油蟠桃组合遗传连锁图谱构建及糖酸性状QTL分析

以油桃和油蟠桃组合‘霞光’‘NF’杂交群体115个单株为试材,使用高效液相色谱测定亲本及各单株果实糖和有机酸含量,筛选164对SSR引物和2 304对SRAP引物组合,选择符合1︰1分离比例的标记,使用Map Manager QTX20b软件的BC1模型构建遗传图谱,并对8个符合正态分布的性状进行与标记间的回归分析以及QTL区间分析。构建的图谱经与李属SSR参考图谱比对,发现基本匹配的8个连锁群总长度为1 232.7 cM,位点间的平均遗传距离为9.34 cM,包含22个SSR标记和108个SRAP标记,以及扁平果形（S）和非酸（D）两个位点。QTL区间扫描发现,LOD≥2的QTL区间共有28个,LOD≥3的有17个,LOD≥5的有10个。风味相关的QTL分布在Group 1、2、4、5、6连锁群上。Group 1含4个QTL区间（Glu2、Sor2、Tsug4、SSC3）;Group 2含3个QTL区间（Glu4、Sor3、SSC4）;Group 4含5个QTL区间（Suc2、Glu3、Glu5、Tsug5、Taci4）;Group 1、2、4的QTL均对相应性状均表现为负加性效应;Group 5含6个QTL区间（Suc1、Suc3、Tsug3、Mal1、Taci3、Taci5、）,大多集中在非酸位点（D）附近,均表现为对糖含量的正加性效应,对酸含量的负加性效应;Group 6含9个QTL区间（Glu1、Fru1、Sor1、Tsug1、Tsug2、Taci1、Taci2、SSC1、SSC2）,所有QTL均对相应性状呈正加性效应。     

甜樱桃遗传图谱的构建及果皮红色性状QTL分析

 以甜樱桃（Prunus avium L.）黄红皮品种‘雷尼’为母本,红皮品种‘8-100’为父本杂交获得的90株F1代群体为试材,利用RAPD、ISSR和SSR分子标记进行遗传分析,构建了含8个连锁群共50个分子标记（30条RAPD、15条ISSR、5对SSR标记）的遗传图谱,全长634.67 cM,标记间的平均距离12.69 cM。用基于混合线性模型的QTL Network 2.0软件分析其果皮红色性状的QTL以及基因与环境的互作,发现了两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL分布在Chr1和Chr7染色体上,两个加性效应的遗传贡献率（H2）分别为32.28%和47.52%,1对上位效应的遗传贡献率（H2AA）为37.87%,加性和上位性的效应位点与环境互作均为0。研究结果表明樱桃果皮红色性状的遗传受两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL的影响。     

利用黄瓜远缘群体遗传连锁图谱进行始花节位定位

利用黄瓜远缘群体的分子遗传连锁图谱,对雌花节位性状进行了QTL定位。共找到8个控制雌花节位的QTL位点:ff-1、ff-2、ff-3、ff-4、ff-5、ff-6、ff-7、ff-8,分别位于LG2、LG3、LG6、LG7连锁群上,这些QTL位点对雌花节位性状表型变异贡献率分别为81.6%、81.0%、81.0%、80.0%、80.6%、81.1%、81.0%、80.7%,其中ff-1、ff-2、ff-5、ff-6、ff-7、ff-8加性效应值为正,为增效加性效应,ff-3、ff-4加性效应值为负,是减效加性效应。     

番茄耐热性相关的SSR和RAPD标记筛选

 以耐热性差异较大的热敏感材料 01137和耐热材料CLN2001A杂交产生的256个F₂单株为作图群体,应用SSR和RAPD 分子标记技术筛选了与番茄耐热性数量性状相关的分子标记,得到与耐热性相关的1个SSR标记和1个RAPD标记,对其耐热性遗传的贡献率分别为5.2%和7.7%。利用单标记法在第3 和第7连锁群上各检测到1个与耐热性有关的QTL。利用筛选出的与番茄耐热性显著相关2个分子标记对43份番茄耐热、热敏种质资源进行SSR和RAPD分析,将43份番茄种质资源分成2组,耐热组的分组准确率为93.3%,热敏组为96.5%。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

西瓜果实总糖含量QTL分析

【目的】为了探讨西瓜果实中总糖含量的遗传规律并找到与总糖含量相关的QTL位点,【方法】以高糖品系‘花园母本’为母本,低糖品系‘LSW-177’为父本,配制杂交组合,构建含有180个单株的F2代群体,分别测量成熟西瓜果实中心和边缘部分果糖、蔗糖和葡萄糖含量,并将3者之和相加作为总糖含量进行遗传图谱构建及QTL分析。【结果】构建的遗传连锁图谱共包含45个SSR标记,分属于13个连锁群,覆盖基因组长度为547.3 cM,标记间平均距离为12.44 cM,检测到与中心和边缘总糖含量相关的QTL位点各一个,均为加性遗传效应,贡献率分别为6.56%、7.90%,分布在第3、12连锁群上,LOD值分别为3.1、3.29,找到与中心和边缘总糖含量紧密连锁的标记4个(MU8184-3、MCPI-12、TJ116、MU8558-3),该研究结果为进一步开展西瓜糖含量相关基因定位和克隆研究提供理论依据。【结论】西瓜果实总糖含量为数量性状遗传,由多基因共同控制,中心部分总糖含量QTL位点表现为正向加性效应,边缘部分总糖含量QTL位点表现为负向加性效应。     

大白菜裂球性状的遗传与RAPD标记

以有裂球现象的杂交一代大白菜单株自交构建的F2群体为试材,研究了大白菜裂球性状的遗传规律及其分子标记。调查统计分析表明:延长生育期20d为大白菜裂球性状的最佳分析时期,其F2群体中不裂球与裂球植株符合3∶1分离比例,说明裂球性状是受1对隐性主基因控制的,同时发现分离后代单株间裂球的速度和程度存在差异,说明裂球性状还受到微效基因和环境条件的影响。同时以06J31×92S24产生的F2群体为材料,采用BSA法进行裂球性状RAPD标记,从600个随机引物中筛选出1个与裂球基因紧密连锁的RAPD标记S15-222。连锁分析发现,标记S15-222与裂球基因间的遗传距离为8.876cM,可用于大白菜耐裂球材料的分子标记辅助选择。     

番茄耐热性遗传分析

选择耐热性不同的6份番茄亲本,采用半轮配法配制双列杂交组合,对F1、F2、B1、B2、P1、P26个世代进行耐热性遗传模型分析和遗传参数估算。结果表明:番茄耐热性符合加性?显性遗传模型,以加性效应为主,兼有显性效应;狭义遗传力较高,一般配合力方差居主导地位,基因加性效应大于显性效应。     

大白菜和紫菜薹自交系染色体组DNA的RAPD分析

用８个随机引物（１０ｂｐ）对２个紫菜薹自交系的３个单株和４个大白菜自交系的４个单株的染色体组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，共有４０条带分离清晰、明亮，其中引条带在７个单株中表现出差异，可作为遗传标记（ＲＡＰＤ标记）。４个大白菜自交系之间的平均差异条带数为１２．３，２个紫菜薹自交系之间为９．５，大白菜与紫菜薹之间平均有１５．５条带的差异。用７个引物在９３Ｗ０５－７（紫菜薹）和９３Ｗ５８－５（大白菜）之间检测出对个ＲＡＰＤ标记。从同一自交系的不同单株抽提的染色体组ＤＮＡ扩增出较一致的ＤＮＡ谱带，而不同自交系间扩增出的ＤＮＡ谱带差异很大，这表明此方法也可以象ＲＦＬＰ一样，用于大白菜和紫菜薹的分子标记。     

青菜品种亲缘关系AFLP分析

利用AFLP技术对市场上主栽的10个青菜主要品种进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明:最终筛选出的5对引物共扩增出多态性位点454个,多态性位点占总扩增位点的比例平均为57.5%,系统聚类分析将供试材料分为4组,基于分子标记的分类与材料的表现基本吻合,为以后品种的鉴定和分子辅助育种提供一定的参考.     

大白菜抗TuMV-C_4的QTL分析

采用高抗芜菁花叶病毒C4株系(TuMV-C4)的大白菜高代自交系A52-2为父本、感病自交系高IV-5为母本杂交后获得的F2代263个单株作为作图群体,利用SRAP分子标记技术进行遗传分析,构建了1张包含10个连锁群,由152个 SRAP标记组成的大白菜分子遗传图谱。该图谱覆盖长度为1066.3cM,平均图距7.06cM。利用Windows QTL Cartographer V2.0软件和复合区间作图法进行分析,共检测到5个与抗TuMV-C4株系相关的QTLs。     

辣椒种内遗传图谱的构建及主要农艺性状的QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum L.）‘Perennial’、‘83-58’为亲本构建的包含128个株系的F6代重组自交系为作图群体,构建了一个包含有18个连锁群的遗传图谱。该遗传图谱共有131个标记,其中SSR标记105个,CAPS标记23个,SCAR标记1个,果实辣味（pun）和果柄着生方向（up）2个形态标记。该图谱全长633.71 cM,标记间的平均距离为4.8 cM,连锁群的长度为7.07 ~ 75.16 cM,平均长度为35.21 cM,每个连锁群上的标记数为3 ~ 17个。对群体进行10个主要农艺性状调查,利用基于完备区间作图方法（Inclusive Composite Interval Mapping）的QTL IciMapping V3.2软件（http：//www. isbreeding. net/）选择加性效应模型ICIM-ADD进行QTL定位,在重组自交系（RIL）群体中共检测到株高、伸展度、始花节位、叶长、叶宽、侧枝长度、果形、果形指数、心室数和果实横径等10个性状的20个QTL位点。     

茄子果实性状相关基因的QTL定位

以果实性状差异显著的茄子(Solanum melongena L.)种质材料绿茄‘131'和上海本地长茄‘141'为作图亲本,构建了237个株系的F_2群体,采用450对SSR标记构建遗传图谱,定位茄子果实单果质量、果长、果径、果形指数和果实花萼大小的QTL。研究结果表明:在亲本间表现多态性的SSR标记为63对,平均多态性比例为14%;共有53个标记被分配到13个连锁群上(12条染色体),13个连锁群覆盖总长度为532.2cM,标记间距范围为0.2~45.9 cM,平均距离为10.04 cM;共定位了9个与果实性状相关的QTL位点(单果质量1个,果长1个,果径2个,果形指数3个,果实花萼大小2个)。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体，应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱，该图谱包含86个SSR标记，标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱，利用复合区间作图法，对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析，结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个，其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %，控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %，控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_2:3家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_2:3家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_2:3家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。     

西瓜糖含量相关性状的QTL分析

以高糖西瓜品系花园母本为母本、低糖西瓜品系LSW-177为父本配制杂交组合,构建含有125个单株的F2S7重组自交系群体(RILs),利用CAPS分子标记构建了1张包含245个CAPS标记、11个连锁群的遗传连锁图谱,该图谱覆盖基因组长度2423.9c M,标记间的平均距离9.9c M。采用复合区间作图法对西瓜糖含量相关性状进行QTL分析,定位到与可溶性固形物相关的QTL4个,表型贡献率分别为14.80%、11.50%、32.10%、8.60%;与果糖相关的QTL3个,表型贡献率分别为8.80%、20.50%、9.50%;与蔗糖和葡萄糖相关的QTL各1个,表型贡献率分别为11.34%、24.10%。这9个QTL均表现为对糖含量的正加性效应,表明系高糖西瓜品系花园母本提供了对糖含量的贡献。     

基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点。通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位。结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上。其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6%、45.0%和26.0%。根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体（chr05）上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体（chr06）上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM。研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。     

黄瓜叶面积遗传及QTL定位分析

选用2个叶面积大的黄瓜品种（D9320、D2005）和2个叶面积小的黄瓜品种（D0455、D0401）配制杂交组合，筛选叶面积差异较大的亲本组合D0401×D9320构建F2分离群体，采用加性－显性（AD）模型进行遗传分析。结果表明：黄瓜叶面积是由多基因控制的数量性状，以显性效应为主，存在一定的加性效应，狭义遗传力和广义遗传力较高。采用SSR分子标记构建遗传连锁图谱，利用复合区间法对黄瓜叶面积进行QTL定位。结果表明：CSWACC03、CSWCT05BZ和CSCTTT15a位于同一个连锁群上，连锁群总长度为68.3 cM；检测出1个与黄瓜叶面积有关的QTL，与最近标记的距离为3.6 cM，且变异贡献率为8.65 %。