海胆纲线粒体基因组特征及基因差异位点分析

研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为nad4基因和cox1基因。因此,在海胆纲和球海胆群体遗传学的研究中,nad5、nad4和cox1基因是理想的分子标记,用于分析海胆内部不同群体之间的遗传多样性。     

10种软骨鱼线粒体基因组特征分析

综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等.软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同.真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1～0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择.基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲.在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目.软骨鱼线粒体基因组差异位点分析表明,在软骨鱼群体遗传的研究中,had5和nad4基因是理想的分子标记,可以作为coxl基因辅助的分子标记,用于分析软骨鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障.     

星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较

综合利用通用引物PCR和长PCR扩增,获得可口革囊星虫的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法获得可口革囊星虫的线粒体基因组。比较可口革囊星虫与方格星虫线粒体基因组,所有的37个基因均在同一条链上编码。2个星虫动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始、终止密码子及氨基酸长度存在差异。2个星虫动物的线粒体基因组,存在6个保守的基因区块:(1)nad6-cob-P-S2-C-M,(2)I-K-nad3-F,(3)nad4L-nad4-L2,(4)nad1-W-atp6,(5)nad5-S1及(6)nad2-cox1。去除转运RNA而仅比较蛋白质编码基因和核糖体RNA,则2个星虫动物线粒体基因组主编码基因的基因排列完全一致,均为:cox1-cox2-atp8-cox3-nad6-cob-srRNA-lrRNA-nad3-nad4L-nad4-nad1-atp6-nad5-nad2。星虫动物、环节动物和螠虫动物线粒体基因组共有5个保守区块:(1)cox1-cox2-atp8,(2)nad4L-nad4,(3)srRNA-lrRNA,(4)cox3-nad6-cob,(5)atp6-nad5。在15个主编码基因中,nad5基因和nad4基因变异位点数最多,因此可作为备选的分子标记,用于分析星虫动物不同物种和群体之间的生物多样性。     

颈链血苔虫线粒体基因组的测定及其系统发育学意义

本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。     

海参纲线粒体基因组特征分析及分子标记探讨

通过常规PCR和长PCR扩增获得仿刺参的线粒体DNA,进而采用鸟枪法测序、序列拼接获得仿刺参的线粒体基因组全序列.结合瓜参、拟刺参、海参及另外一个仿刺参的线粒体基因组,初步揭示了海参纲线粒体基因组的基本特征.檐手目的3个物种(仿刺参、拟刺参和海参)线粒体基因组的基因排列完全一致,且与海胆纲物种线粒体基因组的基因排列相同.隶属于枝手目的瓜参线粒体基因组的基因排列与其他海参线粒体基因组相比,发生6个tRNA基因的易位.海参纲线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了在海参类线粒体基因组所有的主编码基因中,coxl基因多态位点的比例最低,仅为29.46%;nad2、nad4、nad5三个基因的多态位点不仅比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最多的多态位点.因此,nad2、nad4和nad5基因可以coxl基因辅助的分子标记.     

头足纲线粒体基因组结构分析

用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306 bp,基因组编码链的A+T含量为59.58％～78.12％,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致.     

鲟类线粒体基因组分子标记、遗传距离及系统演化分析

鲟形目鱼类9个物种线粒体基因组的基因组成高度保守,均编码37个基因,长度为16 438bp(达氏鲟)～16 760bp(欧洲鳇)。主编码链的A+T含量为53.3%(密苏里铲鲟)～54.6%(中华鲟和匙吻鲟)。9个蛋白质编码基因(atp6、atp8、cob、cox1、cox3、nad1、nad3、nad4和nad4L)编码氨基酸数目相同,分别为227、55、380、517、261、324、116、460和98个。15个主编码基因的差异位点分析表明,在鲟形目鱼类分子生态和群体遗传的研究中,nad5、nad4、cox1和cob基因是理想的分子标记,可用于分析其不同物种和群体之间的遗传多样性。在9种鲟形目鱼类中,遗传距离最小的是中华鲟与俄罗斯鲟(0.0070),遗传距离最大的是闪光鲟与白鲟(0.1777)。2个科之间的遗传距离远远大于科内部的遗传距离,因此支持传统的科级分类。基于线粒体基因组的系统发育结果表明,鲟形目鱼类分为2支:鲟科的7个物种和匙吻鲟科的2个物种分属2个类群(BPN=100,BPM=100,BPP=100),这与经典的系统分类观点一致。隶属于鲟属的中华鲟、俄罗斯鲟及闪光鲟与欧洲鳇聚类,支持率非常高(BPN=100,BPM=100,BPP=100),而将同为鲟属的高首鲟和达氏鲟排除在外,从而表明,线粒体基因组的数据支持将欧洲鳇并入鲟属。基于线粒体基因组数据支持鲟科内部的亲缘关系为:{[(中华鲟+俄罗斯鲟)+闪光鲟]+欧洲鳇}+(高首鲟+达氏鲟),密苏里铲鲟与它们关系最远。     

磷虾类线粒体基因组的特征和基因排列比较

利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和tRNATrp)的易位。与太平洋磷虾线粒体基因组相比,南极磷虾线粒体基因组存在1个转运RNA基因(tRNAAsn)的重复和1个转运RNA基因(tRNAIle)的易位。太平洋磷虾和南极磷虾之间的基因排列并不完全一致,说明在磷虾类内部线粒体基因组的基因排列顺序并不保守。     

拟腹吸鳅属鱼类线粒体基因组特征与系统发育分析

为了解拟腹吸鳅属(Pseudogastromyzon)鱼类的系统发育特征,对已获得的11种该属鱼类进行线粒体基因组的测序与分析,结果表明,其线粒体基因组的长度在16 560～16 574 bp之间,且基因组成和排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组基本一致;各线粒体基因组序列中A+T的含量均超过50%,并存在反G偏倚现象。通过对11种拟腹吸鳅属鱼类线粒体基因组13个蛋白质编码基因与控制区序列的比较发现：在COⅠ基因中有一段6 bp的碱基插入和缺失;D-loop基因的进化速率介于蛋白质编码基因之间,ND4、ND5、Cyt b和D-loop等基因适合作为本属鱼类种间系统发育研究的分子标记。基于COⅠ基因序列的11种拟腹吸鳅属鱼类种间遗传距离以及基于线粒体基因组序列构建的11个种系统发育树研究表明,九龙江拟腹吸鳅(P.fasciatus jiulongjiangensis)与梅花山拟腹吸鳅(P.meihuashanensis)应为拟腹吸鳅(P.fasciatus fasciatus)的同物异名。9个有效种可以分为两大类：颏部吸附器为品字型的3种属于品唇鳅亚属(Labigastromyzon),...     

长臂虾科线粒体基因组结构与系统进化分析

综合分析了长臂虾科(Palaemonidae)14 个物种线粒体基因组的全序列, 发现长臂虾科线粒体基因组的长度为 15396~15967 bp, A+T 含量为 58.97%~69.09%; 长臂虾科内不同属线粒体基因组的基因排列各不相同, 与十足目 (Decapoda)线粒体基因组的原始排列相比, 除沼虾属(Macrobrachium)的基因排列顺序未发生改变外, 长臂虾属 (Palaemon)、叶颚虾属(Hymenocera)和贝隐虾属(Anchistus)的基因排列顺序均发生了不同程度的变化, 此外贝隐虾属(Anchistus)还出现基因缺失现象; 长臂虾属和沼虾属线粒体 13 个蛋白编码基因(protein-coding genes, PCGs)的 Ka/Ks<<1, 显示出很强的纯化选择; 长臂虾科 13 PCGs 在密码子的使用中, 被编码的氨基酸均体现相似的偏好性; 在线粒体基因组的差异位点分析中, 发现 nd5、nd4 和 nd2 基因为理想的分子标记。基于 13 PCGs 系统发育结果表明, 长臂虾属与沼虾属互为姊妹关系, 叶颚虾属和贝隐虾属单独聚为一大支。分子钟的估算结果推测长臂虾科物种可能起源于二叠纪, 随后进一步分化为具有现代表征的长臂虾种类。本研究为快速鉴定长臂虾科生物提供了可靠的分子标记, 并为分析长臂虾科物种遗传多样性提供理论基础。     

莱州湾春季鱼类群落关键种的长期变化

关键种对生态系统结构和功能发挥了重要作用,其变化可以引起群落结构振荡和演替,导致生态系统功能紊乱乃至崩溃,因此,了解生态关键种的长期变化有助于解析整个生态系统演替过程。本研究基于莱州湾1959年、1982年、1993年、2003年和2015年春季(5月)底拖网渔业资源调查数据,构建了莱州湾春季鱼类群落食物网拓扑结构,分析了其关键种的长期变化。1959~2015年莱州湾鱼类食物网包含物种21~46个,摄食关系范围70~296个,食物网拓扑结构密度范围为0.155~0.300,种间关联度0.140~0.182,符合自然条件下群落种间摄食关系。1959~2015年莱州湾鱼类群落关键种如下:1959年为六丝矛尾虾虎鱼(Amblychaeturichthys hexanema)、花鲈(Lateolabrax japonicus)、蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)和黄(Lophius litulon),1982年为鳀(Engraulis japonicus)、黄和小黄鱼(Larimichthys polyactis),1993年为带鱼(Trichiurus lepturus)、鳀和蓝点马鲛,2003年为细纹狮子鱼(Liparis tanakae)、鳀和黄,2015年为细纹狮子鱼、大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)和六丝矛尾虾虎鱼;关键种由经济价值较高的花鲈、小黄鱼和蓝点马鲛等演变为细纹狮子鱼、鳀和六丝矛尾虾虎鱼等经济价值较低的种类;同时,关键种的栖息环境也由中上层与底层生境(蓝点马鲛、花鲈、鳀等)演变为底层单一生境(细纹狮子鱼、大泷六线鱼和六丝矛尾虾虎鱼);关键种的这种更替导致食物网拓扑结构向简单化发展,在某种程度上也增加了鱼类群落结构脆弱性。     

西北地区大水面养殖河蟹技术

20 0 1年我们与河北水利厅合作 ,特聘请上海水产大学的专家对我们这里的三座水库进行资源调查 ,专家们认为小海子水库是天然的养蟹基地。这是一个浅碟型平原型水库 ,库底平坦 ,水草丰茂 ,枯水季节生长的水草可达水面 70 %左右 ,底部腐植淤泥层厚 15cm左右 ,水色呈绿褐色 ,透明度在5 0～ 80cm ,日照时间长 ,日照数波动在 12 2 7～2 74 8h ,年平均气温为 13 5℃ ,日平均气温变动在 - 4 7～ 2 8 2℃之间 ,库区最高气温 39 8℃ ,最低 - 13 8℃ ,月平均水温变化为 2 4～ 2 2 9℃之间 ,月平均最高水温在 7月和 8月 ,最低在 12月和 1月。由于水…     

鱼类细胞工程遗传育种研究进展

介绍了鱼类细胞工程育种的研究状况，主要包括雌核发育、三倍体诱导、核移植、细胞融合4种育种技术及其在生产上的应用。     

Examining changes in participation in recreational fisheries in England and Wales

Abstract Inland fisheries in England and Wales have high economic and social values. Managing participation to maximise fishery performance is key to maintaining this status. The capital value of fishing rights for migratory salmonid fisheries is €165 million. Coarse fisheries contribute €1030 million to the economy. The central tenet to increasing participation in recreational salmonid fisheries is that an increase in stock size will result in more anglers accessing the fishery. This was examined for salmon on the rivers Usk and Lune where exploitation restrictions increased the number of salmon available to anglers. On the River Lune, the number of salmon available post‐intervention increased by 66%. There was no significant increase in catch while the number of anglers decreased by 16.3%. On the River Usk, the closure of the net fishery potentially resulted in an additional ～1200 salmon being available. Following closure, there was no significant change in rod catch or in the number of anglers. Increased participation is dependent less upon stock manipulation for coarse fisheries and more upon facilitating the activity. In recent years, urban fishery development programmes have provided improved access to local fishing opportunity. Also, new anglers have been targeted through campaigns such as Get Hooked on Fishing and the Scout Angler Badge.     

武汉南湖的浮游植物

调查了武汉南湖浮游植物的群落结构,在5个采样站鉴定出浮游植物67种,隶属于7门24科43属,其中绿藻门种类最多(28种),金藻门最少(1种)。浮游植物平均密度为2.489×106ind./L,秋季最高为2.979×106ind./L,夏季最低为1.949×106ind./L;平均生物量为7.94 mg/L,其中隐藻生物量最高,为2.33 mg/L,甲藻和金藻最低,分别为0.06 mg/L和0.01 mg/L;浮游植物的密度和生物量在5个采样站之间无显著性差异,其M argalef多样性指数较低,在1~2之间。     

豢养斑海豹生长规律研究

为研究斑海豹生长规律,达到科学饲养的目的,对大连圣亚旅游控股股份有限公司豢养斑海豹进行体检,获取动物性别、年龄、体质量和体长等信息;通过SPSS 13．0软件对动物的生长曲线、体长-体质量关系和雌雄间生长差异进行分析。试验共获得30头豢养斑海豹的体检数据,雌性11头,雄性19头。统计分析发现：logistic、Gompertz和von Bertalanffy三种模型回归的斑海豹最大体长、体质量依次为167、170、171 cm和153、175、191 kg ;体质量-体长关系为（r2＝0．908）;研究还发现体长-年龄、体质量-体长间的相关关系模型能够较准确的反映斑海豹的生长规律,而体质量年龄模型准确度较差。控制年龄的协方差分析未发现雌雄斑海豹生长规律间的差异（体长：P ＞0．05;体质量：P ＞0．05）。     

Cellulase activity in meiobenthos in wetlands

To validate the involvement of meiobenthos in cellulose breakdown in wetlands, meiobenthos were collected from sediments of Lake Furen and the Biwase River in Hokkaido Prefecture, the Kako River in Hyogo Prefecture, and the Chinai River in Shiga Prefecture. Cellulase activities of the meiobenthos were measured by cellulose zymographic analysis using sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) gels containing 0.5% carboxymethyl cellulose. The results showed that most of the Turbellaria, Nematoda, Harpacticoida, and Oligochaeta species exhibited cellulase activity. The molecular sizes of the cellulase-active bands of the sediments in Lake Furen, the Biwase River, and the Chinai River coincided with those of meiobenthos. The findings suggest that meiobenthos might play a major function in cellulose breakdown in these wetlands. This paper is the first to report cellulase activity in meiobenthos and that they are possibly involved in the breakdown of cellulose in wetlands.     

Innovation in small-scale aquaculture in Chile

In light of the current depletion of extractive marine resources and the sustainability issues that have arisen in the aquaculture industry, the small-scale aquaculture sector has emerged as a viable and sustainable alternative for generating income. To integrate the small-scale aquaculture sector into the food value chain, understanding the decision-making process to innovate becomes essential. This paper explores the factors underlying both innovation choices and intensity among small-scale aquaculture producers by utilizing exclusive census data from the small-scale aquaculture sector in Chile. The results indicate that education, secure property rights, internet access, participation in organizations, commercialization methods, government instruments, understanding of credit, and social learning promote innovation decisions. We also find that largest producers innovate in more areas, suggesting a role of size for both technological and non-technological innovations.