三重荧光PCR检测食源性致病菌方法的建立与初步应用

根据大肠杆菌O157的rfbE基因、志贺肠杆菌ipaH基因、单增李斯特杆菌hlyA基因的保守序列,设计引物和探针,通过优化反应体系,测定其灵敏度、特异性和重复性,建立了可同时检测上述3种食源性致病菌的多重实时荧光PCR方法。试验结果显示,该方法对大肠杆菌O157、志贺肠杆菌、单增李斯特杆菌进行3联扩增的相对灵敏度检测限分别为5×10~2、5×10~2和5×10~3CFU/mL;对10株标准/参考菌株的检测结果,只有目的菌株呈阳性反应;用该方法检测26份冻肉样品,与传统的细菌分离鉴定法结果一致,说明研究建立的方法是鉴定3种食源性致病菌的有效方法。     

贵州省一起皮肤炭疽疫情的病原学分析

为了对贵州省一起疑似皮肤炭疽疫情进行病原学检测和分析,以期为疫情的处置和防控提供科学依据,对患者皮肤渗出液、病死马肌肉及其刨剐地土壤样本进行炭疽芽孢杆菌分离培养,对疑似菌落采用革兰染色镜检、噬菌体裂解试验和青霉素抑制试验进行鉴定,进一步采用普通PCR和实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)检测炭疽芽孢杆菌疑似菌株PagA、Cap及rpoB基因。结果共检出7株炭疽芽孢杆菌疑似菌株,其中从患者皮肤渗出液分离出1株菌,从土壤标本分离出6株菌。传统方法将7株疑似菌株鉴定为炭疽芽孢杆菌,普通PCR和Real-time PCR检测结果均显示7株菌株rpoB、PagA和Cap基因阳性。说明从患者皮肤渗出液和土壤标本均检出具有致病基因的炭疽芽孢杆菌,提示该起疫情为一起由炭疽芽孢杆菌所致的皮肤炭疽疫情。     

牛布鲁菌病奶液PCR检测方法的建立及初步应用

为探讨以牛奶为材料检测牛布鲁菌感染的可行性,本试验建立了可鉴定布鲁菌属的单重PCR以及可鉴定布鲁菌种的多重PCR.结果显示,单重PCR方法的特异性强,只特异性的扩增布鲁菌DNA,对照菌株大肠杆菌、牛败血性波氏杆菌、根瘤农杆菌和苍白杆菌的扩增结果均为阴性;奶液中细菌检测灵敏度为1.08×104CFU/mL.用建立的多重PCR对7株不同种的布鲁菌体和基因组进行鉴定,表明该方法可以区分不同种布鲁菌.本试验中建立的PCR方法能够鉴定所有致病性布鲁菌并对疫苗株和野生毒株加以区分,适用于实验室布鲁菌的快速鉴定.     

快速检测炭疽杆菌的实时荧光定量PCR方法的建立及评价

为建立一种能快速鉴定炭疽杆菌的检测技术,本研究根据炭疽杆菌染色体上的TJHP和BA5345 2个靶点,分别设计4对引物和2个探针,对10份已知浓度的炭疽杆菌DNA和阴性对照菌株DNA进行检测,将浓度最大的炭疽杆菌DNA进行10倍倍比稀释,用于检测4对引物及其探针的灵敏度,并选出2个针对TJHP和BA5345靶点的特异性强及灵敏度高的引物和探针进行重复性实验。结果显示,4对引物及其探针特异性较强,FP2/RP2和FP4/RP4 2对引物的灵敏度为4.513×10^-5 ng/μL;该荧光定量PCR方法重复性好(t=1.178,P=0.332)。FP2/RP2和FP4/RP4 2对引物及其探针可用于炭疽杆菌感染初期的快速筛查以及临床辅助诊断。     

水貂中大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌三重荧光PCR方法的建立

依据Gen Bank中大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌的部分已知序列,选取大肠杆菌的uid A基因、肺炎克雷伯氏菌的khe基因和不动杆菌的sec E基因,利用Primer Premier 5设计引物,选出扩增序列的3对引物及相应的Taqman探针,uidA、khe、secE探针5'端分别标记FAM、HEX、CY5荧光发射基因,3'端标记BHQ1淬灭荧光基因。通过优化反应条件,建立一种同时检测大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌的诊断方法。特异性和敏感性试验显示,该方法能特异地检测大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌,其最低检测限分别为2×10~(-1) CFU/μL、9.2×10~(-1) CFU/μL和4.3×10~(-1) CFU/μL。整个检测扩增在2小时内完成。该结果表明本试验所建立的三重荧光定量PCR方法的灵敏度、重复性及特异性均较好,可用于同时快速检测三种病原菌。     

Taqman-MGB探针法检测炭疽杆菌

根据GenBank中炭疽杆菌的主基因组上gyrA基因,毒力因子px01上pagA基因和侵袭因子px02上的CapA基因分别设计引物和对应Taqman-MGB探针,建立了检测炭疽杆菌的实时定量PCR方法。该方法具有良好特异性,仅对炭疽杆菌检测结果为阳性,而与蜡样芽孢杆菌、苏云金杆菌、巨大芽孢杆菌、沙门菌、大肠杆菌、链球菌、铜绿假单孢杆菌无交叉反应,检测灵敏度最低可达100copies/μL。对24份皮毛盲样和120份送检样品检测结果表明建立的定量PCR方法与商业化定量PCR试剂盒的符合率为100%。Taqman-MGB探针方法灵敏、特异、重复性好,可应用于炭疽杆菌的快速诊断与监测。     

沙门菌LAMP可视化检测方法的建立与应用

建立沙门菌病原体的一种可目视化环介导等温扩增技术(LAMP),实现对沙门菌的高效快捷检测。针对沙门菌的invA基因的高度保守区域,设计一套特异性引物,优化LAMP扩增反应体系和条件,并对该方法的特异性、灵敏性和人工污染样品以及临床样品分别进行检测。与传统的细菌分离与鉴定、PCR和real-time PCR方法进行敏感性比较。该方法优化后的最佳反应体系为内外引物浓度比例为3∶1,dNTPs为2.5μL,MgSO_4为1.5μL,2.5μL甜菜碱(10mol/L),1μL Bst 2.0DNA聚合酶,在62℃恒温条件下反应50min,可以特异性检出沙门菌,而对其他非沙门菌病原的检测结果为阴性。该方法的最低检测线为1.0×10~2 CFU/mL,灵敏度是常规PCR检测方法的1 000倍,与real-time PCR方法的灵敏度基本接近;针对人工污染沙门菌的鱼粉其检测灵敏度为5.0×10~2 CFU/mL;对临床样品的检出率为65.4%,与传统检测方法的检出率一致。本研究建立的LAMP检测沙门菌的方法特异性强、灵敏度高、操作简便、效能高和可视化,为基层监管部门和畜牧兽医工作者对于沙门菌病原的监控和初步筛选提供了技术保障。     

单核细胞增生李斯特氏菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)的快速检测方法,本研究以LM iap基因为靶基因设计合成引物及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR快速检测LM的方法。结果显示,对15株试验菌株进行实时荧光定量PCR检测,只有LM菌株检测为阳性,表明该检测方法特异性强;该方法的灵敏度为6.5 CFU/mL;稳定性和重复性试验结果表明,同一样品重复检测4次Ct值的变异系数均小于2%;利用该检测方法对采集的139份样品进行检测,共计检出3份LM阳性样品,与国标法(GB 478930-2010)检测结果一致。该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。     

环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测迟缓爱德华菌

将环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术与横向流动试纸条(latera flowdipstick,LFD)联合应用,建立LAMP-LFD方法,用于迟缓爱德华菌(Edwardsiella tarda,E.tarda)的快速检测。根据E.tarda外膜蛋白A(outer membrane protein A,ompA)基因的保守区设计了6套LAMP引物,并筛得1套最适引物用于后续LAMP反应。将该套引物的上游内引物5′端用生物素标记,同时在有效扩增区段内设计1条探针ompAHP,使用异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记,用于试纸条显色。结果表明,优化后的LAMP反应条件为63℃ 25min,LAMP-LFD对嗜水气单胞菌等致病菌检测结果均呈阴性,对病原菌纯培养物的检测灵敏度为1.0×10~2 CFU/mL,是常规PCR检测灵敏度的100倍。对E.tarda人工污染组织样品的灵敏度为5×10~2 CFU/mL或1.0×10~4 CFU/g。因此,LAMP-LFD可特异地检出E.tarda,且灵敏度高、操作简便、时间短、有潜力成为检测E.tarda的常规方法。     

多重PCR方法鉴定5类牛源致泻性大肠埃希菌

为建立鉴定5类牛源致泻性大肠埃希菌(DEC)多重PCR检测方法,对陕西关中奶牛场犊牛粪便中分离的大肠埃希菌进行检测。以EAEC(astA、aggR、pic)、EHEC(stx1、stx2)、EPEC(escV、bfpB)、EIEC(invE)和ETEC(lt、stp、sth)5类DEC中11种毒力基因为目标,uidA基因为阳性对照,建立两体系(体系Ⅰ和Ⅱ)多重PCR检测方法,通过改变引物浓度、退火温度等检测条件进行优化,并对其特异性和灵敏度进行检测。结果显示,体系Ⅰ检测EAEC、EHEC,体系Ⅱ检测EPEC、EIEC、ETEC,除astA引物浓度为0.5μmol/L,其余均为0.3～0.4μmol/L;退火温度以59℃最佳;ETEC的检测下限最低(1.09×10³ CFU/mL),其余依次为EHEC(1.27×10³ CFU/mL)、EIEC(2.43×10³ CFU/mL)、EPEC(5.71×10³ CFU/mL)、EAEC(7.98×10³ CFU/mL);经验证该方法只...