利用RAPD建立快速鉴定哈茨木霉的SCAR分子标记

在前期形态学分类及大量RAPD分析的基础上,选取在RAPD扩增45号哈茨木霉菌株获得的1条特异性片段,将其成功转化为1个稳定的SCAR标记.结果表明,该SCAR分子标记具有种的特异性,可将哈茨木霉属与其他木霉属分开.利用该标记对供试的45个木霉菌菌株进行PCR特异性扩增时,哈茨木霉菌菌株均能扩增出1条779 bp的DNA条带,不属于哈茨木霉的菌株则无扩增产物.     

利用RAPD和SRAP建立快速鉴定凤尾菇菌株的SCAR标记

为建立一套基于DNA分子标记技术快速鉴定凤尾菇菌株的有效方法,首先对生产上常用的9个凤尾菇菌株进行RAPD和SRAP多态性分析,从巴西凤平、高温凤尾菇、327和凤尾菇4个菌株中分别获得了片段长度为1 760 bp、356 bp、1 113 bp和400 bp的4条特异片段,将其克隆、测序、引物设计,成功转化为4个稳定的SCAR标记.试验结果表明,利用这些特异SCAR标记,能在1 d内有效地解决9个凤尾菇菌株中的"同名异物"和"同物异名"现象,快速鉴定凤尾菇菌株,最终证实SCAR标记在凤尾菇菌株快速鉴定上的可行性和可靠性.     

SCAR分子标记方法检测家蚕品种和纯度的研究

 【目的】家蚕（Bombyx mori L.）品种和纯度的鉴别，普遍依靠幼虫斑纹或茧形等形态鉴别方法，该方法易受环境影响，结果时效性和准确性差。【方法】筛选RAPD随机引物，稳定扩增出亲本品种的DNA特异性片段，转换成SCAR标记。 【结果】利用微量DNA抽提法，从家蚕主要品种苏5、苏6及其F1孵化前日卵快速提取单粒卵基因组DNA，筛选出RAPD随机引物S42，稳定扩增出苏5和苏6两个亲本品种的DNA特异性片段R5和R6，克隆和测序确认其大小分别为255bp和343bp。Blastn分析显示，R5的nt7～192与家蚕的一个非长末端逆转录转座子（AB002270.1）的nt183～368片段碱基序列有高达91%的相似性，无缺口序列。R6的nt5～340与家蚕的一个WGS（BAAB01113163.1）的nt675～337有91%的一致性，其中存在13个碱基的缺口序列。将2个亲本的RAPD标记转换成SCAR标记，分别利用合成的S42-255-2（P5-2）和S42-343-2（P6-2）SCAR标记引物，能够准确、快速地鉴别所标记的苏5和苏6及其F1蚕品种。【结论】SCAR分子标记方法能够检测家蚕品种和纯度。     

鲤抗寒性状的RAPD标记转化为SCAR标记的研究

以黑龙江鲤Cyprinus carpio haematopterus、荷包红鲤抗寒品系、荷包红鲤Cyprinus carpio var.、柏氏鲤Cyprinus pellegnini pellegnini以及荷包红鲤抗寒品系(父本)与柏氏鲤(母本)杂交F2的DNA样品为材料,用300个随机引物对其进行PCR扩增,获得2个与鲤抗寒性状相关的分子标记AL04986和AR02788。回收、纯化这两个RAPD标记,连接到pMD18-T载体中,转化DH5α大肠杆菌感受态细胞,并对插入片段进行测序。根据测序结果,设计了3对SCAR引物SCAL04L/SCAL04R1、SCAL04L/SCAL04R2和SCAR02L/SCAR02R,其中SCAR02L/SCAR02R这对引物可以成功的反映出杂交F2两个群体在抗寒能力上的差异,适宜的退火温度为57℃,将此标记命名为SCAR02788。根据AL04986的测序结果设计的两对SCAR引物并没有反映出这种差异。SCAR02L/SCAR02R标记可以用作鲤抗寒基因分子辅助选择的依据。     

基于SCAR标记的小麦禾谷孢囊线虫快速分子检测技术

【目的】建立从禾谷孢囊线虫及其近缘种的混合群体中检测禾谷孢囊线虫的快速分子检测方法。【方法】使用随机扩增多态性DNA（RAPD）和特征序列扩增区域（SCAR）标记的方法,运用PCR技术进行特异性检测。【结果】用本研究建立的SCAR标记快速分子检测体系对9种32个线虫种群进行检测,能够直接从混合线虫样品中检测出禾谷孢囊线虫。该检测方法对禾谷孢囊线虫的孢囊、2龄幼虫具有扩增能力,最低检出阈值为1/2000个孢囊,1/80头2龄幼虫。【结论】本研究设计的SCAR标记快速分子检测体系能够从禾谷孢囊线虫及其近缘种的混合种群中快速检测出禾谷孢囊线虫,且检测准确、灵敏度高。     

RAPD分子标记在鉴定狼尾草属杂交后代上的应用

报道了狼尾草属植物基因组DNA的提取纯化方法、RAPD－PCR反应程序、用RAPD分子标记技术对狼尾草属两个杂交组合的亲本及其正反交的4组杂交后代进行的分子鉴定。珍珠黍(Pennisetum glaucum)×象草(Pennisetum purpureun Schum)杂交组合从19个引物中就筛选出6个引物，在双亲间扩增出16条特征带。P5-4-10×P-3组合从39个引物中才筛选出5个引物，在双亲间扩增出6条特征带。根据双亲间的特征带可以对杂交或自交后代作出鉴定。     

赤芝菌株的SCAR标记鉴别

赤芝是种重要的药用真菌,品种繁多,由于目前食用菌管理制度不完善,为稳定菌株质量迫切需要建立起快速鉴定赤芝菌株的有效办法。在对赤芝（Ganoderma lucidum）菌株进行SRAP多态性分析基础上,将属于某几个菌株的SRAP特异片段转化为稳定性较高的SCAR标记,共获得17个SCAR标记。聚类分析显示,供试的23个赤芝菌株在遗传距离0.63下分为4类,其中19个菌株在遗传距离0.50下聚成一类。将其中的9个SCAR标记线性组合,建立起赤芝菌株的多标记综合鉴别法,可对供试的23个菌株进行有效鉴别。由此可见,SCAR分子标记能很好地解释赤芝菌株间的亲缘关系,是种快速、稳定、准确鉴别赤芝菌株的方法。     

芸薹属作物分子标记研究

通过对已有资料的分析,从芸薹属作物分子连锁图的现状,芸薹属人笔准备科研究以及重要农艺性状的分子标记等方面,概述了芸薹属作物分子标记的研究进展,并对今后的研究方向提出了建议。     

玉米抗甘蔗花叶病毒SCAR分子标记开发

 【目的】玉米矮花叶病（由甘蔗花叶病毒引起）是中国和欧洲玉米产区的重要病害,开展分子标记辅助育种可以明显提高抗病育种效率。【方法】本文采用改进的BSA法（bulked segregant analysis,BSA）构建玉米抗感自交系DNA池,结合AFLP技术筛选多态性标记,转化后获得实用性强的SCAR标记,并借助100份自交系抗性鉴定结果对SCAR标记进行相关验证。【结果】获得了2个多态性稳定的AFLP标记P66M38-220和P55M51-240,其中将P66M38-220转化为SCAR112标记,此标记与甘蔗花叶病毒抗性高度相关。【结论】改良BSA法是一种发掘性状基因紧密连锁标记的有效方法;开发的SCAR112 标记可以用于玉米抗甘蔗花叶病毒的分子标记辅助选择。     

金针菇菌株的SCAR标记分子鉴别

利用前期开发的16个SCAR分子标记对不同来源的30株金针菇Flammulina velutipes菌株进行扩增分析。基于SCAR标记在检测菌株中的存在与缺失差异,F0026、F0114菌株被首先鉴别出来,其次F0030＋1、F0102、F0118这3个菌株被鉴别出来,其余25株菌株除F0050与F0148、F0014与F0149两对菌株外,21株菌株被依次鉴别出来。结果表明,利用SCAR分子标记可以高效、快速、准确地用于金针菇生产菌株的分类鉴别。     

SCAR分子标记在甘蓝型油菜S单倍型分类中的应用

根据克隆到的ISLGa片段与ISLGb片段核苷酸序列之间的差异,发展了1个SCAR分子标记ISLGb(ISLGb-L+PS15),其引物只在具有ISLGb基因型的3个材料中扩增,并且均得到了大小为1265bp的单一亮带。通过与已有的相关分子标记整合得到了1套SCAR分子标记体系。包括2个多重PCR分子标记:①ISLG(PS5+PS15)和SP110(SP11-L+SP11-R')用于鉴别ISLG和IISP11b;②ISLGb(ISLGb-L+PS15)与SP11a(SP11-L+SP11-R)用于鉴别ISLGb和IISP11。还包括1个单PCR分子标记:SRKa(S40-5+S60-2)用于鉴别IISRKa。     

对辣椒抗性基因Me3表现毒性的南方根结线虫 群体的SCAR分子标记

【目的】研究南方根结线虫（Meloidogyne incognita）Me3毒性变异群体的分子标记,用快速有效的分子方法来鉴定毒性变异的发生。【方法】以南方根结线虫的无毒群体以及抗性基因Me3毒性群体为材料,用根据南方根结线虫基因组设计的100对引物和19对来自文献的引物进行扩增,筛选出在3个种群中扩增的差异条带,设计SCAR引物,并建立多重PCR反应体系。【结果】得到了7对能在3个群体稳定扩增出差异条带的多态性引物,把其中的2个位点开发为SCAR标记,能够区分开3个线虫群体。多重PCR反应体系在无毒群体和Me3毒性群体中分别扩增出1条999 bp和1条629 bp的条带,在混合群体扩增出999和629 bp的2条带。【结论】成功开发了对Me3表现毒性的南方根结线虫变异群体的分子标记,可用多重PCR体系一次性鉴定Me3毒性变异的发生。     

苹果抗斑点落叶病基因的一个RAPD标记的SCAR转换

将苹果抗斑点落叶病相关基因的一个RAPD标记成功转换为重复性和特异性更好的SCAR标记。由序列特点设计特异SCAR引物,并用所设计引物对两亲本和抗病、感病基因池及F1代单株进行PCR扩增。结果表明,秦冠×富士F1代群体在抗病后代个体中扩增出470 bp条带,而在感病后代个体中无此扩增条带,故将该标记命名为SCAR470。同时,分析分离群体的扩增,重复率为4.69%,表明该标记可以用于苹果斑点落叶病的分子鉴定。     

利用SCAR标记鉴定'陇椒5号'辣椒种子的纯度

以‘陇椒5号'辣椒及其父、母本为试材,提取基因组DNA,利用SCAR标记鉴定其种子纯度.结果表明:从辣椒多态性丰富的150条引物中筛选获得1条可用于鉴别母本和F1的引物RG520,1条可用于鉴别父本和F1的引物RG780;将R520进行克隆、测序,设计出1对SCAR引物,能特异鉴别F1和母本.     

RAPD-SCAR在鱼类种质鉴定中的应用及前景

种质是利用和改良动植物、微生物的物质基础,更是实施各个育种途径的原材料,因此优良种质鉴定是一个很关键的问题.种质鉴定方法已由形态水平发展到蛋白质和DNA分子水平.RAPD技术具有敏感、快速、简便、产量高、重复性好及检测容易等突出优点,广泛应用于种质鉴定中,但也有不足之处.基于RAPD标记技术建立起来的SCAR(Sequence Characterized Amplified Region)标记克服了RAPD标记的不足,操作简捷,特异性和重复性较高,是一种有效的分子标记.RAPD-SCAR分子标记技术的利用使种质鉴定更为快速准确,提高了育种速度,缩短了育种周期,为相关的研究工作提供分子遗传学依据.     

SSR分子标记方法鉴定杂交向日葵品种纯度研究

通过对向日葵总DNA提取方法的比较、PCR扩增反应体系和程序的筛选、电泳检测方法的优化,以15个杂交组合为材料,从165对引物中筛选出扩增带型稳定、多态性丰富的8对核心引物。最终建立了一套适用于杂交向日葵品种纯度鉴定的技术体系。     

DNA分子标记技术在药用植物鉴别中的应用

DNA分子标记技术是近年来发展起来的一种分子生物学新技术。介绍了DNA分子标记技术的类型、基本原理和特点,概述了近年来该技术在药用植物鉴别中的应用进展,并展望了其应用前景。