猕猴桃种质资源的SRAP遗传多样性分析及指纹图谱构建

为探讨猕猴桃种质资源的遗传多样性,利用SRAP标记对32份猕猴桃种质资源进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。结果表明,从49对SRAP引物中筛选出12对引物进行PCR扩增,共扩增出191条带,其中多态性条带186条,多态性比率为97.38%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.893 3、1.969 0、1.400 6、0.221 0和0.387 9,说明32个猕猴桃品种(系)间具有较丰富的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)结果显示:32个猕猴桃种间遗传变异占总变异的51.87%,种内遗传变异占总变异的48.13%。利用UPGMA构建32份猕猴桃种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.77处可将32个猕猴桃品种(系)分为4组,聚类结果与猕猴桃传统分类基本一致。利用4对引物扩增的15个多态性位点构建了32个猕猴桃品种(系)的DNA指纹图谱,可以将32个猕猴桃品种(系)区分并准确鉴定。     

观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了解观赏石榴种质资源遗传多样性及其亲缘关系,对35个观赏石榴品种利用ISSR标记技术进行遗传关系分析。筛选出多态性高的8条ISSR引物,共扩增出168个DNA位点,其中多态性DNA位点有158个,多态性位点比率(PPB)为94.05%。平均观察等位基因数(Na)为1.940 5,平均有效等位基因数(Ne)为1.678 5,平均Nei's基因多样性指数(He)为0.379 9,平均Shannon信息指数(I)为0.553 0。品种间遗传相似系数(GS)介于0.416 7~0.922 6,表明观赏石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似性系数(GS)0.668为阈值,将35个观赏石榴品种分为6个类群。     

枳壳道地产区主流品种遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对江西、湖南、四川3个枳壳道地产区的主流品种进行遗传多样性分析,为筛选优良品种提供参考。15个引物共扩增114个位点,其中多态性位点108个,多态位点百分率为94.73%;观测等位基因数(Na)1.9467,有效等位基因数(Ne)1.5740;Ne i’s基因多样性(He)33.15%;Shannon’s信息指数(I)0.490 7;UPGMA聚类分析可将所有样品分为4类。枳壳具有较高的遗传多样性,其遗传变异主要存在于不同的品种间;聚类结果与传统的外观形态鉴别分类具有一致性;在进行优良品种选育时,应加强不同品种之间的基因交流,以提高种质的质量。     

珍稀濒危植物宝华玉兰遗传多样性的ISSR分析

【目的】通过ISSR分子标记技术,分析宝华玉兰种质资源的遗传多样性,为该珍稀濒危植物的利用和保护提供理论依据和技术支持。【方法】利用ISSR分子标记对江苏句容宝华山的20个宝华玉兰单株进行遗传多样性分析。【结果】用筛选获得的6条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出50个清晰的扩增位点,其中多态性位点34个,多态性位点比率为(PPB)68%。通过POPGENE32软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(I)分别为1.406 8、0.235 6、0.351 2。利用NTSYSpc-2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.58~1.0。【结论】宝华玉兰具有丰富的遗传多样性,20个野生单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近。     

贵州南部野生兜兰SRAP遗传多样性分析

利用SRAP分子标记对贵州南部地区8个野生兜兰的遗传多样性进行分析,从合成的360对引物中筛选出8对多态性丰富、重复性好且扩增条带清晰的引物分别对野生兜兰DNA进行扩增,建立野生兜兰最适的PCR扩增反应体系,并利用UPGMA法对野生兜兰进行亲缘关系的聚类分析。结果表明:PCR反应共扩增出152个条带,其中多态性条带122条,多态性位点百分率为80.26%;平均观察等位基因数(Na)为1.763 2,平均有效等位基因数(Ne)为1.506 1,Nei's基因多样性指数(H)为0.287 9,Shannon信息指数(I)为0.424 1;供试材料的遗传相似性系数变化范围为0.513~0.756,以相似系数0.67为阀值,将不同来源野生兜兰分为3组,研究显示兜兰基于SRAP分子标记的聚类分析与形态学分类结果一致。     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

皂荚种质资源SRAP遗传多样性分析及指纹图谱的构建

利用SRAP标记技术对18份皂荚种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,从64对SRAP引物中筛选了17对引物进行PCR扩增,共扩增出222个条带,其中多态性条带213个,多态性比率为95.95%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.861 1、1.962 3、1.415 3、0.257 2和0.406 6,18份皂荚种质资源间遗传相似系数(GS)为0.522 5~0.955 0。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数为0.66处可将18份皂荚种质资源分为3组,其中,野皂荚单独为1组,山皂荚和皂荚-T聚为1组,其他皂荚材料聚为1组。利用4对引物扩增的9个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果将为皂荚种质的鉴定、保存和新品种选育提供一定的理论依据。     

广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建

【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性,构建其DNA指纹图谱,为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率(PPL)、多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物,对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增,统计凝胶电泳特征性谱带;采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数,并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类;利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带,其中,多态性条带95条,多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处,可将85份春...     

基于SSR分子标记的安徽黄山地区野生刺葡萄的遗传多样性分析

利用8对SSR分子标记引物分析了安徽黄山地区40份野生刺葡萄资源的遗传多样性,结果表明:8对SSR引物扩增的等位基因数(Na)为36个,每个引物扩增等位基因数(Na)为2～10个,有效等位基因数(Ne)为1.285～5.378个;观测杂合度(Ho)为0.250～0.775,期望杂合度(He)为0.224～0.824;Nei’s多样性指数(H)为0.222～0.814;香农多样性指数(I)为0.417～1.884;多态性信息含量(PIC)为0.202～0.789。依据地理位置将黄山地区刺葡萄资源分为3个群体(POP1,POP2,POP3),3个群体之间遗传相似度为0.829～0.912,遗传距离为0.093～0.188,表明黄山地区刺葡萄资源的遗传差异较少。通过UPGMA方法对黄山地区40份刺葡萄和湖南、福建的3份刺葡萄进行聚类,在遗传相似系数为0.62时,黄山地区刺葡萄聚为一类,湖南、福建的刺葡萄聚为一类。这些结果表明,刺葡萄的基因流限制于短距离,黄山地区刺葡萄主要以有性繁殖为主。     

基于转录组序列的芜菁SSR标记开发及应用

为了研究芜菁(Brassica rapa L.)种质资源的多样性水平，本研究采用转录组测序的方法挖掘芜菁的SSR分子标记。结果表明：转录组测序分析共获得了253 720条unigene,其中13 247条unigene序列中含有2个或2个以上SSR位点，SSR的发生频率为25.05%,平均每3.15 kb出现1个SSR,分布频率为31.42%。30对引物最终均获得了多态性高、条带清晰的结果，共扩增出多态性条带有126条，平均每对引物扩增出4.2条，平均多态率100%。根据电泳检测扩增结果，最终得到24对多态性高、条带清晰的芜菁SSR引物，24对SSR引物在50份芜菁材料中共扩增获得了101个等位基因，平均每个位点等位基因数4.21个，分析显示，平均有效等位基因数(Ne)为1.481 7个，有效等位变异率为35.19%,这些结果表明，筛选出的引物能较好地表现50份芜菁的遗传多样性，同时对于更多芜菁品种的DNA指纹图谱构建和杂交种鉴定均具有重要意义。     

杧果品种亲缘关系的CDDP分析

利用保守DNA衍生多态性(CDDP)分子标记技术,对广西亚热带作物研究所保存的31个杧果品种进行遗传多样性分析,为杧果种质资源的鉴定及分子辅助育种提供理论依据。筛选出8条CDDP引物对供试的杧果品种进行PCR扩增,分析电泳图,并进行聚类分析和主成分分析。从31个杧果品种中共扩增出107条清晰条带,其中多态性条带(NPB)100条,多态性比率(PPB)达到93.57%。平均每条引物可扩增出13条带和12条多态性带。每个位点的平均等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei's基因多样性(H)、Shannon信息指数(I)分别为1.847 1、1.636 8、0.410 8、0.84,表明杧果品种间具有丰富的遗传多样性。供试杧果品种间相似性系数范围为0.620 6~0.920 8。UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数0.690 6处可以将供试杧果划分为7类,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,划分结果与杧果来源地无密切关系。筛选获得的CDDP引物对杧果种质资源有较高的多态性检测率,适用于资源鉴别及亲缘关系分析。     

基于ISSR分子标记的中华鳖种群遗传多样性分析

利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增，共获得123条清晰的扩增位点，平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖，淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(H_t)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(H_s)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(G_st)=0.271 9,基因流(N_m)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变...     

169份辣椒种质资源的遗传多样性分析

基于辣椒全基因组编码区序列设计覆盖辣椒12条染色体的152对SSR引物,经过不同材料的筛选,从中挑选出条带清晰、多态性好、稳定性好的17对SSR引物,利用其对来源不同的169份辣椒材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE32和Phylip软件分析试验数据。结果表明:17对SSR引物共扩增出46个多态性位点,平均每对引物扩增出2.71个位点。等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、香农指数(I)和多态信息含量(PIC)的均值分别为2.176 5、1.629 1、0.360 2、0.834 7、0.549 6、0.310 6,表明辣椒遗传信息非常丰富。利用UPGMA方法对169份辣椒材料进行聚类分析,结果将材料聚为7类。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

26份海州常山种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,简称AFLP)标记技术对来自国内主要分布区的26份海州常山(Clerodendrum trichotomum Thunb.)进行遗传多样性分析。从64对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 04条条带,其中多态性条带1 030条,多态性条带比例为98.85%,平均每对引物扩增出128.75条条带。结合POPGENE软件分析遗传多样性指数:等位基因数(Na)为1.562 5个,有效等位基因数(Ne)为1.226 0个,Nei's基因多样性(H)、香农信息指数(I)分别为0.142 0、0.225 5;26份海州常山间遗传相似系数在0.285 1~0.690 9之间,平均为0.518;根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.534处切割时,可将26份海州常山划分为7大类,对其中第三大类在0.57处分为4个亚群,聚类结果与资源的地理分布大致相符。以上结果表明,海州常山具有丰富的遗传多样性,这为今后海州常山的开发利用和资源保护提供了科学依据。     

金花茶组植物种质资源遗传多样性的iPBS分析

【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性。【结果】从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543～0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组。【结论】iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用。     

黑龙江省和吉林省谷子品种遗传多样性分析

[目的]探究黑龙江省、吉林省谷子种质资源的遗传基础和遗传多样性。[方法]利用黑、吉两省20个典型谷子品种及5对扩增良好且具有多态性的谷子SSR引物,分析各引物等位基因数、位点杂合度、Shannon′s指数(I)、有效等位基因数(Ne)及两省谷子品种聚类分析结果。[结果]每对引物检测出的等位基因数为4~6个,共得到26个等位基因,平均5.2个;各引物的多态信息含量(PIC)在0.645~0.767间变化,其中引物DG2831最高,引物QG7172最低。不同引物间位点杂合度、Shannon′s指数(I)、有效等位基因数(Ne)均存在差异,DG2831、JG13656分别是黑、吉两省的位点杂合度及多态信息含量最高的引物。对20个谷子品种进行聚类分析,在遗传相似系数在0.64处,20个谷子品种可聚为3大类。[结论]吉林省谷子品种基因多样性略比黑龙江省丰富;部分同地区的谷子品种聚为一类,说明不同地理来源的谷子资源,一部分品种的亲缘关系可能与地理来源有关。     

糜子特异性SSR标记的开发

根据山西农业大学农学院植物学实验室前期糜子测序所得的转录组序列,设计70对三碱基重复的SSR引物来扩增6份地域差异较远的糜子品种,筛选出多态性的引物。结果表明,70对引物中,67对可以扩增出条带,3对无扩增结果;67对有扩增结果的引物中,17对具多态性,50对没有多态性。利用17对引物扩增6份试材,共检测到47个等位变异;每个位点的等位变异数为2~4个,平均为2.8个;发现多态性信息含量介于0.239 2~0.671 3,基因多样性指数为0.277 8~0.722 3。该结果可为分子标记辅助育种及进化研究提供理论基础。     

ISSR分析崇明白山羊的遗传多样性及亲缘关系

为查明崇明白山羊群体的遗传多样性水平和亲源关系,应用ISSR分子标记技术,使用12条多态性较好的ISSR引物对206只崇明白山羊进行PCR扩增。结果表明:总计扩增出181条谱带,平均每条引物扩增产生15.08条,其中含有多态性条带163条;经统计分析,崇明白山羊呈现出丰富的多样性,检测到的观测等位基因数(Na)为1.900 6±0.300 1,有效等位基因数(Ne)为1.477 8±0.365 6,Nei's基因多样度(h)为0.278 5±0.184 9,多态位点百分率(PPB)为90.06%,Shannon's信息指数(I)为0.418 6±0.251 0,群体总基因多样性(Ht)为0.279 7±0.034 0,群体内基因多样性(Hs)为0.226 7±0.025 8,遗传分化值(Gst)为0.189 4,崇明白山羊的遗传变异81.06%来源于种群内部。崇明白山羊的基因流(Nm)为2.1397,说明崇明白山羊群体间存在一定的基因流。UPGMA聚类分析显示:样本相似系数为0.519 3-0.989 0,206个个体可分为11个群体,个体间虽然呈现差异,但具有较好的同质性。