优质鸡GH基因SNPs与饲料转化率的关联分析

采用PCR-RFLP技术对优质鸡生长激素(cGH)基因5′调控区和第4内含子进行多态性检测,并分析其多态对饲料转化率(FCR)的遗传效应,为优质鸡分子标记辅助选择提供参考。结果表明:2个SNP分别在5′调控区和第4内含子发生C-121T和G+3037T突变;C-121T位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),G+3037T位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),表现为中度多态;关联分析表明,在C-121T位点中,TT基因型个体的FCR显著低于CC基因型个体(P<0.05);在G+3037T位点中,GG基因型个体的FCR显著低于CC基因型个体(P<0.05)。研究结果揭示,C-121T和G+3037T位点对饲料转化率可能有显著性的遗传效应,可作为优质鸡的分子育种标记。     

秦川牛及其杂种牛UCP3基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对秦川牛(QQ)及其杂种牛西秦(XQ)、安秦(AQ)、德秦(DQ)4个群体共计229头个体UCP3基因进行SNPs多态性检测,发现了AA、AB、AC、AD 4种基因型.测序结果表明,AA基因型为纯合型;AB摹因型在第820位发生C→T突变;AC基因型在第775位发生G→A突变;AD基因型在951位发生G→T突变.方差分析结果表明,4个群体中AA基因型个体在宰前活体质量、胴体质量、胴体长、眼肌面积、系水力、大理石花纹中显著高于AB、AC、AD基因型个体(P<0.05);AB基因型个体的背膘厚显著高于AA、AC、AD基因型个体(P<0.05).初步推断,AA基因型为优势基因型,A为优势等位基因,对选择有正向效应.     

MyoG和c-fos基因多态性及其合并基因型与猪肌纤维性状的关联分析

旨在对MyoG和c-fos基因多态性及其合并基因型与猪肌纤维性状的关联性进行分析。本研究以大白猪(180头)和北京黑猪(170头)2个品种共350头猪作为试验动物,利用冰冻切片、H-E及SDH染色等技术对其进行了肌纤维性状的测定,采用PCR-SSCP技术对肌纤维性状候选基因MyoG与c-fos的外显子进行了SNPs检测,并对不同标记基因型与部分肉质性状和肌纤维性状进行关联分析。结果表明:(1)在MyoG基因外显子1上发现1个多态位点(A2512G),检测到3种基因型(AA、AB、BB);在c-fos基因外显子4上发现2个多态位点(G2650A与A2910G),并分别检测到3种基因型(AA、AB、BB);(2)对A2512G和G2650A2个位点进行分析表明,在2个猪种中,提高A2512G座位上等位基因A的频率可减小肌纤维面积与直径,增加肌纤维密度;提高G2650A位点等位基因B的频率可增加肌纤维密度与红肌纤维比例;而A2910G位点的等位基因A和B则分别具有增加肌纤维面积与肌纤维密度的效应;(3)在北京黑猪,有利合并基因型和不利合并基因型个体的各性状(背膘厚除外)间差异均达到了显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01);在大白猪,有利合并基因型和不利合并基因型个体间肌纤维直径、密度、面积、红肌纤维比例、白肌纤维比例和眼肌面积间均达到了显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。以上结果提示,MyoG和c-fos基因单核苷酸多态性及合并基因型对猪肌纤维性状有一定的影响,可以作为影响猪肌纤维性状的候选基因。     

延边黄牛TG基因多态性与胴体和肉质性状相关性分析

选取105头延边黄牛为研究对象,利用克隆测序的方法寻找延边黄牛甲状腺球蛋白(thyroglobulin,TG)基因多态性,采用PCR-RLFP方法进行多态性检测,并与胴体和肉质性状进行了关联分析。结果表明,在TG基因第48外显子上发现C218T和A430G2个突变位点,其中C218T位点的不同基因型与大理石花纹存在显著相关,CC基因型个体大理石花纹等级显著高于CT型个体(P<0.05)。A430G位点的不同基因型与宰前活重和眼肌面积存在显著相关,GG基因型个体的宰前活重和眼肌面积显著高于AA型和AG型个体(P<0.05)。其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。因此,C218T和A430G位点可能是影响延边黄牛胴体和肉质性状的分子标记。     

北京黑猪PPARD基因G32E多态位点与脂肪沉积相关性状的关联分析

试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。     

ASB12和Titin基因SNP位点对延边黄牛肉质性状的组合效应分析

分析细胞因子信号转导相关(ASB12)基因和肌联蛋白(Titin)基因的SNP位点对延边黄牛肉的脂肪酸和肌内脂肪含量的组合效应。选取104头同等饲养条件下延边黄牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术对ASB12基因C1042T位点和Titin基因G70553T位点进行单位点和多位点组合效应分析。结果表明:ASB12基因C1042T位点不同基因型个体的肉豆蔻酸、棕榈油酸和肌内脂肪含量差异显著(P0.05);组合效应分析结果表明,AAGG型个体的棕榈酸、棕榈油酸和油酸含量显著低于BBTG型个体(P0.05),AAGG型个体肌内脂肪含量极显著低于BBTG型个体(P0.01),显著低于ABTG型个体(P0.05)。结果提示,ASB12基因和Titin基因对延边黄牛肉质性状有显著影响,可通过人工选择降低基因型AAGG个体以改善延边黄牛肉质。     

北京鸭FABP2基因多态性与体尺和屠体性状的相关性研究

本研究以12个全同胞家系共224只G2代北京鸭资源群体为试验材料,分别利用DNA序列测定和PCR-RFLP方法检测G1和G2代个体基因型。结果在北京鸭小肠脂肪酸结合蛋白(FABP2)基因中共发现4处单核苷酸多态性(SNPs),外显子3中1处SNP(92bp)可导致氨基酸的改变(Gly→Ser),G2代中该SNP产生3种基因型:AA、AB和BB,其频率分别为0.103、0.629和0.268,群体中A基因频率为0.417,B基因频率为0.583。最小二乘分析表明,BB基因型个体的体斜长、胫围和颈长显著高于AB基因型;BB基因型个体胫蹼重、肌胃重和翅重显著高于AA基因型和AB基因型;BB基因型个体头重显著高于AA基因型(P<0.05)。综上所述,FABP2基因外显子3中(92bp)的SNP与北京鸭的部分体尺和屠体性状显著相关,可作为北京鸭体尺和屠体性状标记辅助选择的分子标记。     

狼山鸡NLRC5基因启动子区SNP及其在先天免疫中的效应分析

旨在通过检测狼山鸡NLRC5基因启动子区单核苷酸多态位点,确定不同基因型的遗传效应,并经过后代分离群体验证,以期筛选与先天免疫性状相关的遗传标记。本研究采用MALDI-TOF-MS技术对狼山鸡群体NLRC5基因启动子区SNPs位点进行扫描;同时测定部分免疫性状,分析不同基因型个体免疫性状的差异。结果发现,在g.628981处存在A/G突变,共AA、AG和GG 3种基因型,狼山鸡不同基因型免疫指标间存在显著差异,AA基因型个体的H/L值显著低于GG基因型个体,而胸腺指数、脾脏指数、淋巴细胞转化率和IgG含量均显著高于GG基因型个体(P0.05);在F2代AA和GG两个分离群体中同样发现AA型个体各项性状值均优于GG型个体。结合NLRC5基因在胸腺与脾组织中转录水平的差异,表明AA基因型个体表现出较好的先天免疫性能,NLRC5基因g.628981(A/G)位点可作为先天免疫性状有效的遗传标记。     

NPY和PRL基因SNP位点对如皋黄鸡产蛋性能的组合效应研究

本研究旨在分析鸡神经肽Y(NPY)和催乳素(PRL)基因的SNP位点对产蛋性能的组合效应。实验采用飞行质谱技术对如皋黄鸡NPY基因内含子2的A+1259G(P7位点)突变和PRL基因内含子1的C+79T(P8位点)突变进行单基因和多基因组合效应分析。结果表明:P7位点GG基因型是多态位点上开产日龄和40周龄总产蛋数的优势基因型,5个测定的产蛋性状在P8位点3种基因型间差异均不显著;在9个组合中,GGTT和GGCT组合基因型为优势组合基因型,其中GGCT型个体的开产日龄和开产体重比组合前P7位点GG基因型和P8位点CT基因型个体的均值分别减少了3.7 d、52.6 g,组合效应显著(P0.05),40周龄总产蛋数比组合前增加了9.9枚(P0.05);2个位点间不存在显著的互作效应(P0.05)。     

中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因多态性及与乳品质性状关系的分析

为了研究中国荷斯坦奶牛丝氨酸蛋白酶抑制剂E2(serpin peptidase inhibitor, clade E, member 2,SERPINE2)基因的多态性及与乳品质性状的关系,试验采用PCR扩增及DNA测序的方法检测了128头中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因的多态性,分析了单核苷酸多态性(SNPs)位点的连锁不平衡情况,探讨了各基因型、单倍型与乳品质性状的关系。结果表明：中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因的外显子2和内含子2上共存在4个SNPs位点,分别为E2-203 G>A、I2-166 A>G、I2-170 T>C、I2-377 G>A,这4个SNPs位点的基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均在0.25～0.50之间,处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05)。E2-203 G>A位点AA基因型个体305 d校正产奶量显著高于GG、GA基因型(P<0.05);I2-166 A>G位点AA基因型个体乳糖含量显著高于GA基因型(P<0.05),GG基因型个体305 d校正产奶量显著高于GA基因型(P<0.05...     

CXCR2基因多态性与奶牛体细胞评分的关联性

利用基因测序技术对CXCR2基因进行了多态性筛查,结果发现存在+612A→G、+684G→A、+777G→C、+855G→A、+858C→A和+861G→A等6个突变位点,其中+855为新发现的SNP。6个位点都处于连锁不平衡状态,+684与+861位点之间和+777与+858之间的相关程度高(r2分别为0.635和0.541)。基因效应模型分析表明:+855和+861位点不同基因型对奶牛体细胞评分的影响没有显著性差异(P0.05)。+612位点不同基因型对体细胞评分的影响具有显著性差异(P0.05),AA基因型个体的体细胞评分最低为4.19,乳房炎抗性最强。+777位点不同基因型对体细胞评分的影响差异性显著(P0.05),GG基因型个体体细胞评分最低为4.17,对乳房炎的抗性较强,说明该基因+612和+777SNPs可作为奶牛乳房炎抗性分子标记位点。     

杜寒绵羊多胎性能候选基因BMPR-1B和BMP15的研究

为了从分子水平探讨杜寒绵羊的多胎机制,本试验在山西省某养殖场采集了87只经产杜寒母绵羊的耳组织,选取骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)和骨形态发生蛋白受体1B(bone morphogenetic protein receptor 1B,BMPR-1B)为候选基因,采用PCR-SSCP、PCR-RFLP法,结合母羊产羔数与所产羊羔初生重,分析其与杜寒绵羊多胎性能的相关性。结果显示,杜寒绵羊的BMPR-1B基因在第746位碱基处发生了A→G突变,检测到3种基因型:AA、AG和GG,A等位基因频率(0.5230)略高于G等位基因(0.4770),A为优势等位基因;AG基因型频率(0.5172)高于GG(0.2184)和AA(0.2644)基因型,AG为优势基因型。χ2适合性检验显示该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;BMPR-1B基因第864位碱基未发生突变。杜寒绵羊的BMP15基因不存在V31D和S300G位点突变。在该群体中,BMPR-1B基因A746G位点GG、AG基因型个体的产羔数极显著高于AA基因型个体(P0.01),羔羊初生重在3种基因型间差异不显著(P0.05)。综上所述,BMPR-1B基因是影响杜寒绵羊繁殖性能的一个主效基因,可以作为分子标记对杜寒绵羊进行辅助育种,初步排除BMP15基因突变对杜寒绵羊多胎性能影响的可能性。     

鸡胰岛素样生长因子1受体基因G26336A、C111014A多态位点的检测及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用DNA池测序和PCR-SSCP技术,对鸡IGF1R基因的G26336A、C111014A位点进行多态性检测,并与鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明,G26336A位点AA基因型个体56日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在84日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05)。C111014A位点CC、CD基因型个体初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体在300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步表明,IGF1R基因可能是影响鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

阿勒泰羊Fsp27基因5'UTR区g.16767667位点G>A突变与其尾脂沉积能力关联性分析

Fsp27基因在动物脂肪代谢过程中发挥着重要的调控作用。为了研究Fsp27基因5'UTR区g.16767667位点G>A突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性,以尾脂沉积能力极强的脂尾(臀)型绵羊品种阿勒泰羊(Ovis aries)为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术研究了该SNP位点不同基因型在阿勒泰羊群体中的分布,并通过比较不同基因型个体尾形数据的差异,评估其与阿勒泰羊尾脂沉积能力的关联性。结果表明,在阿勒泰羊群体中Fsp27基因5'UTR区g.16767667位点G>A突变可以检测到GG、AG和AA三种基因型,基因型频率分别47.2%、38.4%和14.4%;卡方检验结果表明该位点在阿勒泰羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。通过250只不同基因型阿勒泰羊尾形数据对比发现,GG和AG基因型个体脂尾(臀)的长、宽和厚3项数据均显著高于AA基因型个体(P<0.05),GG基因型个体亦略高于AG基因型个体,但差异不显著(P>0.05),推断G等位基因有利于阿勒泰羊尾脂沉积。     

SIRT1和SIRT2基因多态性及合并基因型与秦川牛肉用性状的关联分析

旨在探讨SIRT1和SIRT2基因的多态性与秦川牛肉用性状的关系,寻找与秦川牛肉用性状相关的分子标记。本研究利用DNA测序和PCR-PFLP方法检测秦川牛SIRT1和SIRT2基因的多态位点并对其进行基因分型,同时分析了单个多态位点不同基因型及合并基因型与秦川牛肉用性状的关联性。结果发现,在SIRT1基因3′侧翼区检测到两个多态位点(G25764A和A25846G),同样在SIRT2基因3′侧翼区也检测到两个突变位点(C19501T和C19518T)。关联性分析表明,在本试验所选取的505头秦川牛样本中,G25764A位点上AA基因型个体的眼肌面积极显著高于AB基因型(P0.01);A25846G位点上AA基因型个体的眼肌面积与AB和BB两组基因型分别存在显著性差异(P0.05)和极显著性差异(P0.01);C19501T位点的不同基因型对眼肌面积和肌间脂肪影响显著(P0.05),优良基因型为AA;C19518T的BB基因型个体背膘厚显著高于AA基因型(P0.05)。通过合并基因型发现,AB-BB-AA-BB的各个肉用性状表现最优(P0.01或P0.05)。以上结果提示,SIRT1和SIRT2基因单核苷酸多态性及合并基因型对秦川牛肉用性状有一定的影响,可以作为进行秦川牛肉用性状分子标记辅助选择的候选基因。     

A-FABP和AMPD1基因SNP位点对北京油鸡部分肉质性状的组合效应分析

本研究旨在分析鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)和腺苷一磷酸脱氨酶(AMPD1)基因的SNP位点对鸡肉肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量的组合效应.试验以北京油鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对A-FABP基因外显子1第51位碱基(P4位点)的C→T突变和AMPD1基因序列第129位(PB位点)的A→G突变进行单基因和多基因组合效应分析.结果表明,P4位点的突变纯合BB基因型和PB位点的突变纯合NN基因型分别是多态位点上IMF和IMP含量的优势基因型;组合效应分析结果表明,在9种组合中,BBNN和BBMN组合基因型个体的组合效应显著,其中BBMN基因型个体的IMF含量、腹脂率(AFP)和平均脂带宽(WFS)比组合前P4位点BB基因型和PB位点MN基因型个体的均值分别增加了7.80%、50.74%和4.92%,组合效应显著(P<0.05),IMP含量比组合前增加了2.53%;2个基因位点间不存在显著的互作效应(P>0.05).因此,可将BB与NN或MN基因型聚合,进行分子标记聚合育种,以辅助选择提高鸡肉IMP和IMF含量.     

大白猪和长白猪EPOR基因第4内含子多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以大白猪和长白猪为研究对象,以促红细胞生成素受体(erythropoietin receptor,EPOR)基因作为产仔性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法来检测EPOR基因第4内含子C\T突变多态性,研究此位点多态性与猪繁殖性状之间的关联性。结果发现,在长白猪和大白猪中存在AA、AB和BB共3种基因型,在2个群体中处于中度多态。利用SAS 8.0软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明,长白猪初产母猪BB基因型个体的WB显著高于AB、AA基因型个体(P<0.05);经产母猪BB基因型个体的TNB显著高于AB基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB均表现为正效应。大白猪初产母猪BB基因型个体的TNB、NBA和WB都高于AA型和AB型个体,但差异均不显著(P>0.05);经产母猪AB基因型个体的WB显著高于AA基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB都表现为正效应。     

长白猪雌激素受体和卵泡刺激素β基因多态性对繁殖性能的影响

本研究以84头长白猪为试验材料,采用PCR-RFLP方法检测雌激素受体(estrogen receptor,ESR)和卵泡刺激素β(follicle-stimulating hormone β,FSHβ)基因的多态性,并进一步分析这2个基因多态位点及其合并基因型对繁殖性能的影响。结果表明,ESR和FSHβ基因均存在AA、AB和BB 3种基因型,2基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态;单基因效应分析结果表明,ESR基因AB基因型个体部分繁殖性能指标显著高于AA基因型,AB基因型为ESR基因的有利基因型。初产母猪FSHβ基因中BB、AA、AB基因型个体的所有繁殖性能指标均呈递增趋势,而经产母猪中AA基因型个体的性能指标较高,但是差异不显著(P>0.05);ESR与FSHβ的合并效应分析结果表明,基因聚合效应并不是各个基因效应的简单相加,在繁殖性能已经稳定的第3胎次,AA-AB型个体的繁殖性能显著低于其他合并基因型个体,表明该基因型为不利的合并基因型,故在长白猪选种选育过程中应优先考虑被淘汰。     

MC4R和PROP1基因多态性及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联分析

为了探讨MC4R和PROPI基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记.本研究采用PCR-SSCP方法检测中国美利奴羊和德国美利奴羊MC4R和PROP1基因的多态性,分析了多态位点不同基因型及合并基因型与中国美利奴羊生长性状的关联性.结果表明:MC4R基因MC4R-3位点存在G894C突变,MC4R-4位点3′侧翼区存在A1223G、G1229A和T1307G 3个突变位点;PROP1基因在外显子3上存在A2660G突变,导致Thr181Ala改变.关联分析表明,在中国美利奴羊群体中,MC4R-4位点不同基因型个体体斜长和腰角宽差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROP1基因不同基因型个体尻宽和胸围差异显著(P＜o.05),优良基因型为BB; PROPl-MC4R-4优良基因型聚合体BB-BB个体体斜长高于其它合并基因型个体(P＜o.05).结果提示绵羊MC4R和PROP1基因单核苷酸多态性及合并基因型对中国美利奴羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因.     

猪IGF2基因多态性研究

该研究分析了猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的3 072位点在大白、长白、杜洛克3个品种中的多态性,并分析不同基因型与100 kg体重日龄和背膘厚的关系。结果表明,在3个品种中均存在A、G基因型,且A基因型为优势基因型。3个品种中A基因型个体背膘厚显著低于G基因型个体(P0.05),而不同基因型间100 kg体重日龄无显著差异。结果提示IGF2可作为脂肪沉积的候选基因应用于标记辅助选择。