基于转录组测序的高原鼢鼠多态性微卫星标记筛选

利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础.结果 发现:在获得的29090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31％),其次为二碱基重复CA/TG ...     

基于小尺度高原鼢鼠种群遗传结构研究

高原鼢鼠是青藏高原特有的地下啮齿动物,研究其种群遗传结构对于了解扩散、基因交流等方面具有重要意义。本研究利用微卫星分子标记技术,分析祁连山东段高寒草甸区小尺度下4个高原鼢鼠种群的遗传多样性和遗传结构特点。结果表明:1)4个种群有效等位基因(Ne)为83.6,种群平均观测杂合度(Ho)最高为0.32,平均期望杂合度(He)最高为0.50,平均多态信息含量(PIC)为0.40,遗传多态性处于中等水平。2)种群遗传结构推导分析结果为 4 个种群被分成 2 组,MYT(马营滩种群)为一组,XNG(下南泥沟种群)、MYR(马营河东边种群)、MYL(马营河西边种群)为一组。3)试验区高原鼢鼠种群间近交系数(F_ST)都大于0.05,种群间的基因流值(N_m)都小于1,特殊岛状栖息地限制了高原鼢鼠种群基因流,河流和公路可能对种群内和种群间个体交流有阻碍作用。     

黑龙江省完达山东部林区马鹿微卫星位点的筛选

利用黑尾鹿、白尾鹿等近缘物种的18对微卫星引物,对2个东北马鹿肌肉DNA样品和176个粪便DNA样品进行扩增,通过毛细管电泳法筛选适合东北马鹿的微卫星位点。结果表明,其中3个位点为高度多态性位点（PIC〉0.5）,1个为中度多态性位点（0.5〉PIC〉0.25）。共检测到26个等位基因片段,平均每个位点6.5个等位基因。多态信息含量0.393～0.827,个体识别率0.643～0.958,累积个体识别率为0.9999,累积非父排除率为0.9976。这4个多态性微卫星位点为东北马鹿的遗传研究提供了理论依据。     

近缘物种微卫星标记对暗腹雪鸡种群的通用性研究

雪鸡属鸡形目,雉科,是我国二级保护动物.主要分布于新疆、西藏等地,是一种很有育种价值和市场前景的野生稀有鸟类.据资料介绍,雪鸡共有阿勒泰雪鸡、天山暗腹雪鸡、藏雪鸡、高加索雪鸡和里海雪鸡5种[1].近半个世纪以来,由于人类活动的加剧,狩猎、过度放牧、矿业开采等多种因为导致其栖息地不断恶化,分布区域日益缩小,雪鸡正面临着较大的生存压力.急需对雪鸡的种群结构、地理分化及遗传多样性等进行深入研究,以便对雪鸡的生存状况进行有效评估,为雪鸡的有效保护和合理开发提供科学数据.     

高原鼢鼠的最适生境及其活动规律研究与防治策略

通过多年实地调查,总结出了高原鼢鼠在甘南地区的最适生境特点,以及通过对高原鼢鼠活动规律的研究,提出高原鼢鼠防治的时机、方法和机理,用以指导鼠害的防治。     

祁连山东段高寒草甸高原鼢鼠和白牦牛营养生态位及其种间关系

了解同域分布的高原鼢鼠和家畜的营养生态位关系,对于正确认识高原鼢鼠在草地生态系统中的功能和位置,以及科学界定其危害具有重要意义。本研究选择祁连山东段高寒草甸同域分布的高原鼢鼠与白牦牛作为研究对象,通过稳定性同位素(¹³C和¹⁵N)技术研究二者的营养生态位及其种间关系。结果表明,高原鼢鼠食物源中的¹⁵N和¹³C稳定同位素在其肌肉中富集的时间最短,在毛发和骨骼中富集的时间最长,而白牦牛食物源中的¹⁵N和¹³C稳定同位素在其毛发中富集的时间最短,在肌肉和骨骼中富集的时间最长;白牦牛各组织中,肌肉组织的营养层次(NR)、摄食来源的多样性水平(CR)、δ¹³C/δ¹⁵N围成的总面积(TA)和校正后的总面积(SEA_C)最高,其次是骨骼组织,在毛发中最低,而在高原鼢鼠各组织中,骨骼组织的上述4种生态位指标最高,其次是肌肉组织,在毛发中最低;2种食草动物只有在肌肉组织中有生态位重叠,重叠面积为0.192‰<...     

吉戎兔微卫星DNA

选用Sat2、Sat3、Sat4、Sat5、Sat7、Sat8、Sat12、Sat13、Sat16、Sol08、Sol28、Sol30、Sol03等13个微卫星位点PCR扩增60只吉戎兔的基因组DNA,然后在8%聚丙烯酰胺凝胶上电泳分型。结果显示,平均等位基因数为3.46个,平均杂合度（H）为0.578,平均多态信息含量（PIC）为0.531。结果表明,吉戎兔经多年选育,其品种的遗传结构稳定,品质均一,且群体保持了较高的遗传多样性。     

绵羊(ATAG)n四碱基微卫星位点的筛选及其在亲子鉴定中的应用

本试验旨在筛选绵羊高度多态性四碱基微卫星遗传标记,建立适用于绵羊亲子关系鉴定的实验体系。试验以小尾寒羊为主要研究对象,从已有的绵羊参考基因组序列出发,基于全基因组序列筛选法共筛选出53个（ATAG）_n四碱基重复微卫星位点,然后通过基因分型数据共筛选出30个扩增效果好、多态信息含量（PIC）丰富的四碱基重复微卫星位点;30个位点的基因分型结果表明,共扩增出253个等位基因,平均等位基因数为8.433,等位基因数均>5,多态信息含量在0.566~0.898,观测杂合度（Ho）范围在0.548~0.903,期望杂合度（He）范围在0.631~0.921,平均期望杂合度为0.776;哈代-温伯格平衡检验30个位点均处于遗传平衡状态。随后根据PCR的扩增效率从获得的30个多态性位点中筛选出22个微卫星位点用于亲权排除概率的计算,根据多态信息含量的大小由高到低依次增加位点数进行组合。结果表明,在两个亲本的基因型均未知的情况下,标记位点数为15个时,累积排除概率可达到99.99%,其中单个位点的第一非亲排除率（non-exclusion probability of the first parent,NE-1P）介于0.321~0.663之间。利用建立的亲子鉴定体系对16只具有系谱记录的小尾寒羊样本进行检测,结果共鉴定出4个具有高置信度的绵羊家系,鉴定结果与系谱记录完全一致。本试验为绵羊分子系谱的构建、亲子鉴定以及保障绵羊育种工作的正常开展奠定重要基础。     

利用微卫星标记进行猪亲子鉴定

以杜洛克猪、长白猪、大白猪3个品种的48头系谱清楚的猪为样本,使用PAGE法从55个微卫星位点中筛选出扩增效果好、多态性丰富且便于进行多重PCR扩增的位点,对试验样本逐一进行基因分型,并据此进行亲权确认,建立一种高效的亲子鉴定方法。结果显示,试验选取的14个微卫星位点在48个样本中进行排父率分析,在双亲未知、只知单亲和双亲已知的情况下计算的累积排父率分别为0.978 5,0.998 4,0.999 99;利用建立的亲子鉴定体系对样本中8个家系进行检测,结果累积排父率均大于99.99%。结果表明,试验构建的微卫星标记体系,为亲本信息不明的个体进行亲子关系的验证,纠正潜在的错误系谱,建立完整、准确的系谱体系,保证育种值估计的准确性,保障猪育种工作的正常开展具有非常重要的意义。     

草地补播对甘南草原高寒草甸高原鼢鼠食性的影响

本研究阐明草地补播对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)食性的影响,能为其防控和草地管理提供重要参考.利用胃容物显微分析法,研究高原鼢鼠在甘南高寒草甸补播草地和退化草地的食性与生态位差异.结果发现,草地补播显著改变了高原鼢鼠的食物资源,退化草地下优势植物主要是菊科(Asteraceae,45.30％)、唇形科(Lamiaceae,26.40％)和蔷薇科(Rosaceae,18.72％),而补播后则变为禾本科(Poaceae,37.00％)、蔷薇科(25.68％)和莎草科(Cyperaceae,16.54％).退化草地中高原鼢鼠采食15科27属27种植物,食物比例中蔷薇科(45.72％)、禾本科(19.68％)和廖科(Polygonaceae,17.11％)最高.而在补播草地高原鼢鼠采食15科25属28种植物,主要采食蔷薇科(40.71％)、禾本科(25.32％)、廖科(11.70％)和莎草科(11.45％).草地补播影响了高原鼢鼠采食植物的比例,且食性的生态位宽度、食物的多样性指数和均匀度有所提高.综上所述,补播可以通过减少杂类草的比例来减少高原鼢鼠的食物来源,喜食植物的减少可能会增加高原鼢鼠的觅食时间从而增加高原鼢鼠的觅食代价.通过补播影响高原鼢鼠食性是其生态防控的一个有效途径.     

利用微卫星标记分析乌骨大骨鸡的遗传多样性

利用微卫星标记分析了乌骨大骨鸡的遗传多样性和遗传结构,筛选了鸡基因组7条染色体上的7个微卫星标记位点,随机选取24羽乌骨大骨鸡个体,进行多态性检测,共检测到23个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到5个不等,平均等位基因数为3.3个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.660 3和0.717 6。结果表明乌骨大骨鸡属多态性较丰富的群体。     

高原鼢鼠干扰下高寒草甸无脊椎动物分布与环境因子的关系

为了解高原鼢鼠干扰对高寒草甸无脊椎动物类群组成及其数量的影响,选取青藏高原祁连山东段天祝县高原鼢鼠栖息地,用鼠丘数量代表干扰强度,设置高,中和低3个干扰区并调查各区植被群落特征、土壤理化性状和无脊椎动物类群及其数量。采用多元排序分析无脊椎动物类群对栖息环境条件变化的响应因子。各区共捕获无脊椎动物累计9目317只,其中,高、中和低强度干扰区无脊椎动物类群分别是9目,8目和8目;不同干扰区无脊椎动物优势类群不同。鞘翅目成虫,柄眼目和鳞翅目幼虫是共有优势类群,鞘翅目幼虫是高强度和中强度干扰区优势类群,而双翅目幼虫是中低干扰区优势类群;伴随高原鼢鼠干扰强度增加,无脊椎动物总密度和植食动物密度明显增加,高干扰区无脊椎动物总密度显著高于低干扰区(P<0.05),植食性无脊椎动物密度也显著高于低干扰区(P<0.05);冗余分析和偏冗余分析表明,土壤紧实度和含水量是影响高寒草甸无脊椎动物类群组成和分布的主要环境因子。高原鼢鼠通过改变高寒草甸土壤物理性状进而影响无脊椎动物群落组成及其数量。     

Genetic and demographic bottleneck analysis of Indian camel breeds by microsatellite markers

The genetic and demographic bottleneck analysis of Indian camel breeds was carried out utilizing 40 microsatellite markers. Allelic polymorphism was observed at 20 loci in the Indian dromedary breeds. A total of 66 alleles were scored. The average number of alleles, expected heterozygosity and polymorphic information content were, respectively, 3.25?±?0.27, 0.56?±?0.04 and 0.49?±?0.04 in Bikaneri; 3.25?±?0.25, 0.53?±?0.03 and 0.46?±?0.03 in Jaisalmeri; 3.0?±?0.21, 0.53?±?0.04 and 0.45?±?0.03 in Kachchhi and 3.1?±?0.19, 0.51?±?0.03 and 0.44?±?0.03 in Mewari breed. Higher genetic variation was observed in most numerous Bikaneri breed. Genetic distances were least between the breed pair Bikaneri and Jaisalmeri which was closely placed with the Kachchhi breed. The Mewari camels had relatively higher genetic distance from the other three Indian dromedary breeds. The bottleneck analysis revealed the presence of genetic bottleneck in all four breeds of Indian dromedary. However, the qualitative graphical method resulted in normal L-shaped distribution of allele frequencies in Jaisalmeri breeds and shifted mode in Bikaneri, Kachchhi and Mewari breeds. The demographic bottleneck analysis revealed minimum reduction (?9.65 %) in the population of camels in Jaisalmeri breeding tract as compared to that of Bikaneri (?14.18 %), Kachchhi (?27.78 %) and Mewari (?32 %) breeding tracts. Conclusively, the genetic bottleneck analysis could explain the demographic bottleneck in the Indian dromedary populations. Therefore, appropriate conservation and improvement efforts are needed in all four dromedary breeds with immediate attention on Mewari and Kachchhi breeds. The present study is the first report in demonstrating the genetic basis of demographic bottleneck in the Indian dromedary populations.     

高原鼢鼠阴道涂片HE、瑞氏和快速革兰氏染色法比较

采用HE、瑞氏和快速革兰氏3种染色方法,比较了高原鼢鼠(Eosp alax baileyi)阴道涂片的染色背景、过程和效果,以筛选最佳染色方法.结果 显示:HE染色后涂片背景及细胞分型清晰,核质着色差异明显且检出率高,与其他两种方法的检出率差异显著(P＜0.01);瑞氏染色核质呈不同程度的蓝紫色,背景杂乱,核质染色差别不明显;快速革兰氏染色将细胞核、细胞质分别染成紫红色和玫红色,背景相对暗淡,白细胞则染成深红色,核质着色不易区分,影响观察效果.综合分析,HE染色能准确、高效地鉴别高原鼢鼠的发情周期,是高原鼢鼠较理想的一种阴道涂片染色方法.     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。