凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选

对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of “Expressed Sequence Tags”)的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二~六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总ESTSSR序列的80.2%; 三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条（0.7%）。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA 和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%。通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%。其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%。等位基因数为2～5,PCR产物大小为140～600 bp。本研究筛选的ESTSSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具。     

大黄鱼微卫星标记的富集与筛选

根据生物素与链霉亲和素的亲和原理，采用生物素-磁珠富集微卫星，与传统放射性同位素杂交法相结合，构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段（含有接头和大黄鱼微卫星序列），经PCR扩增单链目的片段形成双链，然后连接至T载体上，转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用^32P标记的放射性同位素探针50[γ-^32P]ATP（CA）15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现，阳性克隆率为71.9％，105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库，可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记。     

大黄鱼同质雌核发育的诱导及微卫星标记分析

为了解大黄鱼同质雌核发育的诱导条件及其效果,用紫外线照射灭活大黄鱼精子的遗传物质,静水压休克抑制第一次卵裂,培育出2个同质雌核发育家系(GF1和GF2),并借助微卫星标记进行鉴定,研究了10个母本中杂合的位点在2个家系中的传递和分离。结果显示,GF1和GF2孵出的仔鱼中分别有40.0%和17.1%形态正常个体,GF1检测8个位点30个个体均表现出雌核发育双单倍体（GDH）的特征,有20种基因型;GF2检测4个位点30个个体中,27个为GDH,2个含有父本基因,余下1个个体扩增条带既不同于母本也不同于父本,遗传本质不明。可见,所采用方法可以诱导出同质雌核发育大黄鱼。10个标记中除了LYC0026和LYC0053标记在GF2中偏离了1∶1（P<0.05）,其余标记在GDH中的分离均符合孟德尔遗传定律的预期比值。研究还发现LYC0002和LYC0014的分离模式完全相同。首次报道了大黄鱼同质雌核发育的人工诱导及微卫星标记在GDH中的传递与分离,为大黄鱼纯系培育及利用GDH与纯系进行基因组作图分析等研究奠定了基础。     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.     

鳙鱼微卫星分子标记的筛选

采用常规方法从鳙鱼(Aristichthys nobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件Primer Premier 5．0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。     

从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究

利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选，共发现微卫星序列229个，占整个ESTs数据库的2．19％，其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个，分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63．76％，和25．33％，大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测，在有扩增产物的16对引物中，首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记，并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明，在8个微卫星位点上，等位基因的数目从5到15不等，等位基因长度从：165～305bp，期望杂合度和多态性信息含量分别为0．59到0．89和0．56到0．88，表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。     

大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立及其应用

利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点,用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性。结果显示,该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100%。大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立为分析群体的遗传多样性、亲子鉴定和辅助家系管理提供了一种高效的技术手段。     

FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记

通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序,60个(60%)含有微卫星序列(GenBank Accession Number:DQ789247~DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物,并合成21对引物进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明:FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建,并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。     

罗非鱼性别相关微卫星标记的初步筛选

为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY₁、WY₁、YY₁和YY₂型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97～302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1～13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167～9.333,平均有效等位基因数为1.624～4.966,平均观测杂合度为0.324～0.983,平均期望杂合度为0.329～0.782,平均多态信息含量为0.275～0.753;两个尼罗罗非鱼群体、W...     

长丰鲢生长性状相关微卫星标记的初步筛选

为了筛选出与长丰鲢生长性状相关的分子标记,以指导其种质鉴定和选择育种工作,实验利用15个多态微卫星标记,对6、17和36月龄长丰鲢进行了遗传多样性和生长性状关联分析.结果 显示,各月龄长丰鲢的观测杂合度(Ho)和期望杂合度(Hc)均高于0.5,PIC均值分别为0.555、0.445和0.490,表明各月龄长丰鲢群体均具...     

大黄鱼生态冰温保活技术的初步研究

为优化大黄鱼(Larimichthys crocea)活体运输的条件,对大黄鱼的生态冰温进行探索。分析鱼水质量比和暂养时间2个因素对大黄鱼保活时间的影响,在此基础上设计3因素3水平的正交试验,以期找到大黄鱼保活的适合条件。研究结果显示:大黄鱼的生态冰温为-2℃~7℃;鱼水质量比及暂养时间对大黄鱼保活时间均有显著影响(P<0.05);在温度为5℃~7℃、鱼水质量比为1∶4、暂养时间为48 h的条件下进行保活,保活时间可超过19 h。本研究结果可为大黄鱼活体运输提供参考。     

网箱养殖大黄鱼水下声音与行为反应

利用水下声音测量系统(带宽20 Hz~24 k Hz)分别记录了浙江省象山县西沪港和福建省福鼎市沙埕港网箱养殖大黄鱼的水下声音和行为反应,并对声音数据进行频谱分析和声压级(SPL,d B:re 1μPa)计算。结果显示:(1)网箱周围水下声音主要为,自然环境噪声(风、波浪,500 Hz~24 k Hz)、大黄鱼生物噪声(惊扰发声主峰值630 Hz、摄食发声主峰值800 Hz、游泳噪声50~400 Hz、摄食噪声20~2 200 Hz)和人为噪声(船舶噪声50~500 Hz);(2)船舶噪声SPL(约87.68 d B)低于部分石首鱼科听觉阈值(94.9~99.6 d B:re 1μPa),不影响大黄鱼声通讯和摄食行为;(3)网箱内生物噪声声压级强度:惊扰状态摄食状态背景噪声。结果表明,大黄鱼生物噪声频率主峰值和声压级强度与行为反应有关,即行为反应程度越激烈,频率主峰值越低,声压级强度越高。     

饥饿对大黄鱼幼鱼肌肉中氨基酸和脂肪酸组成的影响

为了研究饥饿对大黄鱼(Larimichthys crocea)幼鱼肌肉中氨基酸和脂肪酸含量的影响,取大黄鱼幼鱼540尾,体重均值为(40.80±3.40)g,分组进行为期0 d(S0)、4 d(S4)、8 d(S8)、12 d(S12)、16 d(S16)、20 d(S20)的饥饿处理,测定背部肌肉的氨基酸和脂肪酸含量。结果显示,测定的大黄鱼背肌的16种氨基酸中,蛋氨酸含量在不同饥饿处理时间之间差异显著(P0.05),饥饿持续8 d其含量达到最小(0.48%±0.12%),16 d时达到最高(1.62%±0.23%);其余15种氨基酸含量的差异均不显著(P0.05),但均表现出随着饥饿时间延长先上升后下降的趋势,在16 d时达到最高,20 d时明显降低。非必需氨基酸、必需氨基酸、呈味氨基酸、鲜味氨基酸及氨基酸总量的变化趋势与上述15种氨基酸一致。在不同饥饿处理组的大黄鱼背肌中脂肪酸含量差异显著(P0.05)。其中,饱和脂肪酸(SFA)含量随着饥饿时间延长呈先升高后下降的趋势,在S8组达到最大,为30.90%±0.28%;单不饱和脂肪酸(MUFA)含量在不同处理组之间差异不显著(P0.05),但所有处理组均稍大于对照组(S0);多不饱和脂肪酸(PUFA)含量则呈先下降后升高的趋势,在S12组时达到最低,其值为31.87%±0.65%。由上可知,通过适当的饥饿处理,可以改变肌肉中氨基酸和脂肪酸含量,从而较好地改善大黄鱼的肉质风味。     

深远海大型围栏养殖大黄鱼海域沉积物质量分析与评价

为评价深远海大型围栏养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)海域的沉积物质量状况,通过对大黄鱼不同养殖期围栏养殖区、围栏外围区、网箱外围区和对照区的4次调查,分析评价了调查海域沉积物中的Cu、Zn、有机碳、硫化物等指标的区域分布、含量变化及污染水平,并采用内梅罗指数对调查海域沉积物进行了质量综合评价。结果显示,4次调查大黄鱼围栏养殖区沉积物Cu的含量范围为15~33 mg/kg,Zn的含量范围为80~137 mg/kg,有机碳的含量范围为0.14%~1.90%,硫化物的含量范围为0.3~128.0 mg/kg。围栏中心区沉积物有机碳、硫化物的含量比其他区域高,但均符合《海洋沉积物质量》(GB18668-2002)中的一类标准。不同调查区域沉积物Cu、Zn和有机碳的含量差异不显著(P>0.05),围栏中心养殖区沉积物硫化物含量显著高于对照区(P<0.05)。内梅罗综合评价结果表明,调查区域沉积物质量均为清洁或较清洁状态,沉积物质量符合海水养殖标准。沉积物Cu、Zn和硫化物未表现出明显的累积趋势,沉积物有机碳在本调查时间内有轻微累积的趋势,建议通过加强大黄鱼配合饲料的研发与应用,以缓解目前冰鲜鱼饵料大规模投入的状况,降低饵料系数,从而在一定水平上减轻有机质累积对沉积环境的污染。     

环境因子对大黄鱼耳石钡元素富积的影响

通过设计3个温度(18℃、22℃、26℃)×3个盐度(17、25、34)×3个锶(Sr)元素组(低、中、高)来研究环境因子对大黄鱼(Larimichthys crocea)耳石中钡(Ba)元素沉积的影响。研究结果表明:温度、盐度和锶元素含量对耳石钡分配系数具有显著的影响,盐度的影响最大,锶元素的影响其次,温度的影响最小,温度和盐度对耳石钡分配系数具有显著的交互作用。在所有试验组中,耳石钡分配系数均随着盐度的增加而增加,随着水中Ba/Ca值的增加而减少,而耳石Ba/Ca值随着水中Ba/Ca值的增加而增加。盐度是影响大黄鱼耳石Ba/Ca值的主要因素,温度和锶元素的影响都很小,盐度对耳石Ba/Ca值的影响主要是因为水中Ba/Ca值随盐度的降低而增加。所有试验组中耳石Ba/Ca值均随着盐度的增加而降低,根据盐度与耳石Ba/Ca值的定量关系就可以反演大黄鱼所经历的盐度史。     

2个大黄鱼群体选育世代F2生长性状研究

对2个选育群体(XY2012-JC-F2和XY2012-XP-F2)和未选育群体(YS2012-F1)的大黄鱼(Larimichthys crocea)子代养殖过程中的生长性状进行测量,比较其选育效果。结果显示,拟合4-13月龄选育群体F2代和未经选育F1代体重与体长的关系表明,3个群体间存在差异;2个选育群体在后期生长高于未选育群体;分析其体长和体重参数,10-13月龄XY2012-JC-F2体长现实遗传力为0.228~0.364、体重现实遗传力为0.131~0.243,XY2012-XP-F2体长现实遗传力为0.193~0.265、体重现实遗传力为0.126~0.134;体长和体重的相关系数在0.857~0.981,13月龄的相关系数最大达0.997,说明选育作用明显,应结合家系选择和家系内选择进行。     

基于超声波标志法的浅海围栏养殖大黄鱼行为研究

为了解浅海大型围栏人工饲养大黄鱼(Larimichthys crocea)的行为特征,于2017年8月22日、26日利用小型超声波标志,对6尾大黄鱼分别使用体内植入法和背鳍悬挂法进行24 h运动行为跟踪,获得了围栏内大黄鱼昼夜垂直运动深度及水平位置数据。结果表明:1)体内植入法的试验鱼进入稳定状态所需时间比背鳍悬挂法多2 h左右,稳定性优于背鳍悬挂法;2)两种固定方法大黄鱼活动水层多处于水下4~10 m深度,且更加集中于6 m附近水层;3)试验鱼的水平运动多出现在围栏外侧做往返游动,在靠近工作平台附近出现的概率最小,在投饵区的活动较为频繁。试验首次基于超声波标志跟踪法研究了浅海大型围栏人工饲养下大黄鱼的行为特性,可为今后浅海大型围栏养殖大黄鱼的操作平台选址建设、养殖管理以及大型围栏的设计优化提供科学的理论依据和数据支持。     

0#柴油对大黄鱼早期生活阶段的急性毒性效应#br#

石油类是海洋环境的主要污染物之一,为了研究0^#柴油对海洋鱼类早期生活阶段的毒性效应,以大黄鱼(Larimichthys crocea)为研究对象,开展了0^#柴油水溶性成分对其早期生活阶段(鱼卵、初孵仔鱼、10 d仔鱼以及幼鱼)的毒性效应实验。结果表明:0^#柴油水溶性成分与大黄鱼鱼卵孵化率具有显著负相关关系,高浓度0^#柴油水溶性成分致畸率较高,低浓度0^#柴油水溶性成分致畸率较低。0^#柴油水溶性成分对大黄鱼初孵仔鱼(3 d)、仔鱼(10 d)、幼鱼的96 h的半致死浓度(96 h LC₅₀)分别为1.00、1.07、2.02 mg·L^-1,表明随着大黄鱼的生长发育,其能够提升对柴油水溶性成分毒性的耐受程度。