利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较

为了比较EST-SSR和ISSR 2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性.12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318.30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499.2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率.ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近.聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01).因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析.     

利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构

基于26个EST-SSR标记研究了31份适制绿茶和37份适制乌龙茶品种的遗传多样性差异,结果表明两类品种在23个EST-SSR位点上的等位变异数目相等,另3个位点各存在一个等位位点的差异。乌龙茶品种遗传多样性指数（H）、多态性信息含量（PIC）和平均遗传距离(GD)均略高于绿茶品种。基于数学模型的聚类分析将供试品种分为两个亚类群,亚群A中67.9%的品种为乌龙茶适制品种;亚群B中71.0%的供试绿茶品种聚类其中。基于Nei’s遗传距离的聚类分析将供试品种分为3个类群,其中类群Ⅰ和Ⅱ中以乌龙茶品种为主,分别占聚类品种数的69.6%和66.7%;而类群Ⅲ中61.3%的供试绿茶品种聚类其中。多数品种按适制类型聚类,说明绿茶和乌龙茶品种间的遗传结构存在差异。但也有部分品种在不同的群体结构中呈穿插分布,推测与其适制类型划分的恰当性、地理来源和遗传背景有关。     

基于EST-SSR标记的福建云霄县和尤溪县野生茶树遗传多样性分析

为了对福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源初步鉴定与筛选,以福建省茶树主要栽培品种为参照,利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明：云霄县、尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远,云霄县野生茶树种质资源与广东省凤凰水仙等类型茶树品种资源亲缘关系最接近;尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远。福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源平均等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon多样性指数（I）分别为3.8966,3.3103、2.4550,2.2908、0.5264,0.4980、0.9463,0.8595,说明遗传多样性较为丰富。群体间Nei’s遗传距离、遗传分化指数（FST）与分子方差分析（AMOVA）结果一致表明群体间存在显著遗传分化,且群体间的遗传变异为21%。本研究对野生茶树种质资源进行鉴定分析,为福建野生茶树种质资源发掘、利用和保护以及育种工作提供一定参考。     

千家寨不同海拔野生茶树的EST-SSR遗传多样性研究

利用5对EST-SSR引物对千家寨内7个海拔梯度的野生茶树居群进行遗传多样性和遗传结构的研究。在物种水平上,Shannon信息指数（I）和Nei基因多样性（He）分别为1.33和0.66,表现出很高的遗传多样性;千家寨不同海拔梯度上野生茶树居群的遗传多样性有差异,且随着海拔梯度的递增,居群的遗传多样性呈现出低—高—低的分布,并在海拔2β100βm处达到最大值;野生茶树居群间的基因流（N_m）为1.84,群体分化系数（F_st）为0.12,且基于AMOVA软件分析结果显示有16.32%的变异发生在居群间,表明野生茶树群体间属于中度分化,且大部分变异存在于居群内。野生茶树本身的遗传特性和不同海拔居群所处生境的异质性是其现有遗传格局的主要原因。     

利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化

利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。     

川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构

利用自主开发的EST-SSR标记分析了四川（川）和重庆（渝）的90份地方茶树品种资源的遗传多样性和群体结构。84对EST-SSR引物在供试样本中共扩增出275个等位位点,平均每对引物可鉴定3.3个等位位点,平均位点杂合度为0.33。90份地方品种的平均基因多样性（H）和多态性信息含量（PIC）分别为0.462、0.407。比较分析表明,重庆地方茶树品种的遗传多样性略高于四川,川、渝南部（Lat.相似文献   

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

茶树种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对51个茶树品种进行遗传多样性分析.选用10个多态性高、分辨力强的ISSR引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,共获得53条清晰可辨的带,其中多态性带49条,多态位点百分率为92.45%,表明供试品种资源在DNA水平上存在广泛的变异.51份资源所检出的位点平均有效等位基因数、平均基因多样度、平均Shannon信息指数,分别为1.621±0.333,0.351±0.162,0.514±0.219.遗传距离介于0.097～0.692之间,平均为0.337:UPGMA法将51份资源分成4个类群.亲缘关系树状图在分子水平上显示了供试茶树品种间的亲缘关系,为今后茶树育种亲本的选配提供了理论依据.     

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。     

广西三江茶树种质资源遗传多样性分析

为明确广西三江茶树种质资源遗传多样性,采用简单重复序列间扩增（ISSR）和相关序列扩增多态性（SRAP）2种标记技术,对三江地区72份地方茶树种质资源与5个引进品种进行遗传多样性分析,两种标记结果都显示出高水平的遗传多样性（H=0.30,I=0.44）,群体间显示出高的遗传分化（Gst=0.056）和基因流（Nm=8.64）。群体内观察到的遗传变异远高于群体间的遗传变异。聚类分析结果显示,大部分三江茶树种质资源聚为一类,与引进品种划分成两个亚群,聚类分析结果与主坐标分析（PCoA）的结果一致。本研究为三江茶树种质资源的保护和利用提供了分子水平的证据。     

基于EST-SSR的祁门种群体遗传多样性和亲缘关系分析

利用24对EST-SSR引物对祁门种群体66个单株和安徽1号进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：祁门种群体具有相对较高的遗传多样性,24对引物共检测到等位位点69个,平均2.88个;引物多态性含量PIC为0.18~0.85,平均值为0.47;杂合度观测值（Ho）在0.09~0.96之间,平均值为0.41;杂合度期望值（He）在0.23~0.76之间,平均值为0.50;群体内的Shannon指数I为0.39~1.50,平均0.89。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在相似系数平均值0.50处可将参试的67份材料划分为六大类,其中第Ⅰ类含有44个祁门种群体单株及安徽1号,占总数的67.16%,是祁门种的核心类群。     

62个小麦品种基于EST-SSR标记的遗传多样性分析

为了解从匈牙利、捷克引进的39个欧洲小麦品种的遗传多样性,以23个中国黄淮冬麦区小麦品种为对照,利用55个多态性EST-SSR标记检测参试材料的遗传多态性.结果表明,55个标记在62 个小麦品种中检测到213条差异带,能够将所有品种区分开来;单个引物扩增差异带数目为1～9条,平均为3.87条;多态性信息指数(PIC)为0～0.87,平均为0.53;品种间遗传相似系数为0.48～0.94,平均为0.70.引进品种平均等位变异数高于国内品种,而相似系数却低于国内品种,表明引进品种遗传变异基础大于本研究中的国内品种.聚类分析在相似系数0.69处将62个品种聚为两类,第I类包含匈牙利的2个品种,其他60个品种聚为第II类.第II类又分为四个亚类,其中,第一(II-1)和第三亚类(II-3)包含了引进和国内品种,而第二亚类(II-2)全部为国内品种,第四亚类(II-4)全部为引进的品种.     

木薯种质库遗传多样性的EST-SSR标记

采用49对表达序列标签-微卫星标记(EST-SSR)引物对76份木薯材料(39份新引进材料和37份原始材料)进行遗传多样性分析,共获得135个多态性位点,每对引物检测等位基因数为1～4个,平均为2.75个;扩增产物的片段大小范围在250～750 bp之间.根据遗传相似系数的聚类分析将所有材料分为5组,即A、B、C、D和E组,其中A、C、D、E 4个组均为新引进种质,B组以0.625 0为阈值,又将其分为5个亚组,其中B1、B2除了个别外,均为新引进种质,B2来自非洲,而B3、B4和B5主要为原有种质和育种品系.同时估算了分组后组间的遗传多样性指数,发现其平均遗传多样性指数达到0.446 5.比较原来多样性分析结果,说明新引进这一批国外种质具有新的遗传类型,丰富了我国木薯种质资源库.     

茶树品种“玉绿”和“玉笋”父本的EST-SSR标记鉴定

为在分子水平上鉴定"玉绿"和"玉笋"的父本,本研究采用EST-SSR标记对其母本和4个可能父本进行了分析。结果表明,筛选的16对核心引物共检测到34个等位位点,每个引物1～3个,平均2.12个。玉绿与薮北实生单株及4个可能父本的相同位点数分别占玉绿扩增总位点数的72.22%、44.44%、55.56%、72.22%、61.11%,最大为薮北实生单株和湘波绿,最小为福鼎大白茶;玉笋分别为73.91%、43.48%、52.17%、60.87%和47.83%,最大为薮北实生单株,最小也为福鼎大白茶。8份供试材料间相似系数变幅为0.19～0.85,平均0.52。根据相似系数UPGMA聚类,在相似系数0.61处将参试8份材料分为4类:第Ⅰ类为薮北、薮北实生单株、玉笋;第Ⅱ类为龙井43;第Ⅲ类包括湘波绿、玉绿、槠叶齐;第Ⅳ类为福鼎大白茶。参试材料的相似系数和亲缘关系树状图在分子水平上显示了玉绿和玉笋杂交亲本间的遗传差异较大,推测湘波绿可能是玉绿的父本,而玉笋的父本还有待进一步验证。     

基于EST-SSR标记的黄淮海和南方大豆育成品种遗传多样性研究

以我国黄淮海和南方大豆产区的153份大豆育成品种为材料,选用26对EST-SSR分子标记通过Power Marker V 3.25等软件对其进行遗传多样性、相似性与特异性分析。结果表明:153份大豆共检测到238个等位变异,变幅3~25个,平均8.1个;多态信息量变幅0.15~0.87,平均0.61;遗传变异丰富。基于EST-SSR分子标记的聚类分析将153个材料聚为3大类13小类。特异性分析表明,黄淮海产区的育成品种的特有等位变异较南方产区的多,特缺等位变异要少于南方,1991-2000年的特有等位变异最多;随着时间的推移,大量的外来育种材料应用于大豆育种,大豆育成品种的遗传基础有所拓宽。EST-SSR标记适用于大豆育成品种遗传多样性研究,研究结果可以为以后大豆种质资源保存与新品种的选育提供分子水平上的理论支持。