烟草根结线虫病对烟株根际土壤真菌群落结构及多样性的影响

【目的】通过研究根结线虫病患病烟株与健康烟株根际土壤真菌群落结构及多样性，明确烟草根结线虫病发生的微生态机制。【方法】利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根结线虫病患病烟株与健康烟株根际土壤真菌群落结构和土壤养分变化特征。【结果】根际土壤真菌OUTs数健康烟株与病株分别为2120和1170个，健康烟株土壤真菌OUTs数是病株的1.81倍，特有OTUs数是病株的3.31倍；病株根际土壤的Shannon、ACE和Chao1等指数分别较健康烟株降低12.16%、52.96%、50.40%。病株根际土壤中桑尼被孢霉(Mortierellasarnyensis)、未分类被孢霉菌属(unclassified＿g＿＿Mortierella)、未分类真菌界(unclassified＿k＿＿Fungi)和未分类青霉菌属(unclassified＿g＿＿Penicillium)的相对丰度较健康烟株分别增加139.01%、134.83%、203.27%和361.94%,且差异均达到显著水平(P<0.05);根际土壤真菌群落组成的PCoA分析结果表明，健康烟株与病株根际土壤真菌物种组成存在...     

湖北保康不同海拔高度烟田土壤微生物分析

对不同海拔高度的烟田土壤中微生物进行测定和分析.结果表明,在不同海拔高度烟田土壤中,烟草采收期细菌和固氮菌数量随海拔高度的增加而增加.固氮菌变化速率和细菌变化速率高于放线菌变化速率和真菌变化速率,细菌和固氮菌变化速率随海拔高度的增加而增加,采收期细菌和固氮菌变化速率高于旺长期.细菌、固氮菌和放线菌根土比随海拔高度的增加呈增加趋势,在海拔高度为1 095 m,细菌、固氮菌和放线菌根土比最高.不同海拔高度烟田土壤中采收期细菌与真菌数量的比值(B/F)高于旺长期,海拔为746m的烟田土壤中细菌与真菌数量的比值小于海拔933和1 095m.     

梵净山不同海拔丛枝菌根真菌多样性

采集梵净山国家级自然保护区5个海拔高度(500~600、900~1000、1300~1400、1700~1800、2100~2200 m)植被根际土壤,利用湿筛倾析法分离丛枝菌根真菌孢子,通过孢子形态进行物种鉴定和物种多样性分析。结果表明:梵净山丛枝菌根(AM)真菌物种资源丰富,现确定6属23种;海拔显著影响AM真菌的多样性和分布,随海拔降低,AM真菌物种多样性指数显著下降;AM真菌优势群落,依次为无梗囊霉属、球囊霉属、硬囊霉属。     

不同海拔条件下烤烟成熟期根际土壤真菌群落结构及生态特征分析

为探究不同海拔条件下植烟土壤真菌群落结构特征,以及驱动真菌群落的主要生态因子,选取3个不同海拔高度ZL(800 m)、ZS(1000 m)、ZH(1200 m)的烤烟成熟期根际土壤,采用18S rRNA高通量测序对土壤真菌进行分析.结果表明,中低海拔土壤pH值和速效养分含量显著高于高海拔;中低海拔土壤真菌α多样性显著低...     

不同连作年限栝楼根际土壤微生物群落多样性分析

为明确连作对栝楼根际土壤微生物群落的影响和栝楼连作障碍产生的原因,以连作2年和连作4年的栝楼根际土壤为研究对象,进行土壤理化性质测定以及土壤细菌16S和真菌ITS高通量测序。土壤理化性质测定结果表明,与连作2年的栝楼根际土壤样本相比,连作4年的栝楼根际土壤样本中有机碳含量下降;与对照土壤样本和连作2年的栝楼根际土壤样本相比,连作4年的栝楼根际土壤样本阳离子交换量(CEC)下降,说明土壤保肥能力已下降。细菌群落α多样性分析结果显示,栝楼连作对细菌群落的影响相对较小。细菌群落结构分析结果表明,与对照土壤样本相比,栝楼连作根际土壤中一些具有重要功能的细菌门相对丰度下降。与对照土壤样本相比,连作2年和连作4年的栝楼根际土壤样本中真菌群落群落结构和组成发生明显变化,一些有害真菌属如Stagonosporopsis、Rhizoctonia和Colletotrichum的相对丰度大幅增加。典型相关分析结果表明,硝态氮含量、全磷含量和速效磷含量是栝楼根际土壤微生物群落多样性的主要影响因素;pH值、阳离子交换量是CK土壤微生物群落多样性的主要影响因素。     

海拔对魔芋根际微生物区系和软腐病发生的影响

[目的]研究不同海拔对魔芋土壤微生物区系的影响及其与魔芋软腐病发生的关系,为利用土壤微生态控制魔芋病害提供理论依据.[方法]通过田间小区试验,研究魔芋在4个海拔高度(610、913、1205和1518m)和4个生长时期(幼苗期、换头期、块茎膨大期和块茎成熟期)软腐病发病率及其根际的真菌、细菌和放线菌数量、微生物总量和微生物多样性,应用DPS 7.05对试验数据进行分析.[结果]同一海拔的不同时期,随着魔芋的生长,魔芋软腐病发病率呈先上升后下降的变化趋势,以块茎膨大期软腐病发病率最高;同一时期不同海拔高度,总体趋势为随着种植海拔的增加,软腐病发病率呈下降趋势.随着魔芋的生长和发育,4个生育时期的细菌、真菌、放线菌和微生物总量均呈先下降后上升的变化趋势,即幼苗期>换头期>块茎成熟期>块茎膨大期;随着海拔高度的增加,魔芋根际微生物细菌、真菌、放线菌和微生物总量均相应增加;海拔对魔芋根际土壤微生物的多样性无显著影响(P>0.05).[结论]适当增加种植区海拔能有效调节魔芋根际微生物区系,是控制魔芋软腐病发生的有效措施.     

土壤利用类型和海拔对油茶根围土壤细菌和真菌多样性的影响

为揭示不同土壤利用类型和不同海拔的油茶林根围土壤细菌和真菌的结构与组成,为油茶林的地力调控、精准施肥提供基础数据和指导,以贵州喀斯特地区不同土壤利用类型、不同海拔的油茶林根围土壤为材料,利用Illumina MiSeq测序平台进行高通量测序,分析贵州喀斯特地区不同土壤利用类型和不同海拔的油茶根围土壤细菌和真菌物种多样性及其构成,并解析土壤养分对不同土壤利用类型和不同海拔的油茶根围土壤细菌、真菌群落组成及其多样性的影响。结果表明,油茶原生土壤和农业耕作土壤真菌、细菌香农指数差异不显著(P>0.05),但不同海拔梯度下差异显著;低海拔的从江(300 m)与高海拔的威宁(2 180 m)土壤真菌和细菌群落较为丰富;门分类水平下,优势真菌为子囊菌门、担子菌门、被孢霉门,细菌为变形菌门、酸杆菌门、放线菌门;属分类水平下,农业土壤中的慢生根瘤菌、酸杆菌等细菌属的丰度显著较小;海拔升高,野生油茶根围土壤中的被孢霉属真菌相对丰度升高且土壤养分对真菌和细菌的群落分布相对影响作用呈先增后降规律;土壤中31.62%真菌和41.51%细菌暂无分类地位。说明贵州喀斯特地区油茶根围土壤中细菌、真菌资源丰富,...     

不同海拔下海南凤仙花可培养根际真菌和细菌群落的季节性变化

为揭示不同海拔梯度下海南凤仙花可培养根际真菌与细菌群落的动态变化,笔者在不同季节采集了高海拔(1 000 m)、中海拔(400 m)、低海拔(190 m)3个梯度的海南凤仙花根际土壤,采用形态结合分子检测技术检测分离培养到的真菌和细菌,并进一步分析微生物群落组成和动态变化规律。结果表明,在3种海拔梯度的生境中,真菌OTU数量、多样性指数、丰富度指数在干季高于湿季;而细菌的OTU数量、多样性指数、丰富度指数则表现为湿季高于干季。根际真菌群落中木霉属、篮状霉属、青霉属、曲霉属等优势种,在高海拔旱季出现的频度最高;而根际细菌群落中芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、类芽孢杆菌属等优势种,在低海拔的湿季出现频度最高。海南凤仙花根际微生物群落的主要驱动因子是干湿季,其次是海拔。海南凤仙花生长的石灰岩地区,根际真菌与细菌对季节与海拔梯度的响应呈相反趋势。     

基于高通量测序技术研究云南玉米根际微生物群落多样性

研究不同海拔高度和玉米品种类型对玉米根际微生物多样性的影响,利用Illumina Miseq高通量测序对云南不同海拔和品种类型的玉米根际细菌和真菌多样性进行分析。玉米根际细菌和真菌OTU数量和Chao1指数随海拔升高而增加,且饲料玉米高于鲜食玉米,不同海拔和品种类型的玉米根际微生物多样性差异明显。玉米根际细菌的优势菌群为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,鞘氨醇单胞菌属(5.91%)和芽孢杆菌属(8.88%)为玉米根际的优势属,但高海拔地区的玉米根际特异检测到芽单胞菌属(4.34%);水恒杆菌属(6.10%)为鲜食玉米的优势属;玉米根际真菌的优势菌群为子囊菌门、担子菌门和接合菌门,被孢霉(7.42%)、镰孢霉属(10.88%)和青霉菌属(4.03%)是优势属。海拔高度和品种类型是影响玉米根际微生物群落多样性的重要因子。     

柴达木地区患根腐病枸杞根际土壤微生物多样性分析

为了解枸杞受根腐病菌侵染后植株根组织与根际土壤中真菌与细菌群落结构以及多样性，采用高通量测序技术对柴达木地区患根腐病枸杞的根组织和根际土壤样本进行分析。结果表明，根际土壤中的细菌群落丰度略高于根组织，而真菌多样性和丰度在根际土壤和根组织样本中无显著差异。在门水平，细菌群落中变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度较高，真菌群落中子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）的相对丰度较高；在属水平，细菌中以假单胞菌（Pseudomonas）为主，真菌中以枝孢属（Cladosporium）和被孢霉属（Mortierella）为主。相关性分析显示，细菌群落在根组织和根际土壤样本中差异较大，而真菌群落在根组织和根际土壤样本间相关性较高；枝孢属（Cladosporium）和被孢霉属（Mortierella）的相对丰度在根组织和根际土壤中均显著上调，初步推测这2属真菌可能与枸杞根腐病发病相关。     

玉米根际土壤微生物群落结构及多样性季节变化特征

【目的】研究玉米根际与非根际土壤微生物群落结构及多样性季节变化特征。【方法】利用Illumina-MiSeq高通量测序技术对不同季节玉米根际与非根际土壤中细菌的16S rDNA基因V3～V4区片段和真菌18S rDNA基因V4区片段进行了测序。【结果】①不同季节玉米根际与非根际土壤理化性质随季节变化趋势一致,玉米根际、非根际土壤电导率随季节呈先增加后降低趋势,大致表现为夏季秋季春季冬季,不同季节玉米根际土壤电导率均显著高于非根际(P0.05);由春季到冬季,玉米根际、非根际pH值呈先降低后增加趋势,大致表现为春季冬季秋季夏季,不同季节玉米根际土壤电导率均显著低于非根际(P0.05)。②不同季节玉米根际与非根际土壤养分含量(有机碳、全氮和全钾)随季节变化趋势相一致,由春季到冬季,玉米根际、非根际养分含量均呈先增加后降低趋势,以夏季玉米根际、非根际土壤养分含量最高,冬季玉米根际、非根际土壤养分含量最低,并有所波动。③不同季节玉米根际与非根际土壤细菌和真菌覆盖度、丰富度指数、Shannon-Wiener指数、均匀度Evenness、ACE、Chao 1指数、Simpson指数随季节变化趋势相一致,由春季到冬季,根际、非根际土壤细菌和真菌多样性指数均呈先增加后降低趋势,并且不同季节根际土壤细菌和真菌多样性指数均显著高于非根际。④玉米根际和非根际土壤细菌群落中,优势类群主要是变形菌门、酸杆菌门和芽单胞菌门,还包括浮霉菌门、放线菌门、拟杆菌门、后壁菌门、绿弯菌门、疣微菌门,其中根际土壤细菌酸杆菌门相对丰度高于非根际,变形菌门相对丰度低于非根际。根际和非根际土壤真菌群落中,优势类群主要是子囊菌门和担子菌门,还包括结合菌门、壶菌门、新丽鞭毛菌门、球囊菌门、芽枝菌门。⑤相关性分析表明:玉米土壤细菌和真菌Coverage、ACE与土壤养分均没有显著的相关性(P0.05);土壤pH与土壤细菌和真菌多样性呈负相关,土壤电导率和全磷与土壤细菌和真菌多样性均没有显著的相关性(P0.05)。【结论】玉米土壤根际和非根际细菌和真菌群落具有很好的相似性,并且根际和非根际细菌群落产生明显的分离效应。     

放牧对冷蒿根际土壤细菌和真菌多样性影响的PCR-DGGE分析

为揭示放牧扰动对冷蒿Artemisiafrigida根际土壤细菌和真菌群落多样的影响,以内蒙古典型草原为依托,采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE),对轻度(LG)和重度(HG)放牧处理后的冷蒿根际土壤细菌16S r DNA和真菌18S r DNA多样性进行了研究。结果表明,与对照组相比,轻度与重度放牧处理后冷蒿根际土壤细菌群落丰富度下降12.5%(P0.05);与对照组相比,轻度放牧处理后根际土壤真菌群落丰富度增加6.25%(P0.05),而重度放牧处理后降低21.88%(P0.05)。DGGE图谱相似性与聚类分析表明放牧处理对根际土壤细菌和真菌群落多样性的影响低于非根际土壤。主成分分析表明放牧处理是影响土壤细菌和真菌群落差异的主要原因。典型对应分析结果显示根际土壤细菌和真菌群落多样性与土壤养分含量关系比非根际密切。表明放牧处理降低了冷蒿根际土壤中细菌和真菌群落的多样性,冷蒿根际环境能够阻击放牧对土壤细菌和真菌群落多样性的影响。     

3种红树植物根际与非根际土壤细菌群落结构及多样性特征

【目的】研究秋茄、白骨壤、桐花树等3种红树植物根际与非根际土壤细菌群落结构及多样性特征,为阐明土壤微生物群落对红树植物的生长及其在红树林生态系统保护与修复中的重要作用提供科学支撑。【方法】提取3种红树植物根际土壤及同一区域非根际土壤宏基因组DNA,利用Illumina NovaSeq测序技术,分析土壤细菌群落结构及多样性。【结果】(1)4组土壤样本共鉴定出细菌39门、55纲、126目、244科、511属,非根际土壤样本OTU数目大于3组红树植物土壤样本,同时其在观测物种数和多样性指数上也表现出了更高的丰富性与多样性;(2)4组土壤样本中变形菌门的相对丰度均大于60%,占据绝对主导地位。4组土壤样本之间相比较,秋茄根际土壤样本中厚壁菌门和梭杆菌门有更高的丰度,桐花树根际土壤样本里变形菌门的丰度有一定优势,白骨壤根际土壤样本里拟杆菌门的丰度高于其他3组。非根际土壤样本里的芽单胞菌门略微占有优势,但是其在拟杆菌门的丰度却低于3组根际土壤样本;(3)PCA分析发现桐花树与白骨壤根际土壤的群落组成较为接近,4组样本的根际细菌群落对应的COG类目大致相同。【结论】红树植物非根际土壤的细菌群落有更高...     

木薯/花生间作对其根际土壤微生物数量、群落结构及多样性的影响

[目的]研究木薯或花生单作与木薯/花生间作对木薯和花生根际土壤细菌、真菌数量与群落结构及多样性的影响,为从根际微生态角度阐释木薯与花生的地下部互作机制提供科学依据.[方法]设木薯单作、花生单作和木薯/花生间作3个处理,采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)分别测定单作与间作的根际土壤细菌和真菌数量,并通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行细菌和真菌群落结构及多样性分析.[结果]不论单作或间作,木薯和花生根际土壤细菌、真菌数量均随着生育期的延长呈先增长后下降的变化趋势,在木薯块根形成期和花生结荚期达到峰值.木薯/花生间作后期根际土壤细菌与真菌数量的比值(B/F)提高,有利于木薯和花生的根际土壤向细菌型转化,且间作木薯根际土壤B/F比间作花生分别提高了1.02和1.25倍.在木薯块根形成期和花生结荚期,与单作相比,间作的DGGE图谱特异条带数有所改变,多样性指数有所降低,但与单作多样性指数差异不明显.[结论]木薯/花生间作有利于木薯和花生根际土壤向高肥力的细菌型转化,且间作同时可改变木薯和花生根际土壤细菌和真菌的群落结构,但对其多样性影响不明显.     

早实薄皮核桃根际与非根际土壤微生物多样性分析

为研究早实薄皮核桃根际与非根际土壤微生物多样性,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对其根际与非根际的土壤样品进行对比分析。结果表明,早实薄皮核桃根际土壤细菌和真菌序列数分别比非根际土壤多1 335条和5 369条,早实薄皮核桃根际土壤真菌的Chao1指数、ACE指数、Shannon指数均显著大于非根际,但两者之间的细菌差异不显著。从细菌和真菌组成来看,早实薄皮核桃根际与非根际土壤中丰度最高的细菌为放线菌门、真菌为子囊菌门。总体而言,早实薄皮核桃根际与非根际土壤微生物存在一定差异,根际土壤真菌多样性显著大于非根际,但细菌差异不显著。     

薄壳山核桃根际土壤微生物群落结构特征分析

为研究薄壳山核桃根际土壤微生物群落结构特征,利用Illumina高通量测序技术对其根际与非根际的土壤样品进行对比分析。结果表明,薄壳山核桃非根际土壤细菌和真菌序列数分别比根际土壤多1867条和11163条,薄壳山核桃非根际土壤真菌的Chao1指数、ACE指数、Shannon指数均显著大于根际土壤,但两者之间的细菌差异不显著。从细菌和真菌组成来看,薄壳山核桃根际与非根际土壤中丰度最高的细菌为放线菌门(Actinobacteria)、真菌为子囊菌门(Ascomycota)。总体而言,薄壳山核桃根际与非根际土壤微生物存在一定差异,非根际土壤真菌多样性显著大于根际土壤,但细菌差异不显著。     

燕麦根际土壤细菌多样性对盐胁迫的响应

为探究燕麦（Avena sativa L.）在不同盐胁迫处理下根际土壤微生物的群落多样性及变化特征，选取领袖（Souris,S）和爱沃（Everleaf,E）2个燕麦品种为试验材料，分别设置0(Y0)、3(Y1)、6(Y2)和9(Y3) g·kg-1NaCl胁迫处理。采用高通量测序技术对不同盐胁迫处理下燕麦根际土壤微生物进行测序，分析微生物群落多样性及其与土壤盐胁迫的相关性。结果表明，2个燕麦品种根际土壤细菌群落的多样性在4种盐胁迫处理下存在差异，其中S-Y2的群落丰度最高，S-Y3的多样性最丰富。在不同分类水平上，细菌变形菌门（Proteobacteria）、放线菌纲（Actinobacteria）、根瘤菌目（Rhizobiales）、norank＿c＿Subgroup＿6科和norank＿c＿Subgroup＿6属的相对丰度较高。盐胁迫影响燕麦根际微生物的群落组成，随着盐胁迫程度的增加，其菌落组成的相对丰度发生显著变化。通过对操作分类单元（OTU）丰度的16S功能预测和COG、KEGG代谢通路数据库对比发现，燕麦根际微生物的功能富集于新陈代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程和...     

杜鹃根际微生物的分离、鉴定及多样性分析

迎红杜鹃和照白杜鹃是北京仅有的两种野生杜鹃花,为了解海拔和种源对杜鹃根际菌落组成的影响,采样不同海拔、不同种源的杜鹃根际和非根际土壤,进行菌种纯化和分子鉴定,同时提取土壤DNA,进行第二代高通量测序;结合采样地自然条件,分析不同因素对根际菌落组成及丰度的影响。结果表明:分离杜鹃根际土壤得到了来源于5个属的11种细菌单菌落和来源于7个属的9种真菌单菌落;低海拔迎红杜鹃和高海拔迎红杜鹃的根际土壤中,分别具有5个和3个优势菌属;低海拔和高海拔的非根际土壤中,分别具有8个和9个优势菌属;杜鹃根际土壤中的菌种组成较非根际稳定,并且根际优势菌有一定的定向性;迎红杜鹃的根际细菌多样性大于照白杜鹃,但照白杜鹃根际优势菌属要多于迎红杜鹃;低海拔迎红杜鹃的根际细菌多样性和优势菌属都要大于高海拔迎红杜鹃。结论是海拔与种源对于杜鹃根际菌落组成与丰度有着显著的影响,杜鹃根际细菌的多样性与植物的物候期有关系,不同种源的杜鹃由于其根系分泌物的不同也导致了根际细菌多样性的差异。与高通量测序结果相比,本研究中分离得到的微生物种类明显较少,与前人的研究结果相一致。     

施肥方式对木薯根际土壤细菌多样性与群落结构特征的影响

利用Ion S5~(TM) XL测序平台,通过未施肥(R1)、常规施肥(R2)和化肥减量(R4)等不同施肥方式对木薯华南205种植地土壤进行16S rRNA高通量测序分析,结果表明,在相似水平为97%下聚类分析得到的R1、R2、R4的OTUs数分别为1 003、989、864个;不同施肥方式下木薯根际土壤中优势菌门为酸杆菌门、绿弯菌门、变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和拟杆菌门.化肥施用增加了绿弯菌门、变形菌门、放线菌门、厚壁菌门等的相对丰度,降低了酸杆菌门和拟杆菌门的相对丰度.施肥方式改变土壤细菌的多样性和丰度,其物种多样性表现为R1>R2>R4.基于土壤细菌群落的PCoA和聚类分析,R1和R2群落组成多样性较为相似,与R4不同.表明施肥方式不仅改变木薯根际土壤细菌的多样性与相对丰度,也在一定程度上改变了木薯根际土壤群落结构,尤其增加了木薯根际土壤有益细菌的数量,提高了木薯产量.     

西瓜连作根际土壤微生物群落演替特征

【目的】研究连作对西瓜根际土壤中细菌、真菌群落构建和潜在功能的影响，明确根际微生物对环境变化的适应性，为西瓜连作障碍的生态防治和农田土壤的健康保持提供理论基础。【方法】以未连作（对照）、连作2茬和连作6茬的西瓜根际土壤为研究对象，利用16S rRNA和ITS高通量测序技术解析西瓜连作对根际土壤细菌、真菌群落特征和演替的影响。【结果】随着连作茬次的增加，西瓜根际土壤中细菌多样性指数呈现先下降后上升趋势，真菌多样性指数显著下降。在细菌属水平，多茬次的连作降低了西瓜根际土壤中鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和溶杆菌属（Lysobacter）的相对丰度；在真菌属水平，镰刀菌属（Fusarium）相对丰度随连作茬次增加呈增加趋势。与对照相比，连作的网络复杂度更高，但网络结构稳定性低。此外，相比于对照，连作6茬显著减少有害物质的生物降解途径以及氨基酸的代谢途径的相对丰度，并且在连作6茬后真菌群落中病原真菌相对丰度显著增多。在群落演替过程中，随机性过程主导连作下西瓜根际细菌群落构建，而确定性过程主导连作下西瓜根际真菌群落构建。【结论】连作引起根际细菌和真菌的群落特征、功能组成和演替过程变化...