填海工程对海洋沉积物微生物群落的影响

为了解海域微生物的群落结构和空间差异,探究其与环境的潜在联系,选择大型石化基地浙江舟山市鱼山岛海域,以期为我国海洋工程建设的环境管理提供技术支撑。在基地建设围填海时期,设置10个海域生态监测站,按《海洋监测规范》和《海洋调查规范》对海域沉积物进行取样调查。结果显示,海域环境明显受到长江、钱塘江等入海河流的影响,有机碳(TOC)、石油类(Oil)、砷(As)、镉(Cd)、铜(Cu)和铅(Pb)均在海域西北形成高值区,并逐步向东部海域递减。应用Illumina MiSeq宏基因组高通量测序技术,在海域沉积物中鉴定得到古菌和细菌共39门、260科、431属。从门水平上看,变形菌门(Proteobacteria)在各站位均表现出明显优势,其相对丰度占总数的39%;其它较为丰富的门类包括放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和泉古菌(Crenarchaeota)。从属水平上看,Gamma变形菌是最主要的优势菌,其它主要种类还有Deltar变形菌、拟杆菌、放线菌、酸杆菌、浮霉菌(Planctomyces)、Beta变形菌和黏球菌(Myxococcus),Delta变形菌成为微生物群落的主要种类之一,显示海域环境一定程度地受到了沿岸人类活动的影响。微生物与环境因子的相关性分析表明,有机碳、砷和底栖生物对微生物门水平的群落分布具有显著性影响,奇古菌、黏胶球形菌和P-SR1与石油类、砷、铅、镉等重金属呈显著负相关。     

小湾库区微生物群落结构多样性与水质状况分析

为了解小湾库区水域微生物多样性,通过16S rDNA基因扩增和高通量测序分析了小湾库区6个采样点水域微生物群落结构组成及多样性差异。结果显示,小湾库区水体整体呈偏碱性,且含氧量丰富,COD含量为14.79~24.47 mg/L,TN浓度为0.53~2.39 mg/L,TP浓度为0.14~1.17 mg/L。不同采样点微生物Chao1指数、覆盖率均较高,Shannon指数为3.42~4.48,Simpson指数为0.029 8~0.091 9,反映出各采样点微生物群落多样性丰富,其中群落丰富度以W06区域最高。各采样点的菌门主要有变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi),丰度之和可达90%以上,且以变形菌门为优势菌门；在属水平上以不动杆菌属(Acinetobacter)为第一优势菌属。POCA分析表明,W05、W06区域聚为一类,而W01、W02、W03、W04区域聚为一类,具有显著差异。结果表明,小湾库区水域整体水质状况良好,但部分区域已出现水体富营养化现象且有扩散趋势,需采取环境治理措施。从渔业可持续发展来看,应通过合理放养、合理捕捞的方式,充分利用水域中天然饵料资源,在保证小湾库区水力发电的正常运行的前提下,适当开发小湾库区渔业潜力。     

工厂化循环水养殖系统微生物群落结构和功能分析

为比较循环水系统中各水处理单元细菌群落组成、物种多样性和功能的差异,通过高通量测序技术分析该系统养殖池、沉淀池、蛋白分离池、生物滤池和海马齿浮床池水体中的菌群组成,并进行菌群功能预测。结果显示,与其他池相比,生物滤池和海马齿浮床池中α-变形菌纲显著减少,拟杆菌门明显增高。疣微菌门在生物滤池中的相对丰度显著高于其他池。从属的水平分析,优势菌Loktanella在沉淀池和蛋白分离池的占比是其他池的2～3倍,Rubritalea在生物滤池的占比明显高于其他池。海马齿浮床池菌群丰度和菌群多样性均最高,生物滤池菌群丰度最低。在群落组成和结构方面,生物滤池和海马齿浮床池与其他样品相似度最低。PICRUSt功能预测结果显示,该循环水系统中细菌群落占优势的功能类群主要集中在新陈代谢方面。比较各单元细菌群落功能相似性发现,沉淀池和蛋白分离池较相似,生物滤池则与海马齿浮床池类似。另外氮代谢功能基因的相对丰度在海马齿浮床池中更高。该试验结果可为构建适合于中国南方地区的循环水养殖系统提供数据支撑和技术支持。     

复合垂直流人工湿地植物与基质层微生物群落特征比较分析

为了解复合垂直流人工湿地系统对海水养殖尾水中各形态氮的处理效果, 以及植物与不同基质层微生物群落特征的相似性和差异性, 以互花米草(Spartina alterniflora)-细砂-煤渣-碎石构建的复合垂直流人工湿地系统为研究对象, 研究了该系统对海水石斑鱼养殖尾水中 COD、NO₃ ^– -N、NO₂ ^– -N、NH₄ ⁺ -N 和总氮(TN)的去除效果, 并采用高通量测序技术分析了植物根际和不同基质层微生物群落特征。结果表明, 复合垂直流人工湿地系统对污染物有较好的去除效果, 出水中 COD、NO₃ ^– -N、NO₂ ^– -N、NH₄ ⁺ -N 和 TN 的平均浓度分别为 4.00 mg/L, 0.15 mg/L, 0.16 mg/L, 0.04 mg/L, 0.64 mg/L。植物根际样品和细砂层样品的微生物群落丰富度和多样性较高, 与其他基质层样品具有明显差异; 在门分类水平上优势菌以变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、绿弯菌门和厚壁菌门为主, 相对丰度分别为 53.7%、11.5%、11.9%、6.4%、3.7%; 在纲分类水平优势菌以 α-变形菌纲、γ-变形菌纲、放线菌纲和拟杆菌纲为主, 相对丰度分别为 30.1%、20.9%、11.9%、10.3%; 人工湿地中丰度最高的脱氮功能菌包括亚硝化单胞菌属、硝化螺菌属、 芽孢杆菌属、假单胞菌属和不动杆菌属; 系统中微生物代谢功能丰富, 且所有样品功能组成相似; 相同基质层样品的微生物群落组成差异较小, 二级湿地单元各基质层样品微生物群落的差异程度与一级湿地单元相比较小。     

斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用,深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征,并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示,斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化,冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）,与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示,冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富,冬季和春季分布较为集中,分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门,秋季特异性优势菌群分布特别分散,而夏季优势细菌类群最少,只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中,透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05）,对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

石斑鱼循环水养殖系统微生物群落结构

通过16S rRNA基因片段高通量测序研究了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)和东星斑(Plectropomus leopardus)循环水养殖系统水体细菌种群结构。结果显示石斑鱼循环水养殖系统中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospira)。其中养殖塘、固液分离池、沉淀池和蛋白分离池中主要优势细菌为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),紫外消毒池和补氧池中则以a-变形菌纲(Alphaproteobacteria)为主,而生物滤池中两者比例接近,均为优势种群。从养殖塘到补氧池细菌多样性指数先降低后升高,生物滤池中达到最高值,之后再次下降至紫外消毒池中达到最低值,补氧池中有所回升。PCoA分析和聚类分析结果表明,养殖水在紫外消毒前后其细菌群落组成有着明显的差异。水质理化指标检测表明,经过净化处理后,循环系统的养殖水溶解氧含量上升,氨氮和亚硝酸盐含量下降并维持在较低的浓度。环境因子与细菌群落结构相关性分析结果表明,磷酸盐、pH、溶解氧和温度等指标可能对细菌群落结构影响相对较大,但未发现两者间有很显著的相关性,这可能与实验样本较少有关。     

裙带菜配子体与孢子体的附生微生物群落组成分析

裙带菜(Undaria pinnatifida)是一种重要的大型褐藻,具有较高的经济和食用价值。藻类的附生微生物既能通过代谢产物调控宿主藻类的生长发育,特定条件下又可能导致病害。了解裙带菜附生微生物群落组成对研究裙带菜与附生微生物间的相互作用、种质资源的有效保存以及防治藻类病害等有重要意义。现有研究大多集中于海带和紫菜,关于裙带菜的附生微生物,特别是不同生活史的对比研究还很少。本研究通过16S rRNA基因高通量测序发现,裙带菜配子体和孢子体的附生细菌群落组成有明显差异,配子体样品中的细菌群落丰度和多样性均大于孢子体。配子体中变形菌门(Proteobacteria)(66.67%)为第一优势菌门,其次为拟杆菌门(Bacteroidetes)(13.48%)和蓝细菌门(Cyanobacteria)(11.13%),α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(34.58%)为第一优势菌纲,其次为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)(31.01%);而孢子体中蓝细菌门(95.67%)占绝对优势,其次为放线菌门(Actinobacteria)(1.65%)和厚壁菌门(Firmicutes)(1.48%)。裙带菜样品经18S rRNA基因测序检测出链形植物(Streptophyta)、纤毛虫门(Intramacronucleata)、担子菌门(Basidiomycota)、顶复亚门(Apicomplexa)、节肢动物门(Arthropoda)、硅藻门(Bacillariophyta)、脊索动物门(Chordata)、腹毛动物门(Gastrotricha)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉菌门(Mucoromycota),其中,担子菌门、子囊菌门和毛霉菌门属于真菌,孢子体的真核微生物群落丰度大于配子体。本研究确定了裙带菜配子体和孢子体附生微生物群落组成以及不同细菌和真核微生物的相对丰度,结果表明,2个世代之间存在显著差异,为后续研究藻类宿主与微生物之间的相互作用、提高海带目褐藻种质保存技术提供了基础的数据支持。     

不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构,本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示,网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高,而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门,其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门,推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上,网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高,且益生菌群占比高,潜在致病菌较少,是比较健康的养殖模式。     

青藏高原小柴旦盐湖微生物群落结构及多样性

通过探究小柴旦盐湖微生物群落结构与多样性,为盐湖微生物资源的开发利用和生态保护提供重要的理论参考依据。利用Illumina Mi Seq测序平台对小柴旦盐湖细菌和古菌的16S rRNA基因(V3~V5区)进行高通量测序,获得细菌和古菌的物种注释OTU(Operational Taxonomic Units)数目分别为870和410,其中分类地位明确的细菌有18门、24纲、135属,古菌2门、4纲、22属。细菌优势类群依次是厚壁菌门(Firmicutes,34.05%)、变形菌门(Proteobacteria,32.91%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.01%)和蓝细菌门(Cyanobacteria,8.46%);优势种群依次是芽孢杆菌属(Bacillus,21.53%)、Chloroplast-norank(6.65%)和海杆菌属(Marinobacter,4.05%)。古菌的优势类群和优势种群主要是未确定分类地位的沃斯古菌门(Woesearchaeota DHVEG-6,80.84%),相关的系统分类学尚需深入研究。小柴旦盐湖微生物的种群结构复杂、类群丰富,细菌Shannon多样性指数(4.77±0.45)显著高于古菌(2.79±0.45),且存在大量的新种资源。     

大豆浓缩蛋白对大黄鱼生长和肠道微生物菌群的影响

用大豆浓缩蛋白(SPC)替代鱼粉饲喂大黄鱼(Larimichthys crocea),以探究其对幼鱼生长、肠道结构及肠道微生物菌群的影响.选取初始体重为(10.50±-0.04)g的大黄鱼幼鱼,SPC替代鱼粉的比例分别为0％ (SPC0,对照组)、25％ (SPC25)、50％ (SPC50)、75％ (SPC75)和...     

玉米蛋白粉对大黄鱼生长、肠道组织结构及肠道菌群的影响

为了探讨玉米蛋白粉替代鱼粉对大黄鱼(Larimichthys crocea)生长、肠道组织结构及肠道微生物菌群的影响,进行了为期8周的生长实验。以初始体重为(10.49±0.03)g的大黄鱼幼鱼为研究对象,用玉米蛋白粉分别替代基础饲料(含40%鱼粉)中0%(FM,对照组)、15%(CGM15)、30%(CGM30)、45%(CGM45)、60%(CGM60)、75%(CGM75)的鱼粉,配制6种等氮(粗蛋白含量45%)等脂(粗脂肪含量10%)的实验饲料。56 d投喂实验结束后,各处理组幼鱼的存活率与特定生长率以及饲料系数等指标均无显差异(P0.05)。从肠道组织学发现,各处理组与对照组(FM)的幼鱼肠道组织结构肠黏膜、皱襞高度、杯状细胞个数均无显著差异性(P0.05),但CGM60组的幼鱼部分肠黏膜上皮细胞被破坏,上皮细胞排列紊乱,纹状缘出现缺刻,肠绒毛部分出现脱落或破损;CGM75组的幼鱼肠道的皱襞高度变短,皱襞密度降低,皱襞个数减少。选取FM、CGM15(生长相对较好)和CGM75(生长相对较差)三组运用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析幼鱼肠道菌群的物种丰富度指数(chao1)、香农指数(Shannon)、辛普森指数(Simpson)和覆盖率(good coverage)均无显著差异(P0.05);基于门水平,FM、CGM15和CGM75组的幼鱼肠道细菌中优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)。而在属水平,类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)为其优势菌群。分析属水平差异菌属发现,与FM组相比较,CGM15和CGM75组均显著增加了链球菌属(Streptococcus)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM15组显著降低了德沃斯氏菌(Devosia)和纤维弧菌属(Cellvibrio)的物种丰度(P0.05);与FM组相比,CGM75组显著增加了葡萄球菌属(Staphylococcus)的物种丰度(P0.05)。综上所述,玉米蛋白粉替代鱼粉达45%时对大黄鱼幼鱼的生长、肠道组织结构及肠道优势菌群均影响不大。     

采用Illumina MiSeq测序技术比较日本鲭和大黄鱼冷藏期间的腐败特性

为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐败及组胺产生相关性,结合功能预测分析细菌群落组成与代谢功能之间的关系。结果显示,冷藏期间日本鲭和大黄鱼的pH、挥发性盐基氮、组胺、菌落总数等均呈上升趋势,且日本鲭上升较快;冷藏末期2种鱼TVB-N值和组胺含量分别达到76.34、59.98和59.92、3.11 mg/100 g;日本鲭肌肉中细菌丰富度和多样性先增加后减少,大黄鱼则整体呈下降趋势;2种鱼肌肉中的优势腐败菌均为希瓦氏菌属;日本鲭体内与TVB-N产生相关的菌共12种,其中10种与组胺产生具有显著相关性;大黄鱼体内与TVB-N产生相关的菌共7种,但未检测出与组胺产生具有相关性的细菌;冷藏过程中氨基酸代谢和碳水化合物代谢为最主要的代谢通路,日本鲭样品组氨酸、精氨酸、脯氨酸等氨基酸代谢相关基因和丁酸丁酯代谢、丙酸酯代谢及丙酮酸代谢丰度均显著高于同一时期的大黄鱼,本实验从微生物代谢水平解释了日本鲭比大黄鱼更易腐败的原因,为不同水产品腐败特性的研究提供新思路。     

大黄鱼高温适应的转录组学分析

为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|2和FDR0.05,共检测到1 259条显著差异表达基因。其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达。随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠。进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。     

哈尼梯田稻鲤共作模式下的微生物群落结构

为了探究哈尼梯田稻鲤共作模式(复合生态系统)微生物菌落结构特征,本实验拟采用高通量测序技术对稻鲤共作(RC)与稻田单作(CK)2种模式下水体、表层以及根系土壤及鲤肠道细菌(16S rDNA)多样性特征进行分析。高通量测序结果显示,复合生态系统中主要细菌门类为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门及硝化螺旋菌门等。与CK相比,RC表层土壤中绿弯菌门和厚壁菌门相对丰度显著增加,主要显著增加的优势菌属为厌氧绳菌(Anaerolineaceae_norank)、Aminicenantes_p_norank、未定义的绿弯菌(Chloroflexi_P_unclassified)、梭菌(Clostridium_sensu_stricto_1)、梭菌(C._sensu_stricto_12)、互营菌(Syntrophaceae_f_norank)、芽单胞菌(Gemmatimonadaceae_f_norank);RC根系土壤中绿弯菌门含量显著高于CK组,主要是Anaerolineaceae_norank、Sideroxydans、Aminicenantes_p_norank、Chloroflexi_p_unclassified、Gemmatimonadaceae_f_norank优势菌属显著增加。RC模式中鲤肠道优势菌主要为厚壁菌门和变形菌门,其中厚壁菌门相对丰度为58.59%,超过一半的丰度。RC模式组相比CK组,土壤的有机质、总氮、总磷等理化指标都有所降低,其中pH、总磷和速效磷显著降低;稻田表层和根系土壤的细菌Sobs指数及PD指数也均增加,其中稻田表层土壤组显著增加。研究表明,增加鲤养殖后,稻田表层土壤的理化性质和细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系和养殖生物肠道的群落结构产生了影响。本研究初步揭示了RC复合生态系统优于CK系统的微生物生态基础。     

孵化至12月龄大黄鱼免疫器官的发育变化

研究孵化至12月龄大黄鱼的淋巴器官如头肾、胸腺、脾的生长发育和免疫细胞数量的变化,首先应用显微与超微技术研究大黄鱼初孵仔鱼至12月龄免疫器官——头肾、胸腺与脾脏的发育。3日龄仔鱼出现头肾原基,原始造血干细胞最早被发现于头肾,很快分化成不同类型的细胞。4日龄仔鱼出现脾脏原基和胸腺原基。脾脏靠近内脏,含大量窦状隙,有丰富的毛细血管、血细胞与血小板。胸腺是最迟出现的淋巴器官,但发育较快。胸腺位于鳃腔背上角,主要由胸腺细胞(淋巴细胞)和上皮细胞组成,分为外区和内区,二者虽没有明显界限,但容易区分。研究结果还表明,随着年龄和鱼体重量的增长,胸腺、头肾和脾脏的重量均有增长的趋势,脾脏重量与体重的关系要比与年龄的关系更为密切,头肾、胸腺重量与年龄的关系要比与体重的关系更为密切。胸腺、头肾和脾脏的白细胞总数随着年龄的增长不断增加。但每毫克胸腺、头肾和脾脏内白细胞数量与年龄间线性关系不明显。头肾比脾脏淋巴化程度高。在研究中发现,血液内各细胞组成与大黄鱼月龄及季节的变化没有明显的改变。     

健康和患病卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异

为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。     

凡纳滨对虾养殖环境及肠道微生物群落特征分析

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化,本实验采用Illumina MiSeq测序平台,基于16S rRNA基因的测序结果,对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示,86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道;有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化,46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6,相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群,在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲;从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未...     

运用超声波标志法分析水槽养殖条件下大黄鱼行为特性

为了解养殖大黄鱼的行为特征,于2018年8月27日至28日利用超声波标志法,对4尾大黄鱼使用体内植入法进行24 h行为跟踪,获得了水槽中养殖大黄鱼昼夜垂直运动深度及水平位置数据。结果显示:①垂直运动,实验鱼在不同时间段的平均运动深度依次为(0.89±0.51) m (18:00—24:00)、(0.73±0.50) m (次日0:00—6:00)、(1.04±0.50) m (次日6:00—12:00),(1.00±0.45) m (次日12:00—18:00),总体活跃深度为0.50～1.25 m;②水平运动,根据水槽水平区域划分可知,实验鱼在水槽壁周围出现的次数约(159.0±9.5)次,占总体数据约27%,非绕壁运动区域出现次数约(489.0±12.5)次,占总体数据约73%,说明实验鱼主要集中于水槽内部进行无规则运动,偶尔出现绕壁运动。本实验首次运用超声波标志跟踪法研究了水槽养殖条件下大黄鱼的行为特性,旨在为分析养殖大黄鱼运动行为和活动状态提供理论依据和数据支持。     

大黄鱼雌雄性腺长链非编码RNA的挖掘与差异分析

为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。     

饲料中菜籽油替代鱼油对大黄鱼生长、肌肉脂肪酸组成和体色的影响

以初始体质量为(13.56±0.05)g的大黄鱼为对象,研究饲料中菜籽油替代鱼油对大黄鱼生长、肌肉脂肪酸组成和体色的影响。以鱼油组为对照组,用菜籽油分别替代25%、50%、75%、100%的鱼油,配制5种等氮等脂的实验饲料,在海水浮式网箱中进行为期8周的摄食生长实验。结果显示,饲料中不同水平菜籽油替代鱼油对大黄鱼的存活率(SR)和特定生长率(SGR)均无显著性影响;但饲料系数(FCR)随着替代水平的增加呈上升趋势,在100%替代组显著高于对照组。各处理组之间全鱼粗蛋白质、粗脂肪、灰分和水分含量均无显著性差异。肌肉中脂肪酸和饲料中脂肪酸线性关系分析表明,随着菜籽油替代鱼油水平的升高,大黄鱼肌肉中C18∶0、C18∶1、C18∶2n-6和C18∶3n-3含量不断增加,而C20∶4n-6和C22∶5n-3含量不断降低。肌肉中的饱和脂肪酸(SFA)含量随着替代水平的升高而升高,与饲料中SFA含量的变化趋势相反。菜籽油替代鱼油对大黄鱼腹部皮肤亮度值(L*)无显著性影响,但显著影响了背部皮肤L*值,100%替代组L*值显著高于对照组。对照组腹部皮肤红色值(a*)显著高于替代组;与腹部皮肤红色值相反,对照组背部皮肤红色值低于各替代组。菜籽油替代鱼油对大黄鱼背部和腹部皮肤黄色值(b*)均无显著性影响。研究表明,在本实验条件下,菜籽油替代鱼油对大黄鱼生长和体组成无显著影响,却显著影响了大黄鱼的肌肉脂肪酸组成和体色。