miR-423-5p在牛肌肉组织中表达及其靶基因预测

miR-423-5p在细胞中具有重要的生物学功能,如在肌细胞中能影响细胞的增殖.根据miRBase及NCBI网站显示的相关信息利用分析软件对miR-423在各物种之间的同源性进行了分析.取成年西门塔尔牛体内的骨骼肌、小肠、心脏组织利用茎环荧光定量PCR进行miR-423-5p表达量检测,将牛骨骼肌卫星细胞(MDSCs)...     

受PVY诱导的烟草天冬氨酸蛋白酶基因Ntasp的克隆与分析

【目的】通过筛选并克隆烟草抗马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)相关基因,分析其在不同诱导时间的相对表达量,揭示烟草抗病毒诱导的分子机理,以期为烟草抗病毒病育种奠定基础。【方法】通过抑制差减杂交和cDNA芯片从PVY诱导的抑制差减杂交文库中筛选上调表达(Ratio2)的基因中间片段,用RACE技术克隆其cDNA全长,并利用实时荧光定量PCR分析其在不同诱导时期的相对表达量。【结果】从受PVY诱导的烟草叶片中筛选一条595bp的基因中间片段并克隆得到一个全长为1770bp的天冬氨酸蛋白酶基因Ntasp(GenBank登录号为GU144571),该基因编码506个氨基酸。多序列比对结果显示,该基因的编码产物与其它植物天冬氨酸蛋白酶家族成员具有高度的同源性,具有植物天冬氨酸蛋白酶典型的结构特征。实时荧光定量PCR分析表明,Ntasp在PVY接种早期上调表达。【结论】克隆得到一个烟草天冬氨酸蛋白酶基因Ntasp,其表达受PVY侵染诱导。     

鲜切马铃薯实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

[目的]选择鲜切马铃薯实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析中合适的内参基因。[方法]以受到高温、光照等胁迫的鲜切马铃薯为材料,应用qRT-PCR技术,分析18S rRNA、GAPDH、Actin和EF1a 4个常用内参基因的表达情况。[结果]经GeNorm软件分析发现,当利用qRT-PCR分析比较鲜切马铃薯中的基因表达差异时,可选择Actin作为校正内参基因。[结论]该研究为进一步开展鲜切马铃薯分子生物学研究奠定了方法学基础。     

乳腺癌患者外周血中MnSOD基因表达检测及其临床意义的研究

目的探讨锰超氧化物歧化酶（manganese superoxide dismutase,MnSOD）在乳腺癌患者和正常人外周血中的表达差异及其临床意义.方法采用实时荧光定量PCR方法检测218例乳腺癌患者和77例正常女性外周血中MnSOD基因表达水平,并进行分析.结果乳腺癌患者外周血中MnSOD基因表达水平为4.38±0.74,正常女性外周血中MnSOD基因表达水平为4.16±0.64,P〈0.001,有统计学意义.淋巴转移患者组和临床早期患者组与正常女性组比较,P〈0.001.结论淋巴转移和临床早期乳腺癌患者外周血中MnSOD基因表达水平显著低于正常女性,提示MnSOD的低表达与肿瘤的发生和发展有关.应用荧光定量PCR方法检测外周血MnSOD基因水平对监测乳腺癌有一定意义.     

马铃薯T-DNA插入拷贝数的检测及对农艺性状的影响研究

以转基因马铃薯株系为材料,采用Real-time PCR方法,以SYBR Green I为荧光染料,以马铃薯块茎贮藏蛋白基因(Patatin)作为内参基因,以植物表达载体上的潮霉素抗性基因(HPT)为筛选标记基因,建立目的基因CT值与起始模版的相关性标准曲线,通过实时荧光定量PCR分别获得每个样品中内参基因和外源基因的CT值,根据Pfaffl法计算获得了T-DNA在转基因马铃薯中的拷贝数,且与Southern blot方法进行了比较,并结合田间农艺性状,分析了外源基因拷贝数马铃薯株高及薯块产量的影响。结果表明,内参基因和外源基因标准曲线的相关系数分别为R2=0.996、R2=0.995和R2=0.990。在所测的23株转基因株系中,12株为单拷贝插入,6株为双拷贝,5株为多拷贝。Real-time PCR比Southern blot方法结果更准确、操作更简便快捷、成本更低。且插入拷贝数的多少与马铃薯田间农艺性状变化有一定的关系,发现2拷贝以上的T-DNA插入较容易引起部分性状的改变。     

茶树GDP-甘露糖-3′,5′-异构酶基因cDNA全长的克隆与表达

【目的】对茶树GDP-甘露糖-3′,5′-异构酶(GDP-Mannose-3′,5′-epimerase,GME)基因cDNA全长进行克隆分析及原核表达。【方法】以茶树品种"乌牛早"叶片的cDNA为模板,用RT-PCR和RACE技术克隆GME,并对其进行生物信息学分析。利用pETiteTM N-His SUMO Vector构建GME原核表达载体pET-GME,在大肠杆菌HI-Control BL21(DE3)中进行原核诱导表达。采摘同一茶树嫩茎、芽、叶片以及不同品种茶树叶片样品,提取其RNA,反转录合成cDNA后,通过荧光定量PCR分析GME在不同茶树组织和品种中的表达谱。【结果】克隆获得了长度为1 427bp的GMEcDNA全长序列,其包含长度为1 131bp的开放阅读框,编码376个氨基酸。构建了GME原核表达载体pETGME,其在大肠杆菌HI-Control BL21(DE3)中能诱导表达分子质量约60ku的融合蛋白。荧光定量PCR结果显示,GME基因在芽中的表达量最高,在嫩茎中的表达量最低,在叶片中的表达量随成熟度的增加而逐渐降低;在不同茶树品种之间的表达也存在明显差异。【结论】从茶树叶片中克隆得到了GMEcDNA全长序列,并成功对其进行了原核表达。     

家蚕类p23蛋白基因的表达分析

p23蛋白发现于Hsp90分子伴侣复合体中,在真核生物中广泛存在且高度保守。家蚕中的同源蛋白命名为类p23蛋白。逆转录PCR显示类p23蛋白基因Bm-p23-like在家蚕5龄第6 d幼虫的卵巢、睾丸等8个组织中有表达,但拷贝数有较大差异,可能与组织的活跃程度有关。利用实时定量PCR技术对Bm-p23-like及hsp90在家蚕温度胁迫条件下的表达进行定量分析,结果显示：在高温条件下,该基因与hsp90表达较对照组均有增加,二者比值是42.23（非胁迫对照组是25.10）;在低温条件下,该基因的拷贝数是对照的19.90倍,而hsp90是对照的0.60倍,二者比值仅为0.89。因此,我们推测在温度胁迫条件下家蚕类p23蛋白具有独立于Hsp90的功能。     

杨树PsChiⅠ基因全长的克隆与表达分析

【目的】克隆川杨几丁质酶基因cDNA全长序列,分析其在病原菌侵染过程中不同时段的表达特征。【方法】以受落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina)单孢子堆菌系Sb052侵染后的川杨叶片为试材,采用RACE法克隆川杨几丁质酶基因cDNA序列,对其进行生物信息学和实时荧光定量表达分析。【结果】克隆到1条川杨几丁质酶基因序列,将其命名为PsChiⅠ(GenBank登录号:KC416180)。该序列全长1 145bp,包含1段960bp的开放阅读框(ORF),38bp的5′非编码区和147bp的3′非编码区。其编码蛋白含有319个氨基酸,具有2条糖苷水解酶19家族特征序列,理论等电点为5.03,为ClassⅠb型酸性几丁质酶,属于几丁质酶第19家族。序列比对和系统进化树结果表明,PsChiⅠ与毛果杨(Populus trichocarpa)几丁质酶基因相似性最高,且亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果表明,菌系Sb052侵染杨树叶片后PsChiⅠ基因在各个时段都有表达,但以侵染后12和48h时的表达量相对较高。【结论】获得了几丁质酶基因全长序列,推测其参与了寄主川杨抵抗真菌的防御机制。     

抗逆大豆IND-??41?-5转化体特异性定量PCR检测方法的建立及其标准化

【目的】抗逆大豆IND-??41?-5已获得中国进口加工原料安全证书,建立一种特异、准确、灵敏的抗逆大豆IND-??41?-5转化体特异性实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,为抗逆大豆IND-??41?-5在中国的安全监管提供精准测量技术。【方法】首先利用Beacon designer 8.0软件对抗逆大豆IND-??41?-5转化体5′端旁侧序列设计18对引物探针,结合1对罗萨里奥农业生物技术学院公司提供的引物探针,随后采用qPCR技术对引物探针进行特异性筛选,遴选出1对候选引物探针;设置实时荧光定量PCR的引物/探针浓度梯度,优化qPCR方法的反应体系;设置不同类型的特异性测试样品测试方法的特异性;以纯合抗逆大豆IND-??41?-5基因组DNA作为标准样品,梯度稀释成标准溶液模板,绘制标准曲线,考察qPCR方法的线性动态范围,配置拷贝数比值为5%、1%和0.1%的测试样品,评价定量方法的准确性;配置拷贝数比值为0.05%和0.025%的样品,测试方法的检出限;拷贝数比值为0.1%的样品经16次定量测试,确定方法的定量限;最终确定抗逆大豆IND-??41?-5转化体特异性实时荧...     

鲢转铁蛋白基因cDNA的克隆及其在胚胎期的表达分析

克隆鲢转铁蛋白(transferrin,Tf)基因的全长cDNA序列,并对鲢转铁蛋白的组织表达模式、胚胎发育过程中的时序表达模式进行分析.结果显示,该cDNA全长2 365 bp,包含2 025 bp开放阅读框(ORF),编码674个氨基酸.鲢转铁蛋白与草鱼转铁蛋白的同源性高达74%,与人乳铁蛋白同源性最低,为39%,...     

Cloning of Proteinase Inhibitor Gene StPl in Diploid Potato and Its Expression Analysis

A full-length cDNA of proteinase inhibitor gene with completed open reading frame of 116 amino acids was cloned from Ralstonia solanacearum （Rs） resistant potato leaves using the rapid amplification of cDNA ends （RACE） method and designated as StPI. BLAST search against NCBI showed that the StPI gene shared 89% identity with potato proteinase inhibitor I precursor in nucleotide and 74% in amino acid. Analysis of semi-quantitative RT-PCR indicated that this gene was induced by Rs as well as up-regulated by jasmonic acid （JA）. The StPI gene expression reached the highest level during 6-12 h post Rs-inoculation or JA-treatment, and then leveled off. Moreover, this gene was strongly induced by JA and its mRNA accumulation increased more quickly than that of Rs-inoculation. The StPI gene may play a role in potato resistance against Rs. The induction of StPI by Rs invasion may have a similar signal transduction pathway with JA treatment.     

Cloning of Proteinase Inhibitor Gene StPI in Diploid Potato and Its Expression Analysis

A full-length cDNA of proteinase inhibitor gene with completed open reading frame of 116 amino acids was cloned from Ralstonia solanacearum (Rs) resistant potato leaves using the rapid amplification of cDNA ends (RACE) method and designated as StPI. BLAST search against NCBI showed that the StPI gene shared 89% identity with potato proteinase inhibitor Ⅰ precursor in nucleotide and 74% in amino acid. Analysis of semi-quantitative RT-PCR indicated that this gene was induced by Rs as well as up-regulated by jasmonic acid (JA). The StPI gene expression reached the highest level during 6-12 h post Rs-inoculation or JA-treatment, and then leveled off. Moreover, this gene was strongly induced by JA and its mRNA accumulation increased more quickly than that of Rs-inoculation. The StPI gene may play a role in potato resistance against Rs. The induction of StPI by Rs invasion may have a similar signal transduction pathway with JA treatment.     

Cloning and Expression Level Analysis of Two BnaANT Candidate Genes in Brassica napus

AINTEGUMENTA （ANT） gene has been proved to have a novel function on controlling the organ size and the seed weight in Arabidopsis thaliana, the research on its orthologous gene in Brassica napus will be of potential interest to elucidate the molecular mechanism of rapeseed development and increase the rapeseed output. A SMART cDNA library of the flower bud from B. napus cultivar Zhongshuang 9 was constructed, and the full-length cDNAs of two homologous BnaANT candidate genes were cloned by PCR in B. napus, namely BnaX.ANT.a （GenBank accession no. DQ211969） and BnaX.ANT.b （accession no. DQ211970）. They shared 87.1 and 83.4% amino acid identity with ANT of A. thaliana, respectively. There is 87.4% amino acid identity between BnaX.ANT.a and BnaX.ANT.b. By quantitative real-time PCR, the obviously differential expression levels of the two BnaANT candidate genes were detected in the 28 DAF seeds of the big and small grains B. napus lines, the expression abundance of BnaANT in the 28 DAF seed of 9311 was over three times compared to that of 9260, which indicates that these two BnaANT genes are also likely related to the floral organ size and the seed weight in B. napus.     

小麦ZY96-3籽粒灌浆过程中籽粒发育相关基因的表达分析

【目的】 研究小麦ZY96-3籽粒在灌浆过程中与籽粒发育相关基因的表达模式,为了解基因调控籽粒灌浆的分子机制提供参考。【方法】 采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,分析小麦ZY96-3籽粒灌浆期间6个与籽粒发育相关基因的表达动态。【结果】 从小麦ZY96-3开花后6个目标基因的表达模式均是先增后降,且都在花后7 d开始表达;与粒重相关基因TaTGW6在花后7 d表达量最高,与籽粒大小相关基因TaCYP78A5、蛋白质合成基因TaPBF-D和淀粉合成酶基因GBSSⅠ、SBE1、AGPase1都在花后15 d左右表达量达到最大;自花后19 d开始,各基因的表达量均显著下降。【结论】 与粒重相关基因TaTGW6主要在小麦ZY96-3籽粒灌浆初期起关键作用,而其余5个基因主要在籽粒灌浆中后期发挥功能。基因在小麦ZY96-3籽粒灌浆期间的表达模式。     

山羊卵巢富集chi-miR-100f-5p的鉴定与表达分析

【目的】探讨山羊卵巢中富集的miR-100及预测的靶基因与山羊卵巢功能及卵泡发育的潜在关系,为山羊繁殖机理研究提供数据。【方法】 以山羊卵巢组织为材料,通过miRNA的分离、克隆及测序得到山羊卵巢中表达的miR-100,采用RT-qPCR进行表达检测,用生物信息学方法预测miR-100的靶基因及其功能。【结果】① 山羊卵巢的测序结果中,一段成熟体为21nt 的序列与果蝇dan-miR-100高度同源,将其命名为chi-miR-100f-5p,其前体位于基因组负（-）链上,长度为59 bp,定位于山羊CM000899.1:33 997 894—33 997 914序列;② chi-miR-100f-5p 在山羊卵巢、垂体及心脏等组织中均有表达,说明此miRNA不是卵巢组织所特有;心脏和垂体组织中均有较高表达,其次是卵巢,而在肝脏、脾脏、肺及肾脏中表达显著低于卵巢（P ＜0.01）;在单产羔内蒙古绒山羊卵巢中chi-miR-100f-5p的表达极显著高于高繁殖力大足黑山羊卵巢（P＜0.01）;③ chi-miR-100f-5p主要靶作用于整合蛋白β1亚基基因及垂体特异性转录因子1基因,可能参与整合蛋白信号通路,促进垂体内分泌细胞的生长与分化,调节下丘脑-垂体-性腺轴激素分泌。【结论】山羊卵巢中新发现的chi-miR-100f-5p 可能是与繁殖调控有关的重要候选miRNAs 之一。     

2个育性恢复基因Rf1a和Rf1b在红莲型水稻中的表达量分析

[目的]探究红莲型水稻细胞质雄性不育(CMS)与不同恢复基因之间的作用模式。[方法]利用特异性引物结合荧光定量PCR技术,在红莲型水稻近等恢复基因系L-Rf5、L-Rf6,恢复系9311和不育系粤泰A(YTA)中检测2个包台型恢复基因Rf1a和Rf1b的表达量。[结果]Rf1a在L-Rf5、L-Rf6、9311中都能表达,而Rf1b只能在部分材料或部分组织中表达。对同一时期二者的表达量分析发现,L-Rf5和9311的相同组织中Rf1a表达水平显著高于Rf1b,L-Rf6叶片中Rf1a的表达量则低于Rf1b。[结论]该研究结果对研究红莲型恢复系的遗传多样性具有一定的参考价值。     

解硒菌9906-5B解硒率的响应面分析

筛选得到一种解硒菌9906-5B,利用含单质硒的煤矸石生产亚硒酸钠,以便有效防止化学法提取硒造成的环境污染。在培养基中加入单质硒,利用解硒菌9906-5B,根据单因素结果设计它的响应面试验。运用SAS软件对解硒因素参数进行统计分析,探讨单因素条件下9906-5B的解硒效果。结果表明,解硒菌9906-5B在pH 6.0温度30℃解硒菌发酵28 h条件下,解硒率达到79.10%。     

镉急性染毒对中华稻蝗精卵巢小分子热休克蛋白基因表达的影响

小分子热休克蛋白(s HSPs)能够被环境胁迫诱导,采用不同浓度氯化镉(Cd Cl2)溶液对中华稻蝗5龄若虫进行急性染毒,利用Real-time PCR技术对5个小分子热休克蛋白基因Oc HSP19.1、Oc HSP19.8、Oc HSP20.4、Oc HSP20.7和Oc HSP21.1在精巢和卵巢的表达进行了分析。结果表明:在精巢内,Oc HSP19.1和Oc HSP19.8基因经0.16μg·μL-1Cd2+处理,其在不同处理时间的表达水平与对照组相比均显著升高;经0.32μg·μL-1Cd2+处理,其在2 h表达水平最高,之后显著降低;经0.48μg·μL-1Cd2+处理,Oc HSP19.1基因在2 h和6 h的表达量均高于对照组,在12 h的表达量低于对照组,Oc HSP19.8基因在2 h的表达量高于对照组,在6 h的表达量低于对照组,之后二者表达量都显著升高,在36 h表达量最高,分别为对照组的6.3倍和5.4倍。在卵巢内,Oc HSP19.1和Oc HSP21.1基因经0.16μg·μL-1和0.48μg·μL-1Cd2+处理,其在不同处理时间的表达水平与对照组相比无显著差异;经0.32μg·μL-1Cd2+处理,Oc HSP19.1基因在6 h和12 h的表达水平高于对照组,但在24 h低于对照组,Oc HSP21.1基因在2、6、12 h和24 h的表达水平与对照组相比均显著降低,但二者都在36 h表达量最高,分别为对照组的4.8倍和4.6倍;经0.16μg·μL-1和0.48μg·μL-1Cd2+处理,Oc HSP20.7基因在2 h表达水平高于对照组,经0.32μg·μL-1Cd2+处理,该基因的表达水平随着时间的延长出现先升高后降低的趋势。Oc HSP21.1基因在精巢内和Oc HSP20.4基因在卵巢内的表达水平与对照组相比无显著差异。研究结果显示,Cd急性诱导中华稻蝗5个Ocs HSPs基因在精巢和卵巢的表达模式不同,其表达量与Cd浓度和作用时间相关。