金樱子SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以广西南宁产的金樱子叶片为材料,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物和模板DNA用量5因素进行了优化。结果表明:适用于金樱子SRAP-PCR的最佳反应体系为:反应总体积10μL,包含2.0 mmol/L Mg2+、0.4 mmol/L dNTPs、0.5 UTaqDNA聚合酶、3μmol/L引物、25ng DNA及10×PCR Buffer;各因素对PCR反应影响由大到小依次为:Mg2+、DNA、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶。用7份不同来源的金樱子材料对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了条带清晰、多态性丰富的扩增图谱,证实了该体系的稳定可靠。     

龙眼SRAP-PCR反应体系的优化

为建立龙眼的SRAP-PCR体系,对影响SRAP-PCR的退火温度、引物浓度、dNTP、模板DNA、Mg2+等因素进行优化。确定优化的龙眼SRAP-PCR反应体系为:10×buffer(Mg free)2.5μl,dNTP mixture(10 mmol.L-1)2.0μl,primer(10μmol.L-1)(0.7+0.7)μl,Mg2+(25 mmol.L-1)1.0μl,模板DNA 40 ng,Taq DNA聚合酶1.5 U,以双蒸水补足至25μl。退火温度51℃。利用该优化的体系对来自中国、泰国、印度尼西亚的16份龙眼种质进行SRAP扩增,电泳显示获得了清晰、稳定的扩增结果。     

湿地松、加勒比松SRAP反应体系的优化及引物筛选

采用正交设计L9(34)对影响湿地松、加勒比松SRAP反应体系的DNA浓度、dNTPs浓度、引物用量、Taq DNA聚合酶浓度4个因素进行了优化试验,结果表明:扩增反应体系5优于其他体系,即25μL体系中含有DNA 40 ng、dNTPs 1mmol/L、引物10 μmol/L、DNA聚合酶1.0U.在此基础上,通过单...     

班克松SRAP-PCR反应体系的优化

以班克松幼叶为试材,采用L16（45）正交设计对SRAP-PCR反应体系进行优化,结果表明：班克松SRAP-PCR最佳反应体系为：1.5 mmol/L Mg2＋、0.1 mmol/L dNTPs、0.2μmol/L引物、1.5 UTaq酶和30 ng模板DNA。运用优化的反应体系对班克松进行验证,电泳结果显示扩增条带清晰,多态性高,证明该体系稳定可靠。这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术,对班克松分子生物学研究提供了技术参考。     

刨花润楠SRAP-PCR体系建立与优化

以刨花润楠(Machilus pauhoi)1.5 a生小苗幼嫩叶片为试材,对影响刨花润楠SRAP-PCR扩增的模板DNA量、引物、dNTP和Mg2+体积摩尔浓度、Taq DNA聚合酶、退火温度6个主要因素进行优化.结果表明,SRAP-PCR的最佳反应体系为:25μL的SRAP-PCR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer、模板DNA量60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、引物0.3μmol/L和Taq DNA聚合酶1.25 U.对优化的反应体系和扩增程序的验证结果表明,优化的刨花润楠SRAP-PCR反应体系和扩增程序是稳定可行的.     

西伯利亚杏SRAP-PCR反应体系的优化研究

以西伯利亚杏为试验材料,进行基因组DNA的提取、扩增及电泳试验。通过L16(45)正交试验,确定西伯利亚杏SRAP-PCR优化反应体系(反应体系总体积20μL):Mg2+2.0 mmol·L-1、dNTPs0.25 mmol·L-1、引物浓度1.2μmol·L-1、Taq聚合酶1.0 U、DNA模板20 ng。采用SRAP引物组合ME5/EM10,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,24个西伯利亚杏无性系SRAP分子标记试验共扩增出谱带431条,引物扩增出23条谱带,其中338条为多态性谱带,多态百分率为78.42%。     

锥栗SRAP反应体系的建立与优化

为了建立锥栗SRAP-PCR反应体系,从而为今后的锥栗分子生物学研究提供理论参考,以锥栗叶片基因组DNA为材料,采用单因素试验和正交试验相结合的研究方法,对影响锥栗SRAP-PCR反应体系的模板用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶浓度这5个主要因素进行了优化试验。试验确立的适合锥栗的SRAP-PCR反应体系为:20μL体系中,模板DNA用量为40 ng,Mg2+浓度为1.8 mmol/L,dNTP浓度为280μmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为2.0 U,引物浓度为0.6μmol/L。     

松口蘑SRAP反应体系的优化

以松口蘑为材料,建立了松口蘑SRAP反应的优化体系。即在20μL反应体积中,模板DNA 10ng,引物浓度0．3μmol／L,dNTP 250mmol／L,MgCl 22．5mmol／L,Taq DNA聚合酶0．5U,1×Buffer;反应程序为：94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃退火1min,72℃延伸1min,共5个循环;94℃变性1min,50℃退火1min,72℃延伸1min,共35个循环：72℃延伸5min。     

油茶SRAP标记的PCR体系建立与优化

油茶是我国主要的木本食用油料树种,拟建立油茶新型SRAP标记(序列相关扩增多态性)的优化PCR体系。以油茶优良品种的总DNA为材料,分析了影响油茶SRAP-PCR的主要参数,包括模板DNA量、引物浓度、dNTPs、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、退火温度6个因素的影响,建立了适合油茶SRAP-PCR的优化体系为:20μL的PCR反应体系中,2.0μL 10×PCR buffer,2.0 mmol/L Mg2+,225μmol/L dNTPs,0.6μmol/L引物,30 ng模板DNA和0.75 U Taq DNA聚合酶;最佳PCR循环条件为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5循环;94℃变性1 min,52℃复性1 min,72℃延伸1 min,35循环;最后72℃延伸10 min;4℃保存。本研究结果可为今后利用SRAP这一新型标记技术进行油茶分子遗传学与标记辅助选择育种研究打下基础。     

乌桕SRAP-PCR体系优化与引物筛选

乌桕是我国重要木本油料树种,目前有关乌桕SRAP-PCR相关研究罕有报道.笔者以乌桕优树总基因组DNA为模板,建立了乌桕的SRAP最佳反应体系:20μLPCR反应体积系中,2μL10×PCR buffer、0.2mmol/L dNTPs、0.25mmol/L引物、1.5U Taq聚合酶和40ng模板DNA.并从100个...     

竹子SRAP-PCR体系的建立与优化

首次报道竹类植物SRAP-PCR反应体系的建立与优化。以竹叶总DNA为模板,经过大量实验,建立和优化了竹子SRAP-PCR的50μL反应体系,20 ng模板DNA,2.0 mmo1/L Mg2+,175μmol/LdNTPs,0.2μmol/L引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,5μL10×buffer,退火温度52℃为最优反应组合。该反应条件下扩增条带清晰,多态性丰富。     

杉木 SRAP-PCR 反应体系优化与建立

采用L16（45）正交实验设计,对杉木SRAP-PCR反应体系中Mg^2＋、 dNTPs、 Taq DNA聚合酶用量、引物浓度及模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适宜杉木的最佳SRAP-PCR反应体系。杉木的SRAP-PCR最佳反应体系为：反应体系总体积为25μL,含2.0 mmol／L Mg^2＋、0.3 mmol／L dNTPs 、0.3μmol／L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶、50 ng模板DNA及1×PCR buffer。各因素对杉木基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大, Mg^2＋浓度的影响最小。运用杉木单株基因组DNA对优化SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的杉木SRAP-PCR反应体系稳定可靠。     

国槐SRAP-PCR反应体系优化及引物筛选

为建立国槐(Sophora japonica)最佳SRAP-PCR反应体系,采用正交试验设计L16(45)对影响PCR体系的5个因素(模板浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq聚合酶和d NTP用量)4个水平进行了优化,确定了国槐的最优SRAP-PCR反应体系:Taq聚合酶1.5 U,d NTPs 0.30 mmol/L,模板DNA 90 ng,Mg2+2.0 mmol/L,引物0.3μmol/L,dd H2O补至20μL。各因素对PCR反应的影响从大到小依次为:Taq聚合酶d NTPs模板DNAMg2+引物。基于最佳SRAP体系,采用4个品种对120对引物进行筛选,共获得12对多态性好的引物组合。随机抽取两对引物基于毛细管电泳技术对此体系进行稳定性检验,扩增条带清晰、稳定、多态性高。该体系的建立以及筛选的引物组合为为进一步利用SRAP技术对国槐的遗传多样性、品种鉴定等方面的研究奠定基础。     

杨树基因组SRAP扩增体系的建立与优化

以响叶杨和银白杨及F1代为实验材料,利用正交设计直观分析法和单因素随机试验对杨树SRAP反应体系中各组分(TaqDNA聚合酶、dNTP、引物和Mg2+)的浓度进行优化;通过实验确定10μL反应体系为:引物0.35μmol/L,TaqDNA聚合酶0.5U,dNTP0.2 mmol/L,Mg2+2.0 mmol/L,10×PCRbuffer 1μL,模板DNA 1μl(20 ng/μL).同时利用最佳反应体系以及正交设计直观分析法对PCR扩增程序进行筛选,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度.结果表明最佳反应程序为:开始94℃变性5min,反应前5个循环在94℃1 min,37℃30 s,72℃ 1min条件下运行;之后35个循环在94℃1 min,54℃ 1 min,72℃ 1 min条件下运行,最后延伸7 min;12℃保存.并利用两树种的杂种F1代对优化的反应体系和程序的可行性进行了验证.