的克隆及核苷酸序列分析

以自行分离的嗜水单胞菌分离株AHCS02为研究对象,分析其产生的aer毒素基因结构.根据GenBank中aer毒素的基因序列（M16495）,设计扩增编码aer毒素成熟蛋白基因的引物,以AHCS02的基因组DNA为模板,PCR扩增出长度为1 332 bp的核苷酸片段,进行pMD18-T载体克隆.酶切鉴定后进行序列测定和分析,结果表明扩增的片段与M16495的同源性达92%,将测得的序列登录GenBank数据库,所得的序列编号为AY136943.分析推导其核苷酸编码的氨基酸序列显示：其编码443个氨基酸,为aer毒素成熟蛋白的基因,与M16495相比,氨基酸差异主要集中在422氨基酸残基至436氨基酸残基的位置上,在这个位置上共有8个氨基酸残基发生变化,其中在435和437氨基酸残基之间有一个氨基酸密码子丢失,氨基酸的同源性达95.5%.证明aer毒素基因的5＇端保守,3＇端变异较大.