麻鸭和樱桃谷鸭的CD3ε、CD4、CD8α基因ORF克隆及序列分析

 【目的】分析比较中国部分品种鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列,为研究CD3ε链、CD4和CD8α链的结构和功能及其抗体的应用提供依据。【方法】利用RT-PCR,对麻鸭、樱桃谷鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列克隆测定,应用ClustalX（1.83）和DNAstar生物学软件分别与GenBank上公布的北京鸭CD3ε（AF378704）、CD4（AF378701）和CD8α（AF378373）基因ORF序列进行序列分析。【结果】麻鸭、樱桃谷鸭、北京鸭CD3ε和CD4基因ORF序列及所编码的氨基酸同源性为99%;北京鸭和麻鸭CD8α基因ORF序列同源性为99%,与樱桃谷鸭的同源性为95%。麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF序基因编码的氨基酸完全一致,与樱桃谷鸭的CD8α存在16处位点差异,其中胞外区有15个氨基酸的差异,使亲水性、抗原性以及此区域位于蛋白质表面的可能性都有明显差异。从遗传发生树得出樱桃谷鸭、北京鸭、麻鸭CD3ε和CD4的ORF序列相互之间的遗传关系近;樱桃谷鸭、麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF序列之间的遗传关系较远。【结论】樱桃谷鸭、北京鸭、麻鸭CD3ε和CD4的ORF序列遗传变异性低,樱桃谷鸭与麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF之间具有较高遗传变异性。     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank中鸡α干扰素(IFN-α)基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序.结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基.3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9%.克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间.     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析*

 根据GenBank中鸡α干扰素（IFN-α）基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序。结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基。3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9％。克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间。     

京巴犬α-干扰素全基因的克隆与分子进化分析

根据基因库(CenBank)中收录的犬α-干扰素(IFN-α)基因核苷酸序列(AB102731),设计并合成了1对引物,PCR扩增京巴犬IFN-α全基因,并克隆、测序.结果表明,犬IFN-α基因全基因序列为564 bp,包含1个开放阅读框,编码187个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有3个潜在的N-糖基化位点,有10个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列比较分析发现,京巴犬IFN-α基因序列与GenBank发表的其它品种犬IFN-α基因序列核苷酸同源性为96.3%以上,氨基酸同源性为94.1%以上,其中与AB102731核苷酸同源性最高,为99.5%.仅有3个碱基差异.京巴犬与人和其他8种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.京巴犬IFN-α基因的成功克隆为进一步研究犬IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

狸猫α-干扰素全基因的克隆及生物信息学分析

根据猫α-干扰素基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,PCR扩增狸猫α-干扰素全基因,并克隆、测序。用DNAStar软件及在线分析方法对克隆的IFN-α基因核苷酸及其推导氨基酸序列进行分析,并与人和其他种动物的IFN-α基因进行同源性和进化分析。结果表明,获得了狸猫α-干扰素全基因序列,其大小为631 bp,编码194个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有1个潜在的N-糖基化位点和7个潜在的O-糖基化位点。IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高。狸猫IFN-α基因的成功克隆为进一步研究猫IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础。     

藏獒犬α-干扰素全基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的犬α-干扰素(IFN-α)基因核酸序列(AB102731),设计并合成1对引物,利用PCR技术从藏獒犬肝脏基因组DNA中扩增犬α-干扰素全基因,并进行克隆和测序.结果表明,获得了犬IFN-α全基因序列,其大小为564 bp,包含1个完整阅读框,编码187个氨基酸残基.序列比较分析发现,克隆的藏獒犬IFN-α基因序列与GenBank中5条犬IFN-α基因序列核苷酸同源性在96.8%～99.3%之间,氨基酸同源性在94.7%～98.9%之间,并无插入和缺失变异,但是存在氨基酸点变异.藏獒犬与人和其他8种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.犬IFN-α基因的成功克隆为进一步研究藏獒犬IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

麻鸭γ-干扰素基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR技术,直接从成年麻鸭脾淋巴细胞提取的总RNA中扩增出麻鸭γ-干扰素基因(duIFN-γ),并克隆、测序。测序结果表明,麻鸭IFN-γ全序列大小为515 bp,包含一个完整阅读框(495 bp),编码164个氨基酸残基,推导的氨基酸有3个潜在的N-糖基化位点,有5个与二硫键形成有关的半胱氨酸。麻鸭IFN-γ基因序列与AF087134、AF100929、AJ012254的序列完全一致,而与北京鸭(AY166850)核苷酸同源性为99.6%,有2个碱基差异,为非同义突变,氨基酸同源性为98.8%。麻鸭IFN-γ基因与鸡、火鸡和鹌鹑IFN-γ基因核苷酸序列同源性分别为77.2%、78.0%、78.8%,氨基酸序列同源性均67.1%,而与人、狒狒、猪、牛、绵羊、犬、猫IFN-γ核苷酸序列同源性为39.7%～42.1%,氨基酸序列同源性在28.0%～31.7%之间。     

贵宾犬α-干扰素基因的扩增、克隆与序列分析

参照基因库中收录的犬α-干扰素基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从贵宾犬肝组织基因组DNA中扩增IFN-α基因,将回收得到的特异性片段克隆于pGEM-T Easy载体中,转化感受态细胞DH5α,经蓝白斑筛选,质粒PCR鉴定及酶切鉴定筛选阳性重组质粒,测定其核苷酸序列。测序结果表明,贵宾犬α-干扰素基因全长为564 bp,包含一个完整的开放阅读框,编码187个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有3个潜在的N-糖基化位点,有10个与二硫键形成有关的半胱氨酸。用DNAStar软件将所得序列与人和其他种动物的IFN-α基因进行核苷酸及氨基酸同源性比较,并通过绘制系统进化树可知,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高。     

固始鸡白细胞介素18全基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的鸡IL-18cDNA基因序列,自行设计1对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如ConA,PHA等刺激分离的脾淋巴细胞,直接提取总RNA,扩增固始鸡IL-18基因,并进行克隆和测序.测序结果:获得了固始鸡IL-18基因全序列,其大小为597 bp;序列比较分析发现,克隆的固始鸡IL-18基因与Schneider报道的鸡IL-18基因序列核苷酸同源性为99.8%,有1个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%;固始鸡与人和其他动物的LI-18基因序列分析和系统进化分析表明,IL-18基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.     

水牛α-乳清蛋白基因的克隆及序列分析

根据报道的奶牛α-乳清蛋白基因核苷酸序列设计和合成4对引物,采用PCR扩增的方法克隆并测定了水牛α-乳清蛋白全基因的核苷酸序列.结果表明,克隆的水牛α-乳清蛋白基因全长3 038 bp,包括5′侧翼区,3′侧翼区,3个内含子和4个外显子(该序列已被成功提交到GenBank,序列接收号为EU422984).核苷酸序列比对结果表明,水牛α-乳清蛋白基因与报道的奶牛该基因的核苷酸序列同源性为97.53 %.水牛α-乳清蛋白成熟肽的氨基酸序列与奶牛相比有两个氨基酸的差异.与奶牛相比,水牛α-乳清蛋白基因5′调控区发生了多处插入突变和碱基替换突变,这些插入和替换突变可能与水牛乳汁中α-乳清蛋白的高水平表达有关.     

基于樱桃谷鸭细胞色素b基因的系统发育研究

采用PCR技术对13个从国外引进的樱桃谷鸭的Cytb基因进行了克隆,测序结果基于Kimura 2-parameter模型进行遗传距离的计算,平均遗传距离0.0104,通过DnaSP共检测出18个位点碱基存在变异,其中包括3个简约信息位点;可构成两种主要的单倍型,选取8个鸭品种并用构建了部分鸭科动物的系统发育树,发现樱桃谷鸭与棕颈鸭、太平洋黑鸭、麻斑鸭、野生黄嘴鸭归为一类,具有较高的亲缘性,利用简约信息位点可将8个鸭品种分为三个单倍型,因此研究的结论可以用于鸭科动物的遗传标记筛选和群体的遗传多样性分析.     

固始鸡α干扰素基因克隆与序列分析

参照GenBank上登陆的鸡α干扰素基因序列设计一对引物,应用PCR技术直接从固始鸡肝组织基因组DNA中扩增鸡α干扰素基因.将特异性片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化JM109感受态细胞,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定筛选阳性菌株送往大连宝生物公司测序.测序结果表明,固始鸡α干扰素基因为582 bp.用DNAStar软件对克隆的固始鸡α干扰素基因与GenBank发表的其它品种鸡α干扰素基因序列进行同源性分析,核苷酸同源性在97.9%以上,氨基酸同源性在96.9%以上.     

樱桃谷鸭线粒体控制区的遗传多样性分析

[目的]探究樱桃谷鸭的遗传背景。[方法]通过线粒体D—loop区测序对樱桃谷鸭19个个体进行测序。[结果]结果表明,樱桃谷鸭群体内的核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．01434、0．982和10．140,存在4种单倍型,可以将樱桃谷鸭分为2个较大的类群,同时樱桃谷鸭与绿头野鸭、建昌鸭和野生斑嘴鸭有较高的亲缘性。鸭种群线粒体D—loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,可用于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。[结论]该研究结果为樱桃谷鸭的多态性位点和单倍型的深入分析提供参考。     

鸭腺苷琥珀酸裂解酶基因序列特征及表达与肌肉肌苷酸含量的相关性分析

【目的】克隆鸭腺苷琥珀酸裂解酶（adenylosuccinate lyase,ADSL）基因的完整编码区（coding sequences,CDS）,对其进行核酸和蛋白序列分析,研究该基因在各品种肌肉组织mRNA表达水平;对该基因mRNA表达水平与肌肉组织肌苷酸（inosine monophosphate acid,IMP）含量进行相关性分析。为揭示中国优良地方鸭种的风味基因结构、研究其生物学功能以及与重要风味物质的关系奠定理论基础。【方法】通过PCR扩增和克隆测序获得鸭ADSL基因部分cDNA序列,运用生物信息学方法分析鸭ADSL基因编码区序列、蛋白结构和进化关系,利用real-time-PCR技术检测鸭肌肉组织中ADSL基因mRNA表达水平,利用高效液相色谱法测定肌肉组织IMP含量。【结果】①鸭ADSL基因CDS全长均为1 380 bp,编码459个氨基酸,与鸡的同源性为94.77%。②ADSL蛋白为偏碱性,有较为强烈的信号肽和细胞内跨膜结构,蛋白二级结构主要由α-螺旋构成。③鸭和鸡首先聚为一类,后与人、鼠等哺乳动物聚为一类,而与两栖、鱼类相聚较远。④ADSL基因表达量品种间差异极显著（P＜0.01）;各品种内雌性表达量极显著高于雄性（P＜0.01）;同一性别内胸肌表达量极显著高于腿肌（P＜0.01）（樱桃谷鸭除外,为P＞0.05）。⑤IMP含量在品种间差异极显著（P＜0.01）;各品种内雌性含量显著高于雄性（P＜0.05）;同一性别内胸肌含量显著高于腿肌（P＜0.05）。【结论】鸭ADSL基因CDS序列与鸡的同源性极高,在肌肉组织中该基因的表达量及对应IMP含量表现为不同品种、同一品种不同性别、同一性别不同部位间极显著或显著差异,两者并显现出显著正相关。     

固始鸭白细胞介素2基因的克隆及分子进化分析

根据已发表的鸭白细胞介素（IL-2）cDNA序列设计并合成1对引物,直接从成年固始鸭脾淋巴细胞中提取的总RNA,应用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增鸭儿-2cDNA,将扩增片段克隆入pGEM—TEasy载体,并对其进行测序、结果表明,扩增片段长度为446bp,与预期大小一致,为鸭,IL-2基因的编码区全长,共编码140个氨基酸的多肽、把该基因编码的鸭IL-2氨基酸序列与已公布的禽及哺乳动物IL-2氨基酸序列进行比较,其同源性分别在54．3％～100％和15．0％～17．9％之间．分子系统进化树分析表明,固始鸭,IL-2与哺乳动物,IL-2有共同的祖先,亲源关系较近,但在免疫系统选择性压力下,形成独特的种族特异性．     

三个品种鸭体重与肉用性能的研究

选取樱桃谷鸭、高邮鸭、法国番鸭3个品种鸭各60只(公母各半),在同一条件下饲养70 d,分别于7周龄和10周龄时,在每个品种中抽取20只(公母各半)进行屠宰,测定体重与相关的肉用性能指标.结果表明:1)3个品种鸭在整个饲养期生长发育差异极显著(P<0.01),其中樱桃谷鸭生长发育最优,高邮鸭生长前期生长发育优于法国番鸭,生长后期低于法国番鸭.2)7周龄和10周龄樱桃谷鸭的全净膛率、胸肌率均高于法国番鸭和高邮鸭,但全净膛率在3个品种鸭间差异不显著.樱桃谷鸭的胸肌发达,胸肌率极显著高于法国番鸭和高邮鸭(P<0.01),腿肌不发达,腿肌率极显著低于法国番鸭和高邮鸭(P<0.01).3)3个品种鸭的瘦肉率随着周龄的增加而增加,7周龄时,樱桃谷鸭瘦肉率最高(24.18%),极显著高于高邮鸭(20.83%)(P<0.01),但法国番鸭(21.49%)和高邮鸭(20.83%)之间瘦肉率差异不显著.10周龄,3个品种鸭瘦肉率依次为法国番鸭(24.94%)>樱桃谷鸭(24.83%)>高邮鸭(22.45%),高邮鸭的瘦肉率极显著低于法国番鸭和樱桃谷鸭(P<0.01).4)随着周龄的增加,樱桃谷鸭的皮脂率和腹脂率分别增加了2.33%和0.03%,高邮鸭的皮脂率增加了0.9%,腹脂率却降低了0.02%;而法国番鸭随着周龄的增加,皮脂率和腹脂率分别降低了2.39%和1.01%.     

肉鸭网上快速育肥法

肉鸭网上快速育肥法陈德祥重庆涪陵市畜牧食品局一、肉鸭品种选择。选择肉鸭可根据本地实际情况,有条件的以国内外优良肉鸭为好,也可选择本地优良种鸭进行网上育肥。比较好的肉鸭有樱桃谷鸭、天府肉鸭、北京鸭、上海白鸭、法国番鸭、高邮鸭、中山麻鸭、淮鸭、固始鸭、荆...     

高邮麻鸭白细胞介素-2基因的克隆与序列分析

[目的]对高邮麻鸭白细胞介素-2（CIL-2）基因进行克隆和序列分析。[方法]以高邮麻鸭外周血淋巴细胞提取的总RNA为模板,根据已发表的鸭IL-2基因cDNA序列设计并合成1对引物,应用两步RT-PCR技术扩增出IL-2基因的特异性片段。将扩增片段插入pGEM-T-easy载体,并进行测序分析和结果验证。[结果]阳性克隆所含插入片段的DNA序列全长为433bp,与预期大小一致,含有1个423bp大小的开放性阅读框,共编码141个氨基酸的前体蛋白,N端21个氨基酸形成信号肽,成熟蛋白为120个氨基酸,分子量约为13.66kD,含1个糖基化位点。该序列与绿头鸭、绍兴鸭、固始鸭相应序列的同源性均为99.8%,与广州白鸭的同源性为99.3%,存在少量核苷酸差异。[结论]高邮麻鸭IL-2编码区基因相对高度保守,为其用于临床疾病治疗提供了一定参考。     

广西鹅α干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank上已发表的东北白鹅α干扰素（IFN-α）基因（AY524422）序列设计1对特异性引物,采用RT-PCR从经鹅副粘病毒（GPMV）刺激培养的鹅外周血淋巴细胞中克隆获得广西鹅IFN-α基因,将其连接pMD18-T载体、转化DH5α感受态细胞后进行序列分析.结果表明,广西鹅IFN-α基因完整的开放阅读框大小为576 bp,共编码192个氨基酸残基,其推导的氨基酸中有7个半胱氨酸残基和2个潜在的糖基化结合位点（NDT和NHT）.与GenBank上已公布的其他IFN-α基因进行同源性比较分析,发现广西鹅IFN-α基因与东北白鹅的同源性最高（核苷酸同源性为98.3%、氨基酸同源性为96.4%）,与鸡、牛、猪、鼠、犬、人等的同源性较低.说明IFN具有种属特异性,且亲缘关系越近同源性越高,这与物种之间的进化亲缘关系一致.     

山羊神经肽Y基因外显子克隆及序列分析

采用PCR-SSCP 技术检测神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因全部3个外显子在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)、中等繁殖力山羊品种(波尔山羊)和低繁殖力山羊品种(内蒙古绒山羊和安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性,分析该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响;并对济宁青山羊NPY基因3个外显子进行克隆测序,推导出编码的氨基酸序列,同时将济宁青山羊核苷酸和氨基酸序列与绵羊、牛、人、大鼠、小鼠和鸡6个物种的序列进行比较.结果表明,在4个山羊品种中未检测到NPY基因3个外显子的多态性;这7个物种的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为71.6%～99.7%和81.4%～100%;与牛、人等6物种相比,济宁青山羊NPY基因氨基酸序列38位存在特有突变(E38D).可见,物种间NPY基因保守性强,NPY基因可能不是影响山羊高繁殖力的主效基因.