金荞麦查尔酮合成酶基因CHS的克隆及序列分析

采用同源克隆的方法获得金荞麦查尔酮合成酶基因(CHS)的保守片段554bp,进一步采用染色体步移法(genome-walking)和RT-PCR技术克隆到CHS基因的全长DNA序列和cDNA开放阅读框(ORF)序列。序列分析结果表明,金荞麦CHS基因DNA全长1650bp,含一个462bp的内含子;其cDNA编码区全长1188bp,编码395个氨基酸,命名为FdCHS,NCBI登录号为GU169470。该氨基酸序列与同为蓼科的掌叶大黄、虎杖CHS的氨基酸序列同源率分别达到94%和93%,且含有CHS活性位点和底物结合口袋位点等保守位点。     

干酪乳杆菌胸苷酸合成酶基因的分子克隆与序列测定

本研究的目的是以干酪乳杆菌 Ｌ． ｃａｓｅｉ ３４１０３染色体 ＤＮＡ为模板,利用 ＰＣＲ技术扩增出胸苷酸合成酶（Ｔｈｙｍｉｄｙｌａｔｅｓｙｎｔｈａｓｅ,　ｔｈｙＡ）基因,利用玻璃奶回收纯化试剂盒回收纯化ｔｈｙＡ基因,并将其克隆入以红霉素抗性为选择压力的可以在大肠杆菌和乳酸菌中穿梭表达的质粒ｐＷ４２５ｅ,再转化Ｘ５１感受态细胞,筛选阳性克隆,提取质粒,进行酶切鉴定、ＰＣＲ扩增鉴定,并对ｔｈｙＡ基因片段进行测序,与已知序列进行同源性比较,结果表明成功克隆了 ｔｈｙＡ基因,全长约 １．１ｋｂ,与国外报道的 ｔｈｙＡ基因同源性达９９％。这为构建以ｔｈｙＡ基因为选择压力的非抗生素抗性穿梭表达载体奠定了基础。     

鸽MX基因的克隆及序列分析

本实验利用干扰素诱导剂Poly(I:C)诱导鸽成纤维细胞,提取细胞总RNA,根据Gen Bank中公布的鸽基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增白卡奴鸽MX基因全长编码区序列。结果表明:白卡奴鸽MX基因编码区长2 106 bp,编码701个氨基酸残基,推测蛋白分子量大小为79.7 ku,等电点为6.37;通过与Gen Bank中已登录的脊椎动物MX基因序列对比,核苷酸序列的同源性为54.0%~78.0%,氨基酸序列的同源性为41.3%~69.3%。本实验成功克隆了白卡奴鸽MX基因,证实其编码的蛋白具有脊椎动物MX基因共有的结构特征,为进一步研究白卡奴鸽MX基因的抗病活性及其作用机制奠定了基础。     

驴Zfx基因CDS序列克隆及序列分析

本研究旨在克隆驴Zfx基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的牛Zfx基因mRNA序列（登录号：D84097.1）设计特异性引物,利用RT-PCR技术获取驴Zfx基因CDS序列,并对驴Zfx基因CDS区核苷酸序列和蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfx基因CDS区序列长度为2 403 bp,编码800个氨基酸;驴与马、牛、家犬、白犀牛、马鹿、猫、人、绵羊、黑猩猩的Zfx基因CDS区核苷酸序列同源性分别为99.6%、95.0%、95.3%、97.9%、93.5%、94.9%、95.0%、95.7%和94.9%。对驴及其他9种哺乳动物Zfx基因CDS区的核苷酸序列构建系统进化树,结果显示,驴与马亲缘关系很近,与白犀牛的亲缘关系次之;同时又与聚在一类的家犬、猫亲缘关系较近,而与绵羊、牛的亲缘关系稍远。Zfx蛋白理论等电点（pI）为5.19,不稳定系数为42.94,消光系数为35 810,属于不稳定的亲水性蛋白,含有60个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构,属于非分泌蛋白。Zfx蛋白α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别为23.12%、20.25%和56.63%,三级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。本试验成功克隆获得驴Zfx基因CDS序列,为后期深入研究该基因及其编码蛋白的结构功能提供依据。     

绦虫催乳素基因cDNA克隆及序列分析

根据文献报道的脊椎动物催乳素基因 c DNA序列的保守区 ,设计 1对引物。提取绦虫总 RNA,采用 RT- PCR扩增绦虫催乳素基因 ,琼脂糖凝胶电泳分析 PCR产物 ,将回收产物连接到 p MD- 18T克隆载体 ,对待选克隆进行 PCR和酶切鉴定。阳性克隆进行序列测定 ,获得全长 893bp的 c DNA序列 ,共编码 2 2 2个氨基酸 ,其中前 2 2个氨基酸为信号肽 ,成熟蛋白共编码 2 0 0个氨基酸。将测序结果与 Gen Bank中已知序列比较 ,推导氨基酸序列并进行活性位点分析 ,所得序列与脊椎动物催乳素同源性最高 ,含有催乳素的 2个活性区域 ,证明所得到的序列就是催乳素序列。     

鸡Cacnals基因部分序列的克隆及分析

利用PCR方法首次克隆了鸡Cacnals基因5'一部分调控区和exon1共1 863bp的序列,该序列已提交GenBank,登录号为GQ184725.同源性比对发现,鸡Cacnals基因exon1与哺乳动物同源性较高,其核苷酸相似性在72.4%～77.0%,氨基酸相似性在66.0%～2.0%.鸡Cacnals基因exon1较哺乳动物插入了9个碱基,分别编码1个高疏水性的缬氨酸和2个高亲水性的天冬氨酸和赖氨酸.Cacnals基因部分序列的克隆,可为下一步在鸡上开展此基因与肉质和屠体性状的关联性研究奠定基础.     

山羊KIFI基因分子克隆及序列分析

利用Primer 3.0设计出1对特异性引物F和R,以成年山羊基因组DNA为模板,扩增山羊的KIFI基因,将其克隆至pGEM-T载体,转化后挑取阳性菌落进行酶切及测序鉴定。结果表明,克隆所得的472 bp序列(GenBank登录号:GQ988385),包括山羊KIFI基因的Exon 1全长、部分5′UTR和部分Intron 1序列。山羊KIFI基因的Exon 1序列编码116个氨基酸,与绵羊、牛、马、人和家鼠的同源性分别为98%、90%、90%、88%和84%。KIFI基因部分序列的克隆,为进一步研究KIFI基因多态性与绵、山羊绒用性能间的相关性奠定基础。     

鸡大肠杆菌ESBLs基因的克隆及序列分析

分离纯化来自河南不同地区的鸡大肠杆菌菌株,按照NCCLS标准和双纸片协同试验法进行ESBLs基因表型鉴定。然后根据GenBank已发表的序列设计两对引物,选择阳性表型菌株并提取总DNA,进行PCR、克隆、阳性质粒测序,将测定的序列拼接后和参考菌株ESBLs基因序列比较分析。结果显示,15株大肠杆菌菌株有3株菌株含有β-内酰胺酶,为阳性菌株,这3株与2个参考株核苷酸序列同源性为98.9%~99.7%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.2%。3株大肠杆菌阳性菌株序列ESBLs基因型均为TEM型,核苷酸有15个位点发生突变,其中6个位点突变引起氨基酸变异。     

蛔虫抗原基因ALAg克隆及序列分析

为了确定蛔虫基因工程疫苗的候选基因,试验以蛔虫幼虫的RNA为模板,利用RT - PCR方法扩增出ALAg基因,扩增产物克隆到pMD18 -T载体,筛选阳性克隆测序并进行Blast分析.结果表明:该基因与GenBank公布的猪蛔虫As37抗原基因(AB078971)的同源性为95％,与西式贝蛔虫Ag3抗原基因(EU927...     

香猪SRY基因的克隆及序列分析

试验参照猪SRY基因保守序列设计了1对引物,对香猪基因组DNA进行PCR扩增。将扩增产物通过T—A互补法克隆到质粒pGEM—T载体中,筛选阳性克隆进行DNA测序。测序结果显示,香猪SRY基因开放阅读框全长627bp,编码227个氨基酸。其中核心区域HMG—box长237bp,并且编码79个氨基酸。与白鲸、人、牛、绵羊4种哺乳动物的SRY基因序列相比较,香猪和白鲸的SRY序列具有较高的相似性,相似度达82．1％。序列相似性和邻接法聚类树的结果均显示,在SRY基因中香猪和白鲸有着较近的亲缘关系,表明以白鲸为代表的鲸目和以香猪为代表的偶蹄目有较近的亲缘关系。     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。     

双峰驼朊蛋白基因的克隆和序列分析

分别从4峰双峰驼全血中提取基因组总DNA,用所设计的引物扩增了细胞型朊蛋白（PrP）基因,并克隆到pMD 18-T载体.序列分析表明,所克隆的4个双峰驼PrP基因片段大小分别为768、768、792和795 bp,包含了朊蛋白基因的完整编码区序列,为包含在单一外显子内的完整开放阅读框,均与国外报道的同属单峰驼PrP序列基本相同.4个双峰驼PrP基因含5个或6个短而富含G-C的元件,可编码5个或6个八肽（九肽）重复序列Pro-His-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln或Pro-Gln/His-Gly-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln,其氨基酸序列含有24个氨基酸的N-端信号肽和22个氨基酸（除LT200302为23个氨基酸外）的C-端信号肽.4个双峰驼PrP基因之间相比较,其核苷酸和推导氨基酸序列的同源性为91.0%～100.0%和94.2%～100.0%.共发生133个碱基替换,其中107个为同义码替换,26个为异义突变.     

犬源贾第虫β-贾第素基因的克隆及序列分析

为了鉴定犬源贾第虫佛山分离株的基因型,根据GenBank中登录的贾第虫β-贾第素(bg)基因序列(X85958),设计2对引物GF1/GR、GF2/GR,采用套式PCR方法从贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段;将扩增产物纯化并连接到质粒载体pMD18-T,克隆转入感受态细胞JM109,挑选阳性克隆测序,然后进行序列分析。结果显示,犬源贾第虫bg序列长为384 bp,与预期目的片段一致;分子进化树表明该犬源贾第虫分离株为蓝氏贾第虫D型。该基因型在我国为首次报道,为贾第虫的分子鉴定以及分子遗传学研究奠定了基础。     

9株鸡毒支原体29 Ku多肽基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡毒支原体(MG)S6株29Ku多肽基因序列设计了1对引物,以9株(广西分离株5株、标准株4株)DNA为模板进行PCR扩增,均得到802bp的特异性片段,将9株MG PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上,得到重组质粒.重组质粒经PCR法和EcorⅠ、SalⅠ双酶切等方法鉴定后,测定了9株29 Ku多肽基因序列,并在基因库中S6标准株的29 Ku多肽基因序列进行分析比较.结果表明,5株分离株与5株标准株29Ku多肽基因核苷酸序列同源性分别为94.4%～99.9%,推导的氨基酸同源性分别为89.7%～99.2%.从各毒株的进化分析表明,5个分离株与标准强毒株S6、A5969、K1501和PG31强毒株间遗传距离较近,而5个分离株与标准株F疫苗株间遗传距离则较远.     

高温对金荞麦生理生化特征的影响及其耐热性评价

为阐明金荞麦(Fagopyrum dibotrys Hara)耐热生理生化机制,以8个金荞麦种质为试验材料,研究高温对其生理生化指标的影响。结果表明:高温处理后,各金荞麦种质的相对电导率、丙二醛(MDA)和脯氨酸(Pro)含量增加;可溶性蛋白(SP)含量先升高后降低;超氧化物岐化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和过氧化物酶(POD)活性增加。综合分析,评价出供试材料耐热顺序为:JQ6> JQ2> JQ3> JQ1> JQ8> JQ4> JQ5> JQ7。     

鹌鹑新城疫病毒分离株F基因的克隆和序列分析

研究以新城疫鹌鹑分离株(LA005)的基因组RNA为模板，应用RT-PCR技术扩增出其F基因的主要功能区片段，并进行了克隆和序列分析。结果表明：所扩增的目的片段长度为813bp，裂解位点氨基酸序列为112R-T-Q-R-R-Fll7，和F48E9标准强毒株的核苷酸和氨基酸的同源率分别为98．9％和98．5％，Cys残基位点和糖基化位点的数目和位置完全一致，说明该分离毒是一株和F48E9标准强毒株亲缘关系很近的强毒株。     

猪粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

GM-CSF在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用.用PHA与LPS体外联合刺激猪外周血单个核细胞,采用RT-PCR技术成功克隆了猪GM-CSF基因.序列分析表明,该序列与NCBI/GenBank上登载的序列有两个碱基不同;将猪与人、牛、羊、狗、猫、鼠等动物的GM-CSF基因序列相比较,其一致性分别为82.1%、85%、88.1%、82.8%、83.7%、70.5%,在氨基酸水平上一致性为70.3%、70.9%、78.1%、70.3%、71.9%、54.4%.然后利用生物信息学和分子生物学软件,对猪GM-CSF的结构进行预测,结果表明,猪GM-CSF为一结构松散的球状蛋白分子.猪GM-CSF基因的成功克隆及其编码蛋白结构的预测为开发高效、低毒且性质稳定的猪GM-CSF产品奠定了基础.     

犬GM-CSF基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

为了研究犬粒细胞/巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)的作用,试验根据GenBank上发表的犬(Canis familiaris)GM-CSF cDNA基因序列设计1对引物,采用RT-PCR技术,以ConA刺激的犬外周血淋巴细胞为材料,从总RNA中扩增出犬GM-CSF基因。结果表明:扩增片段长为435 bp,编码144个氨基酸;生物软件分析结果表明,该序列与猕猴的亲源性更近,与已知人、马、牛、野猪、豹猫、鸡等序列的同源性较低。     

多浆旱生植物霸王液泡膜H+-PPase基因片段的克隆及序列分析

根据其他植物H⁺-PPase基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出H⁺-PPase基因片段并克隆到PUCm-T载体。阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表明,克隆到3个同源的序列片段(898 bp),编码299个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的高等植物H⁺-PPase基因核苷酸序列的同源性均在69%以上、氨基酸序列的同源性达78%以上。