Study on Complete Mitochondrial Genome of Oula Sheep(Ovis aries)

Mitochondrial genome has been widely used in species identification and gene conservation.In the present study,the complete mitochondrial genome of Oula sheep(Ovis aries)was determined using next-generation sequencing.This genome was16 618 bp(NCBI accession number:KU575248)and contained 13 protein coding genes,22 transfer RNA genes,two ribosomal RNA genes,and a typical control region.The overall nucleotide composition was 33.7%A,27.4%T,25.8%C,and 13.1%G,with a total A+T content of 61.1%.The phylogenetic analysis of selected sheep breeds showed that Oula sheep were clustered within branch A and originated from approximately 6 ka.This mitochondrial genome will provide valuable information for molecular genetic research of Oula sheep.     

玻璃化冻存对羊软骨细胞的影响

对玻璃化冻存后羊Ovis aries软骨细胞的存活率和琥珀酸脱氢酶（SDH）活性进行了初步研究。结果表明：细胞存活率随着冻存时间的延长而逐渐下降,但下降速度不明显;SDH活性在玻璃化冻存1 ~ 20 d变化幅度较大,20 ~ 30 d下降趋势减弱,保持相对稳定。从各项指标来看,认为玻璃化溶液VSb组的冻存效果最好,在经过5,10, 15,20和30 d的冻存后,其存活率分别为85.47% ± 1.78%,80.73% ± 1.81%,78.62% ± 2.06%, 76.35% ± 2.58%和73.83% ± 1.49%,细胞SDH活性吸光度值分别为0.49 ± 0.064,0.444 ± 0.073,0.394 ± 0.039,0.354 ± 0.082和0.339 ± 0.053。该玻璃化冻存方法对长期冻存羊软骨细胞具有一定的实际应用意义。图4表2参17     

绵羊BMPR-IB基因密码子使用偏好和适应性进化分析

探讨BMPR-IB编码特点可为提高外源基因在受体物种中稳定、高效表达提供重要依据。本研究运用CHIPS、CUPS和CodonW分析绵羊BMPR-IB基因序列,与不同物种BMPR-IB、模式生物基因组及其他多胎主效基因比较,构建进化树后,利用PAML分析BMPR-IB对环境的适应性。结果表明:绵羊BMPR-IB基因与多胎性状相关的主效基因及除人类、倭黑猩猩和家犬外的不同物种CDS序列中大部分偏好使用G/C结尾密码子,对17种密码子具有偏好性,偏好性较强的密码子为GTG(2.02);绵羊多胎性状相关的BMP-15、GDF-9主效基因,对27种密码子具有偏好性,使用频率最高的为TGT(2.79)。密码子偏好性的聚类结果类似于进化结果,且不同物种的BMPR-IB基因中性选择的作用比例较高;绵羊与3种模式生物基因组密码子使用频率比较发现,小鼠基因组优于酵母和大肠杆菌。本研究结果为今后进一步开展绵羊新基因的发现、功能基因表达调控研究等提供了理论基础。     

欧拉羊胚肾细胞的分离培养和鉴定

[目的]分离培养并鉴定欧拉羊胚肾细胞,为该品种基因组文库构建和遗传多样性研究提供生物学材料。[方法]用胰蛋白酶热消化法分离并培养欧拉羊胚肾原代细胞,通过差速消化和差速贴壁法纯化成纤维细胞,扩大培养至第3代用液氮保存,细胞复苏后进行活力、形态、生长曲线、微生物污染检测和连续传代培养试验。[结果]欧拉羊胚肾细胞呈成纤维型,复苏活力90%以上,生长良好,生长曲线呈"S",最大增殖浓度为4.61×105/ml,倍增时间26 h;细菌、真菌、病毒、支原体检测呈阴性,连续传代培养在10代内生长正常。[结论]欧拉羊胚肾细胞分离培养成功,使这一重要种质资源在细胞水平上得以保存。     

野生盘羊与巴什拜羊第二代杂种羔羊生长发育规律的研究

对野生盘羊与巴什拜羊第二代杂种羔羊生长发育进行测定,通过对第二代杂种羔羊初生前的生长发育、哺乳期的生长发育测定,并且绘制了累积生长、绝对生长和相对生长曲线图.计算分析生长发育的速度、强度等指标,并与纯巴什拜羔羊比较.测定结果表明:第二代杂种羔羊在胚胎期四肢生长强度比躯体强,这一点继承了盘羊的遗传特性;从初生到断奶期间躯体的生长速度和强度较好,这方面继承了巴什拜羊早期生长发育快的遗传特征,但在体尺指标和外部特征上野生基因占优势,为今后巴什拜羊与野生盘羊杂交改良工作提供科学依据.     

基于绵羊胚胎骨骼肌蛋白质组学的PI3K-AKT信号通路分析

【目的】绵羊是重要的经济动物,其骨骼肌生长发育与产肉性能密切相关。胚胎期是绵羊骨骼肌生长发育的关键阶段,挖掘分析绵羊胚胎骨骼肌蛋白质组数据,为揭示绵羊肌肉发育重要时间节点、筛选绵羊胚胎骨骼肌生长发育调控蛋白质提供依据。【方法】本团队已对妊娠第85天、第105天和第135天的中国美利奴绵羊胚胎背最长肌进行串联质谱(tandem mass tag, TMT)蛋白质定量,鉴定到1316种差异丰度蛋白质。现利用GO、KEGG和R等方法对这些差异丰度蛋白质开展聚类、功能注释和通路分析等生物信息学分析。【结果】基于前期研究结果对差异丰度蛋白质进行R语言聚类,分析结果显示,cluster 5类蛋白在胚胎骨骼肌第105天具有较高丰度。对cluster 5 蛋白进行GO和KEGG富集分析发现,该类蛋白质参与胞内蛋白质代谢过程,显著富集于PI3K-AKT信号通路中,而在该信号通路中RAC-β丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶X1(AKT2)具有较高表达丰度。蛋白质生物信息学结果表明,AKT2蛋白由481个氨基酸构成,AKT2蛋白理论分子量为55.58kD,由66个带正电荷的氨基酸残基和72个带负电荷的氨基酸残基组成,理论等电点为6.08,亲水性平均系数-0.454,属于亲水性蛋白。预测AKT2蛋白的481个氨基酸全部位于膜外,属于膜受体蛋白。AKT2蛋白有12个N-端糖基化位点,71个磷酸化位点,与蛋白酶K相似度为99%,属于蛋白酶催化亚基家族。【结论】绵羊胚胎骨骼肌蛋白质组数据发现,第105天是绵羊胚胎骨骼肌纤维由增殖分化到增大增粗的转折点,具有调控绵羊胚胎骨骼肌纤维生长发育作用的PI3K-AKT信号通路在该节点显著富集,AKT2是调控该信号通路的重要候选蛋白。综上,本研究结果对揭示胚胎骨骼肌生长发育及其调控分子机制具有重要理论指导意义。     

欧拉型藏羊Callipyge基因多态性与生长性状相关性研究

利用PCR-SSCP方法,对215只欧拉型藏羊Callipyge基因序列的多态性进行了检测,并分析了AA和AB基因型与生长性状的相关性.结果表明:Callipyge基因存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.823 3、0.009 3和0.167 4;测序结果显示:基因多态的产生是在扩增序列的第176bp处发生了C→T的突变;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),遗传杂合度和多态信息含量分别为0.168 7和0.154 5.对生长性状(体重、胸围和胸深)的相关性分析表明:AA和AB 2个基因型个体之间生长性状的差异不显著,但AB型有大于AA型的趋势.     

夏季放牧补饲对欧拉型藏羊羔羊育肥效果的研究

[目的]为藏羊羔羊夏季的育肥提供参考。[方法]选用6月龄欧拉型藏羊羔羊90只分为放牧组(对照组)和放牧补饲组(试验组),在夏季牧草旺盛期进行补饲育肥,研究青藏高原夏季不同育肥方式对藏羊羔羊育肥性能和肉品质的影响。[结果]试验组羔羊的净增重和平均日增重显著高于对照组(P0.05)。试验组羔羊的宰前活重、胴体重、屠宰率、胴体净肉重和胴体净肉率均极显著高于对照组(P0.01),而试验组羔羊的骨重、肉骨比、花油重和板油重均显著高于对照组(P0.05)。试验组羔羊的肌肉内脂肪含量为3.43%,显著高于对照组(P0.05)。试验组欧拉型藏羊羔羊的肉色评分、大理石和熟肉率均显著高于对照组(P0.05)。试验组和对照组羔羊肉中异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸酪氨酸的含量均高于FAO/WHO的标准模式。[结论]通过夏季补饲可进一步提高欧拉型藏羊羔羊的育肥效果。     

五指山猪线粒体基因组全序列测定与分析

采用PCR及TA克隆测序技术,获得五指山猪线粒体基因组全序列(KJ909516),并对其特征进行具体分析。结果表明,五指山猪线粒体基因组序列全长16 689bp,碱基组成为A(34.7%)、C(26.2%)、G(13.3%)、T(25.8%),包含13个蛋白编码区,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-Loop区)。13个蛋白质编码基因中,ND2、ND3和ND5起始密码子为ATA,ND4L起始密码子为GTG,其余均为ATG。蛋白编码基因ND1和ND2终止密码子为TAG,Cyt b终止密码为AGA,COXⅡ、COXⅢ、ND3和ND4的终止信号为不完全密码子T,其余均为TAA。22个tRNA中除tRNASer(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型三叶草结构。线粒体控制区全长1 254bp,含有22个长度为10bp的串联重复序列ACGTGCGTAC。5种中国小型猪蛋白质编码基因的比对结果说明,五指山猪在ND2和ND5基因上与其他4个猪种存在明显差异,可为能量代谢差异研究提供分子学依据。     

绵羊RARG基因在发情不同阶段卵巢中的mRNA表达

【目的】分离鉴定绵羊视黄酸受体-γ（Retinoic acid receptor gamma,RARG）基因,分析该基因的分子特征,研究其在发情周期不同阶段卵巢中的表达差异。【方法】选取年龄和体况相近、健康的甘肃高山细毛羊周岁母羊8只,通过同期发情处理,根据卵巢生理状态,将其分为两组：黄体期组和卵泡期组,各4只,屠宰后,采集卵巢组织,以周岁母羊卵巢组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增绵羊RARG基因并克隆到pMD18-T载体中进行测序验证。利用ORF Finder和DNAStar等生物信息学软件分析绵羊RARG基因的理化性质、同源性和预测结构域和功能。利用Q-PCR技术,检测绵羊RARG基因在母羊发情周期不同阶段卵巢组织中的相对表达量,用SPSS19.0软件进行差异显著性分析,探讨RARG基因对绵羊发情周期的调控机制。【结果】获得了绵羊RARG基因包含完整编码区序列在内的1 588 bp的绵羊RARG基因序列,并提交至NCBI,GenBank登录号为KF019682。该序列含有1个1 377 bp的完整开放阅读框（Open reading frame,ORF）,编码458个氨基酸,其蛋白分子质量为50 955.8 D,理论等电点为7.45。绵羊RARG基因与牛、普通狨、家犬、仓鼠、家猫、人、小鼠、虎鲸、狒、家鼠、野猪、海牛、海豚和蟾蜍等14个物种的同源性分析,结果显示RARG基因在上述物种间高度保守,且与牛的亲缘关系较近,序列同源性最高。GO功能分析结果显示,绵羊RARG基因作为结构蛋白参与转录调控的几率最高,分别为0.272和0.223。在绵羊RARG基因编码的氨基酸序列上发现了2个功能结构域,分别是核激素受体c4锌指结构域（c4 zinc finger in nuclear hormone receptors,ZnF_C4）和 激素受体配体结构域（ligand binding domain of hormone receptors,HOLI）。Q-PCR结果显示,绵羊RARG mRNA 在甘肃高山细毛羊卵泡期卵巢中的相对表达量显著高于黄体期（P<0.05）。【结论】绵羊RARG基因在物种间高度保守,含有ZnF_C4和HOLI等2个与转录调控相关的功能结构域,推测该基因可能作为一种重要的转录因子参与母羊发情周期调控。     

Microbial Community in the Forestomachs of Alpacas (Lama pacos) and Sheep (Ovis aries)

Four 2-yr old alpacas ((48±2.3) kg) and four 2-yr old sheep ((50±1.7) kg) were used to study the pH and microbial community of forestomach from alpacas (Lama pacos) and sheep (Ovis aries) fed fresh alfalfa as the sole forage at low altitude (793 m). The forestomach fluid was taken anaerobically via the esophagus. The electric pH meter and quantitative polymerase chain reaction systems were used to study the the pH and microbial community of forestomach. The results showed that the mean pH of forestomach fluid from alpacas was higher than that from sheep (P<0.01). The percentages of methanogens and Ruminococcus flavefaciens to total bacterial were lower in the forestomach of alpacas than that in the rumen of sheep, while the percentage of fungi and Fibrobacter succinogenes were higher. The percentage of protozoa was similar in the forestomach of alpacas and sheep. These differences can partly explain the reason that alpacas were lower methane production than sheep.     

Study on the Complete Mitochondrial Genome of Qaidam Cattle(Bos taurus)

Qaidam cattle(Bos taurus) is an important endemic breed in Northwest China, which is mainly distributed in the northwest of Qinghai-Tibet Plateau. It has strong adaptive ability to plateau and swamp conditions, such as cold tolerance and insect resistance. In this study, the first complete mitochondrial genome of Qaidam cattle was reported. The circular double-stranded genome is 16 340 bp in size, and contains 13 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, two ribosomal RNA genes, and a D-loop region. The overall nucleotide composition is 33.4% A, 27.2% T, 26.0% C and 13.4% G, with a total A +T content of60.6%. The gene order and composition are similar to those of other B. taurus breeds. Molecular phylogenetic analysis indicated that Qaidam cattle was split as an independent clade and nested within Asian cattle breeds.     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种,从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位,对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689),主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分,基因排列紧密。除控制区,共存在37个编码基因,有9个基因由轻链（L链）编码,其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中,除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外,其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列,CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树,结果表明福建黄兔起源于穴兔,支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

iTRAQ-based quantitative proteomic analysis reveals key pathways responsible for scurs in sheep (Ovis aries)

Scurs is a horn phenotype that exhibits as small corneous structures on the skull due to the deformed development of horn tissues. Previous genome-wide association analysis of scurs in Soay sheep showed a significant association to the polled locus, relaxin-like receptor 2(RXFP2). However, the molecular mechanism underlying the development of scurs remains largely unknown. In the present study, we performed an i TRAQ-based quantitative proteomic analysis of horn tissues from both scurs and normal two-horned and four-horned individuals among Altay sheep to identify the differentially expressed proteins(DEPs) responsible for the scurs phenotype. In total, 232 proteins showed significant differential expression, and the most significant Gene ontology categories were the adhesion processes(biological adhesion(P=4.07×10–17) and cell adhesion(P=3.7×10–16)), multicellular organismal process(single-multicellular organism process(P=2.06×10–11) and multicellular organismal process(P=2.29×10–11)) and extracellular processes(extracellular matrix organization(P=4.77×10–16) and extracellular structure organization(P=4.93×10–16)). Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG) analysis showed that extracellular matrix(ECM)-receptor interactions and focal adhesion pathways were the most significant pathways. This finding is consistent with the reduced formation of extracellular matrix in scurs and the development of deformed horn tissues. Our study helps to elucidate the inheritance pattern of sheep horn traits from the perspectives of downstream expressed proteins.     

导入野生盘羊瘦肉基因培育巴什拜羊新品系

对野生盘羊与巴什拜羊进行导入杂交和回交,通过对杂交一代和一、二代回交后代生长发育、肉用表型、脂臀大小、外形体质、肉成分的变化进行观察及测定,并与纯巴什拜羔羊进行了比较。结果表明,一、二代回交后代羔羊在体尺指标和外部特征上野生基因占优势,脂臀减少,有些母羊几乎没有脂臀,脂肪含量和胆固醇含量降低,蛋白质含量和瘦肉率明显提高。早期的生长速度和强度较好,继承了巴什拜羊早期生长发育快的遗传特征。     

Complete Genome Sequence of Mycoplasma ovipneumoniae Strain NM2010, Which Was Isolated from a Sheep in China

Mycoplasma ovipneumoniae, a kind of mycoplasma bacteria, commonly infects the respiratory tract causing respiratory disease in sheep and goats worldwide. Here, the complete genome sequence of M. ovipneumoniae strain NM2010 isolated from a sheep in China was reported for the ifrst time.     

蒙古绵羊颈动脉体(CB)组织学结构的研究

蒙古绵羊颈动脉体是肉眼难以察觉到的扁平小体,颈动脉体的外面被覆有结缔组织被膜,断面观其实质由几个小叶组成.每个小叶由3～5个小球构成,每个小球也主要由Ⅰ型细胞和少量的Ⅱ型细胞组成,Ⅰ型细胞位于小球周边部.细胞圆形,染色深;Ⅱ型细胞分布于Ⅰ型细胞的周围、小球的边缘,细胞呈扁的细长形,细胞核为椭圆形.小球内除了Ⅰ型和Ⅱ型细胞外还存在有入球血管、间质细胞和神经节细胞.     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.     

杜泊绵羊与小尾寒羊杂种优势利用研究

选杜寒F1、杜寒F2、杜寒F3、杜泊羊以及小尾寒羊（公母羔）并随机分组,研究探讨相同饲养条件对不同杂交种群生长发育和繁殖力的影响。结果表明：杜寒F1初生重公母羔平均为3．91kg,略低于父本杜泊羊（P〉0．05）;初生至断奶平均日增重318g,高于母本小尾寒羊（P〈0．01）。育肥期杜寒F1、杜寒F2和杜寒F3平均日增重分别比小尾寒羊提高40．99％、26．13％和22．52％（P〈0．01）;3个杂交代次间增重接近,依次是杜寒F1〉杜寒F2〉杜寒F3。杜寒F1母羊产羔率比杜泊羊提高40个百分点（P〈0．01）;多胎基因（FecB）检测结果和实际产羔情况基本一致（杜寒F1〉杜寒F2〉杜寒F3）。杜寒1～3代经产母羊体重、体高、体长、胸围指标均高于杜泊羊（P〉0．05）。杜寒F3体型外貌优于杜寒F2和杜寒F1,建议杜寒F1用于生产肥羔;可进一步探讨用带多胎基因的杜寒F3作父本,与杜寒F2实施横交,培育杜寒肉羊新品系。