冀豆12遗传背景导入系蛋白、脂肪含量分布特征

以高蛋白品种冀豆12为受体亲本,不同来源、不同蛋白脂肪含量的大豆种质资源为供体亲本,构建了28个组合BC2F1后代群体,分析冀豆12遗传背景导入系后代蛋白、脂肪含量分布特征。结果表明,28个后代群体均有蛋白含量超高亲个体,超高亲个体比例介于4.0%～68.2%之间,超高亲比例≥40%的组合有18个,占64.3%,BC2F1后代群体蛋白含量以超高亲和偏高亲类型组合为主。而脂肪含量分布特征恰相反,BC2F1后代群体脂肪含量以超低亲和偏低亲类型组合为主,超高亲个体比例介于0～67.4%,超高亲个体比例≥40%的组合有7个,占25.0%,9个组合无超高亲后代。表明以冀豆12为遗传背景通过有限回交易选育高蛋白含量品种,而不易选育高脂肪含量品种。本研究结果为利用冀豆12培育高蛋白品种提供了依据。     

大豆异地衍生重组自交系群体遗传图谱的构建及比较

以Peking×7605组合分别在济南和南京衍生大豆重组自交系群体JN(RN)P7和NJ(RN)P7,利用145个在亲本之间表现多态的SSR引物和1个形态学标记BSC (黑色种皮性状)及JoinMap 4.0软件构建了2张分别含27个和25个连锁群的大豆遗传图谱,其总长度分别为1 574.80 cM和1 682.50 cM,标记间平均距离分别是13.58 cM和15.72 cM,连锁群长度范围分别为17.30~127.40 cM和20.10~137.50 cM。所构建的两张图谱均与“公共图谱”对应性较好。两图谱间整体上较为一致,但也存在诸多不同点。表明原本具有相同遗传背景的杂交后代,在不同生态环境选择压力下形成的重组自交系群体间遗传结构存在真实差异。     

遗传标记和遗传图谱构建

遗传标记是遗传物质的特殊的易于识别的表现形式，它包括形态标记、细胞学标记、生化标记和分子标记。遗传图谱构建是遗传标记最主要的用途之一，但是由于高等动植物基因组的高度复杂性和有性世代太长以及遗传标记有限，在分子标记应用以前始终进展缓慢。目前各主要作物的ＲＦＬＰ遗传图谱构建已基本完成，并揭示出禾本科植物基因组的保守性，发现了禾本科不同作物的部分同源关系。相对而言，小麦族的ＲＦＬＰ遗传图谱构建进展较慢，但１９８９年英、美、澳科学家联合倡导并制定小麦族ＲＦＬＰ作图计划以来，至今已取得很大进展     

花生栽培种SSR遗传图谱的构建

花生栽培种品种间分子多态性相对缺乏, 至今未构建出较完整的分子遗传图谱。本研究以粤油13和阜95-5为亲本, 通过杂交构建包含184个F6重组自交系的遗传作图群体。采用652对genomic-SSR引物和392对EST-SSR引物对亲本进行多态性检测, 从中筛选出121对多态性引物, 在亲本中共检测到123个多态性位点。利用作图群体对多态性SSR位点进行遗传连锁分析, 获得包含108个SSR标记(102个genomic-SSR标记和6个EST-SSR标记), 涉及20个连锁群, 总长568 cM, 平均图距为6.45 cM的花生栽培种遗传图谱。与前人构建的花生野生种(A. duranensis × A. stenosperma, AA genome)SSR遗传图谱比较, 初步确定本研究构建的遗传图谱中有11个连锁群与野生种遗传图谱的6个连锁群存在同源关系。     

桉树的分子标记技术及遗传图谱构建进展

桉树是世界上的三大类速生树种之一，具有重要经济价值。本文着重论述了RFLP、RAPD、AFLP和SSR等4种DNA分子标记技术在桉树上的应用和推广，讨论了基于上述分子标记构建的桉树遗传连锁图的现状及其应用，提出了当前桉树遗传图谱构建存在的问题，进一步探讨了桉树的分子标记技术和遗传图谱构建的发展趋势。     

栽培大豆×半野生大豆高密度遗传图谱构建及株高QTL定位

采用中SNP160K芯片对丰收24×通交83-611 F2群体252个植株及其亲本进行基因分型,构建了一张由5861个SNP标记组成的全长为3661.46 cM的高密度遗传连锁图谱。利用完备区间作图法(ICIM)定位到7个株高QTL,每个QTL可解释2.56%～10.41%的株高变异。qPH-6-1具有最高的表型变异贡献率和显性效应,可解释10.41%的株高变异,加性效应和显性效应分别为–1.72和18.94; qPH-18-1贡献率次之,可解释9.64%的株高变异,但具有最高的加性效应,达-12.42。在F2群体中筛选出11个qPH-6-1和qPH-18-1基因型为Q6Q6/Q18Q18的单株,平均株高167.00 cm;筛选出16个基因型为q6q6/q18q18的植株,平均株高为91.25 cm。在qPH-18-1定位区间内外增加23个SNP标记,将定位区间由766.97kb缩小至66.03kb,包含8个基因,结合基因注释和相对表达量差异分析,推测Glyma.18G279800和Glyma.18G280200可能与大豆的株高相关。本研究为大豆株型的改良提供了分子参考依据和遗传基础。     

利用DH群体构建大白菜分子遗传图谱

构建大白菜分子遗传图谱,为大白菜干烧心QTL定位和分析奠定基础。以大白菜感病品种B120和大白菜抗病品种黑227为亲本建立的DH系为作图群体,基于所筛选出的74对In Del标记和37对SSR标记构建分子遗传图谱。利用Join Map 4.0软件,初步构建了一张覆盖基因组长度为1 004.7 c M、平均图距为9.30 c M的大白菜遗传连锁图,该图谱包含12个连锁群、108个标记位点。该图谱能有效地用于大白菜干烧心QTL定位。     

黄瓜遗传图谱研究进展

黄瓜是重要的蔬菜作物,其遗传、育种研究长期受到研究人员的关注。近20年来,黄瓜遗传图谱构建研究取得很大进展。最初的研究只包含了个别形态学性状的连锁关系分析,随着大量分子标记技术和稳定的构图群体的应用,国内外各个实验室已各自构建了基于不同遗传背景的黄瓜遗传连锁图谱。目前的黄瓜分子遗传图谱已经发展到整合图谱阶段,包含大量的通用标记和单核苷酸差异(SNPs),且黄瓜细菌染色体克隆载体技术也日益完善,这就为黄瓜重要基因的克隆分析、分子标记辅助选择育种和分子生物学的深入研究提供了更加完善的基础和工具。本文全面总结近年来黄瓜遗传图谱的研究进程,着重论述了基于分子标记构建的遗传图谱的现状及应用,提出了黄瓜遗传图谱构建中存在的问题,并探讨了其发展趋势。     

大豆遗传图谱的构建和抗胞囊线虫(Heterodera glycines Ichinohe)的QTL分析

大豆胞囊线虫1号和4号生理小种是黄淮地区的优势小种，ZDD2315是我国特优抗源。本文旨在定位ZDD2315对1号和4号生理小种抗性的QTL。试验以Essex为母本，ZDD2315为父本和轮回亲本，创建了一个包含114个单株的BC1群体。采用250个SSR标记和1个形态标记通过MAPMAKER 3.0构建了包含25个连锁群的遗传图谱，覆盖大豆基因组2 963.5 cM     

大豆遗传图谱的构建和抗胞囊线虫(Heterodera glycines Ichinohe)的QTL分析

大豆胞囊线虫1号和4号生理小种是黄淮地区的优势小种,ZDD2315是我国特优抗源。本文旨在定位ZDD2315对1号和4号生理小种抗性的QTL。试验以Essex为母本,ZDD2315为父本和轮回亲本,创建了一个包含114个单株的BC1群体。采用250个SSR标记和1个形态标记通过MAPMAKER 3.0构建了包含25个连锁群的遗传图谱,覆盖大豆基因组2 963.5 cM     

用重组自交系构建西瓜分子遗传图谱

用可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系(Citrullus lanatus var. lanatus)97103和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质(Citrullus lanatus var. citroides)PI296341杂交所得重组自交系F8的117个单株为作图群体，构建西瓜分子遗传图谱。该图谱包含87个RAPD标记、13个ISSR标记和4个SCAR标记，分为15个连锁群，包括1个最大的含31个标记的连锁群(277．5cM)、6个大的含4—12个标记的连锁群(51.7cM—172．2cM)和8个小的含2—5个标记的连锁群(7．9cM—46．4cM)，覆盖基因组的1027．5cM。两个标记间的平均距离为11．54cM。该图谱为以后获得饱和的分子遗传图谱、重要农艺性状的QTL分析以及图谱克隆抗病基因奠定了坚实的基础。     

构建黍稷分子遗传图谱SSR引物的筛选

采用SSR-PCR扩增技术,将实验室利用高通量测序与磁珠富集法结合开发得到的1 210对黍稷SSR引物进行筛选,筛选出在会宁大黄糜、陇糜8号、太原55号和会宁野糜子4个黍稷品种之间表现出条带清晰、多态性明显、重复性较好的引物;并通过提取DNA以及PCR过程中退火温度的简单优化来建立比较适宜的黍稷SSR分子标记反应体系。结果表明,在DNA提取过程中将ddH2O的量减少到100μL,增加65℃的水浴时间并增加4%β-巯基乙醇和DNA浓度等可以获得较高质量的DNA。利用优化好的反应体系从1 210对SSR引物中筛选出116对多态性较好的引物,占总数的9.59%,其中,群体一的2个亲本所特有的引物有36对,群体二的2个亲本中特有的引物有97对,2个群体共有的多态性引物有19对;对引物碱基结构分析发现,选用的1 210对引物中有1 173个双碱基重复SSR和36个三碱基重复SSR;筛选到的多态性引物中双碱基重复SSR有102个。三碱基重复SSR有14个。筛选出的多态性SSR标记能用于黍稷的遗传多样性和群体遗传结构研究。     

基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱

为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F₁群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F₁子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序,共获得565 919 066 reads,平均质量Q30为95.36%,平均GC含量为39.68%,样本GC分布正常。通过生物信息学分析,共获得717 881个SLAF标签,2 136 939个SNP标记,其中有56 237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群,总图距为4 022.16 cM,该图SNP标记14 412个,完整度为99.84%,标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培...     

利用双杂合位点标记资料构建芒果遗传图谱

为了建立芒果 (MangiferaindicaL )的分子标记遗传图 ,用 15对AFLP (AmplifiedFragmentLengthPolymorphism)引物组合扩增了芒果品种间杂交组合 (Keitt×Tommy Atkins)的 6 0个F1单株 ,获得了 191个多态性位点。它们的分离表现为双杂合 (Aa×Aa)和测交 (Aa×aa)分离两种类型 ,但前者占了 5 9 7%。为了充分利用双杂合位点分离所提供的遗传信息 ,我们根据群体中任意两个双杂合位点隐性个体出现的数目 ,利用二项式分布概率理论推断它们是否连锁以及它们彼此间的相引或相斥关系。在该芒果群体呈 3:1分离的 81个多态性标记中 ,39个被分为 14组 ,以此为基础构建了 15个连锁群 ;这些连锁群共覆盖了 35 4 1cM的芒果基因组。其中 ,最小与最大遗传距离分别为 3 7cM和 2 8 9cM。此外 ,对 18个 1∶1分离类型的标记 ,直接利用Mapmaker作图软件构建了两个芒果连锁群。本文对所提出的利用双杂合位点构建果树遗传图谱的策略进行了讨论。     

大白菜遗传图谱的构建及与染色体关联分析

为构建大白菜遗传图谱,并与国际上公认的白菜参照图谱相关联。以大白菜晚抽薹DH系Y177-12和早抽薹DH系Y195-93为亲本建立的183个DH系为作图群体,利用SRAP、SSR、AFLP、STS、ESTP和CAPS等多种分子标记和形态标记构建大白菜遗传图谱,通过参照图上的锚定标记确定连锁群,并用最新的连锁群命名法进行命名。构建了包含10个连锁群、233个标记位点的分子遗传图谱,其中包括145个SRAP标记、62个SSR标记、12个AFLP标记、6个STS标记、4个ESTP标记、3个形态标记和1个CAPS标记。图谱总长度1 036 cM,标记间的平均图距为4.4cM。通过其中的38个SSR,4个ESTP和2个STS标记将各个连锁群与国际上认可A1-A10的参照连锁群相关联。该图谱的构建将为不同图谱的比较与整合及重要农艺性状的基因定位奠定基础。     

构建黍授分子遗传图谱ssR引物的筛选

采用SSR-PCR扩增技术,将实验室利用高通量测序与磁珠富集法结合开发得到的1210对黍援SSR引物进行筛选,筛选出在会宁大黄糜、陇糜8号、太原55号和会宁野糜子4个泰援品种之间表现出条带清晰、多态性明显、重复性较好的引物;并通过提取DNA以及PCR过程中退火温度的简单优化来建立比较适宜的泰援SSR分子标记反应体系。结果表明,在DNA提取过程中将ddH20的量减少到100μL,增加65℃的水浴时间并增加4%β-筑基乙醇和DNA浓度等可以获得较高质量的DNA。利用优化好的反应体系从1210对SSR引物中筛选出116对多态性较好的引物,占总数的9.59%,其中,群体一的2个亲本所特有的引物有36对,群体二的2个亲本中特有的引物有97对,2个群体共有的多态性引物有19对;对引物碱基结构分析发现,选用的1210对引物中有1173个双碱基重复SSR和36个三碱基重复SSR;筛选到的多态性引物中双碱基重复SSR有102个。三碱基重复SSR有14个。筛选出的多态性SSR标记能用于泰援的遗传多样性和群体遗传结构研究。     

ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建

根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F_2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。     

超级杂交稻协优9308重组自交系的分子遗传图谱构建

用超级杂交稻协优9308的母本协青早A的保持系协青早B和父本恢复系中恢9308杂交,以单粒传方法建立含281个株系的重组自交系（RIL）群体。选用695对简单重复序列（SS鼬引物进行亲本多态性筛选,共有186对检测到多态性,频率为26．8％。构建成的水稻分子遗传图谱共包含163个标记座位,总图距约1578．9cM,覆盖整个基因组的87．5％,标记间平均图距为9．69cM。群体和标记中母本等位基因频率平均为0．52,群体中标记偏分离情况较严重。该图谱的构建为研究超级杂交稻协优9308各种性状的遗传规律及QTL定位打下了基础。     

甘蓝型油菜遗传图谱构建与无花瓣性状QTL定位

以无花瓣油菜APL01与正常有花瓣品种M083杂交的BC₁F₁为基础群体,利用RAPD、SSR和SRAP技术获得251个分子标记,包括219个SRAP、25个SSR和7个RAPD标记,构建了由19个连锁群组成的分子标记遗传图谱,根据共同的分子标记,建立该图谱与甘蓝型油菜高密度图谱的对应关系。利用WinQTLCart 2.0软件对无花瓣性状进行QTL扫描,获得4个与无花瓣性状相关的QTL,QAP5位于N5连锁群的A0226Bb152~m31e40b区间,解释花瓣度表型变异的3.71%;QAP6位于N6连锁群的m25e7~OPY9区间,解释花瓣度表型变异的3.02%;QAP8位于N8连锁群的A0226Gb468~m29e20区间,解释花瓣度表型变异的30.94%;QAP15位于N15连锁群的m21e4b~A0225Bb201区间,解释花瓣度表型变异的21.96%。QAP8和QAP15为2个主效QTL,可用于无花瓣性状的标记辅助选择,QAP5和QAP6为修饰基因位点。