日粮中添加蓝藻粉对崇仁麻鸡肠道菌群结构的影响

选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。     

单一益生菌(屎肠球菌)介导的断奶仔猪肠道菌群变化规律

通过细菌16SrRNA基因的高通量测序,对断奶仔猪的肠道菌群结构和饲喂两株单一益生菌(屎肠球菌)后肠道菌群的变化情况和规律进行分析。结果显示,断奶仔猪肠道微生态中拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes的细菌所占比例分别为50.5%和42.2%,为绝对优势菌群。饲喂屎肠球菌后,肠道菌群的多样性和细菌丰度均增加;厚壁菌门Firmicutes,变形菌门Proteobacteria、无壁菌门Tenericutes、酸杆菌门Actidobacteria、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、放线菌门Actinobacteria细菌的丰度明显上升,而拟杆菌门Bacteroidetes的细菌丰度则发生了明显下降。屎肠球菌所在的肠球菌属Enterococcus的比例虽由0.07%(对照组)上升至0.12%(SF1组)和0.14%(SF2组),但在肠道菌群中所占比例仍然很小,说明屎肠球菌对仔猪肠道微生态的作用主要是影响其他细菌的丰度和多样性进而改变菌群结构。与对照组相比,SF1组的上述菌群变化幅度高于SF2组,通过与3组仔猪生长性能数据的对比,上述菌群变化的幅度与仔猪生长性能提高的程度呈现正相关。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

亚硒酸二葡萄糖酯对产蛋后期蛋鸭肠道形态和微生物的影响

选用240只50周龄健康的临武鸭蛋鸭,随机分成5组：对照组(第1组)在基础饲粮中添加0.2 mg/kg(以硒计)的亚硒酸钠,第2、3、4、5组分别在基础饲粮中添加0.1、0.2、0.3、0.4mg/kg(以硒计)的亚硒酸二葡萄糖酯。每组6个重复,每重复8只鸭。预试期7d,正试期63d。试验结束后测定供试鸭的十二指肠、空肠和回肠形态指标及回肠和盲肠的微生物多样性。结果表明：与对照组相比,饲粮添加亚硒酸二葡萄糖酯对产蛋后期蛋鸭的十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、隐窝深度、肠壁厚度、绒毛高度与隐窝深度的比值均无显著影响;添加亚硒酸二葡萄糖酯组降低了回肠中变形菌门和埃希氏菌属–志贺氏杆菌属及盲肠中变形菌门和厌氧螺菌属的相对丰度,提高了回肠中肠杆菌属及盲肠中拟杆菌门和普雷沃氏菌属、肠杆菌属、理研菌科RC9菌属的相对丰度;第2组回肠中属、种水平的OTU数显著高于对照组的,肠道菌群α多样性最高,回肠中厚壁菌门相对丰度最高且埃希氏菌属–志贺氏杆菌属相对丰度最低,盲肠中拟杆菌门相对丰度最高。综上可知,饲粮添加亚硒酸二葡萄糖酯降低了回肠中有害微生物的相对丰度,有利于肠道健康,饲粮中亚硒酸二葡萄糖酯的适宜添加量...     

合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

将60只健康罗曼粉鸡随机分为正常组和模型组,每组30只,模型组灌服1×104个孢子化卵囊进行人工复制鸡球虫病模型,正常组灌服等体积生理盐水,感染5 d,剖杀试验鸡,无菌采集鸡盲肠内容物,并通过Illumina PE250型高通量测序仪对肉鸡盲肠内菌群进行16SrDNA基因V3～V4可变区检测,对肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数、α多样性、β多样性及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价,探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群结构和多样性的影响。结果表明：与正常组相比,感染柔嫩艾美耳球虫后鸡肠道菌群的OTUs数、Chao1指数极显著降低,Shannon指数显著降低,Simpson指数显著升高;门水平上,模型组变形菌门的相对丰度极显著升高,而厚壁菌门的相对丰度显著降低,拟杆菌门和柔膜菌门的相对丰度显著降低;属水平上,正常组的优势菌属为拟杆菌属、瘤胃菌属–UCG014、副拟杆菌属,而模型组瘤胃球菌属–uncultured、球藻菌属、埃希菌–志贺菌属相对丰度极显著升高。可见,艾美耳球虫破坏了盲肠菌群的完整性,促进潜在致病菌的建立和生长,尤其使埃希菌–志贺菌属大量繁殖,快速生长。     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物菌群的影响

为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于...     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

PCR-DGGE技术分析断奶仔兔肠道微生物菌群结构及多样性

利用PCR-DGGE技术对断奶后10、20、30 d仔兔的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠16S rDNA V3区基因进行图谱分析,通过对清晰的特异性和共性条带切胶回收DNA和克隆测序,对不同日龄和不同肠段内容物细菌群落的结构和多样性进行比较,并鉴定其群落成员,分析断奶仔兔不同日龄和肠段部位对微生物群落结构与多样性的影响.肠道菌群DGGE图谱显示断奶仔兔肠道部位和不同日龄对细菌种群结构和多样性影响很大,随着日龄增加,十二指肠和盲肠段微生物种类趋于复杂,空肠和结肠段经历由简单到复杂再到简单的过程,而回肠段肠道微生物则出现由复杂到简单再到复杂的过程.各肠段的优势细菌有厚壁菌门、拟杆菌、梭状杆菌、博德氏菌属、毛螺旋菌科,以及各种不可培养的细菌等.     

饲料磷真消化率不同的山羊空肠菌群结构差异研究

动物对饲料磷消化率的提高对于降低养殖成本和减少环境污染均具有重要意义。通过高通量测序技术比较饲料磷真消化率不同的山羊空肠微生物结构的差异。本研究选取24只10月龄,雌性,平均体质量(24.25±2.47)kg的努比亚黑山羊作为试验动物,通过代谢试验筛选出高(HP)、低(LP)饲料磷真消化率组,每组各6只。分别采集HP、LP组山羊空肠内容物,提取微生物总DNA,利用高通量测序平台对细菌16S rRNA基因的高可变区进行测序,使用QIIME等软件对测序数据进行生物信息学分析。研究表明,在门水平,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在两组山羊空肠微生物中均为优势菌门,其中HP组厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度极显著低于LP组(P<0.01),而拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著高于LP组(P<0.01);在属水平上,HP组Prevotella、Fibrobacter、Ruminococcus_2和Clostridium_sensu_stricto_1的相对丰度显著高于LP组(P<0.05),而Desulfovibrio和Victivallis的相对丰度显著低于LP组(P<0.05)。饲料磷真消化率不同的山羊空肠菌群结构存在显著差异。     

黄淮白山羊肠道黏膜组织结构及杯状细胞分布特点

为探明黄淮白山羊肠道黏膜组织结构和杯状细胞分布特点,取成年健康黄淮白山羊3头,经麻醉后颈静脉放血致死,立即取小肠和大肠各3段,投入到4%多聚甲醛固定液中固定72 h,制作组织切片,经HE和PAS染色后,观察黄淮白山羊小肠和大肠黏膜组织结构和杯状细胞分布特点。结果表明,黄淮白山羊十二指肠和空肠的上皮细胞呈高柱状,固有层分布有较多的淋巴细胞,回肠黏膜的上皮细胞呈低柱状,黏膜下层中含大量的集合淋巴小结,盲肠、结肠和直肠的上皮细胞呈低柱状,大肠腺发达,腺体间弥散着淋巴细胞,直肠的固有层中可见淋巴小结,上皮之间的杯状细胞呈顶浆分泌的形式分泌黏多糖。黄淮白山羊小肠杯状细胞分泌的黏多糖以中性为主,大肠杯状细胞分泌的黏多糖以酸性为主。大肠三段杯状细胞数量极显著(P<0.01)高于小肠杯状细胞,大肠中结肠杯状细胞数量显著(P<0.05)高于盲肠和直肠,小肠中回肠杯状细胞数量显著(P<0.05)高于十二指肠和空肠。因此,黄淮白山羊从十二指肠到回肠,上皮细胞由高柱状逐渐向低柱状变化,杯状细胞主要分布于大肠,在结肠中数量最多。     

放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异分析

【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。     

灌喂鼠李糖乳杆菌对妊娠后期小鼠粪便菌群多样性影响

【目的】研究妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌至分娩前对小鼠粪便中菌群多样性和物种丰度的影响。【方法】选择体重相近(23.33±1.55) g,配种日期相同的昆明妊娠小白鼠30只,将30只妊娠小鼠随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同的饲养条件和日粮营养水平下,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮的基础上灌喂0.5 mL含有0.125 g鼠李糖乳杆菌的灭菌生理盐水,试验期21 d。【结果】(1)灌喂鼠李糖乳杆菌对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响(P>0.05),但降低了试验组Simpson指数。(2)在门水平上,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的丰度之和在90%以上,厚壁菌门试验组显著高于对照组(P<0.05),但拟杆菌菌门和变形菌门试验组分别比对照组降低了21.95%(P<0.05)、26.15%(P<0.05)。在科水平上,毛螺菌科、乳酸细菌科和韦荣球菌科试验组显著高于对照组(P<0.05)。在属水平上,乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属与Lachnoclostridium试验组显著高于对照组(P<0.05)。【结论】妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌,对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响,但可以提高小鼠肠道细菌物种丰度,对厚壁菌门、毛螺菌科、乳酸细菌科、韦荣球菌科、乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属和Lachnoclostridium丰度具有显著性影响。     

热应激对蛋鸡肠道菌群结构、碱性磷酸酶活性及氨基酸转运载体mRNA表达丰度的影响

【目的】揭示热应激环境下蛋鸡肠道菌群结构、肠黏膜碱性磷酸酶活性和氨基酸转运载体mRNA表达量的变化机理。【方法】试验选择16周龄济宁百日鸡96只,随机分成对照组（（24±1）℃;Ⅰ）和热应激（（38±1）℃）组,各组设6个重复,每个重复8只,试验持续14 d。采用16S rDNA的PCR-DGGE技术和实时荧光定量PCR等手段,分析热应激2（Ⅱ）、7（Ⅲ）、14 d（Ⅳ）时,对十二指肠、空肠及回肠内容物菌群多样性和肠黏膜碱性磷酸酶活性以及氨基酸转运载体rBAT、y+LAT1、CATl mRNA基因表达的相对丰度变化规律。【结果】热应激7 d开始各肠段菌群多样性较为丰富,热应激7、14 d时空肠和回肠部位敏感乳杆菌（Lactobacillus agilis）,回肠部位约氏乳杆菌（Lactobacillus johnsonii）、不可培养细菌（uncultured bacterium）和不可培养的拟杆菌属（uncultured Bacteroidales bacterium）均末检测到;而热应激不同时间段空肠和回肠部位可检测到不可培养细菌、溃疡拟杆菌（Bacteroides helcogenes）、卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）、索氏志贺氏菌（Shigella sonnei）;空肠和回肠部位黏膜上皮细胞表面的碱性磷酸酶活性与Ⅰ组比较显著下降（P＜0.05）;而空肠和回肠Ⅲ组的rBAT、y+LAT1 mRNA表达丰度均最低,空肠在各热应激时段表达丰度变化幅度最大（P＜0.05）,回肠的CAT1 mRNA表达丰度在Ⅲ、Ⅳ组与Ⅰ组比较影响更明显（P＜0.01）。【结论】热应激对空肠和回肠部位微生物菌群影响较为明显,肠道微生物群落改变可导致肠道的消化吸收功能发生改变。     

内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古牛肠道微生物多样性和功能预测分析

为探究内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古母牛肠道微生物组成及其功能,采集同一地区冬季(11、12月和次年1月)放牧蒙古母牛(各20头)直肠粪便样品,利用16SrRNA测序技术对其肠道菌群多样性进行分析及PICRUSt(Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt)功能预测。结果显示,60份样品平均每样品测得90 075条序列,通过聚类共获得3 975个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU),84.60%的OTU注释到门水平;29.56%的OTU注释到属水平;在门水平和属水平,冬季放牧蒙古牛肠道中优势物种分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌属(Bacteroides)和艾克曼菌属(Akkermansia);随着天气逐渐变冷,食物短缺,蒙古牛肠道中厚壁菌门(Firmicutes)减少,而拟杆菌门(Bacteroidetes)增多;聚类分析发现,11月和12月蒙古牛肠道微生物群落较为相似,而与次年1月相比有明显差异;PICRUSt功能预测发现,随着天气逐渐变冷,免疫系统、环境适应性及细胞运动性相关通路丰度降低,氨基酸代谢通路丰度增加。综上,蒙古牛肠道菌群在适应食物短缺的冬季发挥着重要作用。     

代乳粉对早期断奶沂蒙黑山羊羔小肠发育、菌群多样性及葡萄糖转运载体基因表达的影响

【目的】研究饲喂代乳粉对早期断奶沂蒙黑山羊羔小肠发育、菌群多样性及葡萄糖转运载体基因表达的影响,为沂蒙黑山羊早期断奶羔羊的培育提供理论依据。【方法】将36只双胎沂蒙黑山羊羔羊分成2组,每组6个重复,每个重复3只。其中,对照组(Ⅰ组)羔羊随母哺乳至75日龄,试验组(Ⅱ组)于10日龄断奶后饲喂代乳粉。分别于试验的第10、15、25、45和75 天称羔羊活体重以及屠宰后十二指肠、空肠、回肠重量,并收集各肠段内容物、黏膜组织样品。采用16S rDNA的PCR-DGGE技术和实时荧光定量PCR等方法,分析小肠菌群定植规律及葡萄糖转运载体(SGLT-1、GLUT-2)基因mRNA表达量。【结果】Ⅱ组羔羊45 d时平均日增重和空肠、回肠重量显著高于Ⅰ组(P＜0.05),而75 d时平均日增重和回肠重量极显著高于Ⅰ组(P＜0.01)。十二指肠在45和75 d、空肠在15 d及回肠在10 d时两组间菌群变化较为明显,二者菌群多样性指数回肠最高,其次空肠、十二指肠;两组各肠段优势菌群均为溶淀粉乳杆菌和普雷沃氏菌属,但随着日龄增加,Ⅰ组各肠段益生菌属总细菌数量呈下降趋势,Ⅱ组却与此相反。Ⅱ组在10 d时SGLT-1和GLUT-2基因mRNA表达量最低,而25 d后Ⅱ组表达量均高于Ⅰ组,且差异不显著(P＞0.05);上述基因表达量呈现肠段部位间差异,其中SGLT-1基因mRNA表达量变化空肠最大,十二指肠最低,而GLUT-2基因mRNA表达量变化十二指肠最大,回肠最低。【结论】饲喂代乳粉在第25 天时可促进沂蒙黑山羊早期断奶羔羊空肠、回肠有益菌提前定植,并通过调控葡萄糖转运载体基因表达而引起葡萄糖吸收转运的改变,进而影响羔羊后期肠道组织及机体的生长发育。     

饲料中添加β-葡聚糖对珍珠龙胆石斑鱼生长性能、免疫指标、转录组及肠道菌群的影响

【目的】明确β-葡聚糖诱导珍珠龙胆石斑鱼的免疫响应机制,为β-葡聚糖作为免疫增强剂在水产饲料中的应用提供理论依据。【方法】以珍珠龙胆石斑鱼为研究对象,通过在饲料中添加100 mg/kg β-葡聚糖进行养殖试验,饲 养8周后采样分别进行生长性能、血清生化指标、转录组测序和肠道菌群组成分析。【结果】饲料中添加β-葡聚糖显著...     

猪胃肠道组织中趋化因子CCL28的表达研究

应用RT—PCR方法,分别检测了CCL28在15d和30d龄仔猪胃肠道组织中的表达。结果表明,CCL28在15d龄猪的十二指肠、回肠、盲肠、结肠、直肠和30d龄仔猪的十二指肠上段、下段、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠、胃组织中有表达;在15d龄仔猪的十二指肠上段、空肠、胃组织中无表达,在回肠、结肠组织中表达弱;在30d龄仔猪的十二指肠、空肠、盲肠、胃组织中表达弱。CCL28的时空表达提示其与仔猪胃肠道黏膜组织的发育及在不同部位的作用有关。     

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。