甘肃境内鼢鼠Eospalax亚属分子系统发育研究

为了筛选评价甘肃境内鼢鼠凸颅亚属母性遗传多样性分子标记,研究该亚属的分子系统发育。测定了分布于甘肃11个不同地方31只属于鼢鼠中凸颅亚属的不同鼢鼠,其中包括:9只高原鼢鼠、9只甘肃鼢鼠、9只斯氏鼢鼠、4只秦岭鼢鼠的细胞色素b基因全序列1 140 bp。从GenBank获得包括平颅亚属在内的21个细胞色素b全序列总共52条全序列,用MEGA软件分别绘制出本研究的31条全序列和总共52条全序列的2个系统发育树。运用测定序列,结合相关软件分析31条细胞色素b基因全序列的变化特征;分析和探讨本试验的Eospalax亚属4个种的分类及系统发育。本研究为鼢鼠的系统发育提供了分子理论依据。     

从Cyt b基因全序列探讨鼢鼠属Eospalax亚属的分子系统发育

测定了24只鼢鼠,其中包括：9只高原鼢鼠（Myospalax baileyi）、6只甘肃鼢鼠（M.cansus）、6只斯氏鼢鼠（M．smith）、3只秦岭鼢鼠（M．rufescens）的细胞色素b基因全序列,分析了鼢鼠属凸颅鼢鼠亚属的遗传多态性。从GenBank获得19条细胞色素b基因全序列,用最大简约化法绘制出43条序列的系统发育树,分析个体间的系统演化关系。研究认为,秦岭鼢鼠和斯氏鼢鼠遗传关系最近,并且与甘肃鼢鼠、高原鼢鼠关系接近;前4种鼢鼠与罗氏鼢鼠,中华鼢鼠和东北鼢鼠依次疏远;草原鼢鼠最早的分歧出来。     

基于线粒体ND4基因的鼢鼠系统进化关系

为探讨甘肃境内鼢鼠的系统进化关系,采用PCR技术对采集的4种鼢鼠线粒体DNA ND4序列进行扩增,经序列测定后用Clustal X1.83对比,获得了17条长度为425~438 bp不等的同源序列。通过DAN SP4.0比较分析,共检出160个多态信息位点,定义了15种单倍型,单倍型多样度为(Hd):0.980±0.024。采用MEGA4.0中的NJ法、MP法构建的分子进化树表明:高原鼢鼠两群体聚在一起后再与斯氏鼢鼠聚在一起,处于较进化的位置,后与秦岭鼢鼠聚在一起形成一进化枝,再与甘肃鼢鼠群体聚在一起,甘肃鼢鼠最先分化出来,且单独成一进化枝。     

亚属分子系统发育研究

为了筛选评价甘肃境内鼢鼠凸颅亚属母性遗传多样性分子标记，研究该亚属的分子系统发育。测定了分布于甘肃１１个不同地方３１只属于鼢鼠中凸颅亚属的不同鼢鼠，其中包括：９只高原鼢鼠、９只甘肃鼢鼠、９只斯氏鼢鼠、４只秦岭鼢鼠的细胞色素ｂ基因全序列１１４０ｂｐ。从ＧｅｎＢａｎｋ获得包括平颅亚属在内的２１个细胞色素ｂ全序列总共５２条全序列，用ＭＥＧＡ 软件分别绘制出本研究的３１条全序列和总共５２条全序列的２个系统发育树。运用测定序列，结合相关软件分析３１条细胞色素ｂ基因全序列的变化特征；分析和探讨本试验的犈狅狊狆犪犾犪狓亚属４个种的分类及系统发育。本研究为鼢鼠的系统发育提供了分子理论依据。     

凸颅鼢鼠亚属5个种的主要形态性状变异及其聚类分析

对凸颅鼢鼠亚属的5种鼢鼠有代表性的12个性状变异及其规律加以分析,并对12个性状进行聚类分析。结果表明:(1)体重变异系数最大,达到32.37%,其次为眶间宽,变异系数为16.29%,颅基长的变异范围最小,变异系数仅7.56%;(2)在所测定的4个外部性状及8个头骨性状数据彼此之间都存在极显著正相关关系。(3)甘肃鼢鼠与其他4种鼢鼠关系较远,单独聚为一类,斯氏鼢鼠与罗氏鼢鼠亲缘关系最近。     

秦岭细鳞鲑物种有效性的探讨

采用PCR技术获得细鳞鲑秦岭亚种25尾个体的线粒体DNA控制区598bp的序列,从Gene Bank下载黑龙江流域的尖吻细鳞鲑与钝吻细鳞鲑的同源序列,以近缘物种哲罗鲑为外类群,构建了中国细鳞鲑属的分子系统发育树,并结合形态特征讨论了细鳞鲑秦岭亚种的有效性。遗传结构分析显示,秦岭亚种与黑龙江流域两种细鳞鲑之间以及后两种细鳞鲑之间的遗传距离分别为:0.0202,0.0207,0.0199,明显大于细鳞鲑属种内遗传距离:0.0023,0.0033,0.0091。以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建的系统发育树表明,秦岭地区的细鳞鲑单独构成一个单系群,而黑龙江流域的两种细鳞鲑构成一个大的支系。以上结论证明了秦岭细鳞鲑已经达到了亚种水平的分化,该研究的结果支持形态分类上秦岭亚种的分类地位。     

和田羊mtDNAD-loop区遗传多样性研究

为研究和田羊的遗传多样性,应用PCR扩增和测序技术,对民丰、于田、策勒、洛浦4个县和田羊群体的mtDNA D-loop序列进行了研究,并用DNAMAN软件对4个县和田羊进行了聚类分析。结果表明:民丰、于田两县和田羊mtDNA D-loop序列长度为1 184 bp,策勒、洛浦两县和田羊mtDNA D-loop序列长度为1 190 bp,4个县和田羊mtDNA D-loop均存在4个75 bp的重复序列;民丰县、于田县和田羊遗传距离较近,洛浦县、策勒县和田羊遗传距离较近,初步认为和田地区4个县和田羊可分为2类群体。     

绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列。序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046。结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树。结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B。     

绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列.序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046.结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树.结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B.     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

The validity of different zokor species and the genus Eospalax inferred from mitochondrial gene sequences

To help resolve the systematic position of Myospalacine (zokors) and to clarify the phylogenetic relationships among zokor species, complete mitochondrial 12S rRNA and cytochrome b gene sequences were determined for seven zokor species from China. Phylogenetic relationships among all extant zokors, except the Siberian zokor (Myospalax myospalax) and Smith's zokor (Eospalax smithi), were reconstructed with the Chinese bamboo rat (Rhizomys sinensis) as an outgroup. Our results support the generic status of Eospalax and also support the validity of the specific status of Eospalax cansus, Eospalax baileyi and Eospalax rufescens.     

黄鼬气味对高原鼢鼠行为的影响

捕食者气味是具有高度进化性的自然应激源,可提供与捕食者有关的大量信息,并会引起被捕食者广泛的反捕食行为.为分析高原鼢鼠(Eospalax baileyi)对捕食者黄鼬(Mustela sibirica)粪便气味的行为响应及反捕食权衡策略,通过非损伤活捕高原鼢鼠,在行为测试装置中,将其暴露于1 g黄鼬粪便30 min,以蒸馏水为对照,检测其对黄鼬粪便气味的行为响应特征.结果发现,黄鼬粪便的存在显著降低了雄性高原鼢鼠取食时间和食物摄入量以及雌性的食物摄入量(P<0.05),雌性高原鼢鼠的取食时间减少但未达显著水平(P>0.05);黄鼬粪便存在时,雄性和雌性高原鼢鼠的静止、直立、移动以及躲避行为均显著增加(P<0.05),但隐藏和探头行为的累积时间和频次无显著变化(P>0.05).黄鼬粪便气味显著影响了高原鼢鼠的食物摄入量,并引起反捕食行为的表达.     

黄鼬气味对高原鼢鼠行为的影响

捕食者气味是具有高度进化性的自然应激源,可提供与捕食者有关的大量信息,并会引起被捕食者广泛的反捕食行为.为分析高原鼢鼠(Eospalax baileyi)对捕食者黄鼬(Mustela sibirica)粪便气味的行为响应及反捕食权衡策略,通过非损伤活捕高原鼢鼠,在行为测试装置中,将其暴露于1 g黄鼬粪便30 min,以...     

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体nad5和rrnS基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位5基因（nad5）部分序列（pnad5）和核糖体小亚基基因（rrnS）部分序列（prrnS）的遗传变异情况,并用pnad5和prrnS序列重构猬迭宫绦虫与其他绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pnad5和prrnS,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pnad5和prrnS序列与预期（片段的）长度一致,分别为531bp和328bp。种系发育树表明,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。结果表明,由于猬迭宫绦虫pnad5和prrnS序列种内相对保守,种间差异较大,均可作为种间遗传变异研究的标记。     

凌云牛心李DNA条形码筛选及其亲缘关系分析

本研究通过对9份凌云牛心李进行ITS、matK及rbcL序列PCR扩增和序列比对分析,旨在筛选适合于凌云牛心李开展遗传多样性研究的DNA条形码。通过序列比对分析,9份李种质ITS序列长度在713 bp~717 bp之间,G+C含量59.33%~60.95%之间,存在27个变异位点;matK序列长度为935 bp~937 bp之间,G+C含量33.33%~33.55%之间,存在5个变异位点;rbcL序列长度为743 bp,G+C含量42.20%~43.07%,存在3个变异位点。相对于matK及rbcL序列,ITS序列进化速率较快,存在更为丰富的遗传变异位点,更适宜用来开展凌云牛心李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列构建了9份凌云牛心李、22份其他地区李种质以及5份杏、5份梅种质的NJ系统进化树,凌云牛心李与其他李种质亲缘关系较近,其中N2、N3、N8和N9中国宁波的茄皮李和日本的大石早生李聚为一个类群,而N1、N4、N5、N6和N7与中国嘉兴的槜李、中国山东的玉皇李、中国贵州的九阡李聚为一个分支,表明凌云牛心李作为地方优质李品种,在长期种植过程中种内产生了较丰富的遗传变异。     

Genetic characterization of Indian peste des petits ruminants virus (PPRV) by sequencing and phylogenetic analysis of fusion protein and nucleoprotein gene segments

Peste des petits ruminants (PPR) is an important viral disease of sheep and goats, endemic in India. The study was undertaken to characterize the local PPRV by sequencing fusion (F) protein and nucleoprotein (N) gene segments and phylogenetic analysis, so as to focus on genetic variation in the field viruses. Selected regions of PPRV genome were amplified from clinical samples collected from 32 sheep and goats by RT-PCR and the resulting amplicons were sequenced for phylogenetic analysis. The phylogenetic tree based on the 322bp F gene sequences of PPRV from five different locations clustered them into lineage 4 along with other Asian isolates. While the 425bp N gene sequences revealed a different pattern of branching, yielding three distinct clusters for Nigerian, Turkey and Indian isolates. Thus, classification of PPRV into lineages based on the N gene sequences appeared to yield better picture of molecular epidemiology for PPRV.