UCP3基因遗传多态性与中国西门塔尔牛生长

为了分析UCP3基因SNPs与中国西门塔尔牛生长及育肥性状的相关性。以118头中国西门塔尔育肥牛为研究材料,通过DNA测序和PCR-RFLP技术检测UCP3基因BglI酶切位点SNPs,并进行相关分析。UCP3-BglI酶切位点表现多态,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。与部分育肥性状的相关分析表明,该位点与饲料转化率性状和平均日增重性状表现显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体均值显著优于AB和BB基因型个体,料肉比较低,日增重较高;与部分生长性状的相关分析发现在15月龄体高、体长和胸围性状,12月龄体高性状,8月龄体长性状中UCP3-BglI多态位点差异显著,AA基因型个体表型值显著高于其他或其中一个基因型值(P<0.05);在宰后体尺性状测量性状中,UCP3-BglI多态位点对胴体长、胴体胸深和后腿宽和背膘厚性状影响显著。其中AA和AB基因型个体胴体长、胴体胸深和背膘厚性状的表型值显著高于BB基因型个体（P<0.05）;在后腿宽性状中,AB个体表型值显著高于AA和BB个体（P<0.05）。初步认为,AA基因型与优良的生长育肥性状显著相关,对A等位基因的选择有利于优良性状的改良。     

秦川牛血液型与生长性状的关系研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定了秦川牛(151头)血红蛋白(Hb)、转铁蛋白 (Tf)、后转铁蛋白 (PTf)、血清白蛋白(Alb)和后白蛋白(Pa)的遗传多态性。结果证明秦川牛Hb位点受3个等显性基因支配;Tf 位点受4个等显性基因支配;严PTf 位点受2个等位基因支配;Alb位点受3个等显性基因支配;Pa位点受2个等位基因支配。并在此基础上,分析了各多态位点不同基因型与秦川牛生长性状的关系。结果表明,HbAA型秦川母牛12月龄体重、24月龄体重显著高于HbAB型母牛(P＜0.05 )。PTfFF 型母牛12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重显著高于PTfSS型母牛(P＜0.05 )。AlbBB型母牛12月龄体重、18月龄体重显著高于AlbAA 型母牛(P＜0.05)。而且血红蛋白与运铁蛋白组合基因型以HbAA/TfDD型母牛的初生重大,HbAB/TfDD 型 母牛的12月龄体重、18 月龄体重、24 月龄体重大。AlbB基因对A基因的替代平均效应值为12月龄体重3.9510kg,18 月龄体重1.3786kg。说明秦川牛HbAA 型母牛的AFS、AFC极显著早于其它表现型母牛,HbA频率为0.838;这与一些早熟品种,短角牛HbA1.000, 日本黑牛HbA0.975,朝鲜牛HbA0.895B频率高相一致.此种现象可能系秦川牛早熟性的遗传背景。最后,制定出各位点优势基因对基因型育种值的回归方程。说明秦川牛中Hb、Tf、PTf、Alb位点的不同表现型生长性状显著相关。     

秦川牛血液型与生长性状关系的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术测定了秦川牛(151头)血红蛋白(Hb)、转铁蛋白(Tf)、后转铁蛋白(PTf)、血清白蛋白(Alb)和后白蛋白(Pa)的遗传多态性。结果证明秦川牛Hb位点受3个等显性基因支配;Tf位点受4个等显性基因支配;严PTf位点受2个等位基因支配;Alb位点受3个等显性基因支配;Pa位点受2个等位基因支配。并在此基础上,分析了各多态位点不同基因型与秦川牛生长性状的关系。结果表明,HbAA型秦川母牛12月龄体重、24月龄体重显著高于HbAB型母牛(P<0.05)。PTfFF型母牛12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重显著高于PTfSS型母牛(P<0.05)。AlbBB型母牛12月龄体重、18月龄体重显著高于AlbAA型母牛(P<0.05)。而且血红蛋白与运铁蛋白组合基因型以HbAA/TfDD型母牛的初生重大,HbAB/TfDD型母牛的12月龄体重、18月龄体重、24月龄体重大。AlbB基因对A基因的替代平均效应值为12月龄体重3.9510kg,18月龄体重1.3786kg。说明秦川牛HbAA型母牛的AFS、AFC极显著早于其它表现型母牛,HbA频率为0.838;这与一些早熟品种,短角牛HbA1.000,日本黑牛HbA0.975,朝鲜牛HbA0.895B频率高相一致.此种现象可能系秦川牛早熟性的遗传背景。最后,制定出各位点优势基因对基因型育种值的回归方程。说明秦川牛中Hb、Tf、PTf、Alb位点的不同表现型生长性     

高邮鸭MyoD1 SNP位点变异与胸肌发育性状的关联分析

为筛选重要地方鸭品种——高邮鸭早期肌肉生长标记,利用连接酶检测反应,以高邮鸭群体为研究对象,筛选肌分化因子基因Myo D1第一内含子区域的SNP位点,以期获得高邮鸭早期生长分子标记。筛选获得Myo D1基因第一内含子区的位点突变T→A,检测到AA,TA和TT 3种基因型,其中AA和TA是优势基因型,处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析结果表明TA基因型群体在49日龄的体重、胸肌重、胸肌横截面积、胸肌纤维直径以及胸肌纤维密度均显著高于AA、TT基因型群体(P0.05),TT和AA基因型间差异不显著(P0.05)。相较于传统育种,分子标记辅助育种具有快速、精准的优点。结果预示TA基因型可作为高邮鸭胸肌早期选择的分子标记。     

可乐猪Ghrelin基因多态性及其对肉质性状的遗传效应分析

根据GenBank上的Ghrelin基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了包含Ghrelin基因全序列的特异片段,包括第一、第二外显子和第一内含子DNA序列,并进行直接测序,分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明：在Ghrelin基因第一内含子上检测到1个单碱基突变：G252A,表现出纯合型GG和杂合型GA两种基因型,其中GG基因型频率高于GA基因型频率,达65.4%,等位基因G为优势等位基因,表现为低度多态。χ2检验表明,该SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P﹥0.05)。最小二乘分析显示,Ghrenlin基因252位点对可乐猪的肉质性状无显著影响(P>0.05)。     

甘肃高山细毛羊及其杂种羊GH基因第3内含子多态性与生长性状的相关性

为给甘肃高山细毛羊生长标记候选基因的筛选提供参考依据,研究了绵羊GH基因第3内含子突变对甘肃高山细毛羊生长性状可能产生的影响。采用PCR-SSCP技术检测甘肃高山细毛羊及其与特克赛尔、邦德和澳洲美利奴羊的杂交品种GH基因第3内含子多态性,分析GH基因第3内含子突变对羔羊初生重、3月龄重、断奶重及日增重的影响。结果表明,甘肃高山细毛羊及其杂种羔羊GH基因第3内含子第98 bp处有一个CT突变,共有AA、AB和BB 3种基因型,甘肃高山细毛羊和对照组杂种羊的GH基因第3内含子PIC值均为0.25~0.50,为中度多态。其中BB型为优势基因型。等位基因存在与缺失对体重及日增重的关联分析表明,存在等位基因B的甘肃高山细毛羊的3月龄重、断奶重及日增重均显著或极显著高于缺失等位基因B的个体(P0.05或P0.01),缺失等位基因A的特甘细绵羊在初生重、断奶重及日增重方面显著高于存在等位基因A的个体(P0.05)。邦甘细绵羊中,存在等位基因B的个体3月龄重、断奶重、日增重均显著高于等位基因B缺失个体。相关性分析表明,甘肃高山细毛羊不同基因型与初生重间关联度不显著,BB型甘肃高山细毛羊3月龄重和断奶重均显著高于AA型(P0.05),AA型甘肃高山细毛羊日增重与BB型也显著相关(P0.05)。对照组中,特甘细羊BB型的初生重、断奶重及日增重均显著或极显著高于AA型特甘细(P0.05或P0.01)。邦甘细、澳甘细不同基因型与体重及日增重均无相关性(P0.05)。结果显示GH基因第3内含子可作为甘肃高山细毛羊生长标记候选基因。     

中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系。本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究。结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点,其中4个位点Ho、He和PIC值较低属于中低度多态,8个位点属于高度多态。卡方适合性检验表明,10个位点处于HarDY-Weinberg平衡状态(P>0.05)。各位点遗传变异与屠宰性状进行关联分析显示,位点1不同基因型个体在肉色性状方面差异显著(P<0.05),位点2不同基因型个体在大腿肉厚方面差异显著(P<0.05),位点3不同基因型个体在胴体重、屠宰率、眼肌面积和大腿肉厚几个重要屠宰性状差异显著(P<0.05),在肉色性状达到了差异极显著(P<0.01)。位点3杂合子AB基因型为优势基因型,其他位点AA为优势基因型。本研究表明,CACNA2D1基因可以作为中国西门塔尔牛部分屠宰性状候选基因,尤其是位点3可以作为中国西门塔尔牛屠宰性状的重要潜在分子标记,从而为中国西门塔尔牛现代育种提供一定...     

马铃薯StDRO1基因的多态性鉴定及其与根系性状的关联分析

为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(P<0.05);C314T位点在平均根系直径表现为CC类基因型>CT类基因型(P<0.05); A337T位点在总根表面积、鲜重和干重均表现为AT类基因型>AA类基因型(P<0.05),而在平均根系直径则表现为AA类基因型>AT类基因型(...     

高原型藏绵羊KAP基因多态性与部分产毛性状的关系研究

利用PCR-SSCP技术研究了高原型藏绵羊KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子的多态性;采用最小二乘线性模型,分析了多态位点与毛长和产毛量性状的关联性;通过多态位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应,确定了各性状的优势标记位点。研究表明：三个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB三种基因型。KAP3.2和KAP7基因AA型的毛长性状均显著高于BB型(P<0.05);KAP3.2基因AA型的产毛量性状显著高于AB型和BB型(P<0.05), KAP8基因AB型的产毛量性状显著高于AA型和BB型(P<0.05); 毛长和产毛量性状上,KAP3.2基因的选择反应最大;KAP3.2可作为毛长和产毛量性状的优势标记基因。     

绵羊PRKAG3基因SNPs与肉质性状的相关性分析

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

基于连接酶检测反应的NPY基因多态与清远麻鸡繁殖性状的相关性研究

基因多态性蕴藏着大量遗传信息,分型技术是研究多态性的主要研究手段。本文建立了一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性检测系统,探讨清远麻鸡神经肽Y基因（NPY）的多态性,并分析其对清远麻鸡开产日龄、开产蛋重、开产体重、40周平均蛋重、50周平均蛋重以及52周产蛋数的遗传效应。对NPY基因转录起始去4 bp的缺失突变进行基因型分型,结果同直接测序分型结果一致。不同基因型个体间仅在开产体重上存在显著差异,BB型个体的开产体重显著低于AA和AB型个体。     

日照琅琊鸡催乳素基因的遗传变异与就巢性的相关性研究

【研究目的】采用候选基因法研究催乳素基因的遗传变异对家禽就巢性的影响,可为控制家禽就巢性奠定理论基础。【方法】设计引物特异性扩增PRL的5’调控区序列,对PCR产物进行基因分型,统计分析不同基因型与就巢性的相关性。【结果】在所检测的琅琊鸡鸡群中发现PRL的5’调控区存在遗传变异;发现了PRL的三种基因型;统计分析结果表明,三种基因型与鸡的就巢性的遗传效应差异显著（P<0.05）,其中AA型鸡的就巢性最低,与AB和BB型鸡的就巢性存在着显著差异（P<0.05）;AB和BB型鸡的就巢性均较高,后两者差异不显著（P>0.05）。【结论】提高A等位基因的频率将有利于降低鸡的就巢性,据此可以在育种选择中实现早期基因型选种,研究结果有助于科学地保护和利用我国优良地方家禽品种资源。     

Haplotype structure in grain weight gene GW2 and its association with grain characteristics in rice

GW2, a grain weight quantitative trait locus (QTL) in rice encodes a ring type E-3 ubiquitin ligase. A single nucleotide deletion at the 346th nucleotide position in the ligase domain of GW2 was earlier reported to result in higher grain weight in rice. The present study aimed at validating the known functional polymorphism and identifying additional natural genetic variation if any, in the region that included the functional domain of GW2 in a set of indica and aromatic genotypes for which ninety three rice genotypes were phenotyped for grain length, grain width and 100 grain weight. A wide range of variation was observed for these traits. PCR amplification and sequencing of GW2 target region revealed absence of insertion/deletion (InDel) at the 346th position which suggested that the genetic variation in grain weight in Basmati and non-Basmati indica genotypes was not explained by this InDel. However, four new single nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered at nucleotide positions 406, 461, 466 and 501 in the fifth exon and one InDel each in second and fourth introns. Only two of these SNPs, at positions 461 and 501 led to amino acid substitutions. A total of 10 haplotypes were constructed based on these four SNPs which could be regrouped into four categories based on their amino acid substitutions. Association genetic analysis of these haplotypes with different grain traits revealed a moderate association with grain width (R² = 0.18 at P < 0.05). Thirteen haplotypes constructed using both intronic and exonic polymorphisms did not have any association with grain traits.     

新疆褐牛产奶性状候选基因SNPs检测及其遗传效应分析

本研究旨在探索新疆褐牛产奶性状相关候选基因多态性与泌乳性状及体细胞评分(SCS)的相关性,探究新疆褐牛多态性位点的群体遗传特征。基于课题组前期DNA混池重测序的结果筛选17个SNPs突变信息,并采用基质辅助激光电离解吸飞行时间质谱法(Sequenom Mass Array Genotype)分型技术验证FASN、FSHR、HAL、GPIHBP1、NIBPL、C9、PDE9A、PTK2、STAT1、ZNF66、ZNF567、ZNF7、ZNF623和ZNF804A基因在新疆乌鲁木齐种牛场、新疆天山畜牧生物工程股份有限公司和新疆塔城地区种牛场共计262头新疆褐牛母牛群体中的遗传多态性,运用SAS 8.1软件GLM过程分析这14个基因多个SNP位点对新疆褐牛群体的遗传效应及其与305天产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、总固体和SCS的关联性。结果表明,17个SNPs均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),9个SNPs与新疆褐牛1个或多个泌乳性状达到显著(P0.005)或极显著(P0.001)关联,这些位点分别位于FASN、FSHR、HAL、ZNF66、ZNF7、ZNF804A、GPIHBP1和PDE9A基因上。提示这些基因可尝试作为新疆褐牛产奶性状分子标记的候选基因,为新疆褐牛产奶性状的分子标记辅助选育提供依据和参考。     

甘肃地方肉牛群体瘦素基因(LEP)部分序列SNPs及其与胴体品质和肉质性状的相关性分析

本研究旨在寻找与肉牛胴体肉质等主要经济性状相关的分子标记,为甘肃地方肉牛新类群的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-SSCP技术检测甘肃地方肉牛LEP基因第2外显子及第3内含子部分序列多态性,并分析其多态性与胴体品质和肉质性状的相关性。结果表明：LEP基因第2外显子存在AA和AB两种基因型,基因型频率分别为0.5217和0.4783;测序结果显示：在该基因1180 bp处存在一个C→T碱基突变,导致所编码的氨基酸由精氨酸变为半胱氨酸;该群体的多态信息含量处于0.25~0.5之间,属于中度多态（PIC〉0.25）;胴体和肉质性状相关性统计分析表明：该位点AA基因型与宰前活重、胴体重、净肉重、屠宰率和净肉率显著相关（P〈0.05）,AB基因型与失水率、板油重、大理石花纹等级和肉色等级显著相关（P〈0.05）,该位点SNP与胴体背膘厚、眼肌面积、蒸煮损失、剪切力、pH值差异不显著（P〉0.05）。初步判断该位点可作为影响胴体品质和肉质性状的遗传标记位点之一。     

建鲤IGFBP1基因的克隆及与增重相关的SNP位点分析

旨为查找建鲤(Cyprinus carpio var.jian)胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor binding pro-teins 1,IGFBP1)基因上与增重相关的SNP位点。利用基因克隆,Clustal W比较8个个体的DNA序列,筛选SNP位点。并采用PCR-RFLP方法检测了其中2个位点(1b-E1-A210G,1b-E3-C108T)在913尾建鲤(♂469,♀444)中的基因型分布。成功分离得到了建鲤IGFBP1的2条DNA序列,并在1a、1b上分别找到7个和24个SNPs位点,其中,1a外显子上有2个,1b外显子上有4个。检测的2个位点与增重的相关性分析表明:2位点均与雄鱼增重呈极显著相关(P<0.01),其中,增重快的基因型在鱼种阶段分别为GG型和CC型,在成鱼阶段分别为AG型和CC型。与雌鱼鱼种阶段增重相关的位点为A210G,其AG型增重极显著快于AA型(P<0.01),与雌鱼成鱼阶段增重相关的位点为C108T,其CC型、CT型增重极显著快于TT型(P<0.01)。对组合成的9种双倍型与增重的相关性分析表明:雌雄鱼中双倍型D4、D5、D7个体生长显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)快于双倍型D6、D9个体,D4、D5、D7双倍型个体在整个样品中占60%,还存在改良空间。试验检测的2个位点A210G、C108T可作为建鲤增重相关的分子标记应用于育种实践。     

五龙鹅FSH?基因SNP分析与产蛋性状关联性分析

本试验采用PCR-SSCP方法对五龙鹅进行促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因多态性进行检测,并分析其与五龙鹅的产蛋性状的关系。试验结果表明 FSHβ外显子3存在1个SNP位点产生3种基因型AA,AB,BB;AB型,BB型平均开产蛋重,平均蛋重都要高于AA型,但二者之间差异不显著（P>0.05）,AA型的开产日龄要早于AB型,BB型,产蛋量呈现AA型＞AB型＞BB型趋势。     

福建鸭品种的典型体型性状的确定

【研究目的】探讨确定福建省四个优良地方鸭品种莆田黑鸭、连城白鸭、金定鸭、福建白番鸭具有代表性的典型体型性状。【方法】应用相关分析和聚类分析方法对四个鸭品种的11个体型性状进行了研究。【结果】根据聚类分析分类结果和相关指数的均值     

灵昆鸡VLDLR和CTSD基因多态性与产蛋性状的相关性研究

为了研究极低密度脂蛋白受体(VLDLR)和溶酶体组织蛋白酶(CTSD)的单核苷酸多态性(SNPs),寻找与灵昆鸡产蛋性状相关的候选分子标记,以276只灵昆鸡母鸡为研究对象,采用直接测序法,检测VLDLR和CTSD基因在灵昆鸡中的SNPs,并分析各多态位点不同基因型与11个产蛋性状的相关性。结果表明:VLDLR基因存在1个突变位点C13444T,该位点不同基因型与哈氏单位、蛋黄重及蛋黄比例呈显著相关(P0.05),在哈氏单位性状中,ZTW型为优势基因型,在蛋黄重及蛋黄比例性状中,ZCW型为优势基因型;CTSD基因有5个突变位点,其中,T2614C对蛋白高度和哈氏单位有显著影响(P0.05),C9445T、C9475T对500日龄产蛋量和蛋重显著相关(P0.05),C9457T对蛋重有显著影响(P0.05),T11028C位点对蛋白高度有显著影响(P0.05)。C13444T、C9457T、T11028C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),其他9个位点均处Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。结果提示:VLDLR和CTSD基因多态性可能与产蛋性状有关,可尝试作为灵昆鸡产蛋性状分子标记的候选基因,为以后的选育工作提供理论依据。