一株鸭源H6N6亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及对小鼠的感染性研究

为了解H6N6亚型禽流感病毒(AIV)的生物学特性,本研究对2015年在广东活禽交易市场分离的一株鸭源AIV DK/GD/S1182/2015(H6N6)进行了全基因组测序、遗传演化分析和对BALB/c小鼠的感染性试验。序列分析显示,该病毒的HA蛋白裂解位点处仅有一个碱性氨基酸,符合低致病性AIV的分子特征;HA蛋白的222V和228S,可以增强病毒对α-2,6唾液酸受体的结合能力。NA蛋白颈部有11个氨基酸的缺失,这将会影响NA的神经氨酸酶活性;该病毒可能是2010年广东H6N6猪流感病毒与2014年广西AIV重组产生。小鼠感染性试验表明,该分离株不需要预先适应就能够在小鼠的肺脏内高效复制,提示该分离株具有感染哺乳动物的潜在风险。本研究对H6亚型AIV监测和相关生物学特性研究具有一定的指导作用。     

1株野鸟源H7N3亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及其对小鼠感染性研究

旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明,HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸,符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明,HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高;NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高;PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性;PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性;NP基因与H3N2亚型有较高同源性;M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性,具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明,该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍,抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示,该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制,并引起感染小鼠体重下降,表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析,为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。     

1株重组的H5N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

本研究对1株H5N2亚型禽流感病毒(CK/GD02/14)进行全基因测序及遗传进化分析,结果显示,该病毒HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸(321PQIEGRRRKR*GLF333),为高致病性禽流感病毒特征。遗传进化分析结果显示,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)各基因片段都有较高的同源性(97.6%~98.9%)。HA基因位于H5N1亚型遗传进化树的7.2分支,NA基因属于H9N2亚型遗传进化树的BJ/1/94-like分支。其内部基因与1株H9N2亚型病毒的内部基因有较高的同源性,但其M基因属于类H5N1病毒分支,表明该H5N2亚型禽流感病毒为H9N2和H5N1亚型禽流感病毒的重组毒株。结果表明,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)为同源毒株,可能由江苏传到广东地区。     

3株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列进化分析

为明确3株不同源性的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)A/Chicken/Jilin/22/13(简称JL22)、A/Chicken/Jilin/24/13(简称JL24)、A/Duck/Jilin/37/13(简称JL37)基因组的遗传变异情况,本试验采用RT-PCR技术,分别扩增出3株AIV的8个基因片段,克隆后进行序列测定。结果显示,3株H9N2亚型AIV的主要致病基因均属于经典的欧亚种系。氨基酸比对发现JL22的HA氨基酸序列与A/Chicken/Hong Kong/G9/97和A/Duck/Hong Kong/Y280/97的HA氨基酸序列相比,在551位多了1个潜在糖基化位点。JL22、JL24、JL37的HA序列,在226位的氨基酸残基均为Leu,具有同哺乳动物唾液酸受体结合的特性,说明对人的感染性增强。M基因在31位上均发生了Asn取代Ser的现象,说明这些病毒对金刚烷胺产生了耐药性。由系统进化树可知3株毒株亲缘关系较远,各个基因所属分支也不具有统一性,且部分基因分别与鸡源、鸭源和猪源3种源性流感病毒株高度同源,推测这3株毒株是不同动物不同毒株经过长时间进化而发生自然重排的产物。     

一株H5N6亚型禽流感病毒对鸭和小鼠的致病性研究

为了研究一株从鹭中分离到的禽流感病毒(AIV)A/Heron/Guangdong/C1/2013(H5N6)对鸭和小鼠的致病力,本研究通过对鸭和小鼠滴鼻点眼和鸡的颈静脉注射进行攻毒试验,观察其致病力和组织病理学等变化,对其生物学特性进行初步研究。结果显示,该毒株的鸡胚半数感染量(EID₅₀)为10^-8.16/0.1 mL,静脉接种致病指数(IVPI)为2.76。对鸭的半数致死量(LD₅₀)为10^-4.0/0.2 mL,对小鼠的LD₅₀为10^-4.67/0.05 mL。以10⁶ EID₅₀/只滴鼻点眼感染鸭,主要表现为食欲下降、精神萎靡、肿头流泪等症状,大多数鸭在感染后4~7 d死亡,感染后第7 天肝脏、肺脏、肾脏仍在排毒,解剖可见心包积液、肺脏淤血、肾脏肿大等症状,病理切片可见心脏、肝脏、脾脏、肾脏炎性细胞浸润,脑细胞核固缩等病变。以5×10⁵ EID₅₀/只滴鼻感染小鼠,主要表现为食欲下降、精神萎靡、被毛粗乱、聚堆等症状,大部分小鼠在感染后5~7 d死亡,第7天时只有肺脏仍在排毒,各脏器解剖学病变不明显,病理切片可见心脏、肾脏、肺脏炎性细胞浸润,脑细胞核固缩等病变。研究结果表明,该H5N6亚型AIV毒株对鸭和小鼠具有很强的致病力,IVPI大于1.2,为高致病性AIV,本研究为H5N6亚型AIV研究和防控提供了理论基础。     

一株H9N2亚型禽流感病毒全基因组分析

为了研究H9N2亚型AIV A/Chicken/Guangdong/333/2008的全基因组序列变异情况,试验利用RT-PCR方法扩增出该病毒的8个基因序列,并应用DNAStar和MEGA4.0软件分析所得基因序列。结果表明:该病毒HA基因的第226位氨基酸由Q(Gln)变为了L(Leu),其NP基因与Viet Nam/1203/2004(H5N1)的NP基因同源率最高。说明该病毒已具备了感染哺乳动物的分子特征,并可能在遗传演化过程中突变为高致病性的禽流感病毒(AIV)。     

一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。     

两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒的序列分析及致病性研究

本研究对2010年在湖北活禽市场监测分离到的两株鸭源H5N1亚型禽流感病毒(AIV) (HuB/495/10和HuB/513/10)进行了序列分析和致病性试验研究,以了解湖北地区H5N1亚型AIV的生物学特性差异.序列分析显示:2株病毒全基因组核苷酸同源性在97.3 ％～98.6％,2株病毒的8个节段基因均与青海和香港分离的野鸟源病毒A/great crested-grebe/Qinghai/1/2009 (H5N1)和A/black-crowned night heron/Hong Kong/659/2008 (H5N1)的核苷酸高度同源,HA蛋白裂解位点序列基序为341RRRKR345,呈现典型的高致病力分子特征.以105 EID50/100 μL病毒剂量感染4周龄SPF鸭发现:HuB/495/10和HuB/513/10对鸭的致死率分别为100％和20％,病毒在鸭体内呈全身性复制并可通过呼吸道和消化道向外排毒;不同滴度的病毒感染6周龄BALB/c小鼠,HuB/495/10和HuB/513/10的MLD50分别为1.38 log10 EID50和1.68 log10 EID50,对小鼠表现为高致病力,均在肺脏中高拷贝复制.     

H3亚型禽流感病毒分离株与变异株的生物学特性

本研究对分离到的Ｈ３Ｎ８禽流感病毒株（分离株Ａ／Ｃｈｉｃｋ／Ｊｉｌｉｎ／９８,以下简称Ｊ１株）和传代过程中发生变异的变异株（Ａ／Ｃｈｉｃｋ／Ｊｉｌｉｎ／９９,以下简称Ｊ２株）进行了生物学和病理学特性的初步研究,发现在相同的时间内,Ｊ１株病毒致死鸡胚数量明显高于Ｊ２株病毒,病毒ＨＡ的滴度也明显高于Ｊ２;Ｊ１株的ＩＰＶＩ为１．４４,而Ｊ２为０．６４;毒株的致病性试验与ＳＰＦ感染鸡的器官变化表明Ｊ１组的病理学变化较Ｊ２组明显,且主要的嗜器官为肺、肝、法氏囊、胸腺、脾等主要的免疫器官;本研究还对ＳＰＦ感染鸡的病变器官进行了病原学检测、病理组织检测和电镜观察。结果表明两者存在较明显的差异。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。     

两株H5N1亚型禽流感病毒的基因分析及其在不同宿主中致病性的比较

为了解两株高致病性禽流感病毒(HPAIV)的分子特征及其对不同宿主的致病性,本研究对DK/HuN/4/08和CK/GX/2/09进行全基因组序列的测定,分析结果表明:两个病毒分离株HA基因的裂解位点均具有HPAIV特有的基序(341RRR(R)KR345/346),并且均属于Clade2.3.2分支,基因组同源性在97.4%～98.3%之间。致病性试验显示,两个病毒分离株均能够以106EID50感染量在3 d内引起鸡全部死亡,并且各脏器均检测到高滴度的病毒含量;两者在SPF鸭中呈现不同的致病性,CK/GX/2/09在4 d内可以使感染鸭100%死亡,而DK/HuN/4/08只引起25%的死亡率;同样在小鼠试验中,两者致病力差异与在鸭体中的反应一致,其MLD50分别为1.63 log10EID50和6.2 log10EID50。本研究表明,这两株遗传背景相似的HPAIV在鸡、鸭和小鼠中的致病性不同,为进一步利用反向遗传技术研究这两株病毒对水禽和哺乳动物致病力差异的分子机制奠定了基础。     

1株鸭源H4N6亚型流感病毒全基因组序列测定和遗传演化分析

2010年在山东水禽市场健康鸭体内分离鉴定1株H4N6亚型流感病毒（AⅣ）,命名为A／duck／shandong／1／2010（H4N6）（缩写为DK／SD／1／2010）。对其全基因序列进行测定,并与GenBank中相关序列进行遗传演化分析。结果表明：DK／SD／1／2010HA基因切割位点附近的氨基酸序列（PKKASR↓GLF）符合低致病力AIV的特征;HA基因与A／avian／Japan／8k10185／2008（H4N6）在同一进化分支内;PB2基因与A／Mallard／Hokkaido／24／2009（HSN1）在同一分支内;NP基因与A／Spot-billedduck／Korean／546／2008（H6N1）在同一分支内;M基因与A／Dintail／Aomori／1130／2008（HIN3）在同一分支内。因此,推测DK／SD／1／2010可能是不同来源的流感病毒基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒。     

一株鸭源H5N2禽流感病毒全基因组序列分析及对鸡的致病性研究

2012年在我国重庆市活禽交易市场进行流行病学调查时,从鸭体内分离到1株H5N2亚型禽流感病毒(AIV),DK/CQ036/12(H5N2).为了解该株H5N2亚型AIV的生物学特性,本研究对其进行了全基因组分析及对SPF鸡和BALB/c小鼠的致病性试验.序列分析显示:HA裂解位点序列为341R-----346TRGLF350,为低致病性AIV特征.内部基因来源较复杂,与KD/CQ/036/12分离株的M基因NP基因同源性最高的病毒株均来自H4、H7等亚型分离株,呈明显的异源性.分离株的感染性试验显示,该分离株在鸡体内可以通过呼吸道和消化道向外排毒,但并不能在鸡体内有效的复制.对小鼠的感染性试验结果显示,仅在鼻甲和肺能检测到病毒存在,其他脏器病毒滴定结果为阴性,表明病毒对鸡和小鼠均呈低致病性.     

一株野鸟源H9N2亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及致病性研究

为进一步了解2014年分离自我国南方野鸟粪便中的一株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)Wide Bird/Hu N/SC1400/2014(H9N2)(WB/400/14)的生物学特性,本研究对其进行全基因组序列测定、进化分析及SPF鸡、SPF鸭和BALB/c小鼠的感染性试验。序列分析显示:该分离株的HA裂解位点基序为333PAASDR↓GL340,其中不存在多个连续的碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征。该分离株不同基因片段来源较复杂,分别与H9、H6、H4、H1、H11、H10、H3等多种亚型的LPAIV同源性较高,呈现明显的多样性。感染性试验显示,WB/400/14不能够在SPF鸡和小鼠体内有效复制,但病毒感染SPF鸭后能够在部分脏器中检测到病毒的存在,并且感染鸭能通够过咽喉和泄殖腔同时向外排毒,而同居感染鸭仅通过泄殖腔向外排毒,表明分离株在SPF鸭群中具有良好的水平传播能力。本研究为AIV的监测和防控提供实验依据。     

H5亚型禽流感病毒的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测技术

根据GenBank中H5N1亚型流感病毒HA基因保守区的序列,设计1组对应HA序列6个区域的4条特异性引物进行核酸扩增,建立RT-LAMP反应体系,优化LAMP反应条件,最佳等温扩增反应条件为65℃保温60min。扩增后产物加入核酸染色剂SYBRⅠ和4 mmol/L Mg2+,结果可视。扩增产物可用特异性内切酶KpnⅠ进行酶切鉴定。用已建立的RT-LAMP技术检测临床样品,检测结果与RT-PCR方法一致。RT-LAMP技术整个检测过程只需1~2 h,不需要PCR仪和成像系统,仅需要一恒温水浴锅即可完成试验。通过特异性、敏感性试验,验证了建立的RT-LAMP技术可以作为一种操作简单,灵敏性、特异性高的检测H5亚型禽流感病毒的方法。     

两株H4N3禽流感病毒全基因组序列分析及对小鼠的致病性研究

2009年在我国南方活禽交易市场进行流行病学调查时,从鸭体内分离到2株H4N3亚型禽流感病毒(AIV),DK/FJ/S1419/09(H4N3)(FJ/419/2009)和DK/HUN/S1010/09(H4N3)(HuN/010/2009)。为了解这2株H4N3亚型AIV的生物学特性,本研究对其进行全基因组分析及对小鼠致病性研究。结果显示:其HA基因来源于近两年流行的H4亚型病毒株,NA基因来源于其它亚型病毒株。内部基因来源较复杂,与FJ/419/2009内部基因同源性最高的病毒株均来自国内H5、H6等亚型分离株,但与HuN/010/2009同源的内部基因则差异较大,与PA、M和NS同源性最高的病毒株分别为A/wild/duck/Korea/UP122/2007(H1N1),A/muscovy/duck/Thailand/CU-LM1983/2009(H4N6)and A/avian/Japan 8KI0068/2008(H3N6)。用106EID50病毒剂量感染6周龄BALB/c小鼠,结果显示试验组小鼠感染后第3 d采脏器样品,仅在鼻甲和肺部能检测到病毒存在。以上数据表明,尽管这2株H4N3特殊亚型组合病毒来源复杂,但对小鼠的致病性较低。     

表达H5亚型禽流感病毒HA蛋白的重组禽痘病毒的构建

为构建表达H5亚型禽流感病毒(AIV)A/Duck/Anhui/1/06(H5N1)(简称AH/06)HA蛋白的重组禽痘病毒,本研究利用感染-转染的方法通过转移载体pSY681-gfp-gpt将AIV株AH/06的HA基因同源重组到禽痘病毒(FPV)中,并利用gfp和gpt双重筛选标记在鸡胚成纤维细胞中经过多轮筛选,得到纯化的重组禽痘病毒(rFPV-gfp-gpt-AHHA)。通过PCR、序列测定和western blot的方法对rFPV-gfp-gpt-AHHA进行鉴定和抗原活性分析。结果表明AH/06的HA基因稳定的重组到rFPV-gfp-gpt-AHHA中,其表达的HA蛋白能够与AH/06的阳性血清反应,显示出了良好的抗原性。同时病毒的生长曲线也显示外源HA基因的插入并没有影响亲本病毒的复制。这些结果为进一步的免疫效力研究奠定了基础。     

鸭源H5N1亚型禽流感病毒分离株的致病性及表面蛋白基因序列分析

分析1株2004年从广东省分离获得的H5N1型禽流感病毒株A/Duck/GuangdongJiedong/23/2004对SPF鸡和鸭的致病性,并对其血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的序列进行测定,与GenBank中收录的其他序列进行比较。结果,此分离株对SPF鸡和鸭均具有高致病性,且致死率达100%。HA基因与SCK/ST/475/04的同源率最高,而NA基因与Ck/GD/178/04同源率最高。进化分析结果表明,此毒珠与DK/Ch i-na/E319-2/03的HA、NA亲缘关系较近,推测它们来源于同一祖代毒株。推导的HA基因氨基酸裂解位点为-RRRKK-,具有典型高致病性禽流感的特征序列;NA基因颈部49~68位20个氨基酸缺失是近年来H5N1亚型优势流行株共同的遗传标志。