基于网络药理学探讨艾草抗鸡马立克病毒的活性成分与作用机制

运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒（Marek’s disease virus,MDV）的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。     

基于网络药理学探讨柴胡龙骨牡蛎汤治疗癫痫的作用机制

目的 基于网络药理学、生物信息学等方法研究神经递质参与柴胡龙骨牡蛎汤（CLMD）抗癫痫潜在机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）预测、筛选CLMD可能的生物活性成分,并预测其靶点。利用药物靶点数据库挖掘癫痫相关靶点,构建CLMD药效分子-靶点网络及CLMD药效分子-癫痫靶点网络,采用ClueGo分析CLMD治疗癫痫可能的分子机制,使用锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型进行相关机制验证。结果 从TCMSP中获得CLMD中活性成分42个及110个药效分子靶点基因。利用数据库获得213个癫痫靶点。CLMD生物活性成分-癫痫靶点网络构建分析,最终得到CLMD治疗癫痫的169个关键基因,包括共同靶点11个,分别为：CHRNA2、CYP1A2、CYP3A4等。通路富集分析显示,这些重要靶点能够富集到在癫痫发生发展中发挥重要作用的通路上,如GABA-A受体、多巴胺能、谷氨酸能、神经递质受体等信号通路。动物实验验证,CLMD能提高锂-匹罗卡品癫痫大鼠GABA水平,降低DA水平,保护海马CA1区神经元细胞。结论 CLMD治疗癫痫具有多系统、多成分、多靶点的特点,特别是调整神经递质代谢水平。     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学和分子对接研究山慈菇对肺癌的作用机制

本研究基于网络药理学和分子对接技术探索中药山慈菇的有效活性成分及其对肺癌疾病中的作用机制.通过检索TCMSP提取山慈菇的有效成分及其作用靶点,检索GeneCards数据库和Drugbank数据库提取肺癌疾病靶点信息,运用STRING数据库构建疾病和药物共同靶点蛋白-蛋白相互作用网络,使用Cytoscape3.7.1软件...     

基于网络药理学和分子对接技术的新生化颗粒活血化瘀作用机制研究

采用网络药理学和分子对接技术,探究新生化颗粒活血化瘀关键作用机制。基于文献检索和中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选新生化颗粒的主要效应成分;通过PharmMapper、TTD和DrugBank等数据库挖掘活性成分作用靶点和活血化瘀相关靶点;借助STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用Cytoscape软件进行网络可视化和拓扑学分析;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用AutoDock软件将主要活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果表明：新生化颗粒含有阿魏酸、藁本内酯和水苏碱等55个活性成分,其调节活血化瘀的关键靶点包括TNF-α、IL1β和MAPK1等。核心通路主要为HIF-1α信号通路、TNF-α信号通路及雌激素信号通路等。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合活性。综上,新生化颗粒中阿魏酸、藁本内酯、水苏碱等主要活性成分,通过作用于TNF-α、IL1β和MAPK1等靶点,激活或抑制HIF-1α、TNF-α和雌激素等相关信号通路而发挥活血化瘀作用。该研究阐释了新生化颗粒活血化瘀的潜在作用机制,为其深度研究和二次开发提供重要理论依据。     

基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎作用机制

目的 基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选出当归芍药散活性成分及其相关靶标基因;使用Genecards数据库筛选慢性盆腔炎靶标基因;借助STRING在线数据库获取靶标基因相互作用关系;采用David数据库进行GO生物学过程分析和KEGG通路功能富集分析;利用cytoscape软件构建当归芍药散治疗慢性盆腔炎“活性成分-作用靶标-通路”网络。结果 当归芍药散的核心活性成分有山柰酚、β-谷甾醇等,核心作用靶标有PTGS2、TNF、JUN等;GO生物学过程分析结果表明当归芍药散活性成分的基因功能主要表现在药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、凋亡过程的负调节、信号转导等生物学过程; KEGG结果表明当归芍药散主要作用与TNF、Toll样受体等信号通路有关。结论 当归芍药散活性成分山柰酚、β-谷甾醇等可能通过TNF、Toll样受体等信号通路作用于PTGS2、TNF-α、JUN、IL-6等关键靶标基因进而发挥其临床功效,达到治疗慢性盆腔炎等疾病的目的。     

基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制，利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点，运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制，利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接，对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明，共筛选出核桃活性成分5种，与HUA有交集靶点16个；富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路；通过分子对接验证试验可知，核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

网络药理学方法研究三七治疗关节炎的作用机制

运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,以化合物口服利用度(OB)30%、药物相似性(DL)0.18为条件,检索得到三七(Panax notoginseng)的主要有效成分;通过Drugbank、UniProt数据库进行活性成分靶点提取并用GeneCards、OMIM数据库筛选出关节炎的相关靶点,制作三七治疗关节炎的相关靶点的Veen图,进而使用Cytoscape 3.6.0软件、String数据库分别绘制三七-有效活性成分-靶基因-关节炎的中药网络调控图和蛋白互作(PPI)网络图,最后以R语言为工具,筛选关键靶点并分析其生物过程和重要信号通路,利用网络药理学方法探究三七治疗关节炎的作用机制。结果表明,检索到三七的8个主要成分,得到β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等;预测三七治疗关节炎的相关靶点131个;三七关键靶点主要涉及蛋白质异二聚活性、DNA结合转录激活活性,RNA聚合酶II特异性、细胞因子受体结合等生物过程;主要通过糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、乙型肝炎等重要信号通路发挥治疗关节炎的作用。     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

镉低积累药用植物盆栽及大田筛选试验

目的 比较不同植物对重金属镉积累能力差异,筛选出镉低积累药用植物种类。方法 以夏枯草、益母草、薄荷为供试材料,通过盆栽和大田试验,采用原子吸收光谱法测定植物中镉的含量。结果 三种植物积累镉的能力存在差异,益母草 > 薄荷 > 夏枯草。益母草在镉污染土壤中其地上部分镉含量随土壤镉浓度增高而增高,而生长不受影响,属于抗性植物。在镉胁迫下,薄荷、夏枯草生长受到抑制,植物中镉含量较低,且随土壤镉浓度增加植物中镉含量变化较小,属于镉低积累植物。结论 益母草为镉高积累植物,且生长不受影响,可以作为富集植物治理镉污染;薄荷中镉主要积累在地下部分,而其以地上部分入药,夏枯草为镉低积累植物,两者均为可在镉污染地区种植的药用植物。     

夏枯草多糖和黄酮含量与主要环境因子的相关性及优质种源筛选

目的 探明不同地理种源野生夏枯草Prunella vulgaris L.的品质差异,揭示影响夏枯草药用成分含量的主要环境因子,为合理开发和有效保护夏枯草种质资源提供理论支撑。方法 以10个分布在全国不同地理区域的夏枯草地理种源为研究对象,比较分析不同地理种源夏枯草多糖和黄酮的含量差异,并利用Pearson相关分析研究多糖和黄酮含量与环境因子之间的关系,利用聚类分析和隶属函数评价法筛选高品质地理种源。结果 不同地理种源夏枯草多糖和黄酮含量差异显著,多糖质量分数为70.45~120.39 mg·g^-1,黄酮质量分数为34.40~59.04 mg·g^-1,其中湖北宜昌种源多糖含量最高,广西桂林种源黄酮含量最高,质量分数分别达到120.39和59.04 mg·g^-1。夏枯草中的多糖含量与黄酮含量呈极显著负相关。影响夏枯草多糖含量的主要环境因子是经纬度和海拔,影响黄酮含量的主要环境因子是经度、海拔、年平均气温、年日照时长和年降水量。聚类分析将10个地理种源分为3类。广西桂林种源平均隶属函数值最大,综合品质最优。结论 不同地理种源夏枯草药用成分含量差异显著,不同环境因子对主要药用成分影响程度不同,筛选出的品质较佳地理种源及不同地理种源排名可为夏枯草种质资源选育和开发利用提供依据。     

网络药理学方法研究石菖蒲治疗神经退行性疾病的作用机制

目的 从系统水平研究石菖蒲治疗神经退行性疾病的有效成分和作用机制。方法 采用计算机网络药理学方法,从中药系统药理学数据库中筛选石菖蒲治疗神经退行性疾病的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络。结果 通过网络药理学方法筛选出石菖蒲活性成分20种,显示该中药化学成分和作用靶点与阿尔茨海默病、抑郁症和帕金森综合征等神经退行性疾病之间存在一定的联系。结论 通过网络药理学方法构建的石菖蒲网络可以将该中药化学成分的聚类、差异以及有效成分与相关靶标及疾病的复杂分子作用机制可视化。     

基于网络药理学黄精抗炎活性成分及作用机制研究

黄精属百合科黄精属，性味甘甜，食用爽口，具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制，借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分，利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因，借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因，取交集获取黄精抗炎潜在靶点；在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释；使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图，STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标，生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路，主要涉及Pathways in cancer（癌症的途径）、Prostate cancer（前列腺癌）、IL-17 signaling pathway（IL-17信号通路）、Hepatitis B（乙型肝炎）通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。     

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。     

咀嚼槟榔与口腔癌风险的Meta分析

目的 综合评价咀嚼槟榔与口腔癌之间的关联。方法 检索PubMed、CNKI、维普、万方数据库、中国生物医学文献数据库,全面查找研究咀嚼槟榔和口腔癌的相关文献,严格按照纳入、排除标准和质量评价体系,剔除不相关文献之后,采用Rev Man 5.3软件对其进行Meta分析,评估槟榔与口腔癌的关联性。结果 纳入18篇文献（16篇病例对照,2篇队列研究）,包括患者3 170例,对照人群242 085例。采用随机效应模型,咀嚼槟榔对口腔癌的合并检验分析结果为：Z=7.57,P<0.01,合并后的OR为8.93,95%的CI为[5.07-15.47],同时嚼槟榔的次数和时长都与口腔癌有关联（P<0.01）。结论 咀嚼槟榔与口腔癌有关联,口腔癌的发病风险随嚼槟榔年份和量的增加而增加。     

OsRAC3调控水稻籽粒性状的功能分析

目的 RAC/ROPs是一类植物特有的小G蛋白，作为分子开关参与众多的植物信号转导途径。OsRAC3通过与细胞分裂素信号组分互作，调控水稻Oryza sativa L.冠根发育，但是否影响水稻地上部分的性状尚不清楚。本研究主要分析OsRAC3对水稻穗发育以及产量性状的影响。方法 对水稻OsRAC3promoter::GUS转基因植株的花序组织进行GUS染色，分析OsRAC3的表达模式。分析转基因材料持续激活型突变体(CA-osrac3)和显性失活型突变体(DN-osrac3)2种试验材料的每穗粒数、粒长、粒宽、千粒质量等主要农艺性状。结果 OsRAC3在花序分生组织、雄蕊和雌蕊中强烈表达；CA-osrac3株系的穗粒数减少，籽粒更加饱满，粒长、粒宽、千粒质量均显著高于野生型；DN-osrac3株系的穗分枝数少且育性差，籽粒粒长、粒宽、千粒质量则显著低于野生型。结论 OsRAC3影响水稻穗的发育过程，持续激活型突变体CA-osrac3促进水稻籽粒的发育；OsRAC3在水稻高产育种和遗传改良中具有重要的应用价值。     

蛹虫草多糖抗乳腺癌转移作用及机制研究

目的 研究蛹虫草多糖抗乳腺癌转移的作用及机制。方法 30只小鼠随机分为3组,分别为模型组、蛹虫草多糖低剂量组（20 mg/kg）和蛹虫草多糖高剂量组（80 mg/kg）,所有动物采用尾静脉接种4T1乳腺癌细胞建立乳腺癌肺转移模型,后2组接种后连续腹腔注射给予蛹虫草多糖15 d。以肺组织表面的肿瘤结节数、血清MMP-2和MMP-9含量、肺组织病理为检测指标;采用CCK8法检测蛹虫草多糖对4T1细胞增殖的影响;采用Caspase-3/7检测试剂盒测定细胞凋亡情况。结果 与模型组比较,蛹虫草多糖高剂量组能够明显降低小鼠肺部的肿瘤结节数（P<0.01）;与模型组比较,蛹虫草多糖高剂量组能够显著降低血清MMP-2和MMP-9的含量（P<0.01）;显微镜下发现,蛹虫草多糖高剂量组的肺组织肿瘤转移灶体积和数量均少于模型组。蛹虫草多糖对乳腺癌4T1细胞增殖具有浓度依赖性趋势的抑制作用,半数抑制浓度（IC₅₀）为0.092 mg/mL;与溶媒组比较,0.10 mg/mL和0.20 mg/mL的蛹虫草多糖可以显著增加Caspase-3/7的表达（P<0.01）。结论 蛹虫草多糖可抑制乳腺癌肺转移,其作用机制可能与抑制MMP-2和MMP-9的表达和直接的抗肿瘤作用有关。     

苦苣菜内生菌的筛选及其次级代谢产物分析

为开发陕北野生苦苣菜内生菌资源,发现潜在药用活性成分和新的医药先导化合物。以苦苣菜健康植株的根、茎、叶为材料,采用平板对峙培养法测定其对11株供试指示菌的抑菌活性,以苦苣菜提取液为对照,对各拮抗菌株的发酵液进行薄层层析、硅胶柱层析和高效液相色谱分析。从中共筛选出95株内生菌,通过抑菌试验发现其中20株对1种或多种指示菌具有抑菌活性,占分离菌株数的21.05%,其中UG-004、UG-036、UY-085、CY-009、CJ-014、CG-033和CG-035 7株具有较强谱抑菌活性。薄层层析检测结果表明,菌株CG-035的发酵产物在R_f为0.35处有与苦苣菜提取液的层析带迁移率相当的显色带。并通过高效液相色谱分析确定其主要成分为黄酮类物质。菌株CG-035能发酵产生黄酮类或其类似化合物,表明苦苣菜内生菌在次级代谢产物方面具有研究潜力,这为内生菌在微生物药物研究方面提供了理论依据。