海南五指山猪Myf5与MyoD基因多态性分析

为研究海南五指山猪Myf5和MyoD基因的多态性分布情况,本试验通过PCR-RFLP方法对80头海南五指山猪进行了Myf5和MyoD基因型检测,并运用生物信息学方法对这两个基因的序列进行分析.结果发现,在Myf5基因第1外显子的HhaⅠ-RFLP位点上,五指山猪以CC和CG基因型为主;在Myf5基因第1外显子的Hsp92Ⅱ-RFLP位点上,五指山猪以AA基因型为主;在MyoD基因第1内含子的DdeⅠ-RFLP位点上,等位基因A在五指山猪中是优势等位基因.此外,Myf5和MyoD基因启动子区域和第1外显子处存在CpG岛.本研究得到海南五指山猪Myf5和MyoD基因的序列信息,为下一步五指山猪Myf5和MyoD基因的功能研究奠定基础.     

海南五指山猪TLR2基因克隆及生物信息学分析

为了探讨海南五指山猪TLR2基因的分子结构特征及相关遗传变异,为研究TLR2基因遗传变异与免疫疾病的关系打下基础,试验采用PCR技术对该基因组序列进行克隆、测序及相关生物信息学分析。结果表明:获得2 649 bp的五指山猪TLR2基因的DNA序列,其基因编码区全长2 358 bp,编码785个氨基酸;与Gen Bank中发布的普通猪TLR2基因序列相比,共发现9处突变,其中在编码区序列存在2处突变,属于有义突变;与普通猪、马、牛、绵羊、人、黑猩猩、猕猴、犬、小鼠、鸡、斑马鱼的氨基酸序列的一致性分别为99.7%、82.1%、81.4%、80.6%、78.4%、78.4%、77.8%、77.3%、68.2%、50.7%、40.4%;五指山猪TLR2编码的蛋白主要位于质膜,属于分泌性蛋白、亲水性蛋白和跨膜蛋白,有信号肽和5个糖基化修饰位点,存在较多的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点;不同物种TLR2基因在进化过程中具有较高的保守性。说明TLR2基因可作为今后研究海南五指山猪免疫疾病的重要指标之一。     

五指山猪不同组织中Myf5与MyoD1基因的表达研究

 MRFs家族成员包括Myf5、MyoD1、Myf4和Mfy6,利用Real time PCR技术,检测Myf5、MyoD1基因在从出生到体成熟（30 d、210 d、360 d）五指山猪背部肌肉组织中的表达变化趋势,以及Myf5、MyoD1基因在体成熟五指山猪心脏、肝脏、肺脏、脾脏、肾脏、肌、胃和小肠以上组织中的mRNA表达水平。结果表明：Myf5和MyoD1基因在出生后五指山猪背部肌肉组织中的mRNA表达水平与五指山猪的生长年龄成正比（P<0.05）;Myf5及MyoD1基因在成年五指山猪以上8种组织中均有表达,其中在肌肉组织中相对表达量最高。     

牛Myf5基因克隆及蛋白质生物学特性分析

本试验旨在扩增牛Myf5基因,并对其蛋白质生物学特性进行分析。根据GenBank中已公布的牛Myf5基因序列设计1对引物,利用RT-PCR方法从牛背腰最长肌组织扩增牛Myf5基因,连接PUCm-T载体,进行酶切和测序鉴定,同时利用在线工具对牛Myf5蛋白的基本性质、二级结构和磷酸化位点进行预测。获得的牛Myf5基因编码区序列长度为768 bp,编码255个氨基酸。蛋白质生物学特性分析结果表明,Myf5具有该家族基因典型的碱性螺旋—环—螺旋结构域,氨基酸组成上丝氨酸(Ser)含量最高,其磷酸化位点分别位于丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基上。     

陆川猪H-FABP基因克隆与序列分析

为了研究心型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因与陆川猪肌内脂肪沉积的相关性,寻找猪脂肪沉积的主要候选基因,试验对陆川猪H-FABP基因进行了克隆与序列分析,参照Gen Bank已经公布的猪H-FABP基因序列(EF619344)设计引物,扩增克隆了陆川猪H-FABP基因的编码区序列,并应用DNAStar、Prot Scale等生物软件对其进行了序列分析和蛋白质二级结构预测。结果表明:陆川猪H-FABP基因编码区全长402 bp,编码133个氨基酸,碱基序列在235位点由A突变为G,并引起相应氨基酸由精氨酸转变为甘氨酸。其与野猪的亲缘关系最近,碱基同源性为99.3%;与人类、绵羊和家牛的碱基同源性也在90%以上。陆川猪H-FABP成熟肽包含有25.56%的α螺旋、12.03%的β转角、25.56%的无规卷曲和36.84%的延长线。说明H-FABP基因可作为研究陆川猪脂肪沉积的候选基因之一。     

猪GPR54基因克隆与序列分析

从苏姜猪的下丘脑中提取组织总RNA,根据GenBank中猪GPR54 mRNA全序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cD-NA扩增,获得一条528 bp的片段,克隆于pGEM-TEasy载体后进行测序,并进行序列分析。结果表明:该片段为GPR54基因的cDNA,它由528个核苷酸组成,编码172个氨基酸,分子量为18.714 ku,经序列分析显示,猪GPR54基因序列与其他物种间同源性低,但种内同源性比较高,该序列和已发表猪的基因序列同源性100%。     

金华猪MYLPF基因克隆与序列分析

研究采用Trizol试剂提取70日龄金华猪肝脏组织的总RNA,反转录成c DNA,利用RT-PCR方法扩增MYLPF基因编码区全长序列,将纯化的目的片段与pClone007载体连接,转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选出阳性克隆并测序,然后利用生物信息学软件分析其序列特征,并构建系统进化树。结果表明,金华猪MYLPF基因的c DNA核苷酸序列、RT-PCR产物长度为611 bp,重组后的质粒长度为756 bp,编码169个氨基酸,同源性分析表明,与大白猪的MYLPF氨基酸序列完全相同。MYLPF分子进化树表明金华猪与鸡和斑马鱼的亲缘关系较远,与大白猪的亲缘关系最为接近。     

五指山猪FSHβ基因克隆测序及生物信息学分析

为了克隆五指山猪的促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSHβ)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,试验采用PCR扩增FSHβ基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。结果表明:在猪FSHβ基因组中共发现6处单碱基突变位点,分别位于第1内含子(A-757G、A-645G、A-531G)和第2内含子(C+1 431T、A+1 434G、C+1 502T);多态性分析发现,在五指山猪中存在AA和AB两种基因型,其中A等位基因频率为0.96,B等位基因频率为0.04。     

海南农科院成功克隆五指山猪

<正>近日,从海南省农科院获悉,该院关于五指山猪的两项省自然基金项目和1项省引进集成项目近日通过省科技厅验收。据介绍,由海南省农科院畜牧兽医所研究的"五指山猪IGFBP6基因的遗传变异分析及组织表达研究"项目通过对五指山猪、临高猪和屯昌猪的研究,为小型猪的矮小机制研究奠定了基础,还为五指山猪分子育种提供了理论依据。     

海南农科院成功克隆五指山猪

<正>近日,海南省农业科学院发布消息称,该院关于五指山猪的两项省自然基金项目和1项省引进集成项目近日通过验收。据介绍,由海南省农科院畜牧兽医所研究的"五指山猪IGFBP6基因的遗传变异分析及组织表达研究"项目通过对五指山猪、临高猪和屯昌猪的研究,为小型猪的矮小机制研究奠定了基础,还为五指山猪分子育种提供了理论依据。消费者大多看重猪肉的营养、安全和口感,"营养水平对海南黑猪H-FABP基因表达量及肉     

牦牛Myf6基因克隆及生物信息学分析

本试验旨在克隆牦牛Myf6基因,进行生物信息学分析并探究其在牦牛不同时期的表达情况。以青海雪多牦牛为研究对象,通过设计引物对其Myf6基因CDS区进行克隆测序,运用生物信息学软件对其功能结构进行预测研究。结果显示,牦牛Myf6基因含有一个大小为729 bp的开放阅读框(ORF),编码242个氨基酸。同源性比对和进化树分析结果表明,牦牛Myf6氨基酸序列与普通牛、绵羊亲缘性最近。对Myf6蛋白理化性质进行预测分析得到其结构式为C_(1167)H_(1870)N_(336)O_(372)S_(13),理论等电点为5.64,其中丝氨酸含量最高,其次是亮氨酸、谷氨酸、脯氨酸和精氨酸;其疏水平均值为-0.586,亲水性最强为-2.467,疏水性最强为1.511,为亲水性、可溶性蛋白;有可形成卷曲螺旋部位;磷酸化位点预测其有26个丝氨酸激酶,10个苏氨酸激酶,5个酪氨酸激酶;亚细胞定位分析其编码产物在细胞核中分布最多(73.9%),其次为细胞骨架(13.0%)、细胞质(4.3%)、高尔基体(4.3%)、分泌系统小泡(4.3%)。蛋白质二级结构主要由无规则卷曲(49.17%)组成,其次是α-螺旋(33.47%)、延伸连(11.57%)及β-折叠(5.79%)。蛋白功能分析显示其生长因子功能几率较大(7.694),其次为转录调节作用,预测其作为一种生长因子参与机体生物学调控。实时荧光定量PCR结果显示,Myf6基因在胎牛、6月龄、4～5岁牦牛背最长肌中均有表达,且在6月龄的表达量显著高于胎牛和4～5岁牦牛(P0.05)。上述结果为研究牦牛Myf6生肌因子提供了重要的研究数据,为改良牦牛经济性状提供了参考。     

牦牛Myf6基因克隆及生物信息学分析

本试验旨在克隆牦牛Myf6基因,进行生物信息学分析并探究其在牦牛不同时期的表达情况。以青海雪多牦牛为研究对象,通过设计引物对其Myf6基因CDS区进行克隆测序,运用生物信息学软件对其功能结构进行预测研究。结果显示,牦牛Myf6基因含有一个大小为729 bp的开放阅读框（ORF）,编码242个氨基酸。同源性比对和进化树分析结果表明,牦牛Myf6氨基酸序列与普通牛、绵羊亲缘性最近。对Myf6蛋白理化性质进行预测分析得到其结构式为C₁₁₆₇H₁₈₇₀N₃₃₆O₃₇₂S₁₃,理论等电点为5.64,其中丝氨酸含量最高,其次是亮氨酸、谷氨酸、脯氨酸和精氨酸;其疏水平均值为-0.586,亲水性最强为-2.467,疏水性最强为1.511,为亲水性、可溶性蛋白;有可形成卷曲螺旋部位;磷酸化位点预测其有26个丝氨酸激酶,10个苏氨酸激酶,5个酪氨酸激酶;亚细胞定位分析其编码产物在细胞核中分布最多（73.9%）,其次为细胞骨架（13.0%）、细胞质（4.3%）、高尔基体（4.3%）、分泌系统小泡（4.3%）。蛋白质二级结构主要由无规则卷曲（49.17%）组成,其次是α-螺旋（33.47%）、延伸连（11.57%）及β-折叠（5.79%）。蛋白功能分析显示其生长因子功能几率较大（7.694）,其次为转录调节作用,预测其作为一种生长因子参与机体生物学调控。实时荧光定量PCR结果显示,Myf6基因在胎牛、6月龄、4~5岁牦牛背最长肌中均有表达,且在6月龄的表达量显著高于胎牛和4~5岁牦牛（P<0.05）。上述结果为研究牦牛Myf6生肌因子提供了重要的研究数据,为改良牦牛经济性状提供了参考。     

海南五指山猪生长发育性能测定研究

为测定五指山猪的生长发育性能，选取1月龄五指山猪30头，按照体重接近的原则随机分为3组，每组10头，饲喂精粗比为1：3的饲料，试验期30个月。结果表明，五指山猪6月龄体重仅8.41kg，30月龄体重为24．88kg，生长速度和体尺指标明显低于我国的其它小型猪种，也明显低于异地保种的测定结果。分析认为五指山猪达到体成熟的时间应在24月龄以上。     

海南五指山猪生长发育性能测定试验

选取1月龄五指山猪30头、按照体重接近的原则随机分为3组,每组10头,饲喂精粗比例为1∶3白勺饲料,试验期为30个月,结果表明,五指山猪的6月龄体重仅8.41 kg,30月龄体重为24.88 kg,生长速度和体尺指标明显低于我国的其它小型猪种,也明显低于异地保种的测定结果,分析认为五指山猪达到体成熟的时间应在24月龄以上.     

猪激素敏感脂酶基因克隆与序列分析

从杜长大猪的肠系膜脂肪中提取基因组RNA,用反转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增激素敏感脂酶（HSL）基因,获得一条633 bp的片段,以pGEM-T Easy Vector为载体,将该基因片断克隆到大肠杆菌中,从筛选的阳性克隆中分离出HSL基因,测定其序列.结果表明：该基因片段长633 bp,为HSL基因cDNA的部分序列;序列同源性比较表明,该基因序列与GenBank登录的HSL基因（AY686758）有高达100%的同源性.     

从江香猪γ干扰素基因克隆与序列分析

试验旨在研究从江香猪γ干扰素(interferon gamma,IFN-γ)基因克隆与序列分析。试验提取贵州从江香猪肝脏组织总RNA,反转录生成cDNA,采用2对特异性引物进行巢式PCR扩增从江香猪IFN-γ(CJ-poIFN-γ)基因编码区,将其克隆至pUCm-T载体上,获得重组质粒pUCm-CJpoIFN-γ,并测序鉴定;利用NCBI、SOPMA、SignalP-4.1等在线服务器软件、DNAStar软件对CJ-poIFN-γ进行序列分析。结果表明,CJ-poIFN-γ基因编码区长501bp,编码166个氨基酸;核苷酸序列比对结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪、荣昌猪、印度猪、长白猪、内江猪同源性为99.4%~100.0%;进化树分析结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪亲缘关系较近;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白不存在跨膜结构,为分泌蛋白,前23个氨基酸为信号肽序列;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白二级结构主要以α-螺旋(50.60%)和无规则卷曲(33.14%)为主,B细胞表位主要位于62-65、84-87、113-115、144-156和162-166位氨基酸。试验结果为进一步研究IFN-γ的生物活性、加快从江香猪品种资源的有效利用奠定基础。     

5株猪圆环病毒2型全基因克隆和序列分析

为了解广东地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行势态及毒株的基因变异情况,从广东珠三角地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病死亡猪中采集淋巴结,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到5株猪圆环病毒2型毒株,分别标记为GD-jm、GD-sz、GD-pz、GD-gj和GD-ss。再从细胞培养物中提取病毒基因组DNA,对5株PCV2分离株全基因组进行PCR扩增并克隆到pMD18-T Simple Vector进行测序,测序结果提交GenBank,登录号分别为JX912914、JX912915、JX945575、JX945576和JX945577。借助相关生物学软件作同源性分析,这5株PCV2基因组长度均为1767 bp,其中3株为PCV2b亚型,2株为PCV2d亚型。     

陆川猪Myf5基因克隆及其在背最长肌中发育性变化表达研究

为了获得广西陆川猪生肌调节因子(Myf5)基因编码区序列(CDS),并探讨该基因在陆川猪背最长肌中的发育性表达情况,试验以陆川猪背最长肌组织总RNA为模板,克隆获得Myf5基因CDS,运用生物信息学软件进行测序及分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测30,150,180,240,300日龄陆川猪背最长肌中Myf5基因的相对表达量。结果表明:试验克隆得到的陆川猪Myf5基因CDS全长为768 bp;与GenBank上公布的香猪(KC456667.1)Myf5基因CDS的同源性为99.6%;陆川猪存在第205位点的C→A,导致亮氨酸突变为蛋氨酸;广西陆川猪与香猪的遗传距离最近,它们聚为同一支;陆川猪Myf5蛋白氨基酸组成中丝氨酸含量最高,占氨基酸总数的13.7%;Myf5蛋白具有较强的亲水性,其蛋白高级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲;陆川猪背最长肌Myf5基因相对表达量表现为30日龄时最高,在30～240日龄呈下降趋势,240～300日龄呈上升趋势。     

PRRSV福建株ORF5基因克隆与序列分析

猪繁殖与呼吸综合征,是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）引起的以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道症状为主的一种严重的病毒性疾病。PRRSV属于尼多目动脉炎病毒科动脉炎病毒属,是含有囊膜的单股正链RNA病毒。PRRSV基因组长约15kb,含9个开放阅读框（ORF）,其中0RF2-7编码病毒的结构蛋白。     

白洗猪PID1基因克隆及序列分析

本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1 (phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654 bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。