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以黄瓜为试材,根据基因响应铜(Cu)的表达模式及保守性,采用基因克隆和生物信息学方法,对筛选获得的黄瓜凝集素受体激酶基因(CsLecRK)进行克隆及生物信息学分析,并对该基因在Cu胁迫条件的表达模式进行分析,以期探索黄瓜耐铜(Cu)的分子机制。结果表明:该基因cDNA全长为2 121 bp,编码706个氨基酸;理论分子量为78.36kDa,等电点为7.76。NCBI Blastp分析与进化树分析均表明,CsLecRK编码的蛋白与甜瓜的LecRK序列同源性最高(95%),进化距离最近。qRT-PCR分析表明,CsLecRK在Cu胁迫条件下表达明显下调。 相似文献
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黄瓜促分裂原活化蛋白激酶基因的生物信息学分析及原核表达 总被引:2,自引:0,他引:2
利用RT-PCR技术结合RACE技术,从NO3-胁迫下的黄瓜根中克隆出促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)基因的同源序列,命名为CsNMAPK,GenBank注册号为DQ812086。生物信息学分析表明,该基因全长1 636 bp,开放阅读框(ORF)1 113 bp,编码370个氨基酸。亚细胞定位预测其编码蛋白可能定位于细胞质;跨膜结构分析表明该基因有一个强的跨膜螺旋结构;PlantCare分析结果显示该基因序列具有脱落酸诱导、茉莉酸诱导、赤霉素诱导、水杨酸诱导、伤害诱导等顺式作用元件。成功构建原核表达载体,并转化E.coli BL21(DE3),SDS-PAGE检测结果显示表达了一个约46 kD的蛋白。为进一步揭示黄瓜MAPK基因在NO3-胁迫中的作用奠定基础。 相似文献
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采用RT-PCR结合RACE技术,扩增得到全长为2265bp的莲藕"美人红"品种的GBSS基因的cDNA序列(GenBank登录号EU938541),其中开放阅读框(ORF)长为1848bp,共编码615个氨基酸。用DNAman软件比对,莲藕GBSS基因cDNA与金鱼草(AJ006293)、马铃薯(EU403426)、大豆(EF153101)、水稻(EU735072)Wx基因cDNA序列的同源性分别达61.2%、59.6%、64.2%、50.6%。对该基因编码的氨基酸序列进行Blastp分析发现,该序列与金鱼草的序列同源性最高,达到77%,与马铃薯、甘薯的同源性达到75%,与豆科植物的同源性在70%~75%,与禾本科植物的同源性在65%~70%。 相似文献
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《果树学报》2020,(9)
【目的】褐变过程与多酚氧化酶(Polyphenol oxidases,PPO)密切相关,通过板栗PPO基因家族鉴定及生物信息学分析,为深入阐明PPO蛋白质的功能提供依据。【方法】从最新发布的板栗基因组数据库中鉴定到3个PPO基因:CmPPO1(BUA.CMHBY222345)、CmPPO2(BUA.CMHBY216654)、CmPPO3(BUA.CMHBY216989),并利用生物信息学方法,对其序列和基因编码蛋白的理化性质、结构功能等进行预测。【结果】(1)3个基因的CDS全长分别是1 794、1 809和1 809 bp,分别编码氨基酸序列597、602和602 aa,属于亲水酸性蛋白质,不存在跨膜区,为非分泌蛋白。(2)CmPPOs蛋白酶的二级结构无规则卷曲比例最高,三级空间结构模型分析与蔷薇科苹果酪氨酸酶结构(MdPPO1)序列同源性超过70%。(3)对苹果、马铃薯和板栗3个易褐变物种的23个PPO基因编码蛋白进行多序列比对和保守结构域分析,明确板栗PPO和蔷薇科苹果有较高同源性。(4)对不同品种板栗仁中的PPO基因进行表达分析,只检测到CmPPO1,且表达量与酶活性相关性不显著,表明板栗仁中PPO活性不能直接影响褐变程度,不同品种褐变程度与PPO表达量呈显著相关。【结论】板栗PPO基因家族3个成员中,不同品种CmPPO1表达量与果实受热褐变程度呈显著相关。本研究为板栗抗褐变育种提供了新的基因资源,但鉴于PPO存在同工酶,表达调控机制比较复杂,特异表达和时空差异性有待进一步研究。 相似文献
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以延边"苹果梨"果实为试材,采用同源克隆的试验方法,研究了果实着色过程的转录基因PyMYB114,并对其进行生物信息学分析。结果表明:PyMYB114的cDNA全长为744bp,其包含1个完整的编码201个氨基酸的ORF,其编码蛋白的分子量约为23.48kDa,理论等电点(pI)为9.57。同源性分析表明,PyMYB114基因与白梨的MYB114基因核酸序列的相似性高达99%。系统进化树表明,PyMYB114编码的氨基酸和白梨的MYB114编码的氨基酸在进化上亲缘关系最近。 相似文献