小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。【方法】以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。【结果】在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。【结论】小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。     

基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2⁺龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5～15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;I...     

基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析

旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析，以完善甘薯分子标记。试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础，利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息。结果显示，研究共获得SSR位点33192个，分布在24323条Unigenes中，出现频率为21.11%。其中，6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点。SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主。在重复基元中，A/T和AG/CT所占的比例最高，为优势基元。在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个，分布密度为0.08个/bp。其中转换类型有4729922个，颠换类型有2961984个。在所有突变类型中，C/T和A/G含量最高，分别为占总数的32.34%和29.15%。综上所述，甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记，多态性较高，可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础。     

基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析

为了解红萍在不同氮浓度胁迫下红萍转录组中SSR、SNP分子标记的详细情况，分析转录组数据中分布的SSR和SNP位点。通过提取红萍根和叶的RNA,构建cDNA文库并利用二代测序平台进行高通量测序，利用MISA对测序数据进行SSR特征分析，同时采用软件STAR进行比对并通过GATK进行SNP识别。结果表明：红萍转录组共有9 009个SSR位点，SSR位点频率为30.12%。其中，以三核苷酸重复和单核苷酸重复为主，分别占总比例的43.66%和26.41%。SNP位点有439 217个，包括转换类型(282 532个)和颠换类型(156 685个);转换类型占比(64.33%)显著大于颠换类型(35.67%)。C/T在所有变异类型中所占比率最高，占总量的17.33%;G/A位居其次(17.01%)。红萍转录组SSR和SNP位点丰富，可为红萍遗传多样性、遗传结构与分化以及功能基因的开发利用等研究提供依据。     

蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析

【目的】对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。【方法】以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣（对照）为试验材料,通过Illumina HiSeq^TM 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。【结果】在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主（49.13%）,二核苷酸次之（22.07%）;在284种重复基元中以AG/CT类型最高（16.16%）,其次为AAG/CTT（14.30%）;三核苷酸基元重复次数种类最多（11种）,二核苷酸次之（10种）。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR（长度≥20 bp）有3 130条（38.29%）。【结论】蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。     

草原1号杂花苜蓿花蕾转录组SSR序列特征

【目的】对草原1号杂花苜蓿花蕾转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记和辅助育种选择研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对草原1号杂花苜蓿花蕾转录组数据进行简单重复序列(SSR)位点搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。【结果】在286 409条非冗余单基因簇(Unigene)序列中共挖掘到57 368个SSR位点,SSR出现频率为20.03%,平均分布距离5.84 kb。重复基元数量以单核苷酸(68.45%)为主,三核苷酸(16.46%)次之。在129种重复基元中,以A/T类型基元(68.15%)最高,其次为AG/CT基元(6.56%)。SSR基元重复次数主要集中在6～15次,核苷酸数量随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12～40 bp(55.58%),具有较高多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)位点数为9 166(15.98%)。【结论】草原1号杂花苜蓿SSR位点出现频率高、基元重复次数和类型丰富、多态性潜能高,可用于苜蓿遗传多样性与品种的分子鉴定及分子标记辅助选择。     

柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析

【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索,最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes,其N50值为1036 bp,平均长度791 bp,总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点,去除20405个复合型SSR位点,以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%,平均分布距离6.46 kb,主要重复基元类型为二核苷酸,共17105个,占SSR总数的57.21%,其次为三核苷酸和单核苷酸,分别占SSR总数的20.75%和20.46%,四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中,共有97种重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主,分别占SSR总数的33.33%和3.98%;重复次数5~10次的SSR位点数量最多,共27942个,占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异（12~76 bp）,平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高,类型较丰富,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。     

基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发

【目的】基于转录组开发SSR和SNP分子标记用于评价棘胸蛙（Quasipaa spinosa）遗传多样性,为其种质资源的创新利用提供理论支撑。【方法】采用TRIzol试剂盒提取棘胸蛙肝脏、肌肉和肾脏组织总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序,通过MISA对棘胸蛙转录组测序数据进行SSR检索,并以SAMtools和VarScan v.2.2.7进行SNP查找。【结果】棘胸蛙转录组测序共获得93887条非冗余基因（Unigenes）,序列总长度达91352712 bp,且所有转录组Q30均超过95.00%。在93887条Unigenes中发现33019个SSRs,其中21966条Unigenes含有SSR,6688条Unigenes含有超过1个SSR;以单核苷酸重复型SSR数最多,达25788个,且出现频率最高（27.47%）。SSR的平均长度以四核苷酸重复型最长,达35.47 bp;棘胸蛙SSR以（A/T）n为绝对优势重复基元,占总SSR的65.51%,然后依次为（C/G）_n、（AT/AT）_n、（AC/GT）n、（AG/CT）_n、（AAT/ATT）_n、（AGG/CCT）_n,分别占总SSR的12.59%、5.66%、5.55%、3.31%、1.55%和1.30%。在33019个SSRs中,核苷酸重复次数主要集中在5~25次,占总SSR的99.91%,且大部分SSR位于非编码区,仅有1633个SSRs位于编码区;长度≥12 bp的SSR共计17244个,占总SSR的58.53%。挑选120对SSR引物进行引物有效性验证,发现有57对引物扩增出单一条带,且条带大小与预期结果一致。对棘胸蛙转录组序列进行SNP检索,共发现87634个SNPs,其中,56300个SNPs属于转换位点、31334个SNPs属于颠换位点,转化/颠换比达1.80,碱基的转换频率明显高于颠换频率。【结论】利用高通量转录组测序开发棘胸蛙SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法,能开发出通用性较高、数量较多、覆盖性较广的分子标记。棘胸蛙具有中度偏高的遗传多样性,可作为种质材料进一步开发利用。     

辣木转录组SSR位点信息分析

采用MISA对15 824条长度大于1kb的辣木Unigene进行SSR位点分布频率和基本特征的分析,共检测到8 272个SSR位点,分布于6 003条Unigene,SSR位点出现频率为52.28%,共包含114种重复单元。辣木转录组的SSR以单核苷酸重复为主,占总SSR的55.69%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的32.34%和11.24%。A/T、AG/CT和AAG/CTT是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸中的优势重复基元。辣木转录组SSR以10~20次重复为主,基序长度主要集中于12~19bp。结果表明辣木转录组中含有大量SSR,且类型丰富,可为辣木SSR引物开发提供候选序列。     

基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

[目的]温带臭虫(Cimex lectularius)是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68%)和764个(16.06%),四核苷酸重复有195个(4.10%),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42%)。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。     

四川麻鸭与几个肉用品种杂交效果的分析

用四川麻鸭母鸭与建昌鸭、北京鸭和狄高鸭公鸭杂交,纯种设平行的对照。在放牧为主、人工给饲为辅的条件下每隔10日龄测定鸭群至70日龄的体重,并于60和70日龄分别屠宰一半,进行屠体分析。建川、京川和狄川鸭60日龄体重分别为1458.0、1500.0和1436.0克,70日龄分别为1638.5、1792.5和1648.0克,均显著高于四川麻鸭(p<.05)建川和京川还具超双亲表现。自出壳至70日龄体重的杂种优势一般较高而显著。60日龄建川、京川和狄川鸭屠体重(分别为884.0、887.0和882.5克),胸肌重(分别为59.2、49.7和50.5克)和腿肌重(分别为142.4、140.2和136.6克)均超过各自的双亲,屠宰性状的杂种优势,建川和狄川70日龄比60日龄明显下降,而京川则有上升之势。建川鸭胸腿肌赖氨酸和蛋氨酸含量居参试品种和杂种之首,屠体脂肪含量以狄高鸭最高。试验还观察到三个优良肉用品种在放牧为主的条件下不能发挥其快速生长潜力。据此,在四川稻田养鸭条件下推广这三个杂种,可获较大的经济效益。     

雏鸡缺硒病的临诊观察

110只二日龄白洛克健雏随机分为三组,喂以缺硒(0.0065ppm)、补维生素E(100IU/kg)和补硒(0.2ppm)日粮,进行了系统临诊观察。缺硒雏鸡三周龄开始发病,四周龄达到高峰,发病率为100％,死亡率达71.79％。病雏主要表现为精神沉郁,食欲减损或废绝,生长缓慢,消瘦或呈恶病质。特征性症状-渗出性素质(发生率达74％),皮下明显水肿,尸检见皮下充血出血并积有多量兰绿色胶样水肿液。补维生素E能明显推迟发病时间,降低发病率(20％)、死亡率(10％)和预防渗出性素质。补0.2ppm硒可预防发病且促进了雏鸡的生长发育。     

柑桔抹芽放梢和修剪效应研究

1983—1984年研究了红玉血橙(Citrus sinensis Osbeck)、兴津和尾张温州(C.unshiu Tanaka)在雅安生态条件下抹芽放梢和修剪效应的研究。研究结果表明,三个供试品种抹除夏梢,放春、秋两次梢,对于减少初投产树的落果,提高早期产量有显著作用。八月上旬为放梢适期,八月梢为最佳梢类。秋梢结果母枝可以进行人工摘心,九、十月摘心对第二年结果影响不大。秋梢母枝二、三月摘心或较重程度短截,能减少花量,促发春梢营养枝。为柑桔密植、早结丰产提供依据。     

建昌鸭、北京鸭与绿头鸭(Anas platyrhynchos)的核型及G带带型

本试验分析了两种家鸭(建昌鸭和北京鸭)和绿头鸭(Anas platyrhynchos的核型及G带带型。结果表明,三种鸭的核型相似。染色体数目2n=80(♂、♀)染色体基本臂数为86(♂)或85(♀)。性染色体为ZZ(♂)/ZW(♀)型。1号和2号染色体分别属亚中部(sm)和中部(m)着丝粒染色体。Z染色体(4号)属亚端部着丝粒染色体,具有明显的短臂。W染色体(大小相当于7-9号)和其余常染色体均属端着丝粒染色体。三种鸭的染色体G带带型显示出很大的同源性。本试验结果从核分类学角度说明了,在起源上家鸭与绿头鸭的亲缘关系密切,绿头鸭很可能是家鸭的祖先。     

水稻几种不同细胞质主要性状的杂种优势效应及其遗传距离

以6组水稻同核异质杂种F_1和亲本为材料,用系×测验系分析法和主成份分析法研究了四种水稻细胞质在19个性状上的杂种优势效应及其遗传距离。系×测验系分析表明,供试胞质对结实率等4个性状的杂种优势仅表现胞质基因效应,对剑叶光合强度等5个性状的杂种优势既表现胞质基因效应,又表现核质互作效应,可育胞质对这些性状多数表现正向胞质基因效应。遗传距离分析表现,雄不育胞质与可育胞质间的遗传差异大于不育胞质间的遗传差异,D胞质、G胞质与野败胞质的遗传差异大于D、G胞质问的遗传差异。以上结果表明,胞质可用来改良作物目标性状,遗传距离分析可作为研究胞质亲缘关系的一种方法。     

病、健鸡不同肠段正常菌群的研究

本项研究测定了病、健鸡空肠和直肠的双歧杆菌等11种细菌,结果显示鸡白痢病具有明显的肠内菌群失调。拟杆菌显著减少(P<0.01),大肠杆菌菌数增加(P<.0.1)而乳酸杆菌等7种茵无明显变化。     

几个水稻同核异质雄性不育系的比较研究

本文以三个水稻同核异质雄性不育系为材料,研究水稻雄性不育细胞质在异交习性,花药细胞解剖和同工酶方面表现的效应。结果是:1、不同雄性不育细胞质显著地影响着异交率、外露柱头长度、双柱头外露率、柱头羽部平面积、包粒率和闭颖率。对花时也有明显影响。2、不同雄性不育细胞质对部分花粉母细胞坏死、药壁细胞层之间的联系,和药隔维管束的退化等均有一定影响。但败育类型相同。3、在花粉发育过程中,不同雄不育细胞质明显影响着过氧化物酶同工酶一些强带的活性。本文还对作物雄不育胞质效应的利用,和形态表现,细胞结构及同工酶之间的关系进行了讨论。     

成都麻羊生态特征的研究

成都麻羊的生态特征和其生态条件紧密联系。麻羊产区,在海拔升高、生态条件改变的情况下,麻羊的某些生态特征亦发生相应的变化。如汶川县麻羊的体重、体高、体长、胸围、管围、胸深、胸宽等指标都高于大邑县麻羊,红血球、白血球、血红蛋白和血清钾的量亦较大邑县麻羊为高;汶川县麻羊被毛深厚,粗毛较稀,皮肤变厚,气管粗而长,环状软骨两端问距离大,心脏发育良好;汶川麻羊的消化系统除小肠外,均较大邑麻羊发达;甲状腺和肾上腺发育亦好。此外,成都麻羊的耐热性较差,汗腺属“顶浆分泌型”,但不能排汗。     

日粮硒水平对山羊全血谷胱甘肽过氧化物酶活性和组织硒含量的影响

实验考察了在舍饲条件下,饲喂混合精料和干草时补硒对断乳山羊全血谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性、组织硒含量及其它指标的影响。风干基础日粮含硒0.03ppm,各实验组的补硒量分别为0、0.05、0.10、0.20、0.30ppm。结果表明;日粮含硒0.23ppm试羊全期增重、饲料/增重最佳,但各组间差异不显著。补硒后试羊全血GSH-Px活性显著升高,日粮含硒量大于或等于0.23ppm时酶活呈平稳状态,全血GSH-Px活性是表示山羊硒营养状况的较好指标。组织含硒量随日粮硒水平增加而上升,血硒、肾硒含量在日粮含硒0.23ppm时上升程度增大。由此可见,断乳山羊风干日粮硒需要量约为0.23ppm。     

用~(75)Se示踪研究蛋氨酸水平对雏鸡硒代谢的影响

用1日令-5周令白洛克雏鸡,饲以玉米、小麦、黄豆组成的饲粮,加或不加硒(Se,Na_2SeO_3)和/或蛋氨酸(DL—Met),按每公斤体重5.55×10~5贝柯~(75)Se一次嗉囊引入后,通过测定血浆~(75)Se吸收,~(75)Se排泄,组织~75Se存留等指标,探讨了蛋氨酸水平对硒代谢的影响。试验结果表明,蛋氯酸水平影响放谢性硒(~75Se)的吸收、排泄、组织存留和转运,从而影响非放射性硒(Se)的代谢。在本试验饲粮条件,增加雏鸡蛋氨酸进食量,可提高饲粮硒(Na_2SeO_3)的吸收利用。