新疆野扁桃TP-M13-SSR的引物开发研究

该试验自主设计新疆野扁桃TP-M13-SSR引物,从中筛选多态性最佳的引物以供后续研究使用。从该植物的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA,扩增后的产物使用毛细管电泳荧光检测并分析。经分析可得出12对新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的期望杂合值(He)、观测杂合值(Ho)、等位基因数目(Na)、香农指数(I)、固定指数(F)、多态性信息含量指数(PIC)的范围分别为0.656~0.859、0~0.281、3.796~9.580、4~8、1.213~2.014、-0.164~1、0.605~0.843。在所有以上引物中,引物PT-6除固定指数外的所有信息数据均为最高。共筛选出12对多态性信息丰富的TP-M13-SSR引物,扩增片段大小在100~300 bp之间,多为两碱基重复。     

SSR 标记荧光毛细管电泳在种子检测中常见问题分析

SSR 分子标记荧光毛细管电泳在农作物种子质量检测中常用于种子真实性检测、种子纯度鉴定和指纹数据库的构建。试验过程中模板 DNA 浓度、特异峰型的统计分析以及仪器设备运行和维护、试验结果与指纹数据库的比对等关键环节都直接影响待测样品的结果判定。就检测中遇到的问题进行分析，并提出相应的解决方法，以期为农作物种子质量检测荧光毛细管电泳技术平台提供参考。     

毛细管电泳荧光检测中的异常电泳类型及原因分析

采用毛细管电泳荧光检测技术进行玉米SSR标记的片段分析.利用峰型、峰面积和其它荧光干扰峰等方面的特征对特异峰和非特异峰进行甄别.分析了特异峰的具体表现类型及原因:包括N 1峰、稀有峰、连续多峰、三峰和高低峰等.探讨了片段扩增产物大小与异常峰型的关系.为保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,提出了数据统计规范化的解决方案.     

玉米品种SSR标记毛细管电泳荧光检测法与变性PAGE银染检测法的比较研究

以192份玉米品种为材料,用7对SSR引物对毛细管电泳荧光检测和常规的变性PAGE银染检测两种SSR标记检测方法进行比较分析。结果表明,两种方法检测的SSR标记片段大小一致。毛细管电泳荧光检测法检测的结果更为精确、灵敏、高效,更适用于高通量材料的检测分析。对少量材料进行检测分析以及SSR标记的筛选时,使用常规的变性PAGE银染检测法更经济适用。     

毛细管与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测甜菜SSR位点的比较研究

为了探究毛细管与聚丙烯酰胺电泳方法的适用情况，比较其优缺点。本研究以8个甜菜栽培种资源为材料，选择8个SSR位点，分别使用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测和毛细管电泳荧光检测每个位点的多态性，并对这两种方法的检测结果进行了比较。毛细管电泳荧光标记法可以准确的知道DNA片段的分子大小；PAGE电泳只能用肉眼与Marker比较估测得出大致分子量，不能得出准确分子量。8对引物两种检测方法的匹配比率分别是75%、87.5%、50%、75%、25%、100%、37.5%、50%。研究结果证明，两种检测平台数据整合存在较大差异。检测结果与引物是否是单拷贝、引物多态性，稳定性等因素有直接关系。测序检验结果表明，样品较少时利用PAGE电泳的方法来检测SSR位点的多态性，既能节省成本又能节省时间，还能保证检测结果的准确性。     

“用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒”发明专利获公开

<正>近日,国家知识产权局公开一件由中国农业科学院烟草研究所申请的发明专利:用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒。该发明提供一种用于检测烟草对TMV抗性的N基因特异性引物对、检测方法及试剂盒,特异性引物对包括上游引物和下游引物。检测方法为:在烟草N基因序列特异区域设计一对特异性引物;以待测烟草品种的DNA为模板,使用N基因特异性引物对进行PCR扩增;采用电泳检测PCR扩增     

玉米品种京科968纯度鉴定引物的确定

为了确定一套京科968玉米品种纯度鉴定的引物组合,本研究从现有的玉米40对SSR引物中根据多态性、等效扩增、染色体分布挑选出15对候选引物。综合考虑多重电泳,对扩增产物片段大小相差10 bp以下的10对引物分别进行非荧光和荧光标记毛细管电泳;对扩增产物片段大小相差10 bp以上的引物跑琼脂糖凝胶电泳。最终根据三种电泳方式确定了相对应的纯度鉴定引物组合。此套纯度鉴定组合适于京科968玉米品种的纯度鉴定。并为其他玉米大品种的纯度鉴定提供了思路、尤其是对主要经营一些玉米大品种的企业尤为适用。     

应用毛细管电泳技术鉴定杂交稻豪两优729种子纯度

为提高种子纯度检测效率,选用两系杂交稻豪两优729及其亲本自交系63-8S、R729作为试验材料,采用SSR标记结合聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选出适用于鉴定豪两优729种子纯度的特异引物RM336。采用毛细管电泳检测技术鉴定了4个豪两优729分户样的纯度,与田间正季鉴定结果一致。分析比较了聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术和毛细管电泳检测技术,综合多方因素,建议在引物筛选阶段选择聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,在大量材料分析检测时,毛细管电泳检测技术的高效率优势不言而喻。     

新疆野扁桃自交不亲和SFB与S-RNase蛋白间相互作用的研究

利用酵母双杂交系统研究新疆野扁桃自交不亲和性花粉SFB蛋白与花柱S-RNase蛋白间的相互作用。以野扁桃花药为实验材料,根据实验要求和基因的结构特点,利用已克隆到的SFB和S-RNase基因,有针对性的截短,构建酵母双杂交载体。研究结果显示,成功构建了酵母双杂交重组表达载体,PtSFB17、PtS16-RNase和PtS17-RNase各蛋白之间并没有发现存在相互作用,据此推测PtS16-RNase蛋白和PtS17-RNase蛋白不在PtSFB17蛋白的识别谱中,协同非我识别模型在新疆野扁桃中同样存在。新疆野扁桃自交不亲和性PtSFB17、PtS16-RNase和PtS17-RNase各蛋白间并无相互作用。     

棉花DUS测试标准品种的SSR指纹数据库构建

基于SSR核心引物,采用荧光毛细管电泳检测系统与多重PCR技术相结合,构建我国棉花DUS(Distinctness,Uniformity and Stability)测试标准品种的DNA指纹数据库并进行遗传多样性分析。依据多重PCR组合的基本原则与五色荧光检测系统的特点,采用40对核心引物构建了10个4重PCR组合,利用DNA遗传分析仪进行指纹检测与数据采集。40对荧光引物在30份DUS测试标准品种中共扩增产生146个等位变异,每对引物的等位变异数为2~7个不等,平均每对引物产生3.65个等位变异。海7124与陆地棉品种明显划分为2类,来源于新疆的新陆早1号区别于其他陆地棉品种,单独聚为1类。多色荧光检测系统相比常规聚丙烯酰胺凝胶电泳具有高精度、高通量、自动化程度高的优点,尤其适用于大规模指纹数据库的构建,提出了通过构建已知品种DNA指纹数据库,将分子标记技术应用于棉花DUS测试的初步设想。     

适于大白菜杂交种纯度鉴定的核心引物筛选

为筛选出一组核心引物用于大白菜杂交种的纯度鉴定,本研究对84份已知大白菜杂交种进行指纹图谱分析,最终确定了8对引物为大白菜品种纯度鉴定的核心引物,分别为Cnu-m477、Cnu-m098、Br ID90113、Nia-m022、Nia-m088、Sau-um044、Cnu-m461、Nia-m051。依照多态性和杂合率两个指标,确定Sau-um044和Nia-m088为本次研究的首选核心引物,并利用Sau-um044和Nia-m088进行鉴定,其中表现为杂合带型的共有81个品种(96.4%)。明确3对备选核心引物分别为:Cnu-m477、Cnu-m098、Br ID90113。根据特异性引物在纯度鉴定时的筛选标准,将特异引物可划分为两种类型:第一种类型是利用某一引物鉴定时,某品种的基因型表现唯一,则该引物可作为该品种的特异引物,在本研究中,表现为第一类特异引物共有13个品种,其中Sau-um044、Cnu-m477、Cnu-m461作为特异引物出现的次数最多,均为3个,而特异引物中没有Br ID90113、Nia-m022、Nia-m088;第二种类型是在特定品种中预测基因型频率低于1.19E-02(即1/84)的引物,作为特异引物。在本研究中,特异引物分别为:Sau-um044、Cnu-m477、Cnu-m461、Nia-m051。     

玉米InDel标记20重PCR检测体系的建立

为构建玉米多重PCR检测体系,提高分子标记检测效率,利用10份代表性玉米材料对238对InDel引物进行单重PCR评估,共得到192对扩增效率高、稳定性好的引物。根据软件评估结果、扩增质量、产物范围、染色体均匀分布原则从192对引物中优选出30对综合表现较好的引物形成扩增产物范围在80~200 bp和200~400 bp的两组核心引物组合,每套组合中有10对引物分布在不同染色体上。在核心引物组合的基础上综合考虑染色体分布、碱基片段范围、引物荧光颜色,逐一添加引物,最终形成两组玉米20重PCR体系,一组40重荧光标记毛细管电泳。     

玉米InDel分子标记20重PCR检测体系的建立

为构建玉米多重PCR检测体系,提高分子标记检测效率,利用10份代表性玉米材料对238对InDel引物进行单重PCR评估,共得到192对扩增效率高、稳定性好的引物。根据软件评估结果、扩增质量、产物范围、染色体均匀分布原则从192对引物中优选出30对综合表现较好的引物形成扩增产物范围在80~200 bp和200~400 bp的两组核心引物组合,每套组合中有10对引物分布在不同染色体上。在核心引物组合的基础上综合考虑染色体分布、碱基片段范围、引物荧光颜色,逐一添加引物,最终形成两组玉米20重PCR体系,一组40重荧光标记毛细管电泳。     

毛细管电泳在玉米品种真实性鉴定中的应用

为了打击套牌侵权行为,利用毛细管电泳荧光标记检测技术,选用20对SSR核心引物对从辖区门店抽检的6个玉米样品进行真实性鉴定,结果表明:1、2、3、4号样品20个位点均不存在差异,5、6号样品存在1个差异位点,为相似品种,这与所抽检样品不符,进一步确认可提交有资质的机构做进一步检测。说明在没有标准品的情况下,利用毛细管电泳荧光标记检测技术可以初步对抽检样品进行真实性鉴定,初步判断门店销售的种子是否存在套牌侵权的行为。     

非优异SSR原因分析及解决方案

SSR标记在真实性检测、纯度鉴定、以及指纹库构建中起着至关重要的作用。在其筛选过程中会遇到许多具有N+1峰等异常峰型、非特异性峰、多态性低、不适于软件自动分析等非优异SSR引物。为了解并掌握非优异SSR引物表现以及形成原因,本研究以22份初筛材料、27套三联体材料及95份自交系对新型SSR引物进行评估筛选,从中选取有代表性的11对SSR引物,现在已对10种非优异SSR引物表现进行描述,分析形成原因,通过测序对一对引物进行重新设计,并获得较好效果。     

分子标记辅助玉米自交系京24抗南方锈病的改良

近年来,南方锈病对中国玉米生产的危害日益严重。本研究选用齐319为供体亲本,利用分子标记辅助前景选择和背景选择,结合回交转育技术,改良骨干系京24的南方锈病抗性。利用荧光毛细管电泳检测系统,从13对引物中最终筛选出与抗病基因遗传距离较近,扩增稳定、分别位于抗病基因上下游的两对引物Phi118和P2,用于目标性状的前景选择,230个BC1代单株室内分子标记检测结果和海南自然发病情况的比较,验证了前景选择标记的有效性。同时,从100对SSR引物中,筛选出在供受体间具有明显差异的42对引物用于回交群体的背景选择。单色荧光标记引物的多重电泳检测,可显著提高背景选择的效率。     

利用芯片毛细管电泳检测技术鉴定玉米种子纯度的研究

选用玉米杂交种先玉335、郑单958及其亲本自交系PH6WC、PH4CV、郑58和昌7-2作为试验材料,采用SSR检测技术结合芯片毛细管电泳检测技术,筛选出适用于鉴定先玉335和郑单958种子纯度的特异引物umc2105、bnlg2291、bnlg161。     

SSR扩增产物检测方法比较及其实验操作注意事项

介绍了琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和荧光标记毛细管电泳等几种PCR扩增产物检测的方法,比较了各自的优缺点,指出了应用这些方法实验操作过程中的注意事项,建议采纳试验结果精确度高、操作简便、高效的荧光标记毛细管电泳方法.     

黄麻应用核心种质的DNA分子身份证构建

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核心种质,以46对核心引物为基础,筛选出12对荧光核心引物,采用荧光标记毛细管电泳分析这12对引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取了12对荧光核心引物的组合,构建出该应用核心种质的字符串DNA分子身份证,进而构建了相应的条形码和二维码DNA分子身份证,可迅速被电子设备识别。这些结果可促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定。     

新疆野扁桃自交不亲和基因SSK1的克隆及生物信息学分析

为了获得新疆野扁桃居群中自交不亲和花粉特异性表达的SSK1基因全长,以新疆野扁桃植物叶片及花粉为试验材料通过rt-PCR技术以及生物测序等技术,克隆得到了一个新的SSK1基因全长c DNA,Pet SSK1。Pet SSK1全长为602 bp,开放阅读框为534 bp,共编码了177个氨基酸,经生物信息学分析,Pet SSK1蛋白的分子式为C910H1421N233O295S6,相对分子质量为20538.0,理论推导半衰期为30 h,等电点为4.52,不稳定指数为41.48,平均疏水指数为-0.567,Pet SSK1蛋白属于水溶性不稳定蛋白。首次从新疆野扁桃植株中克隆得到了SSK1基因全长。通过对该基因的克隆及序列分析,为今后的表达分析以及有效利用该基因获得自交亲和植株奠定了基础。