一株猪圆环病毒3型的全基因序列测定及遗传进化分析

猪圆环病毒3型(PCV3)是一种与猪皮炎和肾病综合征、生殖功能衰竭和多系统炎症相关的新型猪圆环病毒。为了研究分析PCV3在四川本省的流行情况,本试验通过对实验室送检保存的50份病料进行PCV3阳性筛选、全基因扩增、送检测序,获得一株PCV3/CN/Sichuan/2019毒株,然后与挑选的18株参考毒株进行基因对比分析,得出该新毒株与国内河南毒株He NYS-2(2017)的遗传距离最近,Cap蛋白基因和全基因的同源性最高,分别达99.8%和100%;与国内8株参考毒株的全基因同源性为98.1%～98.8%,与国外9株参考毒株的全基因序列同源性为98.0%～98.6%;Cap蛋白基因序列同源性与国内外基本相同(99.1%～99.3%);进化树分析表明,该毒株与国内毒株进化距离最近,与国外毒株进化距离较远。本次发现的PCV3新毒株遗传进化稳定,没有出现明显变异,这将为四川省当前PCV3的分子流行病学研究提供一定的参考。     

10株广西猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列的遗传变异分析

为了解广西猪群猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以PCV3阳性DNA为模板,利用PCR的方法分2段扩增PCV3全基因序列并进行拼接,获得10株PCV3全基因组序列,全长均为2 000 bp。10株广西PCV3全基因组序列之间的核苷酸同源性为98.6%～99.8%。与国内其他毒株的同源性为97.9%～99.8%;与国外其他毒株的同源性为98.8%～99.7%。10株广西PCV3 Cap基因的大小均为645 bp,编码214 aa。PCV3 Cap基因比较保守,10株广西PCV3 Cap基因与参考株相比,仅存在散在的突变位点。基于PCV3全基因和Cap基因构建的遗传进化树显示,两者结果基本相同,10株广西PCV3处于3a和3b两个亚群。本试验表明,广西地区猪群中流行的PCV3至少存在2个亚群,不同亚群PCV3毒株的致病性差异还有待进一步的研究。     

猪圆环病毒2型吉林分离株的全基因组序列分析

采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。     

猪圆环病毒2型青海分离株的分子鉴定及进化分析

本研究对青藏高原地区猪圆环病毒青海分离株(PCV2-QH1)进行了Cap基因的克隆鉴定及测序分析,并与我国及其他国家或地区的毒株进行了同源性比较和遗传进化分析。结果显示:PCV2-Cap基因核苷酸序列全长705 bp,编码蛋白为234个氨基酸,分子量大小约28.06 k Da,为不稳定蛋白,总体亲水性非常高,可溶于水;PCV2-Cap蛋白二级结构以无规则卷曲为主,有多个有效的抗原表位;PCV2-QH1分离株与其他参考序列的核苷酸和氨基酸序列同源性均在99%以上;PCV2-QH1分离株与PCV2美国分离株(KU697156)组成一个微小分支,并与美国毒株、韩国毒株聚在一支,表明它们之间的亲缘关系最近。本次对青海分离株PCV2-QH1的鉴定,可为我国猪圆环病毒分子流行病学调查提供数据参考。     

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。     

2020年猪圆环病毒2型云南流行株的分子鉴定及全基因组序列分析

为了弄清云南省猪圆环病毒2型(PCV-2)的流行和基因变异情况,试验采用PCR鉴定、PCV-2全基因扩增及克隆、PCV-2蛋白氨基酸比对与遗传进化分析、PCV-2 Cap蛋白氨基酸比对分析、PCV-2 Cap蛋白抗原指数预测分析等方法进行研究。结果表明,从43份样品中检测出5份阳性样品,其阳性率为11.63%;成功获得5个大小为1 768 bp的PCV-2全基因序列,分别将其命名为YN PCV2-1、YN PCV2-2、YN PCV2-3、YN PCV2-4、YN PCV2-5;获得的5株毒株与国内外毒株氨基酸之间存在差异,同源性在66.8%～99.1%之间;5株PCV-2 ORF2基因编码的Cap蛋白氨基酸与5株疫苗株也存在多处氨基酸变异;其中YN PCV2-4 Cap蛋白抗原指数与5株疫苗株的Cap蛋白抗原指数差异性不大,而YN PCV2-1、YN PCV2-2、YN PCV2-3、YN PCV2-5的Cap蛋白抗原指数与5株疫苗株的Cap蛋白抗原指数差异性较大,在5～10,25,40～50,70,172～176,210～223区域的抗原指数均不同于疫苗株。说明云南省流行的猪圆环病...     

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。     

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。     

山西省猪圆环病毒3型感染调查及其Cap基因的遗传进化分析

为了解山西省各地市养猪场中猪圆环3型病毒(PCV3)的感染及其Cap基因的遗传变异情况,本研究通过PCR方法对2019年6月～7月采集的山西省11地市共521份猪肺脏组织样品进行PCV3检测,结果显示,山西省PCV3的总体感染率高达85.22%(444/521),大同市、长治市、吕梁市、临汾市的阳性检测率高达90%以上,朔州市、太原市的阳性检出率较低为65.38%、64.00%,说明山西省PCV3的感染率总体较高。随机抽取山西省各地市11份PCV3阳性肺脏样品进行Cap基因的PCR扩增并测序,利用DNAStar软件将其与30株PCV3参考株、3株PCV2疫苗株进行同源性及遗传进化分析。Cap基因同源性分析结果显示,11株PCV3间Cap基因的同源性为97.8%～99.5%,与PCV3参考株Cap基因的同源性为97.7%～99.7%;11株PCV3 Cap基因编码氨基酸比对分析结果显示,其与PCV2 Cap蛋白氨基酸序列的同源性为27.1%～29.0%,与PCV3参考株Cap基因编码的氨基酸同源性为97.7%～100%;11株PCV3 Cap基因进化树结果显示,4株PCV3属于PCV3b型,7株PCV3属于PCV3a型;选取的11株病毒与PCV3参考株仅于aa24、aa27、aa77、aa150有散在变异位点,且与3株PCV2疫苗株抗原表位有明显差异,据此分析可知山西省各地市流行的PCV3株同源性及整体保守性均较高。对所有病料样品进行PCV2、PRV等病毒的检测,结果发现PCV3与PCV2的混合感染率为44.53%(232/521),与其他病毒的混合感染率较低。本研究首次对山西省11地市PCV3的感染情况进行了调查,结果表明PCV3感染率较高,该地区流行的PCV3株相对保守,且与PCV2混合感染率较高,上述结果为山西省PCV感染的防控提供了参考依据。     

四川地区一株PCV2的分离鉴定及基因组序列分析

为了解猪圆环病毒2型（PCV2）当前流行分离株的基因型和进化特征,本研究对PCV2阳性临床样品进行分离鉴定,并对分离毒株进行全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析,利用MegAlign7.0和DNAstar软件对分离株ORF2基因编码的Cap蛋白进行氨基酸变异分析和抗原指数预测分析。测序结果显示,PCV2分离株（SMU-2022）的全基因组序列长度为1 767 nt。全基因组和Cap蛋白的遗传进化树结果均显示分离株属于PCV2d基因型,与国内外46株参考毒株的相似性在91.8%～99.1%之间,其中与QZ1410毒株的相似性最高,亲缘关系最接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有2个氨基酸特异性突变位点,分别是V30L和T232K。抗原指数分析发现,分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第20-30、40-75、90-100、130-140、195-205、210-220位氨基酸这6个区域。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。     

广东省4株PCV2型分离株全基因组进化分析

【目的】了解目前广东省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%～99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%～99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株(Viet Nam,登录号：LC602996)、QZ1410株(江苏,登录号：MG732832)、GXBB1501211株(广西,登录号：MH756609)亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点...     

福建省新发猪圆环病毒3型分子流行病学调查及其Cap基因分子特征

为了解2015―2017年福建省新发猪圆环病毒3型(PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传演化规律,收集福建省不同地区186个猪场的267份疑似PCV3感染猪的组织病料进行分子流行病学调查,并对其Cap基因进行了遗传变异分析。结果显示,福建地区PCV3猪场总阳性率为30.11%,疑似样品总阳性率为21.72%,且呈逐年增高的趋势;17株PCV3福建分离株与其他17株国内外参考毒株Cap基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性较高,分别为96.0%～100.0%和96.3%～100.0%,表明这些毒株可能有相同的进化来源;氨基酸多序列比对发现,Cap基因氨基酸序列最有特征性的是第168位(R→K)和173位(L→F)的氨基酸替换,该位点的突变可能是该地区流行的PCV3毒株的一个重要分子特征;同时,抗原性分析发现第173位(L→F)的突变还位于Cap蛋白的抗原表位区内。遗传进化树分析结果表明,17株PCV3福建分离株中有2株属于3a亚型,其余15株属于3b亚型,表明当前福建地区PCV3流行毒株主要为3b亚型。     

PCV3吉林野毒株全基因组序列分析及其Cap蛋白的亚细胞定位

为了研究吉林省猪圆环病毒3型(PCV3)野毒株遗传变异情况及其衣壳蛋白(Cap)的亚细胞定位特征，本试验对收集到的10株PCV3吉林野毒株进行全基因组序列测定和分析，并构建真核表达载体pcDNA3.1V5/HisA-Cap转染猪肺巨噬细胞(PAM);继而用本实验室已构建的兔源PCV3-Cap多克隆抗体，通过激光共聚焦检测Cap蛋白在PAM中的定位。序列分析结果显示，10株PCV3吉林野毒株与国内外参考株之间的全基因组核苷酸序列同源性为95.8%～99.5%,处于PCV3a和PCV3b两个亚群；基因重组分析结果显示，仅中国参考株MF589102(2016年)、MH445396(2019年)和分离株JL-2在80～303 nt、840～1 196 nt和1 885～2 001 nt处发生3处重组。激光共聚焦检测结果显示，Cap蛋白大部分定位于细胞核，少部分定位于细胞质。结果表明，目前吉林省PCV3比较保守，没有出现较大变异，Cap蛋白在PAM的细胞核和细胞质中均有分布。     

猪圆环病毒2型山西分离株的遗传变异多样性分析

为了进一步研究山西猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异多样性情况,对山西2013—2016年间分离的9株猪圆环病毒流行株(SXQX、SXCZ、SXJC、SXJX、SXLL、SXPY、SXPG、SXXY、SXTY2株)的全基因组进行了扩增、克隆和测序,已收录入GenBank中。并将其全基因序列、ORF2序列和推导出的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的28株主要流行株进行了遗传变异多样性分析,结果显示:9株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJX、SXXY、SXJC株为1 768bp,其余均为1 767bp,分别约占33%和67%。9株PCV2流行株之间核苷酸同源性为94.7%~99.8%,与国内外28株参考株同源性为93.9%~99.9%,与国产疫苗株同源性(LG、DBN-SXO7-2、SH株)为95.1%~99.8%;PCV2全基因组序列的进化分析表明:本试验分离的SXJX、SXJC、SXXY株属于PCV2a亚型的2D亚群,SXLL、SXPY、SXCZ株属于PCV2b亚型的1C亚群,SXTY14、SXQX、SXPG株属于PCV2b亚型的1A/1B亚群,可见近几年,山西PCV2流行株以PCV-2b亚型为主。分离的9株PCV2的ORF2之间核苷酸和Cap蛋白氨基酸同源性分别为90.0%~100.0%和87.1%~100.0%,与28株参考株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为87.6%~100.0%和84.1%~100.0%,与国产疫苗株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91.0%~100.0%和89.3%~100.0%,同源性都较高。9株分离株中,有6株分离株(SXQX、SXTY14、SXPG、SXXY、SXJC、SXJX)Cap蛋白氨基酸为233个,其中SXQX、SXTY14、SXPG株的ORF2位于1 033~1 734bp,SXXY、SXJC、SXJX株的ORF2位于1 034~1 735bp,3株分离株(SXCZ、SXLL、SXPY)Cap蛋白氨基酸为234个,其ORF2位于1 030~1 734bp,而与其他基因组序列为1 767bp分离株的ORF2相比,1 030~1 734bp位置多了3个碱基TCA,导致其氨基酸序列在234位置增加1个K(Lys)。另外还发现9株PCV2Cap蛋白除了唯一糖基化位点(NYS)(第143~145位氨基酸)呈高度保守外,还存在较多的氨基酸变异,这为山西地区PCV2的免疫预防等的研究提供理论依据,并为深入开展PCV2的分子致病机理提供基础理论数据。     

猪圆环病毒2型四川分离株全基因组进化分析

为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。     

贵阳地区犬细小病毒NS1基因的克隆及序列分析

为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。     

猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析

辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 (简称LN株)(GenBank登录号:MH177453. 1),基因组有3个开放阅读框(ORF),其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(Rep)和衣壳蛋白(Cap)同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支(3a簇、3b簇与3c簇),LN株处于3a簇分支中,与湖北株(KY354039. 1)同源性最高,达到99. 7%; LN株与PCV3a簇代表株(PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015)同源性在98. 8%～99. 2%之间,与PCV3b簇代表株(PCV3-US-SD2016)的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株(PCV3-China-GD-2016)同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。     

河北部分地区猪圆环病毒2型分离鉴定及遗传变异分析

为了解河北省猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)基因型感染及遗传变异情况,对采自河北省6个不同地区的32份疑似PCV2感染的组织通过PCR进行初步鉴定,并将鉴定为阳性的组织通过接种PK-15细胞分离病毒,通过PCR、间接免疫荧光、透射电镜对分离的病毒进行鉴定,利用特异性引物对PCV2进行PCR全基因序列扩增,测序后进行全基因及ORF2基因核苷酸序列分析。结果显示,32份疑似样品中有13份PCV2阳性组织,阳性率为40.65%。对其中1份仅感染PCV2的样品进行病毒的细胞分离及后续鉴定,得到1株可稳定感染和增殖的PCV2毒株。将初步筛选的阳性组织进行PCV2全基因扩增并测序,得到8株PCV2全基因序列,基因组全长均为1 768 bp; 8株PCV2全基因同源性比对结果为95%～99.8%,ORF2同源性比对结果为94%～100%;遗传进化分析显示,8个分离株归属于3个基因亚型(PCV2a、PCV2b和PCV2d),同源性氨基酸序列分析显示主要变异区在47～63 aa抗原表位区。本试验结果为进一步研究该地区PCV2分子流行病学及相关疾病的免疫防控奠...