柱花草种质遗传多样性的SSR和SRAP分析

应用SSR和SRAP标记,对20份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从113对SSR引物中筛选出41对多态性较好的引物,共扩增出229个位点,多态性比率达76.86%,平均每个引物扩增多态性位点4.29个。从224对SRAP引物中筛选出25对多态性较好的引物,共扩增出359个位点,平均每个引物扩增多态性10.72个,多态性比率达74.65%。综合SSR和SRAP两种标记对20份材料计算出的遗传相似系数(GS)为0.65~0.90,表明柱花草种质遗传多样性比较丰富;通过UPGMA聚类分析,把这20份材料聚为3个类群,其中类群Ⅰ又分为4个亚类。     

利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究

利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。     

西藏野生油菜遗传多样性分析

利用10对AFLP引物及13对SSR引物,分析了43份来自西藏地区部分野生类型油菜种质的遗传多样性。10对AFLP引物共得到276条清晰的谱带,其中多态性带214条,多态性位点比率为77.5%,平均每对AFLP引物得到21.4条多态性带。13对SSR引物共扩增出57条带,其中多态性带51条,多态性位点比率为89.5%。通过对西藏野生类型油菜资源的遗传距离以及聚类分析,可将西藏野生类油菜分为两大类群,分别为白菜型和芥菜型野生油菜种质资源;两种分子标记适合揭示西藏野生油菜的遗传多样性,西藏野生类型油菜种质资源的遗传多样性非常丰富。这些结果有利于对西藏野生油菜的进一步鉴定和归类,从而利用其丰富的遗传资源,培育优良的油菜新品种。     

24份西番莲种质SSR分子标记分析

采用SSR标记对24份西番莲材料的遗传多样性进行研究,从45对引物组合中筛选出16对扩增带清晰、重复性好的引物组合。结果表明：16对SSR引物共产生68条扩增带,其中58条为多态性条带,多态性条带比率平均为85.3 %,24份材料的遗传相似系数(GS)的范围为0.09-1.0;UPGMA法聚类分析结果表明,24份西番莲种质以0.45为阈值可分为7大类,SSR标记丰富的多态性可在西番莲分子生物学领域中广泛应用。     

利用SSR引物分析西藏青稞种质资源的遗传多样性

为了评价西藏青稞种质资源的遗传多样性,用260对SSR引物对来自青藏高原主要农区的75份青稞育成品种、17份野生大麦、39份青稞地方品种和44份国外大麦材料的遗传多样性进行了分析.结果表明,从260对SSR引物中筛选出23对多态性高的引物,占筛选引物的8.1％.23对SSR引物在西藏野生大麦中共扩增出稳定、清晰的条带92条,多态性条带为81条,其比例为88.04％;在西藏青稞地方品种中共扩增出稳定、清晰的条带89条,多态性条带为78条,其比例为87.6％;在青稞育成品种中共扩增出稳定、清晰的条带109条,多态性条带98条,其比例为89.9％;在引进材料中共扩增出稳定、清晰的条带64条,多态性条带53条,其比例为82.8％.遗传多样性分析结果为青稞育成品种(0.9882)＞西藏野生大麦(0.8033)＞西藏青稞地方品种(0.5820)＞国外大麦材料(0.4218).聚类与主坐标分析表明,实验材料可以清楚的分为4类,西藏野生大麦分在两个类群,西藏青稞地方品种分在两个类群,引进大麦材料分在一个类群,青稞育成品种分在四个类群.同一来源地区的青稞育成品种遗传基础较为狭窄,不同地区间的青稞育成品种遗传差异较大.以上结果说明,在西藏青稞新品种选育和遗传改良中,在发掘和利用西藏野生大麦资源、西藏青稞地方品种资源的同时,更应该加强不同地区青稞育成品种资源的交换和配合使用.     

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.393;对68份红毛丹种质做聚类分析,遗传相似系数为0.290～0.664;采用引物?带型组合法构建了68份红毛丹种质的指纹图谱。该结果为今后红毛丹种质鉴定和分子育种提供重要依据。     

不同甜高粱种质的SSR多态性分析

利用SSR标记研究了32份甜高粱种质的遗传变异,从30对SSR引物中筛选出11对扩增产物是具有稳定多态性的引物。11对引物在供试材料中共扩增出112条带,其中多态性带91条,多态性达81．3％,每对引物扩增出5-16条,平均10．2个,每个位点的多态性信息量（PIC）变化在0．429-0．926之间,平均为0．708。32份甜高粱种质间的遗传相似系数变化范围为0．583-0．969,平均值为0．724,揭示出这32份种质的遗传基础相对比较狭窄。UPGMA聚类分析结果表明,32份供试材料在遗传相似系数0．730处被划分为三大类,HE1和HL2的亲缘关系最近,SART和L-32的亲缘关系最远。     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

利用SSR分子标记分析辽宁花生种质资源的遗传多态性

首次报道了利用SSR标记对辽宁花生种质资源进行遗传多样性分析的效果。结果表明,10对引物在32份花生种质资源中共扩增出67条带,其中18条呈现多态性,多态性比率为26.9%,很好地揭示了辽宁地区花生种质资源之间的遗传差异,为今后花生新品种选育提供了依据。     

基于SSR标记的海南栽培槟榔遗传多样性分析

槟榔是海南重要的热带特色经济作物,具有很高的药用价值,被列为“四大南药”之首。但其基础研究落后,缺乏对种质资源的系统研究,遗传多样性尚不明确。利用SSR分子标记技术对海南岛58份栽培槟榔资源进行遗传多样性分析,旨在明确槟榔栽培种的亲缘关系,为槟榔杂交育种、功能基因的挖掘提供理论依据。结果表明：从500对SSR引物中筛选出32对多态性好、条带清晰的引物,在58份种质资源中共检测到79个等位基因,每个SSR位点2~5个,平均2.4688个,其中有效等位变异占观测等位变异的58.92%。各引物PIC值变幅为0.0169~0.5969,平均值为0.2254,Shannon信息指数（I）为0.0496~1.2552,平均值为0.4496;Nei’s遗传多样性指数（Nei）变幅为0.0171~0.6492,平均值为0.2596,说明所选SSR引物在供试样品中检测等位基因遗传多样性偏低。利用UPGMA构建58份栽培槟榔的遗传聚类树状图,第V组材料遗传多样性最丰富,其他分组群体遗传多样性较低,聚类结果说明海南栽培槟榔品种无明显的区域划分,表明海南槟榔不同地区间的种苗交流频繁,总体遗传多样性水平较低,该研究为槟榔遗传育种亲本选择提供依据,也为今后引进种质增补差异资源提供参考。     

利用SSR标记分析热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性

从本实验室确定的核心引物中筛选出39对扩增产物具有稳定多态性的引物,利用这39对SSR标记引物研究了35份热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性。39对引物在供试材料中共检测到153个等位位点的变异,每对引物检测等位位点2～8个,平均3.92个;引物的多态性信息量(PIC)变化范围为0.27～0.79,平均0.59。聚类结果表明,41份自交系划分为3个类群,分类结果与系谱基本一致。     

30份特异玉米地方品种的遗传多样性分析

利用分布在玉米10条染色体上的83对SSR引物,分析30份玉米地方品种和2份玉米骨干自交系的遗传多样性。结果表明,有47对引物在32份玉米品种间表现稳定多态性,共检测到475个等位位点,每条引物检测到3～24个,平均为10.1个。32份材料间的遗传相似系数在0.487～0.752之间,平均为0.626。采用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.63为阈值,可以将30份地方品种划分为4个大类群,该结果与地理来源和表型分类的结果基本一致。     

非编码RNA BcNR1在菜心中的克隆及表达分析

非编码RNA是近年来新发现的一类在生物体内广泛存在的特殊基因.以菜心[Brassica campestris L.ssp.chinensis(L.)Makino vat.utilis]为实验材料,根据普通白菜花粉特异的非编码RNA基因Bc MF11的全长序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从菜心中克隆出BcMF11的同源基因全长序列,命名为BcNR1 (GenBank登录号为EF363720).序列分析显示,该基因全长801 bp,缺乏明显的开放阅读框,而且在序列中多处出现终止密码子,具有非编码RNA基因的序列特征.RT-PCR表达分析结果显示BcNR1是菜心花粉发育特异表达的基因,推测该非编码RNA基因在植物花粉发育中发挥作用.     

利用SSR标记划分玉米自交系杂种优势群的研究

利用SSR标记对64个玉米自交系进行了杂种优势群的划分。20对SSR引物在供试材料中共检测出96个等位基因的变异,每对引物检测出等位基因数2～9个,平均4.36个。多态信息量变化范围为0.22～0.86,平均多态信息量为0.61。UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为8大类群,分类的结果与系谱关系基本一致。     

用SSR分子标记研究茶组植物种间亲缘进化关系

本研究利用50对来自茶系的SSR引物对41份茶组资源进行PCR扩增,研究不同类型SSR引物的通用性和多样性指数。研究结果表明,茶系的SSR引物在茶组植物中的通用性高,其中EST-SSR通用性多态位点的比例达到60%。另外,利用SSR标记技术对茶组材料的遗传多样性进行分析。不同位点在种间的等位基因数为2～6个,平均每个位点4.21个等位基因。通过UPGMA方法构建了茶组12个种的遗传进化关系图。     

辽宁省主要玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记研究了37份玉米自交系的遗传多样性,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物。这70对引物在供试材料中检测出260个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～7个,平均3.71个,每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.157～0.813,平均为0.564。37份自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.69～0.89。UPGMA聚类分析结果表明,37份供试自交系划分为6个类群,分类结果与系谱来源基本一致。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。     

SSR分子标记在玉米杂种优势群划分中的应用

利用SSR标记研究了20个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分,从85对SSR引物中筛选出70对扩增产物具有稳定多态性的引物.70对引物在供试材料中共检测出270个等位基因变异,每对引物检测到等位基因2～6个,平均3.86个,多态性信息含量变化范围为0.26～0.80,平均多态性信息量为0.59.20个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.5946～0.7711,平均为0.6601.UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为5群,分类结果与系谱基本一致,划群后群间平均距离大于群内平均距离,群间平均产量大于群内平均产量.SSR标记可以进行玉米自交系遗传变异分析,并用于杂种优势群的划分。     

24份水稻细胞质雄性不育系的SSR多态性分析

利用SSR标记技术对四川省及其它部分省区生产中主要使用的和新育成的24份水稻细胞质雄性不育系材料进行遗传多样性分析,从135对SSR引物中筛选出具有多态性的引物34对,共扩增出77个等位位点,平均每个引物的等位位点数为2.26个;多态信息含量（PIC）变化范围0.080～0.559,平均为0.254。根据24份细胞质雄性不育系的遗传相似系数矩阵做出树状图,聚类分析结果表明,目前在生产中应用的水稻细胞质雄性不育系遗传背景比较单一,不利于充分发挥水稻杂种优势利用潜力。     

我国水稻主栽品种SSR多样性的比较分析

采用40个SSR标记,比较分析了151份20世纪50年代(78份）和近10年（73份）我国常规稻主栽品种的遗传差异,发现有39个标记具有多态性,多态性位点共检测到213个等位基因,每个位点2～11个,平均5.5个;平均Nei基因多样性指数(He)为0.649,范围在0.309（RM174）～0.869（RM418）。籼粳亚种间SSR多样性差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 4.4,He = 0.458）均高于粳稻品种（Na = 4.0,He = 0.395）。比较了78份20世纪50年代与73份近10年水稻主栽品种的遗传多样性,籼、粳亚种表现出相近的变化趋势,即Nei多样性指数和等位基因数20世纪50年代主栽品种高于近10年的。虽然Nei基因多样性指数的变化并不显著（籼稻：z= 1.471,P=0.141;粳稻：z= 1.932,P=0.053）,但等位基因数目的变化达到显著水平（籼稻：z= 2.677,P=0.007;粳稻：z= 3.441,P=0.001）。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异绝大部分存在于两时期内,尽管时期间平均贡献的遗传变异仅占1.9％,但仍然达到5％的显著水平;籼、粳亚种两时期间平均贡献的遗传变异高于整个分析样本,分别为5.0％和8.2％;籼、粳亚种不同位点的遗传分化程度也各不相同,籼稻和粳稻品种分别有13个（占33.3％）和11个（占28.2％）SSR位点的等位基因在两时期间差异显著,而其余位点的遗传变异则是因时期内品种间的差异引起的。研究表明近10年我国常规稻主栽品种丢失了一部分等位基因,水稻育种仍应加强更广泛的种质亲本的选择。