适用变性梯度凝胶电泳分析的石油污染土壤微生物DNA模板制备的研究

[目的]为了快速、简便和经济地获得理化性质不同的石油污染土壤中微生物总DNA,以用于后续微生物群落结构分析及动态监测。[方法]采用3种提取方法对石油污染土壤中细菌总DNA进行提取,并通过DNA产量、纯度、片段大小、基因组完整性等对提取得到的DNA质量进行评价;并对16S rDNAV3可变区的PCR扩增产物进行DGGE分析。[结果]采用3种方法均能从石油污染土壤中提取得到相应的细菌DNA片段,且针对同一种提取方法,土壤理化性质的差异对DNA提取效果影响不明显,但不同方法提取得到的DNA在浓度和纯度上存在明显差异。采用3种方法提取得到的DNA量分别可达98.3、79.9和43.8 ng/μl。[结论]选取方法1提取基因组DNA并进一步纯化,纯化后的DNA分别采用引物F27/R1492和F357/R518进行16S rDNA及116S rDNAV3可变区的扩增,获得了条带清晰、浓度高、无污染的DNA目的片段;对其PCR扩增产物进行DGGE分析,得到的DGGE图谱可直观反应石油污染土壤中微生物的多样性及优势种群。     

砖红壤微生物总DNA的提取方法比较

针对中国南方砖红土壤的特点,通过比较和优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,从而进行土壤细菌16S r DNA基因扩增和真菌I TS r DNA基因扩增。结果表明:方法一提取的土壤微生物DNA受到腐殖质等影响无法进行基因扩增;方法二提取的DNA可以进行土壤微生物基因组16S r DNA基因扩增,提取时间大大减少,但无法进行I TS r DNA基因扩增;方法三提取的DNA质量最好,可以进行细菌16S r DNA和真菌I TS r DNA基因组扩增。     

不同环境中土壤微生物总DNA的提取与纯化

采用SDS高盐缓冲液抽提法提取了林地、厂区、菜地3种不同环境中土壤微生物总DNA,结果表明,该方法可以从土壤微生物中提取到长度大于23.1kb的DNA;不同环境中提取的DNA产量和纯度都存在一定的差异,每克干土的DNA提取量介于53.55~579.93μg之间,其中以处于原始状态的丛林提取量最高。粗提的土壤微生物DNA采用酚氯仿和柱式腐殖酸去除剂进行纯化,纯化后的土壤微生物DNA可以用于PCR扩增,使用细菌16SrDNA基因的引物可以扩增到相应的片段。     

几种土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用Bourrain法、Beadbeating法和Martin-Laurent法提取土壤微生物总DNA,并以细菌16SrD-NA通用引物进行PCR扩增。结果表明,3种方法提取的DNA大小都在23.1kb以上。Bourrain法提取到的土壤微生物总DNA量最多,但是蛋白质和腐植酸含量等杂质含量也最高;而Martin-Laurent法提取的DNA量小于Bourrain法,并且含有较多的杂质;Beadbeating法提取的土壤微生物总DNA量较Bourrain法少,腐植酸及蛋白质等杂质含量最少。     

细菌强化修复电子废弃物污染农田土壤研究

通过富集、驯化、分离,从清远市电子废弃物拆解区污染土壤中得到四种耐性菌株,经菌落形态、扫描电镜分析以及16S r DNA技术鉴定得出菌株HS-01、JH-02、YB-03、JY-04分别为海水芽孢八叠球菌(Sporosarcina aquimarina)、佐吕间湖生芽孢八叠球菌(Sporosarcina saromensis)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、甲基营养型芽孢杆菌(Bacillus methylotrophicus)。选取非矿山型东南景天(Sedum alfredii)为实验植物,在温室盆栽实验条件下,强化修复模拟的Cd、Cu、Pb污染土壤。结果显示添加细菌JH-02的东南景天地上部重金属提取量相对最高,JY-04次之,均显著高于其他各组(P<0.05);重金属形态分析显示细菌JH-02与JY-04对土壤重金属的活化作用相对最好,可交换态含量明显高于其他两种细菌组与未加菌组(P<0.05)。实验结果表明,JH-02与JY-04这两种细菌可能通过代谢活动产生的分泌物溶解了土壤中重金属,最终促进了东南景天的提取以及根部重金属向茎叶中转移,可达到强化修复的效果,具有一定的应用前景。     

一种适用于PCR的土壤微生物DNA的提取方法

[目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16SrDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微生物总DNA电泳结果显示没有差别,但是只有CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取的总DNA不需要纯化,在增加Mg^2＋用量的条件下,只需用第一轮非特异PCR产物作为模板即可扩增出16SrDNA片段。[结论]CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取土壤DNA,方法操作简单、快捷。同时适用于PCR分析。为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定了基础。     

提取液对土壤有效重金属含量与生物有效性的影响

土壤污染已成全球性问题,发展中国家尤为严重。在土壤污染元素中,Cu、Zn、Pb的污染占很大比重,有效态污染元素对作物、动物及人体的毒害更为严重。重金属的有效态决定了生物有效性及对环境的危害程度,它是污染土壤治理和修复的基础。只有运用合宜的提取方法,准确地测定重金属的有效性,才能制定出有效的治理方案。通过5种提取液的比较得出,醋酸铵提取液、DTPA&TEA提取液、EDTA提取液等3种提取剂能较好地反映土壤重金属的生物有效性,适用于土壤重金属的生物有效性评价。     

土壤重金属有效态单级提取方法研究

土壤重金属污染问题日益凸显。重金属元素迁移和积累行为的相关研究表明,相比重金属总量,有效态重金属更能准确反映重金属对植物的毒性作用。目前,土壤有效态重金属提取所用提取剂所反映的植物效应有较大差异,且对不同类型土壤或元素的萃取通用性较差。针对以上问题,系统综述了近年来土壤有效态重金属多元素同步单级提取方法,比较了各类提取方法的特点及其适用性,总结了影响土壤重金属有效性的环境因素,以期为筛选合适的萃取剂准确评价土壤重金属污染状况提供重要参考依据。     

三种杀菌剂对土壤细菌群落多样性影响

利用PCR-DGGE技术研究百菌清、代森锰锌和霜霉威对土壤细菌群落结构影响。运用16S rDNA特异引物,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,得到施加农药的土壤细菌群落遗传多样性变化情况。结果表明,土壤细菌在高浓度霜霉威的诱导下增加新种群,使细菌多样性增加,这些种群逐渐变为优势种群,低浓度霜霉威对土壤细菌微生物群落的影响很大,其他农药处理对于外来农药的污染敏感性较弱,影响不显著,尤其是低浓度处理的百菌清对土壤细菌群落无影响。     

铅锌矿区土壤细菌群落多样性分析

对黑龙江省铅锌矿区土壤重金属污染与土壤中细菌群落结构多样性间的关系进行了研究,并分析了土壤的理化性质和土壤酶活性。PCR-DGGE图谱、DGGE聚类分析图谱、细菌群落丰富度(S)均表明土壤细菌群落结构随着重金属污染程度的加剧发生了相应变化,Shannon-Weaver指数达极显著水平差异(P<0.01),且显著低于非矿区土壤。铅锌矿区土壤重金属污染严重,铅锌质量分数较非矿区有明显地增加;土壤酶活性与非矿区土壤酶活性均存在极显著差异(P<0.01),土壤重金属质量分数与土壤酶活性呈显著负相关。可见,铅锌矿区重金属污染导致土壤环境质量发生变化,严重影响着土壤中细菌群落结构多样性。     

可生物降解螯合剂GLDA和磷素活化剂促进东南景天提取土壤重金属的潜力

<正>植物提取是重金属污染土壤的植物修复技术中去除重金属最具前途的方式之一。为了进一步提高植物对重金属的提取效率,向土壤施加螯合剂增加土壤重金属的可溶性,促进植物对重金属的吸收和积累,该技术被称为螯合诱导植物提取技术。EDTA(乙二胺四乙酸)由于其较强的络合能力,是目前常用和研究较多的螯合剂。但EDTA在环境中不易被生物降解,施入土壤的EDTA有着较长的残留效应,因此施用EDTA存在潜在的环境风险。因此,选择适宜的螯合     

不同提取方法对土壤中活性部分重金属提取能力的对比研究

采集不同酸碱度的4种土壤样品,采用人工外源添加方式配制As、cu、Ni、Pb和zn污染土壤,并应用Tessier、BCR和TCLP对土壤中重金属的活性部分进行提取,结果表明,BCR能较合理地提取出酸性土壤中的活性部分重金属,Tessier能较合理地提取出碱性土壤中的．活性部分重金属;对不同性质土壤中重金属进行形态提取应采用不同的提取方法。     

不同振荡方式对土壤有效态重金属提取的影响

为探讨不同振荡方式对土壤有效态重金属提取的影响,选用0.43 mol·L-1 HNO3和0.01 mol·L-1 CaCl2作为提取剂,利用行星轮旋转振荡仪、往复式振荡器、回旋振荡培养箱3种设备,设置6种不同振荡方式,对4种典型历史污染农田土壤进行有效态重金属提取。结果表明:回旋振荡(CYO)下HNO3提取的4种土壤重金属总摩尔浓度均显著高于往复振荡(RCO)和行星轮旋转振荡(RTO1);行星轮旋转振荡(RTO1)下CaCl2提取的重金属总摩尔浓度均高于回旋振荡(CYO)和往复振荡(RCO)。行星轮旋转振荡下不同旋转方式和转速处理之间也存在差异:对于4种土壤,公转30 r·min-1方式下的土壤HNO3提取态重金属总摩尔浓度最低;对于浙江富阳、广东乐昌、浙江台州3种土壤,公转30 r·min-1方式下CaCl2提取的重金属总摩尔浓度最高。试验结果说明不同振荡方式对土壤有效态重金属提取具有一定的影响,因而在有效态重金属提取方法制定及实验室间比对时需考虑不同振荡方式的影响。     

微生物技术修复重金属污染土壤的研究进展

随着人类社会活动的发展,有色重金属污染土壤也日益引起了社会的重视,就这样,现代科学对土壤中重金属污染研究的范围也就日益广泛。常见的物理或化学修复不仅成本高,而且会对环境造成二次污染,亟需寻找一种新的修复方式来对重金属污染的土壤进行修复。生物修复有着无与伦比的优势。本文综述中分别以内生菌,抗性微生物,细菌和真菌以及微生物淋滤法等方式阐述了利用微生物治理重金属污染土壤的新技术,以便在未来更好的解决这一类问题。     

橡胶草种植前后土壤微生物细菌多样性研究（Ⅰ）——基础分析

[目的]对开垦荒地种植橡胶草前后的土壤微生物细菌多样性进行454测序技术并对基础数据进行分析,探求利用边际土地进行战略能源作物种植的可行性.[方法]通过蛇形取样法对土壤样品采集、用试剂盒提取土壤微生物总DNA、选择细菌16SrDNA V3 ～ V1区,进行引物设计与PCR预扩增,采用454测序技术获得数据序列并优化,用R软件进行指数多样性等基础分析.[结果]样品总DNA无蛋白质和RNA污染,PCR预扩增出500 bp左右的细菌16S rDNA.454测序序列优化序列占有效序列的90％以上,在97％相似性水平下的指数多样性显示橡胶草种植后土壤细菌OTU数目较多;Shannon-Wiener曲线和稀释性曲线显示,当测序序列细菌超过15 000时曲线趋向平坦.[结论]试验测序数据可以反应样品中绝大多数微生物信息,此次取样的数量比较合理,细菌丰富度高.     

沉积物中宏基因组DNA快速提取方法:重铬酸钾-SDS法（英文）

[目的]建立一种从黑臭沉积物中快速、不需要任何纯化步骤的基因组DNA提取方法。[方法]富营养化湖泊沉积物是一种复杂的生态系统,土壤微生物在其氮循环过程中起着重要的作用。基于DNA的分子生物学方法为描述这些复杂微生物群落提供了新途径。但是,很难去除基因组DNA(代表了这些复杂系统中的微生物群落)的共提取物腐殖酸、重金属等物质,其能够干扰后续的基因分析。[结果]腐殖酸去除和DNA提取同步进行,提取时间大约为1 h,所得到的核酸不需要用70%的乙醇洗,直接溶解于灭菌水即可用于总细菌16S r DNA、反硝化细菌nos Z基因、甲烷氧化菌pmo A基因、固氮细菌nif H基因、氨氧化细菌和古菌的amo A基因的分子生态学分析。[结论 ]该方法为快速制备沉积物DNA提供了一个框架。     

淮南地区土壤氨氧化细菌属的组成研究

采用琼脂糖凝胶电泳法研究淮南地区土壤氨氧化细菌群落组成.将提取的土壤DNA溶液经过纯化、PCR扩增,与氨氧化细菌的4个属的细菌DNA进行琼脂糖凝胶电泳,发现土壤中主要含有亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)和亚硝化球菌属(Nitrosococcus),不含有亚硝化螺菌属(Nitrososoira).对土壤DNA的提取采用了SDS高盐提取法、Edgcomb改进法和Tsai报道法3种方法.比较电泳条带发现,Tsai报道法提取效果最好.     

一种适宜于文库构建的土壤微生物总DNA提取方法

采用改良的方法提取2种土壤微生物总DNA,并采用透析法对提取的DNA进行纯化,与MO BIO公司PowerSoil DNA isolation Kit试剂盒法进行比较,结果表明,改良的土壤微生物总DNA提取方法提取到的DNA明显高于试剂盒提取的DNA,且A260/A280及A260/A230与试剂盒提取的相差不大,片段也较大,是一种经济方便的土壤微生物总DNA提取方法,比较适合用于构建高质量的宏基因组文库.     

土壤重金属污染研究进展

综述了土壤重金属污染的现状、土壤重金属污染物在土壤中的存在形式以及重金属污染的修复方式。重金属土壤污染问题迫切需要解决,土壤重金属的存在形式揭示金属在环境中的环境化学行为,有助于对症下药,治理重金属污染,从生物修复和化学修复两方面阐述了重金属污染的治理方法、手段,强调了生物修复的可行性和环保优点。     

土壤重金属生物有效性评价方法

土壤重金属污染已成为人们广泛关注的全球性的环境问题之一。重金属生物有效性是衡量重金属元素迁移性、生物可利用性和生态影响的关键参数,在污染土壤风险评估、治理和修复中有着重要的作用。综述了国内外土壤重金属生物有效性评价方法(化学提取法、生物学评价法、体外消化法、In V itro法、同步加速辐射-全反射X射线荧光技术)的研究进展,并对今后的研究进行了展望。