红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列（1 091 bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接（NJ）法和非加权算术平均对数（UPGMA）法构建系统关系树.结果表明：①4种鱼（包括外类群）Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp), 对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析, 并以红鳍鲌为外类群, 用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树. 结果表明: ① 4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%, 变异位点184个, 具有简约性信息位点141个, 平均转换颠换比为7.4; ②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群, 其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

[鱼骨]属三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚／氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCyt b基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（1）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％,变异位点201个,转换颠换比为4．6;（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群,唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cyt b片段序列,并运用MEGA 3.1软件进行了序列分析,通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果表明:鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支,但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异;三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析

对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。     

柞蚕线粒体Cyt b基因片段的序列多态性分析

以22个柞蚕品种（品系）为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA（mtDNA）的细胞色素b基因（cytb）,测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明：供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cyt b基因的5’端相应序列（AY242996）,与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较。结果表明：青黄1号和青6号的同源性达99．8％,青黄1号和豫早l号的同源性达98．6％,青6号和柞早1号的同源性达98．8％。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在cytb基因水平上其核苷酸序列的组成却是高度一致。供试品种间的亲缘关系很近,同源性较高。     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定,得到581bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％,序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量,与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18．2％,黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较

利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.     

四种鱚属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种鱚属(Sillago)鱼类:斑鱚(Sillago aeolus)、亚洲鱚(S. asiatica)、多鳞鱚(S. sihama)和少鳞鱚(S. japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同鱚属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞鱚和亚洲鱚首先聚类、再与多鳞鱚和斑鱚相聚,斑鱚是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼细胞色素b（Cytb）基因序列片段分析

用酚／氯仿提取法提取了蓝鳃太阳鱼、绿色太阳鱼肌肉组织的总DNA，利用特异引物进行PCR扩增，得到1119bpCyt b基因片段，纯化后送上海生工测序。所得序列用Mega3．1软件分析，并结合GenBank中其余9种太阳鲈属鱼类Cytb基因序列用NJ法构建太阳鲈属鱼类系统发育树。结果表明：（1）蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼序列相似度为82．3％，变异位点198个，平均转换／颠换比为2．1；（2）蓝鳃太阳鱼与L．humilis亲缘关系较近，绿色太阳鱼与L．symmetricus亲缘关系较近，蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼遗传距离为0．206。     

中华鳖线粒体遗传变异的细胞色素b序列分析

测定并分析了长江水系14尾中华鳖(Pelodiscus sinensis)的线粒体细胞色素b基因1 140 bp序列,结合GenBank中下载的3个序列,发现了243个变异位点,61个简约信息位点:A+T含量(60.6%)明显高于G+C含量(39.4%);17个中华鳖序列中共存在10个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.882,核苷酸多态性(Pi)为0.01002.在分子系统树上,17个样本共形成3个谱系,其中长江中下游出现遗传距离为0.023的2个谱系,谱系A由7个单倍型(共14尾)组成,谱系C由2个单倍型(共2尾)组成.韩国1尾单独为谱系B,与A、C谱系之间的遗传距离分别为0.030、0.031推测3个谱系问分化时间约为5百万年,建议分别加以保护.长汀中下游不同地理来源的个体混杂分布,没有形成明显的地理聚群,不同群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异.中性检测Tajima's D和Fu's Fs均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈多峰型.表明中华鳖未经历过种群扩张.     

海鲢细胞色素b基因的序列分析

[目的]分析中国海鲢的分类地位。[方法]从浙江、海南和广东3个地区的4尾海鲢中提取DNA,测定其线粒体细胞色素b(Cytb)基因部分序列,结合GenBank中Elops hawaiensis、E.saurus和E.affinis的相关序列,采用Kimura 2-parameter模型计算各类群间的遗传距离,并以大海鲢为外类群,用邻接法构建系统发育树。[结果]海鲢Cytb 5′端646 bp同源序列中A+T的含量(51.9%)高于G+C含量(48.1%);变异位点有29个,其中单碱基变异位点24个,简约信息位点数为5;转换/颠换比>4.0。在分子系统树上,中国海鲢与E.hawaiensis以98%的自展置信值聚为一支,然后与E.saurus成姐妹群。中国海鲢与E.saurus和E.affinis遗传距离分别为0.013~0.015和0.034~0.035,处于3个已知种的种间水平,而与E.hawaiensis间遗传距离为0.000~0.004,比自身之间的遗传距离还要小。[结论]推测中国东南沿海的海鲢或为E.hawaiensis。     

2种裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定,得到的序列长度均为1140bp,但T,C,A,G含量有所不同。在青海湖裸鲤细胞色素b基因中它们的含量分别为355(31．1％),296(26％),305(26．8％)和184(16．1％),GC含量为42．1％,分子量为349693道尔顿(Dalton);在花斑裸鲤细胞色素b基因中,它们的含量分别为358(31.4％),294(25.8％),305(26．8％)和183(16．1％),GC含量为41．8％,分子量为349698道尔顿(Dalton)。     

江苏山羊品种细胞色素b基因(Cyt b)变异特点及其系统地位分析

测定了江苏山羊品种的细胞色素b基因全序列1 140 bp,并引用10个山羊品种(群体)细胞色素b基因全序列进行比较,分析碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异.以绵羊为外群,分别采用邻近法、最大简约法和最大似然法构建分子系统树,得到的拓扑结构一致,初步提示了江苏山羊品种的系统进化关系:长江三角洲白山羊和黄淮山羊的亲缘关系较近,可能来自同一个母系;它们与日本山羊可能在较早的世代具有共同的祖先.本研究结果也支持将东亚、南亚和东南亚固有山羊群体划分为"东亚"和"南亚"两大亲缘系统的观点.     

两种绒山羊线粒体细胞色素b序列分析与系统进化

[目的]研究产绒量居全国第一的中国特有种质资源-辽宁新品系绒山羊和产绒质量居全国第一的内蒙古阿尔巴斯绒山羊系统发生地位。[方法]通过PCR方法，对两种绒山羊16个个体的细胞色素b核苷酸同源区进行序列的测定，并进行比较分析。[结果]序列分析结果表明，序列全长为1140bp，定义了11种单倍型，单倍型比例为68．75％，说明辽宁新品系绒山羊和内蒙古阿尔巴斯绒山羊的遗传多态性比较丰富。利用分子钟，计算物种的分歧时间，绒山羊与山羊属其它山羊的分歧的时间大约是0．4万年，山羊属和岩羊属的分歧时间大约是3～6百万年，山羊属与绵羊属的分歧时间大约是4～7百万年。[结论]本试验成功地测定和分析两种绒山羊的细胞色素b序列，为研究绒山羊的分子进化和遗传特性奠定一定的基础。     

2种裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定,得到的序列长度均为1 140 bp,但T,C,A,G含量有所不同.在青海湖裸鲤细胞色素b基因中它们的含量分别为355(31.1%),296(26%),305(26.8%)和184(16.1%),GC含量为42.1%,分子量为349 693道尔顿(Dalton);在花斑裸鲤细胞色素b基因中,它们的含量分别为358(31.4%),294(25.8%),305(26.8%)和183 (16.1%),GC含量为41.8%,分子量为349 698道尔顿(Dalton).     

普通小球藻细胞包色素b559α亚基编码基因的克隆及序列分析

细胞色素b559是南α和β两个亚基组成的一种血红蛋白,是光系统Ⅱ的必需组分,可以保护光系统Ⅱ免受光抑制的危害.为了从分子水平深入了解细胞色素b559的功能,从普通小球藻(Chlorella vugaris)中克隆了编码细胞色素b559 α亚基的基因序列及其5’-侧翼序列.结果表明,DNA全长包括1个252 bp的开放读...     

中华倒刺鲃线粒体细胞色素b基因的遗传多样性分析

测定了长江支流贵定与干流合江和宜都3个群体57尾中华倒刺鲃细胞色素b基因5'端971 bp序列以分析其遗传多样性和种群结构.结果发现21个变异位点和13个简约信息位点,检测到14种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.7820和0.0025,表现出较低的遗传多样性.合江群体核苷酸多样性最高(0.0036),宜都其次,贵定最低.在NJ系统树上没有出现明显的谱系结构和地理聚群,AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(61.16％).宜都和合江群体间的Fst和Nm值分别为0.0974和4.6329,但贵定群体与合江和宜都群体间的Fst值分别为0.4549、0.4875,Nm值分别为0.5991、0.5256,表明长江干流2个地理群体间遗传分化程度低,可视为一个大的随机交配群体;而支流群体没有遗传变异,且与长江干流群体间出现高度分化,可能是由贵定特殊地理条件使基因交流受阻所致.中性检测表明,宜都群体在约为7.6万～3.0万年前的更新世晚期发生过种群的快速扩张.     

利用细胞色素b基因全序列分析研究大额牛的母系起源与分类地位

对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果推测大额牛可能是某种现已灭绝的野生牛的后代。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来血统的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。