贵州黑山羊FSHR基因与繁殖性状相关性研究

本研究通过探讨FSHR基因SNP与贵州黑山羊繁殖性状关联性。试验采用PCR-SSCP技术检测FSHR基因单核苷酸多态性。结果发现,贵州黑山羊FSHR基因外显子1检测到1个SNP位点C1412A。基因型与繁殖性状关联分析显示,贵州黑山羊FSHR基因AA基因型个体产羔数显著高于与AC和CC基因型个体(P0.05)。研究结果提示:FSHR基因可能是影响山羊产羔数的主效基因。     

BMP15基因上1个新的影响绵羊繁殖力的SNP位点

【目的】阿勒泰羊是新疆北部地区重要的产多羔绵羊品种,但一直未找到影响其高繁殖力的主效基因。以影响排卵数的BMP15基因作为候选基因,从分子水平上对阿勒泰的多胎机制进行研究。【方法】以PCR直接测序法获得SNP位点,分析突变位点的特性,并通过大规模的群体检测统计推断其遗传效应。【结果】阿勒泰羊在BMP15基因的内含子667 bp和外显子2的755 bp处发生突变,2个位点均只有2种基因型,且纯合子为优势基因。与产羔数关联分析发现仅外显子2的755 bp处位点2种基因型差异显著,经群体验证得到同样结果,TC型母羊比TT型母羊平均多产0.8羔。同时该处的突变引起了氨基酸由亮氨酸向脯氨酸变化。【结论】故推测BMP15基因与控制阿勒泰羊多胎性能的主效基因存在紧密的遗传连锁。     

海南黑山羊GH1基因nsSNPs功能性预测及生物信息学分析

为了研究海南黑山羊生长性状的分子遗传信息,试验利用GH1基因筛选可能影响海南黑山羊生长性状的功能性突变位点。结果表明在GH1基因外显子1、2、3、4区域共检测到10个SNP位点,有4个错义突变,6个为同义突变。第一外显子350bp处发生的G→A导致氨基酸由原来的甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第二外显子739bp处发生G→A突变导致氨基酸由原来甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第三外显子1101bp处发生A→G突变导致氨基酸由原来天冬氨酸（Asp）变为甘氨酸（Gly）,第三外显子1154bp处发生C→T突变导致氨基酸由原来精氨酸（Arg）变为色氨酸（Trp）。利用生物信息学方法对nsSNPs进行功能性预测、并进行mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构进行分析和建模,预测到Exon2-739G→A（G85S）,Exon3-1120G→A（D129G）、Exon3-1154C→T（R147W）3个突变位点属于有害突变,对蛋白功能有较大影响,可能是导致海南黑山羊个体矮小,生长缓慢的功能性SNP。     

贵州黑山羊GDF9基因外显子2的多态性分析

通过对贵州黑山羊GDF9基因第二外显子进行PCR、双向测序、比对,以检测研究其遗传多态性,结果表明：在所有检测样本中均未发现GDF9基因的FecGH突变;仅有2只高繁殖力（3羔以上/胎）母羊在767位点发生了C→T的变异,均为杂合体AB型,导致脯氨酸突变为亮氨酸,突变的发生率为14.29%,而在低繁殖力母羊中均未发现该突变,该突变可能与贵州白山羊的高繁殖力有关。     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

山羊GHRL 基因多态性及其与 体重、体尺性状的关系研究

采用PCR-SSCP 技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL 基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL 基因外显子4 处存在1 个同义突变位点（C345T）,表现为2 种基因型,分别命名为CC 和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊（麦坪）群体中,CT 基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC 基因型个体,而在贵州黑山羊（纳雍）和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL 基因突变位点（C345T）影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。     

3个山羊群体NPY-Y1R基因的多态性与繁殖性能

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚3个品种为试验群体,采用PCR产物直接测序技术检测NPY-Y1R基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算遗传多态性参数纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量并对Hardy-wein-berg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体NPY-Y1R基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果表明,NPY-Y1R基因外显子中检测到1个单核苷酸多态性(SNP)位点,NPY-Y1R基因在外显子2处存在突变位点G1141A,3个山羊群体在此突变位点处均存在2种基因型,分别为AG、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚χ~2均未达到显著水平,处于Hardy-Wein-berg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚表现为低度多态,酉州乌羊表现为中度多态。AG基因型个体在贵州黑山羊、酉州乌羊、努比亚群体中产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),呈现出AGGG趋势。AG基因型个体的山羊在后续的试验中待进一步认证,结果可为初步判定山羊NPY-Y1R基因的突变与繁殖性能的研究奠定试验基础。     

阿勒泰羊 BMP15基因的多态性

为寻找和筛选与羊繁殖力相关的遗传标记,采用 PCR-RFLP 和 PCR-SSCP 技术检测 BMP 15基因在阿勒泰羊中的单核苷酸多态性。结果表明：在检测的92个阿勒泰羊个体中,BMP 15基因在外显子1位点呈多态性,具有 AA、AB 和 BB 3种基因型。阿勒泰羊 AA 基因型频率为0．695,AB 基因型频率为0．120,BB 基因型频率为0．185。该段 DNA 序列存在3个碱基缺失,这个突变导致野生型（AA）氨基酸序列上相应的10号氨基酸残基亮氨酸缺失,变为突变基因型 BB,形成 B1突变体;在阿勒泰羊的 BMP 15基因中未检测到 B2和 B4突变。     

贵州黑山羊FSHR基因第1外显子遗传多态性分析

以贵州黑山羊为对象,研究促卵泡素受体（FSHR）基因的遗传多态性。测定表明FSHR基因第1外显子,没有任何突变,显示在15只母羊中的FSHR基因第1外显子661bp核苷酸系列中不存在多态性,本研究为探索该受体基因在繁殖中的作用打下基础。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

高邮鸭群体MSTN、MyoD1和MyoG基因外显子中SNP位点的分析

MSTN、MyoD1和MyoG基因与禽类骨骼肌的生长发育密切相关。本试验以高邮鸭为素材,对MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子单核苷酸多态性(SNP)位点进行了鉴定,并对这些位点对蛋白质的影响及群体遗传信息进行了分析。结果显示,MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子分别有9个、4个和7个SNP位点,其中具有中度多态的位点分别为8个、1个和5个,有义突变各1个,这些有义突变均改变了相应蛋白质的理化性质以及二级结构。     

牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。     

湖羊和巴什拜羊BMP15基因c.-1760C>A变异与启动子区活性的关系

[目的]为了解湖羊和巴什拜羊骨形态发生蛋白15(BMP15)基因编码区和5'调控区(5'UTR)序列特征与差异,检测其SNPs(single nucleotide polymorphisms)并探索其功能。[方法]利用克隆测序技术获得湖羊和巴什拜羊BMP15基因编码区和5'UTR序列,运用生物信息学方法分析其序列特征;采用DNA池测序法筛选湖羊和巴什拜羊BMP15基因SNPs,直接测序法检测SNPs位点多态性;采用荧光素酶报告基因系统检测启动子区活性。[结果]湖羊和巴什拜羊BMP15基因编码区序列长度均为1 182 bp,编码393个氨基酸,编码蛋白含有典型的TGF-β结构域;湖羊和巴什拜羊BMP15基因编码区序列的同源性为99.92%,发现1个SNP位点。获得1 806 bp湖羊和巴什拜羊BMP15基因5'调控区序列,发现5个SNPs位点。BMP15基因c.-1760CA位点多态性分析发现湖羊群体中均为CC基因型,巴什拜羊群体中有CC、CA和AA 3种基因型,等位基因C和A频率分别为0.798 1和0.201 9。启动子区活性检测显示CC型启动子区活性明显高于AA型。[结论]湖羊和巴什拜羊BMP15基因编码区序列高度保守,c.-1760CA变异可能影响BMP15基因启动子区活性。     

德国肉用美利奴羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因10个突变位点的多态性检测分析

以影响不同绵羊品种产羔数的BMPR-IB、BMP15和GDF9基因作为候选基因,采用连接酶检测反应(LDR)法,检测10个突变位点在德国肉用美利奴羊上的多态性及其对产羔数的影响。结果表明:在德国肉用美利奴羊中未发现BMPR-IB基因的FecB突变和BMP15基因的FecXI、FecXB、FecXL、FecXH、FecXG、FecXR突变及GDF9基因的FecGH(G8)、FecTT突变,但在GDF9上检测到G1突变,该突变处于Hardy-Weinberg平衡状态,达到中度多态水平,但其多态性与产羔数无显著性相关。     

贵州本地山羊POLRMT 基因启动子区 SNP 的生物信息学分析

为给贵州本地山羊肉质品质选育工作提供更好的科学依据,以贵州白山羊、贵州黑山羊及黔北麻羊为 试验对象,探究肉质相关基因POLRMT 启动子区SNP 位点对肉质品质的影响。通过构建DNA 池筛选出SNP 位点, 并采用多种生物信息学软件预测核心启动子范围、CpG 岛及转录因子。结果表明,POLRMT 基因启动子区存在2 个 SNP 位点,分别为T-81A、T-289C。POLRMT 基因核心启动子范围发生改变,SNP 位点导致部分转录因子结合位点消 失,MethPrimer预测到CpG 岛增加1 个。     

山羊THRSP基因5'调控区与外显子Ⅰ多态性研究

以7个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊THRSP基因5’调控区和外显子1的多态性。结果表明,在THRSP基因的5’调控区发现C-233T多态位点,该位点是NF-KB转录因子的结合位点;在外显子1发现G113A和A138G位点,G113A能引起蛋白质发生Arg38Gln突变。在9个山羊品种中共检测到9种基因型,其中TCAAGG、TTGAAG和TTAAGG型的基因型频率均低于0.05;113G和138A在9个山羊品种中是优势基因,而223C和223T在不同品种中的分布体现出特异性,湘东黑山羊(0.715 5)、圭山山羊(0.649 0)和云岭山羊(0.613 6)携带233C的频率均在0.6以上。湘东黑山羊分别与其他山羊品种的遗传距离较大,而圭山山羊、云岭山羊和马头山羊之间的遗传距离则较近。     

绵羊BMP15基因特征、组织表达及其与产羔数性状的关联性分析

为了解绵羊BMP15基因序列特征和组织表达特征,SNP筛查及其与产羔数性状关联性分析,采用生物信息学方法分析绵羊BMP15基因序列特征;利用qRT-PCR检测BMP15基因在‘湖羊’下丘脑、垂体、心等13个组织中mRNA的分布;通过测序验证了绵羊BMP15基因B2突变位点并与产羔数进行关联性分析.结果表明:绵羊BMP15基因ORF全长1 377bp,编码393个氨基酸残基,包括transforming growth factor-beta(TGF-beta)家族和低复杂性区段(low complexity region).Protfun分析结果显示,绵羊BMP15基因作为激素参与生物学过程的可能性最高.绵羊BMP15基因在公羊十二指肠中表达量最高,显著高于其他组织(P0.05),而在母羊中,卵巢组织的表达量最高,且显著高于其他组织(P0.05).B2突变位点于BMP15基因编码区外显子Ⅱ的第718bp处,该突变为C→T突变.绵羊产羔数相关联分析结果显示:该位点与产羔数呈显著相关,其中G+型绵羊产羔数为(2.00±0.78),显著高于++型绵羊产羔数(P0.05),为(1.38±0.54).绵羊BMP15基因B2突变位点与绵羊产羔数呈显著相关,可用作为提高绵羊产羔数性状的分子标记应用于育种.     

绵羊BMP15和GDF9基因多态性与产羔性能间的关系

本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15（BMP15）基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9（GDF9）基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析,结果发现：（1）利用PCR-RFLP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXG突变,在该位点未发现多态性;（2）利用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXL所在区域的多态性,在BMP15基因存在G1047A转换,但并不引起BMP15氨基酸序列的改变,该突变与FecXL（G962A）不同,是在BMP15中新发现的一个突变。G1047A突变对小尾寒羊等7个品种的平均产羔数无显著影响;（3）在小尾寒羊等8个群体的GDF9外显子Ⅰ均未发现多态性;（4）在小尾寒羊等8个群体中发现存在G4突变,该突变对绵羊平均产羔数均无显著影响。以上结果提示：上述2个基因的4个分析区域不宜用于小尾寒羊等7个品种绵羊多羔性状的分子标记位点。     

贵州黑山羊STAT5A基因第13外显子SNP研究

利用贵州黑山羊构建DNA池,设计引物扩增STAT5A基因第13外显子及部分内含子序列。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构、STAT5A蛋白二级及三级结构的影响。结果表明,在扩增的STAT5A基因中筛选到2个SNPs:T+1641G和G+1248T,其中T+1641G为脯氨酸(Pro)的同义突变,G+1248T为错义突变,导致编码的缬氨酸(Val)变为苯丙氨酸(Phe)。SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构和STAT5A蛋白结构均有一定影响。     

小尾寒羊和湖羊高繁殖力候选基因BMP15的研究

以控制Romney Inverdale绵羊和Romney Hanna 绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测BMP15基因在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊、湖羊)以及低繁殖力绵羊品种(道赛特羊、萨福克羊)中的多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响.结果表明,BMP15基因在小尾寒羊、湖羊、道赛特和萨福克绵羊中既没有发生与Inverdale绵羊相同的V31D突变,也没有发生与Hanna 绵羊相同的Q23Ter突变.还表明BMP15基因中影响Inverdale绵羊和Hanna 绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力没有显著影响.