中国明对虾快速生长选育群体的RAPD分析

运用RAPD技术分析了中国明对虾第3代、第4代和第5代人工选育群体各20个个体的遗传多样性。筛选的20个10bp的随机引物中,16个引物产生了稳定性好和可重复性强的谱带。共检测到103个位点,其片段长度在250～2000bp之间。3个群体的多态位点比例分别是37．86％、36．89％和33．01％,平均遗传多态度分别为0．189、0．208和0．163。群体间的遗传变异（Hsp Hpop／Hsp）平均为0．294。由此可见,70．6％的遗传变异来自于群体内,而29．4％的变异则是来自于群体间。     

漠斑牙鲆引进群体子一代遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对引进群体漠斑牙鲆Paralichthys lethostigma 子一代48个个体的遗传多样性进行了分析,筛选的40个10bp的随机引物中,25个引物产生了稳定性好,可重复性强的谱带。共检测到154个位点,其中多态位点有122个,多态位点的比例为79．22％,有效等位基因数为1．5629±0．3631,Nei＇s基因多样性指数为0．3184±0．1843,Shannon信息指数是0．4651±0．2574。结果表明,漠斑牙鲆处于较高的遗传多样性水平。     

网箱养殖大黄鱼遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳方法(PAGE)和RAPD技术对象山港网箱养殖大黄鱼群体遗传多样性进行检测。结果表明，所分析的12种同工酶共记录了27个基因座位，其中3个基因座位Est-2、Est-3和m-Adh-2为多态，其多态座位比例为11．111％，平均杂合度为0．0279。16个RAPD随机引物共检测出119个位点，其中多态位点20个(16.81％)，个体间的遗传相似系数为0．844～0．972，遗传变异度为0．0927，Shannon多样性指数为6．326，多样性值为0．0532。不论是同工酶电泳分析结果还是RAPD分析结果，均表明象山港网箱养殖大黄鱼遗传多样性水平较低。     

长吻遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2～9之间,片段大小在0.2～3.0kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是,洞庭湖个体间遗传相似性系数（S）0.8795～0.9833,遗传距离（D）0.0167～0.1205;原种场个体间S为0.8794～0.9892,D为0.0319～0.1108;比较2群体S为0.7983～0.9994,D为0.0167～0.3017;Nei遗传多样性指数（He）0.3269。结果表明,长吻群体内遗传多样性较为丰富。     

长吻鮠遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻鮠（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2~9之间,片段大小在0.2~3.0 kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是, 洞庭湖个体间遗传相似性系数(S)0.879 5~0.983 3,遗传距离(D)0.016 7~0.120 5;原种场个体间S为0.879 4~0.989 2,D为0.031 9 ~0.110 8;比较2群体S为0.798 3~0.999 4,D为0.016 7~0.301 7;Nei遗传多样性指数(He)0.326 9。结果表明,长吻鮠群体内遗传多样性较为丰富。     

长吻鮠遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术从30个随机引物中筛选出20个引物对洞庭湖区野生长吻鮠群体的遗传多样性进行研究,结果共检测出105个位点,其中54个(51.43%)呈多态;利用POPGEN软件获得野生长吻鮠群体10个个体间的遗传距离,个体间遗传距离(D)在0.1685~0.6425,个体间遗传相似系数(S)在0.3575~0.8315。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,洞庭湖区野生长吻鮠群体的遗传多样性较低。由于没有以前的遗传多样性分析资料,因此不能评判过度捕捞和自然环境的破坏等因素对长吻鮠遗传多样性的影响程度。     

微卫星技术对黄、渤海海域7个不同地理群体中国对虾的遗传结构和遗传分化研究

采用微卫星DNA技术对黄、渤海海域7个不同地理群体的中国对虾进行了遗传结构和遗传分化研究.7个地理群体分别来自辽东湾(LD)、渤海湾(BH)、海州湾 (HZ)、乳山湾 (RS)、海洋岛 (HYD)、朝鲜半岛西海岸(KW)以及朝鲜半岛南海岸(KS).7对多态性良好的微卫星引物共检测到109个等位基因,群体平均期望杂合度(He)范围为0.810～0.864.49个群体位点中,只有15个符合Hardy-Weinberg平衡.UPGMA聚类分析显示,各地理群体亲缘关系与地理位置关系密切.根据各地理群体间遗传距离及AMOVA遗传分化检验结果,可将中国对虾分为3个独立种群,分别为中国沿岸黄、渤海群体、朝鲜半岛西海岸群体及朝鲜半岛南海群体;其中中国沿岸黄、渤海群体内部也发生了一定程度的遗传分化,但是否达到种群水平还有待于进一步验证.     

3个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析

随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR技术基础上的检测DNA序列多态性和建立分子遗传标记的技术,Williams等[1]首次运用随机引物扩增寻找多态DNA片段作为分子遗传标记.Welsh等[2]也发现以寡核苷酸作为引物对基因组DNA进行扩增,产物的图谱表现出高度的变异性.因其具有操作简单、能够快速高效地提供许多个体或基因型许多位点的DNA序列多态性数据等优点,在生物的遗传多样性、群体遗传学、分类学及农牧业的遗传育种等研究中得到了广泛的应用.     

中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析

对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)100个样品的16S rRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序.用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5, 0.521 1, 0.573 7, 0.600 0, 0.721 1.对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著.对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异.对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远.实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体.     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

中国对虾连续两代的DNA随机扩增多态性及其遗传规律分析

为评估DNA随机扩增多态性标记在中国对虾遗传连锁图谱构建中的应用前景,利用中国对虾单对交配亲本及其子二代材料,对RAPD标记及其遗传规律进行了研究。22条RAPD随机引物扩增结果的统计分析表明,标记在中国对虾F2的遗传规律可归为不分离标记和分离标记:不分离标记,指在亲本和后代中均不分离的标记,占总位点的54.1%;分离标记占总位点的45.9%。其中,分离标记又包括符合孟德尔遗传分离的标记、偏离孟德尔遗传分离标记和异常分离标记。符合孟德尔分离的标记中,分离比例为3∶1的标记占分离标记的14.7%;总的1∶1标记占分离标记的64.7%;偏离孟德尔分离和异常分离的标记分别占分离标记的11.7%和8.9%。在这些分离的标记中,有76.5%的位点在"双假测交理论"的策略中适合构建中国对虾的遗传连锁图谱,这为以中国对虾F2为作图群体,并利用RAPD标记构建中国对虾遗传连锁图谱提供了理论支持。     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

Polymorphic analysis of microsatellite DNA in wild populations of Chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis)

Primers were designed for eight microsatellite loci from Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis. Microsatellites were used to characterize three wild populations from the China coast of the Yellow and Bohai Seas (HB), and the west coast (KX) and south coast of the Korean Peninsula (KN). A total of sixty‐one alleles were obtained, and the average observed heterozygosity ranged from 0.660 to 0.756. Six of the 24 population‐locus cases showed a significant departure from the Hardy–Weinberg equilibrium, three of them from population KN, two from KX and one from HB. The F_st values indicated that genetic variation was greater within populations than between populations. Analysis using unweighted pair group method with arithmetic mean showed that the relationship between populations HB and KX was closer than between KN and the other two populations. Polymorphic information contents of the eight microsatellites ranged from 0.598 to 0.918. These results indicated that all eight microsatellite loci would be useful for the analysis of genetic variation in Chinese shrimp (F. chinensis) populations.     

利用中国明对虾单对杂交亲本及其F↓（2）群体构建RAPD遗传连锁图谱

由中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)单对杂交亲本(G♀和G♂)及其F2为作图群体,构建了中国明对虾RAPD分子标记的遗传连锁图谱。109个引物共产生284个符合孟德尔分离规律的位点,符合1∶1孟德尔分离类型的位点共234个,符合3∶1孟德尔分离类型的位点50个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱。107个1∶1分离标记分布于雌虾连锁图谱中,包括31个连锁群,图谱总长度为1 406.1 cM,所有标记间的平均间隔为18.5 cM;91个1∶1分离标记分布于雄虾连锁图谱中,包括26个连锁群,图谱总长度为1 187.7 cM,所有标记间的平均间隔为18.27 cM;利用F2自交模型构建了雌虾和雄虾共同的分子标记,35个3∶1分离标记分布于雌雄共有的连锁图谱中,包括10个连锁群,图谱总长度为432.9 cM,所有标记间的平均间隔为17.3 cM。     

中国对虾微卫星DNA引物的设计及筛选

根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然．RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6～8个等位基因,等位基因的大小分布在142～364bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0．7577～0．8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星位点的这两值基本相符。有4个微卫星位点的PIC值较高,在0．7180～0．7709。因此,除RS0871位点以外的4个微卫星位点均可用于中国对虾种群遗传结构分析,这将为中国对虾品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。     

中国对虾近交两代的DNA随机扩增多态性及其遗传规律分析

为评估DNA随机扩增多态性标记在中国对虾遗传连锁图谱构建中的应用前景,利用中国对虾单对交配亲本及其子二代材料,对RAPD标记及其遗传规律进行了研究。22条RAPD随机引物扩增结果的统计分析表明,标记在中国对虾F2的遗传规律可归为不分离标记和分离标记：不分离标记,指在亲本和后代中均不分离的标记,占总位点的54.1%;分离标记占总位点的45.9%。其中,分离标记又包括符合孟德尔遗传分离的标记、偏离孟德尔遗传分离标记和异常分离标记。符合孟德尔分离的标记中,分离比例为3:1的标记占分离标记的14.7%;总的1:1标记占分离标记的64.7%;偏离孟德尔分离和异常分离的标记分别占分离标记的11.7%和8.9%。在这些分离的标记中,有76.5%的位点在“双假测交理论”的策略中适合构建中国对虾的遗传连锁图谱,这为以中国对虾F2为作图群体,并利用RAPD标记构建中国对虾遗传连锁图谱提供了理论支持。     

中国对虾家系水平遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对中国对虾的40个家系共200个样品进行了家系水平的遗传多样性分析。利用10对引物共产生307个表达清晰可用于分析的标记,其中189个标记表现为多态性,占总标记数的61.56%;中国对虾各个家系多态位点百分率在12.7%～34.2%之间;各个家系基因多样性指数在0.0494～0.122之间,Shannon指数的范围在0.0725～0.182之间(家系水平为0.1975)。对40个家系的AMOVA分析结果显示,家系间的基因分化系数Gst=0.4713,即总的遗传变异中有47.13%的变异存在于家系间,家系内的遗传变异占总遗传变异的52.87%。采用UPGMA法对中国对虾的40个家系进行了聚类分析,确定了各个家系之间的遗传亲缘关系;并且对200个个体进行了聚类分析。结果表明,90%同一家系的子代个体能完全聚类在一起。通过家系间的遗传分化系数Gst对中国对虾的40个家系间的基因流进行了估测,结果显示,Nm=0.5609,表明基因流处于较低水平。     

RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。