鲤浮肿病毒环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用

为了给鲤浮肿病(carp edema virus disease,CEVD)的防控提供特异、灵敏、快速的检测方法,针对鲤浮肿病毒(carp edema virus,CEV)的P4a基因序列设计5条特异性引物,建立CEV的环介导等温扩增检测方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。结果表明该方法具有很高的特异性。最低可检出6 000拷贝/μL,检测灵敏度与Real-time PCR方法相当。对30个鲤及锦鲤养殖场样品进行检测并与Real-time PCR方法进行比较,该方法的检测结果符合率达到96.7%以上。本方法的建立及应用为CEVD的防控提供依据。     

鲤春病毒血症病毒RT-RAA-LFD检测方法的建立

为建立一种可现场快速准确检测鲤春病毒血症病毒(SVCV)的方法,本研究结合重组酶介导扩增(RAA)和侧向流试纸条(LFD)技术,根据SVCV L基因保守区域设计引物及探针,通过优化反应时间和温度等条件,初步建立了可用于SVCV现场可视化检测的RT-RAA-LFD方法。优化后的检测方法在35℃水浴锅中恒温反应15 min即可实现对SVCV目的基因片段的有效扩增。结果显示,该方法可以特异性的检测SVCV,并且不与病毒性出血败血症病毒、传染性鲑鱼贫血症病毒、病毒性神经坏死病毒等其他常见鱼类病毒发生交叉反应;对SVCV重组质粒标准品的检测限为2.42×10²拷贝/μL,并具有较好的稳定性和重复性;采用该方法和病毒分离、套式RT-PCR、荧光定量RT-PCR、荧光定量RT-RAA共5种方法同时对45份临床样品检测,其中病毒分离、套式RT-PCR和荧光定量RT-PCR均检测到29份阳性样品,荧光定量RT-RAA和本研究建立的方法均检测到28份阳性样品,本研究与前3种方法的阳性符合率为97.8%,与荧光定量RT-RAA的阳性符合率为100%。上述结果表明,本研究建立的SVCV ...     

猪圆环病毒2型实时荧光RAA检测方法的建立及初步应用

根据猪圆环病毒2型(PCV2)Rep基因序列,设计引物及探针,建立了PCV2实时荧光重组酶介导等温扩增(recombinase-aid amplification, RAA)检测方法。该方法能在40℃恒温条件下20 min内对病原进行快速检测,与猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪传染性胃肠炎病毒、繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒3型和口蹄疫病毒均无交叉反应;对病毒核酸的最低检测限为21.2 copies/μL。用荧光PCR检测方法与建立的荧光RAA检测方法对66份临床样品进行检测,两种方法符合率为90.09%。结果表明,建立的PCV2实时荧光RAA方法适用于PCV2的快速检测。     

基于RPA的鲤春病毒血症病毒核酸检测技术的建立与评价

重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)是近几年新发展并普及应用的一种核酸扩增技术,能够实现检测设备小型化,从而满足现场诊断(point-of-care testing,POCT)的需求。本研究以鲤春病毒血症病毒(springviraemiaofcarp virus,SVCV)为检测靶标,建立了SVCV的RPA检测技术,并分析了该方法的灵敏性、特异性和稳定性,评判了该技术应用于POCT的可能性。结果表明:基于RPA的检测方法灵敏度较高,检测下限可达4×10~3 PFU/mL,但比以Taq酶为基础的RT-PCR技术略低;特异性好,未发现对其他水生动物疫病病原,如传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)、病毒性出血性败血症病毒(VHSV)、传染性胰腺坏死病病毒(IPNV)、传染性鲑鱼贫血病病毒(ISAV)等发生非特异性反应;稳定性良好,3次重复性试验的结果近乎一致。试验证明,该方法能够替代RT-PCR技术,应用于POCT的试剂和仪器设备研发。     

猪瘟病毒NASBA-RT-LAMP快速检测方法的建立

本研究基于核酸序列依赖性扩增技术(NASBA)和反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),建立了一种针对猪瘟病毒的,快速、灵敏、特异的两步法检测技术。该方法的检测灵敏度与反转录巢式PCR(RT-NestPCR)相当,最低能检测出46 pg/μL的病毒RNA。该方法的建立为猪瘟病毒的快速诊断提供了新思路。     

非洲猪瘟病毒LAMP可视化快速检测方法的建立与应用

旨在建立一种适用于现场快速检测非洲猪瘟病毒(ASFV)的可视化环介导等温扩增(LAMP)方法.采用针对非洲猪瘟病毒的p72基因编码区序列,设计合成2组引物,对引物进行筛选和反应条件优化,确定敏感性与特异性,并与荧光定量PCR方法进行比较.结果:建立的LAMP方法在63℃50 min内对ASFV的检测灵敏度为10 cop...     

基于RAA-CRISPR/Cas12a快速检测尼帕病毒方法的建立

本研究建立了一种基于重组酶介导的扩增技术(RAA)以及CRISPR/Cas12a系统快速检测尼帕病毒(NiV)的方法。针对NiV N和F基因分别设计RAA引物和crRNA,构建反应体系,通过前期对引物、crRNA、反应温度以及反应时间等条件筛选优化建立起高效灵敏的检测方法,并评估了该方法的敏感性、特异性和重复性。结果显示:建立的方法在37℃恒温条件下,1h即可完成检测,最低检测限能够达到10²拷贝/μL,敏感性较高;特异性强,与口蹄疫病毒(FMDV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)等常见猪病毒均无交叉反应;稳定性较好,对低、中、高浓度病毒质粒均能成功检出且一致性较好。结果表明,本试验建立的NiV快速检测方法操作简单、特异性强、灵敏度高、稳定性好,不需要复杂设备,在蓝光下通过肉眼即可观察结果,可为实现NiV早期快速检测提供有力的技术支持。     

B亚型禽偏肺病毒RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

利用Primer Explorer V4在线软件设计针对B亚型禽偏肺病毒(aMPV)F基因的特异性引物,并从反应时间、温度、各组分浓度等方面优化了反应体系和反应条件,建立了B亚型aMPV逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法.该方法能够在63℃条件下1h内实现B亚型aMPV F基因片段的特异性扩增,与其他病毒,如H9N2亚型禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)等的核酸无交叉反应.反应结果可直接用肉眼判断.对质粒DNA的最小检测量为1×102拷贝/μL.利用建立的检测方法对20份疑似aMPV样品进行检测,其阳性检出率为10％.结果表明,建立的B亚型aMPV RT-LAMP检测方法具有快速、准确、特异性强、灵敏度高的特点,可应用于相关疾病的临床诊断.     

猪细小病毒重组酶聚合酶扩增快速检测方法的建立

试验旨在建立一种简单、快速检测猪细小病毒（porcine parvovirus,PPV）的重组酶聚合酶（recombinase polymerase amplification,RPA）检测方法,为中国PPV的防控和诊断提供一种新的、可靠的技术支持。本研究基于PPV VP2基因的保守序列,设计合成1对RPA引物探针,通过对反应时间的优化,建立38℃恒温水浴锅检测PPV的RPA方法。结果表明,所建立的RPA方法在38℃水浴锅中恒温反应30 min,能够特异性的检测PPV;以重组质粒pPPV-VP2作为模板,RPA的检测限为10²拷贝,同本研究中应用的实时荧光定量PCR方法检测限一致,比普通PCR方法高100倍;RPA方法对疑似PPV感染临床样品的阳性检出率为82.6%,略低于实时荧光定量PCR的检出率（86.9%）,明显高于普通PCR的阳性检出率（66.7%）。本研究建立的RPA方法操作简单、反应快速,结果确实可靠,适用于PPV的快速检测。     

SYBR Green荧光RT-PCR法快速检测毛皮动物源犬瘟热病毒

根据犬瘟热病毒(CDV)H蛋白基因的保守序列设计了1对引物,经过各反应体系和反应条件的摸索和优化,建立了CDV的SYBR GreenⅠRT-PCR荧光定量RT-PCR检测方法。结果显示,建立的方法特异性较好,几种非CDV病原体检测均为阴性;敏感性实验表明其敏感性可达1个TCID50,高于普通RT-PCR和胶体金检测试剂盒;重复性试验表明所建立的检测方法非常稳定;临床检测中,在39份样品中检测到28份阳性样品,高于普通RT-PCR方法的检出率。该方法检测成本低、特异性强、敏感性高、重复性好,可推广应用于毛皮动物CDV的大规模高通量的检测。     

犬流感病毒RT-LAMP快速检测方法的建立

为了建立一种便捷、灵敏的犬流感病毒(CIV)检测技术,本研究根据CIV相对保守的M片段设计3对特异性引物,建立CIV的RT-LAMP检测方法,对反应体系中的MgSO4、Betaine、Bst DNA PoLymerase、dNTP、引物浓度等分别进行了优化,并进行敏感性和特异性试验。结果表明:所建立的反应体系在恒温水浴锅中作用45min即可得到其特有的阶梯状条带,而且对犬细小病毒、犬瘟病毒和犬副流感病毒的扩增结果均为阴性。该方法对CIV RNA的最小检测限为0.1pg,灵敏性高于一步RT-PCR方法。RT-LAMP和普通RT-PCR方法检测临床样品的符合率为93.02%。该方法为犬流感病毒的临床检测提供了一种简便、实用的方法,为基层检疫提供了方便。     

鲤春病毒血症病毒新型液相芯片检测技术的建立

为建立检测鲤春病毒血症病毒（SVCV）的液相芯片快速检测技术,用DNAStar软件对GenBank中SVCV的G基因进行序列分析,设计SVCV特异性引物和探针并标记生物素,偶联荧光编码微球后与SVCV病毒RT—PCR产物杂交反应,用液相芯片仪器检测荧光信号。结果表明液相芯片检测体系能够正确的检测出SVCV。病毒核酸的最低检出量为10pg,检测特异性高,初步建立了检测SVCV的液相芯片技术,为进一步构建其他水生动物病原体全新快速高通量检测平台奠定基础。     

快速诊断伪狂犬病毒的LAMP方法的建立

采用LAMP技术建立了一种针对伪狂犬病毒的可视、快速、灵敏、特异的检测方法。应用PrimerExplorerV4软件,根据伪狂犬gE基因的保守序列设计了4条引物,优化了反应体系与反应时间,检测了特异性与灵敏性。发现该方法只需要40 min就能检测出结果,具有良好的特异性,灵敏度为普通PCR的100倍,最低可检测出质量浓度为6.2×10-9mg/L的病毒DNA。该方法的建立为伪狂犬病的快速诊断提供了新的思路。     

实时荧光定量PCR快速检测鸭病毒性肠炎标准方法的建立

根据GenBank(登录号:EF417996)中鸭病毒性肠炎病毒U31基因的序列,设计了1对特异性引物及TaqMan探针,扩增片段长度为76 bp.以鸭病毒性肠炎弱毒疫苗株DNA为阳性标准品模板,建立了实时荧光定量PCR检测鸭病毒性肠炎病毒的方法.该方法能在鸭病毒性肠炎病毒DNA样本中检出荧光信号,定量范围为:2.1×109～2.1×100个拷贝数,最小检出量为2.1×100个拷贝;用该方法对人工感染试验的4只鸭组织器官、粪便、血液等样品重复测定3次,病毒模板DNA的检出率为100%,对鸭正常组织、巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌和鸭病毒性肝炎、鹅源禽流感H5毒株、新城疫、小鹅瘟病毒等DNA检测不出现特异性荧光信号.经过重复性和实际临床样本检验证实,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过4 h,不仅实现了对鸭病毒性肠炎的快速诊断,也实现了对该病毒DNA由定性到定量的检测.     

快速检测大肠杆菌O157的LAMP方法的建立与评价

利用DNA环介导恒温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP),以rfbE基因为靶序列,设计LAMP引物,建立LAMP反应体系与条件,进行灵敏度和特异性试验.结果显示,整个检测过程仅需1h即可通过肉眼直接目测试验结果.在灵敏度试验中,rfbE-LAMP对O157菌液和模拟阳性样品的最低检测限分别为1CFU/mL和1 CFU/g.在特异性试验中,以其他血清型大肠杆菌以及沙门杆菌基因组DNA为模板对rfbE基因进行检测,均没有发生非特异性扩增反应.试验建立的LAMP检测方法具有操作简单安全、检测灵敏度高、特异性高的特点,能够满足基层实验室、应急检测或现场监测等方面的使用需求.     

口蹄疫病毒实时荧光RT-RPA快速检测方法的建立

为建立一种简单、快速、特异的口蹄疫病毒(FMDV)分子检测方法,本研究基于FMDV的3D基因,设计特异性引物和exo探针,建立了用于FMDV快速检测的等温实时荧光反转录重组酶聚合酶(Real-time RT-RPA)方法。该方法采用便携式等温扩增仪-Genie Ⅲ实时监测扩增结果,40℃20 min即可完成检测。结果显示,FMDV RT-RPA方法能够特异性扩增FMDV 3D基因,而对水泡性口炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、脑心肌炎病毒等均无扩增;以体外转录的FMDV 3D RNA作为模板,该方法在95%置信区间检出下限为1.0×10~2拷贝/μL,组内和组间变异系数均小于1%;使用43份含有灭活FMDV的模拟临床样品分析显示,RT-RPA对FMDV的检出率为34.9%(15/43),略低于荧光定量RT-PCR的检出率(39.5%,17/43),而两种方法的符合率为95.3%(41/43)。RT-RPA能够在6 min～16 min内完成检测,而实时荧光RT-PCR则需要30 min～51 min。本研究所建立的实时荧光RT-RPA方法反应快速,特异性强,灵敏性高,操作简单,结合便携式具有荧光检测功能的等温扩增仪Genie Ⅲ,组建了FMDV快速检测平台,在基层兽医部门,尤其在野外及疫情现场的FMDV检测中具有极大的应用潜力,为设备仪器有限的实验室和田间对FMDV的快速检测提供了一种有效的方法,对于条件有限地区FMD的防控具有重要意义。     

鸭瘟病毒环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法的建立与应用

为建立一种简便、快速、灵敏、特异的鸭瘟病毒(DPV)检测方法,本研究根据GenBank中登录的DPV基因组序列,设计3对特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,经优化反应体系,建立了LAMP快速检测方法.结果表明,LAMP方法能够在63℃恒温下,1h内实现目的核酸的大量扩增.结果判定时只需要在扩增产物中加入SYBRGreen Ⅰ染料,就可以直接在可见光或紫外光下观察颜色变化.该方法敏感性可达0.245 μg/L,比普通PCR灵敏性高10倍;对鸭病毒性肝炎病毒、H9N2亚型禽流感病毒、鸭副黏病毒、鸭源偏肺病毒等的核酸无交叉反应;利用建立的LAMP检测方法对40份临床样品的阳性检出率为30％.该方法简便快捷,省时省力,是一种适用于基层实验室快速、准确检测DPV的方法.     

猪细环病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种特异和快速的猪细环病毒(TTSuV)检测方法,本研究通过比对TTSuV的全基因序列,选择其保守区域,设计了针对TTSuV检测的LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪对反应体系及条件进行了优化,建立TTSuV环介导等温扩增的检测方法.结果表明:该方法最佳反应条件为64℃恒温50 min,病毒的最低检出限为5.5拷贝/μL,并且与其他相关传染病无交叉反应.临床样品检测结果显示,猪繁殖与呼吸综合征病毒-(PRRSV)和2型猪圆环病毒(PCV2)阳性的样品中TTSuV呈高阳性率,分别为92％和87.3％,显著高于非PRRSV和PCV2阳性的猪群.该方法的建立为快速及特异性的检测猪TTSuV提供了有效的方法.