鲤科疱疹病毒2型TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速和敏感的检测鲤科疱疹病毒2型(CyHV-2)的方法,本研究根据CyHV-2 DNA聚合酶基因序列合成引物和TaqMan探针,建立了CyHV-2荧光定量PCR检测方法.结果显示,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在5拷贝/μL～5×108拷贝/μL具有良好的线性关系,相关系数为0.999;其最低检出量为5拷贝/μL,比普通PCR的敏感度高100倍.该方法仅对CyHV-2的靶基因序列进行扩增,而对锦鲤疱疹病毒、流行性造血器官坏死病病毒、病毒性出血性败血症病毒、传染性胰脏坏死病病毒及鲤春病毒血症病毒核酸扩增结果均为阴性.组内和组间重复试验变异系数的平均值分别为0.5％和0.3％,具有良好的重复性.与常规PCR相比较,该方法具有快速、敏感、特异及高通量检测等优点,适用于对CyHV-2的快速检测.     

锦鲤疱疹病毒的PCR鉴定

根据锦鲤疱疹病毒(koi herpesvirus,KHV)的基因序列合成了2对引物,对送检的发病锦鲤样品提取DNA进行PCR检测,分别扩增出KHV的胸腺嘧啶脱氧核苷激酶基因(thymidine kinase,TK)409 bp和AF411803基因序列484 bp的条带,对484 bp的PCR扩增产物经限制性内切酶TaqⅠ和AluⅠ酶切,分别得到200 bp/284 bp和185 bp/299 bp的片段,484 bp的PCR扩增产物的测序结果与GenBank上已发表的KHV序列一致。结果显示发病锦鲤为KHV阳性。     

多重PCR方法检测锦鲤疱疹病毒基因

根据对已报道的PCR检测方法灵敏性评价,以常用KHV病毒PCR检测的目的基因KHVSphI片段(AY568590)、KHV5/9(AF411803)和KHVTK基因(AJ535112)作为靶基因,设计并选择3对特异性引物建立的多重PCR检测体系用于KHV病毒多基因的检测。本研究建立的多重PCR体系具有较高的特异性,能够特异性扩增出KHVSphI片段290bp、KHV5/9片段484bp和KHVTK基因片段409bp,对锦鲤和鲤鱼的另外一种病毒性病原鲤春毒血症病毒检测结果为阴性。多重KHV病毒PCR体系检测KHVSphI、KHV5/9和KHVTK基因片段单一模板的检测下限分别为:10fg、100fg和100fg,在相同模板浓度的情况下,KHVSphI、KHV5/9和KHVTK基因片段同时被检出的检测下限为100fg。对KHV病毒感染组织的检测结果表明,多重KHV病毒PCR检测结果与常规PCR检测结果基本吻合,在多重PCR检测体系中KHVTK基因片段检测的灵敏度高于检验检疫行业标准方法。结果表明,多重KHV病毒PCR检测方法能够快速、准确和灵敏地检测KHV病毒基因。     

马疱疹病毒1型SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立马疱疹病毒Ⅰ型(EHV-1)的检测方法,本研究以EHV-1 gB基因的一段保守区域(1207 bp～1509 bp)作为检测的目的片段设计引物,通过对其反应条件的优化,建立了特异性检测EHV-1的SYBR Green I 荧光定量PCR方法.实验结果表明:该方法检测目的基因的灵敏度下限为10拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;与马疱疹病毒4型(EHV-4)及其他马传染病病原体无交叉反应;组内及组间的变异系数均小于2％.该方法检测速度快及高敏感性的特点为马鼻肺炎的防制提供了有力保障,同时也为进一步开展马鼻肺炎相关的研究提供了有效的辅助检测方法技术.     

锦鲤疱疹病毒双重PCR检测方法的研究

为了快速确诊锦鲤疱疹病毒(koi herpesvirus,KHV),本试验建立了KHV双重PCR检测方法。根据锦鲤疱疹病毒的SphⅠ-5基因和胸腺嘧啶脱氧核苷激酶(thymidine kinase,TK)基因设计特异性引物,优化反应条件,建立了KHV双重PCR检测方法。结果表明,建立的方法简单、灵敏、准确,一个反应体系可同时扩增292 bp和410 bp两个基因片段,可有效用于KHV的检测。     

马疱疹病毒8型荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

马疱疹病毒8型(EHV-8)是近年来在规模化养驴场发现的一种病毒,其主要导致马属动物呼吸困难、繁殖障碍(流产、产弱驹等),严重危害养驴业的健康发展。为建立EHV-8的分子生物学检测方法,用于该病原感染的流行病学调查和致病机制研究,根据NCBI数据库中EHV-8参考毒株ORF70基因序列的高度保守区域,设计特异性引物,优化程序,建立检测EHV-8的荧光定量PCR方法。结果表明,该方法灵敏度高,最小检测浓度为100拷贝/μL,灵敏度是常规PCR的100倍;特异性强,与EHV-1、EHV-4均无交叉反应;重复性好,组内和组间重复试验变异系数分别为0.15%～0.83%和0.06%～0.47%。利用新建立的方法对120份临床驴血样本进行检测,阳性检出率为32.5%,研究结果为EHV-8的检测和致病性研究提供了可靠的技术支撑。     

天津市锦鲤疱疹病毒PCR检测与序列分析

2017年6月,天津市滨海新区、北辰区等地一些养殖场的锦鲤出现急性死亡,发病3 d后死亡率高达85%以上。病鱼呈现眼部凹陷、烂鳃、内脏出血等临床症状,初步诊断为锦鲤疱疹病毒病。针对锦鲤疱疹病毒(KHV/CyHV)的TK、SphI-5、ORF25、ORF56、ORF81基因设计特异性引物,建立PCR方法进行KHV基因检测。结果显示:死亡疑似病例的KHV检测阳性;测序获得的TK、SphI-5、ORF25、ORF56、ORF81基因片段长度分别为409、300、317、939和156bp,与CyHV-3-J2病毒株基因序列同源性为97.6%～100%。系统发育树分析显示,其与CyHV-3亲缘关系最近,自然聚为一支,最终确定为CyHV-3型。以上研究为锦鲤疱疹病毒病的分子诊断及流行病学调查奠定了基础。     

猪嗜淋巴疱疹病毒3型TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

依据GenBank公布的猪嗜淋巴疱疹病毒3型(porcine lymphotropic herpesviruses 3,PLHV-3)DNA序列,设计特异性引物,优化反应条件,建立荧光定量PCR方法,并对方法的灵敏度、特异性和重复性进行试验。得出方法的线性范围为:8.2×101~8.2×107,灵敏度可达82个拷贝,方法的特异性高,只能检测pMD18-T/PLHV3重组质粒,另外5种对照病原均未检出;方法的重复性好,对不同浓度的pMD18-T/PLHV3重组质粒分别扩增6次,结果重复性好。使用建立的方法检测100份临床样品,同时与普通PCR方法比较,显示荧光定量PCR检出率比普通PCR高,具有较高的灵敏度和准确性。结果表明:建立的荧光定量PCR可用于PLHV-3的临床快速诊断。     

火鸡疱疹病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

针对火鸡疱疹病毒(HVT)特异性的sorf1区基因序列设计引物,建立检测HVT的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行检测。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好线性关系(r2=0.99),熔解曲线分析显示该PCR扩增具有良好的特异性、敏感性和重复性,试验表明该方法最低检测浓度为7×101拷贝/μL。利用该方法对野生型HVT和rHVT-pmpD-N在体内和体外的复制特性进行检测,结果表明重组后的HVT与野生型HVT的增殖速度基本一致。本试验建立的检测方法能够快速检测HVT,准确率高,特异性好,具有较高的灵敏度和稳定性,为监测HVT体内和体外的病毒含量和复制情况提供了一种有效的手段。     

马疱疹病毒8型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种能够快速检测马疱疹病毒8型(EHV-8)的方法,本试验以EHV-8的全基因组序列为模板,针对糖蛋白B(gB)基因的保守序列,进行对比分析,设计EHV-8的特异性引物和探针,优化反应条件,建立EHV-8 TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,使用该方法进行临床样本检测。结果显示,建立的EHV-8 TaqMan实时荧光定量PCR检测方法对EHV-8 DNA模板的最低检测限为1.1×10² copies/μL,敏感性高;EHV-8与EHV-1、EHV-4、马流产沙门氏菌和肠产毒性大肠杆菌均无交叉反应,特异性强;批内重复性试验和批间重复性试验均表明该方法重复性好。对132份临床样本的检测结果显示,阳性检出率为10.61%,基因测序正确。由此可见,本试验建立的EHV-8 TaqMan实时荧光定量PCR检测方法能够满足EHV-8的检测需求,且该方法敏感性高、特异性强、重复性好,为EHV-8的进一步研究提供了有效的辅助检测手段。     

应用聚合酶链反应检测鉴别禽衣阿华支原体的研究

根据基因库中衣阿华支原体（ＭＩ）１６ＳｒＲＮＡ基因序列,设计了一对跨幅为２９９ｂｐ的引物,用这对引物对４禽株衣阿华支原体标准菌株和６种其它禽病病原体进行ＰＣＲ扩增,结果４禽株衣阿华支原体菌株均得到３片段大小与预期设计相一致的２９９ｂｐ的ＰＣ白话 增产物,而其它６种禽病病原体的扩增结果则均生,该ＰＣＲ能检出１ｐｇ的衣阿华支原体的ＤＮＡ模板。     

应用聚合酶链反应检测鉴别火鸡支原体方法的建立

根据基因库中火鸡支原体（ＭＭ）１６Ｓ ｒＲＮＡ基因序列（Ｇｅｎｅｂａｎｋ Ｕ０４６４９）,设计了一对跨幅为８５０ｂｐ的引物,用这对引物对４禽侏火鸡支原体标准菌株和６种其它禽病病原体进行ＰＣＲ扩增,结果４禽株鸡支原体菌株均得到片段大小与预期设计相一致的８５０ｂｐ的ＰＣＲ扩增产物,而其它６种禽病病原体（包括ＭＧ、ＭＳ和ＭＩ）的扩增结果则均为阴性,该ＰＣＲ能检出１００ｆｇ的火鸡支原体的ＤＮＡ模板。     

用聚合酶链反应检测鸭瘟病毒的研究

根据已发表的鸭瘟病毒基因序列 ,设计并合成了一对引物 ,其扩增跨幅为 60 2 bp。用这对引物对 6株鸭瘟病毒 DNA进行扩增 ,均获得了与设计大小相符的明亮条带 ,为阳性 ,而对其它 6株禽病病原体基因扩增不出任何条带 ,为阴性。敏感试验表明可检测到 1 0 0 fg的鸭瘟病毒 DNA模板     

聚合酶链反应检测猪细小病毒的研究

本研究成功地建立了检测猪细小病毒（ＰＰＶ）的聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术。以１６个核苷酸引物对首次完成了ＰＰＶＤＮＡ结构蛋白ＶＰ１编码区２２８ｂｐ片段的扩增。同样数目的另一引物对，也成功扩增了Ｖｐ２编码区１５８ｂｐＤＮＡ片段。ＰＰＶＢＭ－１株与其它国内分离株（广西株、天津株和哈尔滨株）均出现相同扩增结果。琼脂糖凝胶电泳显示了特异条带（ＶＰ１２２８ｂｐ．Ｖｐ２１５８ｂｐ），而伪狂犬病病毒、犬细小病毒均未扩增，表明了本方法的特异性。同时，限制性内切酶分析（Ｖｐ１２２８ｂｐ及Ｖｐ２１５８ｂｐ分别含单一ＰｖｕⅡ、ＥｃｏＲⅠ位点），也证实了特异性。本方法敏感性高，可检出１０ｆｇ模板ＤＮＡ。既可作样品的快速检测，又能检查细胞系的污染。具有特异、简便、快速的优点。     

PCR-RFLP方法在蛔虫种间鉴别上的应用

研究应用PCR－RFLP方法初步鉴别了4种不同蛔虫。从猪蛔虫、人蛔虫、犬弓首蛔虫及鸡蛔虫中分别提取基因组DNA，通过PCR扩增得到长度分别约为450bp、450bp、530bp、550bp的PCR产物。经与国外报道相比较，确认完整扩增出4种蛔虫的第二内部转录间隔区（ITS－2）片段。PCR产物经限制性内切酶HaeⅢ和Hinf I酶切鉴定，通过产生的特异性片段首先可以区分犬弓首蛔虫与鸡蛔虫。通过对4种蛔虫的基因组DNA进行扩增，得到长度分别约为980bp、980bp、1050bp、1070bp的PCR产物。经与国外报道相比较，确认完整扩增出4种蛔虫的ITS－1、ITS－2及5.8S核糖休DNA。PCR产物经限制性内切酶HaeⅢ酶切鉴定，通过产生的特异性片段可以区分出猪蛔虫与人蛔虫。通过PCR－RFLP分析，初步推测猪蛔虫与人蛔虫仍为两个独立虫种，但尚需进一步研究确认。     

Quantitative Polymerase Chain Reaction Assay for Largemouth Bass Virus

Abstract

The use of quantitative polymerase chain reaction (QPCR) to test for largemouth bass virus (LMBV) was evaluated during a challenge experiment in which largemouth bass Micropterus salmoides were immersed in the type strain of LMBV. The real-time PCR and cell culture methods were both used to measure LMBV present in the inoculum. Additional samples tested by QPCR included gill, gonad, kidney, liver, mucus, spleen, and swim bladder. A plasmid clone containing a 248-base pair (bp) fragment of the major capsid protein gene (MCP*) was serially diluted and used as a standard to quantify the number of LMBV DNA copies present in the samples tested. A 62-bp fragment of DNA located in MCP* was amplified in the real-time PCR assay. This work has demonstrated the value of the QPCR assay in LMBV surveys.     

丝状支原体丝状亚种SC生物型PCR检测方法的建议

建立了一个可以识别丝状支原体丝状亚种SC生物型（MmmSC)的PCR方法。根据丝状支原体丝状亚种SC生物型（MmmSC)相关核苷酸序列，设计合成了MC1、MC2和SC1、SC2两对引物。MC1、MC2是一对簇特异性引物，用于鉴别丝状支原体族6个成员，对MmmSC、MmmLC扩增出与预期结果相符的462bp片段；而SC1、SC2是针对MnnSC的一对特异性引物，只能对MmmSC扩增出277bp的片段，经过VspI、Bsp143I和Dral三种限制性内切酶鉴定与预期结果相符，而不能扩增出MmmLC型Y－goat代表株，说明具有非常好的特异性。对MmmSC进行的敏感性试验显示SC1、SC2引物能够检测到100个CFU，具有非常高的敏感性。     

贝类单孢子虫PCR检测方法的建立

根据基因库中单孢子虫的基因保守序列,设计了1对特异性引物,通过对PCR扩增条件的优化,建立了检测贝类单孢子虫的PCR方法。用该方法对单孢子虫模板进行扩增,得到与试验设计相符的244 bp的特异性条带,而对派琴虫、折光马尔太虫、嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的扩增结果全为阴性。敏感性试验结果表明,该方法最低能检测到100 fg的单孢子虫DNA。     

羊附红细胞体病PCR检测方法的建立

根据羊附红细胞体的16S rRNA基因参考序列，设计1对特异性引物．建立了检测羊附红细胞体的PCR技术。用本方法从感染血样中特异扩增出1条预期大小为1169bp的片段。该方法灵敏、快速、特异性高．可用于羊附红细胞体病的早期快速诊断和流行病学调查。