棘腹蛙TGF-α基因的克隆与组织表达分析

为了解棘腹蛙TGF-α基因信息和组织表达特性,采用RT-PCR克隆棘腹蛙TGF-α全长序列,发现棘腹蛙TGF-αc DNA全长1 021 bp,开放阅读框为486 bp,编码161个氨基酸,预测分子质量为17.28 k Da,其氨基酸序列与其他物种的相似性为65%~73%;利用实时荧光定量PCR方法对该基因的表达情况进行分析,发现在肝脏和胃脏有较高表达。本研究克隆了棘腹蛙TGF-α并对其组织分布进行了分析,为后期深入挖掘棘腹蛙TGF-α的生物学功能提供了参考。     

棘腹蛙Ⅰ型干扰素基因的克隆与原核表达

干扰素(IFN)具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节功能,具备较好的临床应用前景。为了解棘腹蛙干扰素的基因信息,本试验明确了棘腹蛙Ⅰ型IFN基因ORF编码长度为561 bp,编码的蛋白质含有1个信号肽和103aa的保守功能结构域。遗传进化分析显示,棘腹蛙Ⅰ型IFN进化相对保守;其蛋白质结构主要由α螺旋构成,细胞表面受体结合能力相对保守。将目的片段装入原核表达载体pET32a并转化BL21(DE3)进行蛋白表达与纯化,获得了预期蛋白。本研究证实了棘腹蛙Ⅰ型IFN属于相对保守的典型Ⅰ型干扰素;为后期深入挖掘棘腹蛙IFN的生物学功能、促进广谱抗病毒生物制剂研发提供了参考。     

棘腹蛙剪接因子SRSF2基因克隆及序列分析

为了解剪接因子在棘腹蛙发育过程中的功能,首先基于棘腹蛙转录组数据库的组装结果设计特异性引物,利用RT-PCR方法克隆到棘腹蛙体内编码丝氨酸/精氨酸富集剪接因子2(Serine/Arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)的完整开放读码框(ORF),其ORF长度为642 bp,编码213个氨基酸残基,利用数字表达谱和半定量RT-PCR的方法验证了SRSF2在不同温度下的表达图谱,对克隆到的SRSF2基因进行了内含子分析。结果表明:SRSF2在不同生长温度(15,21,27,30℃)下的表达量存在显著差异,在21℃环境下的表达量最高,而在15,27,30℃生长环境下的表达量都较低。说明棘腹蛙来源的SRSF2基因ORF序列内包含个1内含子和2个外显子。     

棘腹蛙生长激素/类胰岛素样生长因子轴关键基因的克隆与序列特征分析

机体的生长激素(GH)/类胰岛素样生长因子(IGFs)轴由GH系统和IGFs系统构成,可促进细胞增殖、调节生长发育、调控生理代谢,在机体生长发育调控方面有着重要作用。为明确棘腹蛙GH/IGFs轴的功能结构和进化特征,为棘腹蛙生长发育调控方面的研究提供理论依据,本试验对棘腹蛙GH、类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)和类胰岛素生长因子-Ⅱ(IGF-Ⅱ)进行克隆并对其序列特征进行分析。结果显示:1)与两栖类模式动物的多重序列比对发现,棘腹蛙GH、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ的功能结构域严格保守,具有一定的遗传多态性;IGF-Ⅱ的N端呈简缩进化趋势。2)遗传进化聚类分析发现,棘腹蛙IGFs与两栖动物聚为一支,并与硬骨鱼相对近缘,说明IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ进化地位相对原始;棘腹蛙GH则与蛙类、鱼类等水生动物相对近缘,暗示该基因具有趋同进化趋势。3)为进一步明确上述基因的特异性功能位点,利用Swiss-model server软件解析其蛋白质结构,最终确定IGF-Ⅰ的THR52、LEU53、PHE72、PHE73、SER74为潜在的功能分化位点,IGF-Ⅱ的TYR81、LYS82、LYS83为潜在的功能分化位点,GH的PHE208为潜在的功能分化位点。由此可知,棘腹蛙GH/IGFs轴的主要基因相对保守,但与已知模式物种相比,存在潜在的功能分化位点,可作为后期棘腹蛙GH/IGF轴功能研究和遗传进化特征分析的分子靶标。     

细粒棘球绦虫nanos基因的分子克隆及序列分析

为了研究细粒棘球绦虫nanos基因的序列及结构并为疫苗及新的药物研制提供靶标,试验采用注释并克隆细粒棘球绦虫nanos基因的方法,并对其序列结构进行分析;利用在线生物信息学软件分析细粒棘球绦虫nanos基因的序列结构及与其他虫属的进化关系。结果表明:细粒棘球绦虫nanos基因ORF为687 bp,编码228个氨基酸,理论分子质量为58 090.6 u,等电位点为5.08;细粒棘球绦虫NANOS蛋白由3个α螺旋和4个β片层组成;发现共有1个丝氨酸位点,1个苏氨酸位点,2个酪氨酸位点,可能的磷酸化位点是7,8,13,18,19,23位。说明该基因可能在细粒棘球绦虫生殖细胞发育过程中发挥着重要作用。     

棘腹蛙Japonicin-pb抗菌肽的分离及表达谱分析

本试验旨在克隆棘腹蛙来源Japonicin-pb,了解该抗菌肽在不同生长温度及组织下的表达规律,为Japonicin-pb的开发提供线索。基于本实验室构建的棘腹蛙皮肤转录组数据库,利用反转录PCR从棘腹蛙皮肤组织中克隆Japonicin-pb前体序列,通过结构域比对的方法分析其结构。利用Real-time PCR检测3种Japonicin-pb在不同生长温度(15、18、21、24、27和30℃)及组织(血液、肌肉、肝脏和皮肤)的表达图谱。结果表明,本试验克隆到3种Japonicin-pb前体序列,结构域比对表明,三者拥有相同的N端信号肽和中间间隔区,长度分别为19、20和12个氨基酸残基的肽序列,命名为Japonicin-1apb、Japonicin-1bpb和Japonicin-3pb。Japonicin-1apb主要在皮肤组织中表达,且表达量随着生长温度的升高而逐渐增加;Japonicin-1bpb在不同组织或生长温度下的表达量差异均不明显;Japonicin-3pb主要在肝脏中表达,且生长温度对其影响不大。这些结果为棘腹蛙源3种Japonicin-pb后续功能研究以及开发应用提供了重要的序列及表达谱信息。     

棘腹蛙消化道淀粉酶的分布及其活性与pH值和温度的关系

为了探讨棘腹蛙消化道各段淀粉酶的活力分布及pH值和温度对淀粉酶活力的影响,试验采用3,5-二硝基水杨酸比色法对其进行了研究。结果表明:棘腹蛙消化道各部位淀粉酶活力由高到低的顺序为回肠>直肠>十二指肠>胃>食道;pH值和温度均显著影响淀粉酶活力,二者与淀粉酶活力的关系曲线均呈单峰型,棘腹蛙胃、十二指肠、回肠和直肠的最适pH值分别为5.6,6.6,7.6,7.6,它们的最适温度均为35℃。     

我国珍稀两栖动物——棘腹蛙

棘腹蛙在维护自然界的生态平衡中起着重要作用,也是环境监测的指示动物,棘腹蛙对水质、地质、气候等都有较高的要求。为了保护棘腹蛙这个中国珍稀两栖物种,本文从生态学、遗传学、繁殖学、营养价值等方面对棘腹蛙进行了综述,以期为棘腹蛙后续进一步的研究提供参考。     

棘腹蛙“水肿病”病原的分离鉴定

为了解重庆地区部分棘腹蛙养殖场"水肿病"病因,并对该病的临床防控提供参考,本研究采集了10只具有"水肿病"典型症状的2岁龄棘腹蛙成蛙,剖检后从其主要病变组织分离细菌;对分离的优势菌进行培养特性观察和回归致病性试验,同时进行生理生化特性鉴定、16SrDNA序列测定和药敏试验。结果显示,从病蛙腹腔中分离到1株优势菌株并命名为CQWU201501,该菌为革兰阴性无芽胞短杆菌,主要生理生化特性符合弗氏柠檬酸杆菌的指标,16SrDNA序列与弗氏柠檬酸杆菌同源性高达99.5%;药敏试验显示该菌对绝大部分β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类和四环素类药物敏感。综上所述,棘腹蛙"水肿病"是由弗氏柠檬酸杆菌引起的;该菌对供试的16种药物敏感,仅对头孢唑啉和复方新诺明2种药物耐药,生产上可选择敏感药物治疗。     

金黄杆菌感染棘腹蛙的分离鉴定

<正>棘腹蛙又名石坑、石蛙等,隶属无尾目、蛙科、棘蛙属,是我国特有的珍稀两栖动物",主要分布在湖南、湖北、四川以及甘肃等省~([2])。由于环境污染严重、野生栖息地遭受破坏、人类大肆捕杀,棘腹蛙野生种群数量大量减少~([3])。为保护其野生资源,同时满足市场需求,棘腹蛙的人工养殖逐渐受到重视。2014年以来,重庆地区部分养殖场出现大量棘腹蛙出血死亡的病例,给棘腹蛙养殖带来巨大经济损失。本研究拟从患病棘腹     

一个新的家蚕BmLITAF基因的电子克隆及序列分析

在对家蚕蛹cDNA文库的测序中发现了脂多糖诱导肿瘤坏死因子α的转录激活因子(lipopolysaccharide-induced tumor necrosis factor-α factor,LITAF)的EST序列(GenBank登录号AADK01016184)。经过比对发现BmLI-TAF全长为981 bp,由97 bp的5′端非翻译区序列(5′UTR)、390 bp的开放读码框(ORF)和494 bp的3′端非翻译区序列(3′UTR)组成。用电子克隆方法对BmLITAF进行基因结构分析发现,此基因由3个外显子和2个内含子组成,编码129个氨基酸。对BmLITAF蛋白进行疏水性、跨膜结构和信号肽分析的结果显示,BmLITAF具有跨膜结构域。根据BmLITAF的电子克隆序列由家蚕基因组PCR扩增获得BmLITAF基因,将其克隆到pGEM-T-easy载体中,测序验证与电子克隆结果一致。     

鲤鱼肿瘤坏死因子α1基因cDNA的克隆及序列分析

试验以鲤鱼外周血白细胞肿瘤坏死因子α1(tumor necrosis factor alpha 1,TNFα1) EST序列为基础,经地高辛标记作为探针对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从0.9×10⁴个重组噬菌体中,经过2轮筛选获得3个阳性克隆。序列分析结果显示,该序列包含128 bp的5''非编码区(5''-UTR),423 bp的3''非编码区(3''-UTR),开放阅读框ORF长768 bp,共编码255个氨基酸,在其3''非编码区存在几个ATTTA不稳定基序。预测蛋白等电点为8.20,分子质量大小为28.1 ku。序列同源性比较结果表明,所获序列与GenBank上登录的鲤鱼TNFα基因的同源性达94%。蛋白质的序列和结构分析结果发现,其具有TNF家族的典型序列特征、1个跨膜区结构和1个假定的产生成熟肽的裂解位点。     

梅花鹿α干扰素全基因的克隆与分子进化分析

根据GenBank中牛干扰素-α(IFN-α)基因序列(A00145),设计并合成了一对引物,以梅花鹿肝脏组织DNA为模板,采用PCR技术扩增梅花鹿IFN-α全基因,并克隆、测序。结果表明,梅花鹿IFN-α基因全长570bp,编码189个氨基酸,含有6个与二硫键形成有关的半胱氨酸;序列比较分析发现,梅花鹿IFN-α基因序列与GenBank发表的17种IFN-α基因核苷酸序列同源性为29.6%～93.7%,氨基酸序列同源性为18.4%～91.1%;梅花鹿与其他17种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化树分析表明,IFN-α基因存在种属特异性,亲缘关系越近,同源性越高。梅花鹿INF-α基因的成功克隆,为进一步研究梅花鹿INF-α基因表达、生物学活性和应用奠定了基础。     

西伯利亚鲟肝脏中过氧化物酶体增殖物激活受体α、脂蛋白脂酶、肝脂酶基因全长cDNA克隆与序列分析

本试验通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏中过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、脂蛋白脂酶(LPL)、肝脂酶(HL)基因全长cDNA序列。结果显示:西伯利亚鲟肝脏中PPARα基因(GenBank登录号KJ534588)cDNA全长1 736 bp,包括158 bp的5’非翻译区、1 401 bp的开放阅读框及177 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由466个氨基酸组成的蛋白质,预测其分子质量为52.3 ku,与其他物种的相似性为75.5%~82.4%。LPL基因(GenBank登录号KJ720972)cDNA全长1 760 bp,包括163 bp的5’非翻译区、1 506 bp的开放阅读框及91 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由501个氨基酸组成的蛋白质,预测分子质量为57.1 ku,与其他物种的相似性为48.7%~67.0%。HL基因(GenBank登录号KJ720973)cDNA全长1 740 bp,包括124 bp的5’非翻译区、1 500 bp的开放阅读框及116 bp的3’非翻译区;开放阅读框编码1个由499个氨基酸组成的蛋白质,预测分子质量为56.4 ku,与其他物种的相似性为55.4%~67.1%。通过构建系统发育进化树发现,西伯利亚鲟PPARα与高等脊椎动物的亲缘关系较近,LPL、HL与鱼类亲缘关系较近。本试验通过对西伯利亚鲟PPARα、HL、LPL基因同源性、系统进化地位的分析,为进一步研究西伯利亚鲟脂肪代谢调控机制奠定了分子生物学基础。     

鸭CYP7_α1基因克隆、序列分析及组织表达研究

旨在克隆鸭胆固醇7α羟化酶1(CYP7α1)基因,并进一步探讨该基因的结构与功能,揭示其组织特异性表达规律。本研究以樱桃谷鸭为材料,运用同源序列克隆结合RACE技术,对鸭CYP7α1基因的cDNA全长进行克隆,并对其进行生物信息学分析及组织表达的研究。结果表明:鸭CYP7α1基因cDNA全长2 351bp,最大开放阅读框(ORF)1 539bp(114～1 652bp),共编码512个氨基酸;鸭CYP7α1氨基酸与鹅的同源性最高(97.5%),其次是鸡(92.8%)、人(67.3%)、猪(66.5%)、兔(65.7%)、大鼠(65.5%)、小鼠(65.5%)和牛(65.1%);经预测鸭CYP7α1蛋白可能含有1个P450超家族结构域;鸭CYP7α1基因在肝脏中呈高丰度表达,在其他9个组织中均未检测到或检测到少量表达,表明该基因的表达具有组织特异性。     

黑斑蛙胰岛素样生长因子-2原核表达载体构建

胰岛素样生长因子-2(IGF-2)是介导生长激素发挥生物学功能的重要因子,在动物机体的生长发育中具有重要作用。为对黑斑蛙IGF-2基因进行原核表达,本研究针对转录组数据中的黑斑蛙IGF-2序列,设计引物扩增IGF-2的完整基因,获得了全长为944 bp、ORF长为651 bp的序列;随后在黑斑蛙IGF-2的ORF两端添加限制性内切酶位点后亚克隆到p ET-32a(+)质粒中,构建了黑斑蛙IGF-2的原核表达载体。为获得黑斑蛙IGF-2的表达产物并探究其生物学作用奠定了基础。     

鸭CD8α基因启动子区的克隆及荧光素酶报告基因重组体的构建

旨在了解分化群α基因可能的调控序列及其转录调控机制。本研究利用基因组步移技术扩增鸭CD8α基因的启动子区序列,使用在线软件进行序列分析;分别将鸭肝炎易感组和抗性组的CD8α基因启动子区定向亚克隆至荧光素酶表达载体pGL3-Basic中,利用酶切与测序技术进行鉴定;并瞬时转染细胞,采用荧光素酶报告基因系统检测启动子载体的活性。结果,扩增出一条长度为2 480bp的片段(包含第一外显子56bp,启动子区2 424bp)。经序列分析,鸭CD8α基因启动子区具有典型的TATA-box、GC-box和CAAT-box,其转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游-406bp处,且发现了CdxA、Nkx-2、GATA-1、SRY等41个潜在转录因子结合位点。经酶切与测序鉴定,成功构建了鸭CD8α基因荧光素酶报告基因重组体。荧光素酶报告基因检测系统显示,构建的鸭肝炎易感组和抗性组的报告基因启动子载体具有相当的活性。研究结果为进一步探讨CD8α基因的转录调控奠定了基础。     

水牛TRAIL基因克隆及生物信息学分析

【目的】对水牛肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)相关凋亡诱导配体(TNF-related apotosis-inducing ligand,TRAIL)基因CDS序列进行克隆及序列分析,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析,为后期TRAIL蛋白调控水牛卵巢卵泡发育、颗粒细胞增殖及凋亡的研究奠定基础。【方法】利用RT-PCR方法克隆水牛TRAIL基因CDS序列,对所获序列进行核苷酸序列、氨基酸序列相似性比对,构建系统进化树,并通过生物信息学软件分析TRAIL基因编码蛋白的结构和功能。【结果】试验成功克隆水牛TRAIL基因CDS序列,长864 bp,编码287个氨基酸;水牛TRAIL基因与牦牛、普通牛、山羊、绵羊、野猪、马、人、黑猩猩和家鼠的核苷酸序列相似性分别为99.2%、99.3%、95.9%、96.3%、84.7%、84.8%、81.3%、81.3%和70.0%。系统进化树结果表明,水牛与牦牛、普通牛的亲缘关系最近,与家鼠亲缘关系最远。氨基酸序列比对结果表明,在不同物种间,其跨膜结构域和TNF结构域序列保守性较高。TRAIL蛋白属于亲水性蛋白,存在1个跨膜结构域,140―285位氨基酸处为TNF区,具有29个磷酸化位点,无信号肽和糖基化位点,主要定位于细胞质中。TRAIL蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主,约占51.57%,其次为延伸链(24.39%)和α-螺旋(24.04%)。TRAIL蛋白三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TRAIL蛋白的相似性为75.53%。【结论】本试验克隆得到水牛TRAIL基因CDS区序列,大小为864 bp,编码287个氨基酸,水牛与牦牛、普通牛亲缘关系最近,TRAIL蛋白跨膜结构域和TNF结构域在不同物种间序列保守性较高,这可能与其功能有关。     

鸡肿瘤坏死因子α基因片段的分子克隆及序列测定

应用LPS诱生的鸡培养白细胞提取总RNA,参考几种动物的TNFα保守序列设计一对引物,以提取的培养白细胞总RNA为模板,通过RT-PCR扩增目的基因片段,将PCR产物与PUC19连接,转化到大肠杆菌DH52进行分子克隆,对提取的重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定,表明重组的基因片段是目的基因片段,其长度为576bp。     

食蟹猴IFN-α基因的克隆及遗传衍化研究

为了提取食蟹猴外周血液中的DNA,利用PCR法扩增IFN-α基因,将扩增的IFN-α目的片段产物克隆到p MD18-T载体上构建重组质粒,经PCR和双酶切鉴定后进行基因序列的测定,对测定的结果用DNAStar软件进行序列分析。结果表明:食蟹猴的IFN-α基因ORF为567 bp,共编码188个氨基酸,前23个为信号肽;成熟蛋白的理论分子质量为22 ku,等电点为8.240,亲水区占多数;该蛋白主要由5段α-螺旋组成,其IFN-α基因与苏门答腊猩猩的同源性最高,在进化树中处于同一分支,为95.8%。