普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

八个品种金鱼及野生鲫线粒体控制区遗传差异和亲缘关系的研究

采用PCR技术扩增了红草金鱼(RC),红文鱼(RF),红顶白高头(WR),白珍珠(WP),红狮头(RT),红龙睛蝶尾(MB),墨龙睛(BM),红水泡(RB)八个品种金鱼和野生鲫(WC)线粒体DNA的D-Loop区部分序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对后获得长度为699 bp的核苷酸序列,在129个样本中共检测到了17个单倍型,9个品种共享1种单倍型,5个品种的金鱼(BM,MB,WR,RF,RC)检测到各自独有的单倍型。遗传距离和聚类分析结果显示6个品种金鱼(WP,BM,MB,RT,WR,RB)首先聚在一起,然后依次与红文鱼(RF)、红草金鱼(RC)、野生鲫(WC)聚在一起。金鱼首先演化为草系金鱼,草系金鱼在演变为文系中较为古老的品种之后,经过进一步的变异,分化出金鱼其他各个品种。     

八个品种金鱼及野生鲫线粒体控制区遗传差异和亲缘关系的研究

采用PCR技术扩增了红草金鱼(RC),红文鱼(RF),红顶白高头(WR),白珍珠(WP),红狮头(RT),红龙睛蝶尾(MB),墨龙睛(BM),红水泡(RB)八个品种金鱼和野生鲫(WC)线粒体DNA的D-Loop区部分序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对后获得长度为699 bp的核苷酸序列,在129个样本中共检测到了17个单倍型,9个品种共享1种单倍型,5个品种的金鱼(BM,MB,WR,RF,RC)检测到各自独有的单倍型。遗传距离和聚类分析结果显示6个品种金鱼(WP,BM,MB,RT,WR,RB)首先聚在一起,然后依次与红文鱼(RF)、红草金鱼(RC)、野生鲫(WC)聚在一起。金鱼首先演化为草系金鱼,草系金鱼在演变为文系中较为古老的品种之后,经过进一步的变异,分化出金鱼其他各个品种。     

贵州2种地方鲫鱼群体rDNA ITS-1序列分析

为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明:24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296~297bp、300~301bp和337~339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基插入和1个碱基缺失,其GC含量(70.8%)明显高于AT含量(29.2%)。14尾普安鲫ITS-1序列长度仅有1种为337~339bp,共检测到18个多态位点,存在1个碱基缺失和1个碱基插入,其GC含量为71.2%,远远高于AT含量(28.8%)。所有序列共产生11种单倍型,单倍型的平均遗传距离(P)以及平均核苷酸差异系数(K)草海鲫低于普安鲫;Tajima’s D和Fu and Li’s D中性检验表明,草海鲫未经历种群扩张,而普安鲫可能经历种群扩张。普安鲫遗传多样性较草海鲫丰富。     

浙江沿海斑尾刺虾虎鱼的DNA条形码

刺虾虎鱼是西太平洋沿岸的本地物种,常栖息于河口咸淡水交汇处。为了准确了解浙江沿海刺虾虎鱼的物种多样性,本文采用线粒体细胞色素C亚基I （COI） DNA序列对浙江沿岸的刺虾虎鱼进行条形码研究。从获得的30个个体615 bp 的COI DNA序列中,检测出10个多态性核苷酸位点;单倍型多样性指数（Hd）为0.69;核苷酸多样性指数（π）为0.0033;根据Kimura双参数模型计算的遗传距离得知,刺虾虎鱼种内的遗传距离为0.002～0.013（平均值0.007）,刺虾虎鱼属内种间遗传距离为0.158～0.217（平均值0.186）,属内种间的距离显著大于种内的距离（约27倍）。条形码结果显示,浙江沿海30个刺虾虎鱼样本共有7个单倍型（在GenBank登录号：KF642947-KF642953）,都属于斑尾刺虾虎,它们与斑尾复虾虎和矛尾刺虾虎共同形成一个亲缘关系很近的单系群。     

中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析

少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。     

中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析

少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。     

基于叶绿体DNA序列atpI-rsp2和psbC-trnS的山药种质资源遗传多样性分析

【目的】基于叶绿体DNA（cpDNA）序列atpI-rsp2和psbC-trnS分析山药种质资源的遗传多样性,为山药种质资源鉴定、创新利用及新品种选育提供理论依据。【方法】以来自14个省（区）的64份山药种质为材料,对其atpI-rsp2和psbC-trnS序列进行多态性扩增并测序,经拼接、比对后,利用MEGA 7.0计算种质间的遗传距离并构建系统发育进化树,并利用DNAsp 5.0分析核苷酸多态性,采用NET Framework 4.6.1绘制单倍型间的中介邻接网络结构。【结果】atpIrsp2和psbC-trnS序列合并序列长度为1938 bp,共有117个插入/缺失位点（I_S）和14个变异位点（V_s）,转换率（S_i） 为49.1%,总体转换/颠换偏倚率（R）为0.928,共产生30种单倍型,其中有21种为独享单倍型,9种为共享单倍型,单倍型多样性（H_d）和核苷酸多样性（π）分别为0.9206和0.00139。atpI-rsp2序列和psbC-trnS序列及合并序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和F*均为负值,其差异均未达显著水平（P>0.10）,说明这2个序列在进化上符合中性进化模式。64份山药种质的遗传距离为0~0.003865,平均遗传距离均为0.001400。中介邻接网络结构分析结果显示,30种单倍型可分为3类,其中,H5为较原始单倍型。【结论】64份山药种质资源的遗传距离较近,遗传背景相似,可能是由于长期地区间引种导致,与地理距离不完全相关。atpI-rsp2和psbC-trnS序列可用于山药物种鉴定和系统进化分析等研究领域。     

基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性

以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究4个刀鲚群体(长江口刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚、鄱阳湖湖区刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚幼鱼)及鄱阳湖短颌鲚群体的遗传多样性。结果显示:刀鲚的D-loop序列长1 212~1 293 bp,短颌鲚的序列长1 210~1 252 bp;在5个群体的55尾个体中,共检测到变异位点72个,其中单一多态位点50个,简约信息位点22个;共检测到45个不同的单倍型,单倍型多态性为0.989,核苷酸多样性为0.009 1,平均核苷酸差异数(K)为10.079。5个群体的遗传多样性丰富程度排序为鄱阳湖刀鲚幼鱼鄱阳湖湖口刀鲚鄱阳湖短颌鲚鄱阳湖刀鲚长江口刀鲚;不同单倍型间的遗传距离为0.014~0.728,平均遗传距离为0.188。此外,系统发育树也表明,刀鲚、短颌鲚共同构成1个单系群,为2种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(F_ST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(F_ST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.     

一龄金鱼性成熟及生殖力研究

通过繁殖实践和组织学切片,研究了一龄金鱼的性成熟及生殖力情况。结果表明,繁殖季节的一龄金鱼性腺已发育成熟,雌性个体中卵巢已发育到了第Ⅳ期,主要由Ⅳ时相卵母细胞组成,雄性个体精巢已发育到第Ⅴ期,精细小管中已布满成熟的精子;在自然和人工环境下,一龄金鱼能自行产卵受精并产生存活后代,证明一龄金鱼能够达到性成熟,在此2种条件下并都能够自行繁殖后代。另外,对金鱼产生的单倍体卵子的质量和直径分别与红鲫产生的单倍体卵子及四倍体鲫鲤产生的二倍体卵子的质量和直径进行比较,结果表明,卵子的质量及直径与卵子的倍性存在正向相关关系。     

芙蓉鲫（芙蓉鲤♀×红鲫♂）及其原始亲本间的遗传关系

利用RAPD和微卫星标记技术,对芙蓉鲫及其原始亲本（红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤）5个群体的遗传关系进行研究。利用20条随机引物进行RAPD分析,其中12条在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示：芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8757、0.7478、0.7419、0.7449,遗传距离分别为0.1327、0.2906、0.2985、0.2944。在进行微卫星标记分析时,所扩增的29对微卫星引物中共有13对在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示,芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8717、0.7434、0.6680、0.7552,遗传距离分别为0.1374、0.2965、0.4034、0.2808。两种分析结果均表明,芙蓉鲫的遗传结构更接近于父本红鲫,与外祖父兴国红鲤的遗传相似性比与外祖母散鳞镜鲤的遗传相似性要大,其遗传结构更偏向于具红色体征的原始亲本。     

运用RAPD技术鉴别建鲤雌核发育后代的研究

用紫外线灭活红鲫Carassius auratusvar. red精子,诱导建鲤Cyprinus carpiovar. jian进行人工雌核发育,共获得241尾雌核发育子一代鱼。经形态特征初步分类后,取10尾进行RAPD分析,以鉴别雌核发育鱼。用筛选的10种随机引物,均可扩增出建鲤和红鲫的特征条带。扩增结果发现:部分子一代仅出现建鲤特征条带,未发现红鲫特征条带,为雌核发育鱼;部分子一代既有建鲤特征条带,也出现红鲫特征条带,为鲤、鲫杂交鱼。本试验结果表明,采用RAPD技术可高效、准确地鉴别出异源精子诱导的雌核发育鱼。     

精子膜蛋白在异精雌核发育银鲫中的作用

通过对雄性银鲫的新鲜精液进行分级抽提得到精子的不同组份，包括精浆、精头的膜、鞭毛和脱膜精头等，在荷包红鲤和雌性银鲫杂交时加入其中的可溶性精头膜蛋白组分，研究精子膜蛋白在雌核发育银鲫异源受精中的作用。研究发现，加入同源精子膜蛋白后的雌核发育银鲫异源受精卵的孵化率比对照组低很多，并且在子代培育过程中，发现了生长速度快、表型和父本相似、基因型基本和父本基因型相同的特殊子代。在某种程度上表明：精子膜蛋白可能是雌核发育银鲫卵子进行雄核发育的关键因素。     

精子膜蛋白在异精雌核发育银鲫中的作用

通过对雄性银鲫的新鲜精液进行分级抽提得到精子的不同组份，包括精浆、精头的膜、鞭毛和脱膜精头等，在荷包红鲤和雌性银鲫杂交时加入其中的可溶性精头膜蛋白组分，研究精子膜蛋白在雌核发育银鲫异源受精中的作用。研究发现，加入同源精子膜蛋白后的雌核发育银鲫异源受精卵的孵化率比对照组低很多，并且在子代培育过程中，发现了生长速度快、表型和父本相似、基因型基本和父本基因型相同的特殊子代。在某种程度上表明：精子膜蛋白可能是雌核发育银鲫卵子进行雄核发育的关键因素。     

渤海黑牛和日本和牛mtDNAD-loop区遗传变异研究

研究渤海黑牛和日本和牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的遗传变异。采用DNA测序技术测定了这2个品种17个个体mtDNA D-loop区全序列,从Genbank下载了31头日本和牛、9头渤海黑牛、2头欧洲普通牛、2头瘤牛以及21个其他中外黄牛品种mtDNA D-loop区全序列,用lasergene和Mega 4.0.1软件对所得的渤海黑牛和日本和牛57个个体的序列进行了遗传多样性研究,并对渤海黑牛、日本和牛、欧洲普通牛和瘤牛的mtDNAD-loop区全序列进行了同源性分析。以水牛为外群,对23个中外黄牛品种的聚类分析显示它们聚为2类:欧洲型原牛和瘤牛型原牛。渤海黑牛含有这2类的遗传背景,受到过瘤牛血缘渐渗的影响。而日本和牛则来源于欧洲原牛。结论:渤海黑牛和日本和牛mtDNA D-loop区具有丰富的遗传多样性,二者的亲缘关系很近;渤海黑牛含有普通牛和瘤牛的血统、受到过瘤牛血缘渐渗的影响;日本和牛属普通牛类型,欧洲原牛、朝鲜牛和我国北方的部分牛种对于日本和牛的形成可能都起到丰富种群的作用。