甘薯贮藏蛋白A基因5′端序列的克隆与分析

[目的]为开展Spo A基因表达调控规律的研究及利用SopA启动子片段构建甘薯高效表达载体提供理论依据。[方法]应用PCR技术从徐薯18中克隆出甘薯贮藏蛋白A基因5′端1条长度为348 bp的DNA片段,然后应用PLACE、PlantCARE在线启动子预测工具进行分析。[结果]Spo A启动子序列除含有TATA-box、CAAT-box等启动子的保守元件外,还有蔗糖诱导响应元件CMSRE1S、P8作用位点等重要的顺式作用元件,以及一些其他调控序列如MYB结合位点。从序列分析结果可以推测该基因的启动子具有蔗糖创伤诱导响应的功能。[结论]该研究分析和推测了Spo A启动子序列中的作用调控元件,为今后利用该启动子构建甘薯高效表达载体奠定了基础。     

甘薯贮藏蛋白A基因5''端序列的克隆与分析

甘薯贮藏蛋白A（Sporamin A，spo A）是甘薯块根的主要贮藏蛋白质，占块根可溶性蛋白质总量的60％～80％，位于块根液泡的泡囊中。而在其地上部分的茎中只是微量存在，在叶和叶柄中几乎没有。Ohta等将Spo A基因5’上游的1kb区域与GUS融合，通过农杆菌介导转到烟草中，成功实现了GUS的高活性表达，同时通过SpoA启动子序列截短试验还证明获得GUS基因表达活性的最小长度为305bp。     

金黄色葡萄球菌蛋白A基因的克隆

[目的]获得SPA蛋白的IgG结合结构域的基因克隆。[方法]采用优化的CTAB法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,通过PCR扩增获得SPA基因。[结果]金黄色葡萄球菌基因组DNA的纯度较高,完整性好,扩增获得了SPA基因。[结论]改进的CTAB法适用于金黄色葡萄球菌DNA的提取．且成功地获得了SPA基因。为进一步构建SPA非融合表达奠定了基础。     

甘薯贮藏蛋白A基因5’端序列的克隆与分析(英文)

[Objective] The aim of the study is to clone the 5’ flanking region of Sporamin A gene from sweet potato. [Method] The sweet potato "Xushu 18" was used to amplify the 5’ flanking region of Sporamin A gene using specifically designed primers and then target fragment was analyzed by PLACE and PlantCare online. [Result] Besides the conserved elements including TATA-box and CAAT-box,the cis-acting elements including sucrose responsive element CMSRE1,SP8 acting site and some other regulatory sequence such as MYB binding site were also found in Spo A promoter sequence. The results suggest that the promoter has sucrose responsive function.[Conclusion] The study provided reference to reveal the regulation law of Spo A,and to develop high-level expression vectors promoted by Spo A promoter.     

甘薯抗病基因同源序列的克隆与分析

对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因历、N、RGCl等具有高度同源性（Evalue〈e×10^-20）。根据抗病基因同源序列的相似性,利用Cluxtalw软件将其分为22个不同的类群。这些甘薯的抗病基因同源序列已提交GenBank（编号：DQ903322至DQ903664）。在342个甘薯RGA中,除7个是TIR外,其余属于DOD—TIR类型。用Blastx和DNAman软件对342个甘薯RGA进行列队比较,发现有9个含有抗线虫病RGC1序列的RGA,它们与RGC1的同源件为50％～100％．     

甘薯抗线虫病相关基因片段克隆及序列分析初步研究

依据甜菜抗线虫病基因(Hs1pro-1)序列设计引物片段,对甘薯高抗线虫病品种金山25的总DNA进行PCR扩增,获得1条600 bp左右的特异片段.序列测定及同源性检索表明,克隆序列与甜菜的Hs1pro-1基因具有一定的同源性.     

花生AhFAD2A基因启动子的克隆与序列分析

利用染色体步移技术,从花生品种鲁花14中克隆到716 bp的AhFAD2A基因启动子片段。序列分析表明,该启动子中含有多种种子特异性表达的元件,如GCN4基序、AGCCCA序列元件、Skn-1基序等,可能与AhFAD2A基因在种子中有较高的表达水平有关。启动子中预测的调控元件的功能还需进一步实验验证。     

葡萄LEAFY基因启动子的克隆与序列分析

为探明葡萄LEAFY基因的表达调控规律,应用PCR技术从藤稔葡萄中克隆了1个长1 833 bp的DNA片段,该序列含有2个内含子区域,编码402个氨基酸,与葡萄LEAFY同源基因VFL有99%的同源性.应用基因组步移法克隆了LEAFY基因的5′侧翼序列925 bp,拼接后的LEAFY基因及启动子序列共2 692 bp(GenBank登录号EF222286).用PLACE、PlantCARE在线启动子预测工具分析表明:该序列含有启动子的特定结构,如TATA-box,CAAT-box等,另外含有一些顺式作用元件如MYB结合位点、ABA响应元件、光响应元件和一些其他的调控序列,说明葡萄LEAFY基因的表达可能受MYB、ABA和光等的调控.用FootPrinter在线工具对葡萄与拟南芥等其他4种植物的LEAFY同源基因启动子进行比较,发现不同植物的启动子既有保守性,又有多样性,转录因子结合位点的分布相似,但也有区别,暗示了LEAFY基因表达调控的精确性或多样性.     

葡萄LEAFY基因启动子的克隆与序列分析

为探明葡萄LEAFY基因的表达调控规律,应用PCR技术从藤稔葡萄中克隆了1个长1 833 bp的DNA片段,该序列含有2个内含子区域,编码402个氨基酸,与葡萄LEAFY同源基因VFL有99%的同源性.应用基因组步移法克隆了LEAFY基因的5′侧翼序列925 bp,拼接后的LEAFY基因及启动子序列共2 692 bp(GenBank登录号EF222286).用PLACE、PlantCARE在线启动子预测工具分析表明:该序列含有启动子的特定结构,如TATA-box,CAAT-box等,另外含有一些顺式作用元件如MYB结合位点、ABA响应元件、光响应元件和一些其他的调控序列,说明葡萄LEAFY基因的表达可能受MYB、ABA和光等的调控.用FootPrinter在线工具对葡萄与拟南芥等其他4种植物的LEAFY同源基因启动子进行比较,发现不同植物的启动子既有保守性,又有多样性,转录因子结合位点的分布相似,但也有区别,暗示了LEAFY基因表达调控的精确性或多样性.     

西方蜜蜂肌动蛋白基因启动子的克隆与序列分析

为研究适合蜜蜂转基因需要的启动子,利用生物信息学知识和现有的生物信息资源,在NCBI数据库查询了西方蜜蜂肌动蛋白基因的编码序列,与西方蜜蜂基因组对比后,克隆、分析了西方蜜蜂肌动蛋白基因序列,该肌动蛋白基因有起始密码子(strart codon)ATG、开放阅读框(ORF)、终止密码子(stop codon)TAA、TATA框(-32bp)、CAAT框(-69 bp)和ployA( 1396 bp),这些都符合真核生物基因的一般特点,是一个较完整的基因.成功克隆了该启动子.     

Cloning and Analysis of 5' Flanking Region of Sporamin A Gene from Sweet Potato

[Objective] The aim of the study is to clone the 5’ flanking region of Sporamin A gene from sweet potato. [Method] The sweet potato "Xushu 18" was used to amplify the 5’ flanking region of Sporamin A gene using specifically designed primers and then target fragment was analyzed by PLACE and PlantCare online. [Result] Besides the conserved elements including TATA-box and CAAT-box,the cis-acting elements including sucrose responsive element CMSRE1,SP8 acting site and some other regulatory sequence such as MYB binding site were also found in Spo A promoter sequence. The results suggest that the promoter has sucrose responsive function.[Conclusion] The study provided reference to reveal the regulation law of Spo A,and to develop high-level expression vectors promoted by Spo A promoter.     

Cloning and Analysis of 5' Flanking Region of Sporamin A Gene from Sweet Potato

[Objective] The aim of the study is to done the 5' flanking region of Sporamin A gene from sweet potato. [Method] The sweet potato "Xushu 18" was used to amplify the 5' flanking region of Sporamin A gene using specifically designed primers and then target fragment was analyzed by PLACE and PlantCare online. [Result] Besides the conserved elements including TATA-box and CAAT-box, the cis-acting elements including sucrose re- sponsive element CMSREI, SP8 acting site and some other regulatory sequence such as MTB binding site were also found in Spo A promoter sequence. The results suggest that the promoter has sucrose responsive function. [Conclusion] The study provided reference to reveal the regulation law of Spo A, and to develop high-level expression vectors promoted by Spo A promoter.     

甘薯Ran基因的克隆和表达分析

Ran蛋白是小GTP结合蛋白家族成员之一,控制着蛋白和RNA分子的运输过程。研究发现有些Ran基因受多种逆境胁迫的诱导表达。为了获得甘薯Ran基因,本试验通过RT-PCR克隆了1个甘薯Ran基因。测序结果显示其含有长666 bp的完整开放阅读框,编码的蛋白含221个氨基酸,推测分子量为25.15 kDa。比对分析发现甘薯与多种生物的Ran蛋白的氨基酸序列同源性都超过90%,荧光定量PCR研究表明IbRan基因受低温、PEG、盐和植物激素ABA的诱导表达。这为利用基因工程手段调控甘薯的抗逆性奠定了基础。     

GHRL基因5'侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P...     

巴西橡胶树小橡胶粒子蛋白基因5'调控序列的克隆及功能初步鉴定

法尼基焦磷酸合酶是异戊二烯生物合成途径中的一个关键酶,根据NCBI数据库中巴西橡胶树法尼基焦磷酸合酶基因HbFPS序列设计引物,克隆了HbFPS起始密码子上游1066bp的5'调控序列。序列分析表明,该序列A/T含量为77.39%,含有典型的真核生物核心启动子区域,在该序列中发现了一些与真核生物典型的顺式调控元件相似的TATA-box、增强子元件、CAAT-box和GATA-box以及一些与激素、胁迫诱导、转录因子相关的顺式作用元件。构建了含有该序列的植物表达载体并转化烟草,对获得的转基因烟草T0代植株GUS染色发现转基因植株呈现蓝色,表明HbFPS的5'调控序列可以驱动GUS基因的表达,具有启动子的活性。     

牦牛乳球蛋白基因5'调控区的分离、克隆及序列分析

根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为5′-gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物5′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′.经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定.序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变.该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5′调控区为启动子的乳腺生物反应器研究准备了条件.