蛋用鹌鹑的VIPR-1基因的多态性与早期生长性状的关联分析

为分析VIPR-1基因是否能作为鹌鹑早期生长性状的相关分子标记或者候选基因,以中国黄羽鹌鹑、中国白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个蛋用鹌鹑品种作为实验对象,采用PCR-RFLP技术和测序技术检测VIPR-1基因的外显子6-7的多态性,并分析该基因多态性与蛋用鹌鹑早期生长性状的关联程度.结果表明,在3个蛋用鹌鹑品种中的VIPR-1基...     

鹌鹑ESR1基因外显子1多态性与早期生长性能的关联分析

为了探讨雌激素受体基因1(ESR1)的多态性对鹌鹑早期生长性能的影响,采用PCR-RFLP法,对3个鹌鹑群体(中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑)的ESR1基因外显子1进行多态性检测,并与鹌鹑早期生长性能进行关联分析。结果表明,ESR1基因外显子1在3个鹌鹑群体中均检测到3种基因型,分别为TT、CC、CT基因型,ESR1基因外显子1在中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中的CC基因型频率分别为0.515、0.600、0.723,TT基因型频率分别为0.088、0.014、0.015,CT基因型频率分别为0.397、0.386、0.262。关联分析表明,ESR1基因外显子1与朝鲜鹌鹑的胫长、胸骨长、体长、胫围有相关性(P0.05),与中国黄羽鹌鹑的体质量、胫长、胸深、体长、胸骨长有相关性(P0.05),与北京白羽鹌鹑的体质量有相关性(P0.05)。以上结果提示,ESR1基因外显子1可作为候选基因应用于蛋用鹌鹑早期生长性能的分子标记辅助选择。     

鹌鹑MyoD基因多态性与生长性状的相关性分析

[目的]研究MyoD基因与鹌鹑生长性状的相关性。[方法]以朝鲜鹌鹑为研究对象,应用HRM技术检测群体中MyoD基因的多态性,测定其生长性状,并进行关联分析;qPCR检测3种基因型胚胎肌肉组织中MyoD基因的表达量。[结果]MyoD基因在群体中存在AA、Aa和aa 3种基因型,AA和Aa基因型个体的胸围显著高于aa基因型(P<0.05)。胚胎发育的7～15 d均能检测到MyoD基因表达,MyoD基因的表达量从11 d开始升高,15 d达到峰值。AA和Aa基因型MyoD基因表达量提高速度高于aa基因型。[结论]MyoD基因A等位基因为朝鲜鹌鹑胚胎生长发育的优势基因,可用于生长发育快的个体基因型育种选择。     

雷州黑鸭FSHβ基因多态性与产蛋性能的关联分析

[目的]明确促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因在雷州黑鸭群体中的遗传变异情况,为雷州黑鸭群的品种选育提供分子标记.[方法]采用PCR-SSCP对200羽雷州黑鸭FSHβ基因的外显子2(exon2)和内含子1(int1)进行多态性检测,通过测序筛查出多态性位点(SNP位点),同时分析不同基因型与雷州黑鸭产蛋性状间的相关性.[结果]在雷州黑鸭FSHβ基因的g.1103451A>T(int1)处发现一个单核苷酸突变位点(A→T),其存在3种基因型(AA型、AT型和TT型),对应的基因型频率分别为0.538、0.359和0.103.T等位基因频率(0.718)高于A等位基因频率(0.282),且g.1103451A>T位点在雷州黑鸭群体中符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).雷州黑鸭的开产日龄以TT型个体最早,其次是AT型个体,分别比AA型个体提前5.48和4.00d,其差异均达显著水平(P<0.05,下同);在开产体重和300日龄产蛋数方面,也表现为TT和AT型个体显著高于AA型个体,且以TT型个体最高,分别为1299.31g/羽和134.37枚;其他产蛋性状指标在不同基因型个体间的差异均不显著(P>0.05).[结论]雷州黑鸭FSHβ基因int1存在一个SNP位点(g.1103451A>T),其与产蛋性能间存在显著相关性,主要对早期产蛋和生长发育具有促进作用,可作为雷州黑鸭品种选育的辅助选择分子标记.     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的]了解威宁黄牛SOCS4基因多态性及其与生长性状的关联性,为深入研究SOCS4基因遗传效应及其功能和调控机制奠定基础.[方法]随机抽取106头威宁黄牛,采集血样后提取总DNA,利用PCR-SSCP检测SNP位点及基因型,并分析SOCS4基因SNP位点与不同个体生长性状的相关性.[结果]在SOCS4基因中共发现两个SNP位点,分别是第1内含子的T+435C和3+UTR的G+13700C,均有3种基因型.在威宁黄牛群体中,T+435C位点是以T为优势等位基因,G+13700C位点则以C为优势等位基因,但只有T+435C位点与威宁黄牛的生长性状存在显著关联(P＜0.05,下同),且在公牛和母牛中呈不同关联性特征.在公牛中,T+435C位点与胸围显著相关,TT型个体胸围均值显著高于CC型个体;而在母牛中,T+435C位点与管围、胸深、腰高和坐骨端宽等生长性状显著关联,且均以CC型个体值高于其他基因型个体.[结论]威宁黄牛SOCS4基因多态性不丰富,且只有内含子区的T+435C位点与其生长性状存在明显关联,即T+435C位点可作为威宁黄牛生长性能的辅助选择分子标记.     

南江黄羊ARHGAP11A基因SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位点。g.3483AG和g.3621GA的纯合突变具有增加南江黄羊体重(2月龄、6月龄和12月龄)以及胸围(6月龄)指标的趋势(P0.05),而在g.3525AG位点AG型羊初生重、12月龄体重和12月龄胸围显著高于GG型个体(P0.05)。AAGT单倍型山羊体重体尺均高于AGGT和GGAT个体(P0.05)。【结论】南江黄羊母羊群体中ARHGAP11A基因突变与生长发育密切相关,进一步验证其功能后在选育中可考虑其作为辅助选择标记。     

草鱼羧肽酶A4基因部分序列多态性及生长性状关联分析

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

努比亚山羊BMPR-IB基因多态性与其产羔性状的关联分析

[目的]明确努比亚山羊骨形态发生蛋白受体-IB(BMPR-IB)基因多态性与其产羔性状的关联,为山羊育种寻找新的遗传分子标记.[方法]采用DNA池结合PCR产物直接测序技术检测努比亚山羊BMPR-IB基因全部编码区的变异情况,以时间飞行质谱列阵技术对候选SNP位点进行基因分型,并分析BMPR-IB基因多态性与产羔性状(产羔数、初生重和断奶重)的关联性.[结果]努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位存在A→G碱基突变,内含子1第1664位和内含子9第11344位处存在G→A碱基突变.3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th)存在3种基因型(GG型、GA型和AA型),对应的多态信息含量(PIC)分别为0.37、0.11和0.37,其中Intron11664th位点的基因频率和基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P?0.05),5'UTR 469th和Intron911344th位点则处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).关联分析结果表明,努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位碱基由A→G,其GG型母羊比AA型母羊的产羔数和子代平均初生重有所减少,但子代平均断奶重增加;内含子1第1664位碱基由G→A,其GA型母羊比GG型母羊的产羔数和子代平均初生重均有所增加,但子代平均断奶重减轻;内含子9第11344位碱基由G→A,其AA型母羊比GG型母羊产羔数少,但子代平均初生重和平均断奶重均增加.可见,努比亚山羊BMPR-IB基因的3个SNP位点对其产羔性状均无显著影响(P>0.05).[结论]努比亚山羊BMPR-IB基因存在3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th),但对努比亚山羊产羔性状影响不显著,说明BMPR-IB基因对山羊的产羔性状具有一定种属特异性.     

猪IGF-I基因SNP位点与生长性能的相关分析

【目的】分析猪胰岛素样生长因子I（IGF-I）基因SNP位点与生长性能的相关性,为后期猪的品种选育提供理论依据。【方法】采用PCR-RFLP对长白猪、环江香猪、广西巴马小型猪及长×巴F1代、F2代杂交猪的IGF-I基因SNP位点（rs322131043）进行分型,统计不同猪种该位点的基因型频率和等位基因频率,并分析长×巴F2代杂交猪的基因型频率与其生长性能的相关性。【结果】IGF-I基因SNP位点在广西巴马小型猪中以AA型为优势基因型,长白猪中以GG为优势基因型,其中A基因频率在广西巴马小型猪、环江香猪、长白猪3个品种中依次降低。不同基因型的长×巴F2代杂交猪中,基因杂合（AG）型猪的体重、体长、胸围、体高平均值在各日龄基本上都比基因纯合（AA/GG）型的低。【结论】猪IGF-I基因SNP位点与其生长性能密切相关,但该位点是否可应用于品种选育仍需进一步验证。     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

MyoG基因多态性与山羊生长性能的相关性分析

采用PCR-SSCP方法对波尔山羊和成都麻羊共206只山羊的Myo G基因进行了多态性分析。结果表明,2个山羊群体的Myo G基因内含子1区第422碱基处有一个突变位点即C→T,检测到AA,AB,BB共3种基因型和A,B这2种等位基因,A等位基因为优势基因,频率分别为0.751,0.776;波尔山羊和成都麻羊群体内各个年龄阶段AA型的体质量、体长和管围均显著大于BB型(P0.05),而群体内不同基因型在体高和胸围上无显著差异(P0.05)。     

牛MyoG基因单核苷酸多态性分析

以皖东牛和广丰牛共128头牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测牛MyoG基因的多态性。结果表明,在牛MyoG基因的外显子466碱基处发生G>C突变,检测到AA和AB 2种基因型,该位点的突变未引起氨基酸序列的变化。在皖东牛群体中AA基因型频率为23.66%,AB基因型频率为76.34%;在广丰牛群体中AA基因型频率为17.24%,AB基因型频率为82.76%。皖东牛的多态信息含量(PIC)为0.3606,广丰牛为0.3702,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);广丰牛处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。     

麦洼牦牛SMPX基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的]本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据.[方法]以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行...     

申农I号猪MyoG基因多态性位点的PCR—RFLP检测

利用PCR-RFLP方法对申农I号(即长大二)育肥猪的MyoG基因的2个多态性位点，即第二内含子内(PCR1-RFLP)和3’-端(PCR2-RFLP）多态性位点，进行了基因型测定，并对其分析。结果表明，第二内含子内的多态性位点只有2种表现型，AA型和AB型，其频率分别为66．7％，33．3％；3’-端的多态性位点有3种表现型，MM型、MN型和NN型，其频率分别为21．21％，60．61％和18．18％。     

金华猪MyoG基因多态性与部分生长性能的关系

应用PCR-RFLP技术研究了金华猪肌细胞生成素(MyoG)的基因型,并用SPSS 13.0软件分析了各基因型与生长速度的相关性.结果表明:金华猪肌细胞生成素基因具有AA、AB、BB 3种基因型,且不同基因型间的个体初生体质量、1~6月龄体质量差异不显著(P0.05).     

猪Leptin基因的SNP筛查及其与生长性状的关联分析

根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析.结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1).     

绍兴鸭生长激素基因多态性与生长性能关联性分析

以绍兴鸭为材料,选择与生长发育密切相关的候选生长激素(growth hormone,GH)基因,通过直接测序方法扫描其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,并分析其与生长性能的关联性.结果表明:在GH基因的2 514AG和2 691CT处检测到2个SNP位点,且2个基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态。最小二乘法分析表明,GH基因(2 691CT)TT基因型个体的6周龄体质量、8周龄体质量、12周龄龙骨长、53周龄胸宽显著高于CT基因型个体(P0.05);TT基因型53周龄胸肌质量、腹脂质量、腹脂率显著高于CT和CC基因型个体(P0.05)。研究为在本品种选育中监测绍兴鸭公鸭的生长发育和充分利用淘汰种公鸭肉用价值提供了一定的参考材料,同时从分子水平上丰富了绍兴鸭遗传信息。