猪附红细胞体膜蛋白OxaA基因的克隆及生物信息学分析

为研究猪附红细胞体膜蛋白OxaA的结构及其在免疫保护中的功能,根据GenBank上发表的猪附红细胞体(猪支原体NC_015153.1)全基因组序列中膜蛋白OxaA基因,对猪附红细胞体膜蛋白OxaA基因进行PCR扩增、克隆、序列测定及生物信息学分析。结果:PCR扩增基因全长840 bp,编码279个氨基酸,与GenBank(NC_015153.1)中对应序列同源性为98%,测序结果已提交GenBank(登录号为JN247625);生物信息学软件分析表明,膜蛋白OxaA是稳定型亲水性的蛋白,柔性区域呈散在性分布,以α-螺旋为主,主要有3个抗原表位区域。     

猪附红细胞体分子生物学研究进展

猪附红细胞体又称为猪血营养支原体,可以引起猪的贫血、黄疸性疾病,危害较大。作者主要对猪附红细胞体的分子生物学方面的研究进行了综述,包括依据16S rRNA序列对猪附红细胞体进行重新分类,对猪附红细胞体的Illinois和KI3806 2个菌株进行全基因测序,MSG1和α-烯醇化酶2种蛋白基因进行研究,以及应用PCR方法对病原的诊断。     

猪附红细胞体MSG1基因的克隆及序列分析

为研究猪附红细胞体MSG1基因的遗传变异特点,从上海地区3个屠宰场采集自然感染附红细胞体的猪血液,提取基因组DNA,根据GenBank已经发表的猪附红细胞体MSG1基因序列(登录号AM407404.1),设计引物进行PCR扩增,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析.结果共获得了82条猪附红细胞体MSG1基因序列,序列长度为1 011 bp,共编码336个氨基酸.同源性分析显示与GenBank中已经发表的猪附红细胞体MSG1基因核苷酸序列相似性为96.5％～98.3％,氨基酸的相似性为97.9％～99.1％0.MSG1基因核苷酸序列的系统进化分析表明,上海地区猪附红细胞体分离株与GenBank登录的德国54/96分离株序列的亲缘关系较远.     

温氏附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和分析

从自然感染附红细胞体的湖北黄牛无菌采集血液,分离附红细胞体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1.5kb的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果表明该片段全长为1 471 bp（GenBank收录号为AY946266）,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏附红细胞体（AF016546）的16S rRNA基因序列同源性达到98.7%,证实该病原为温氏附红细胞体,从分子生物学水平证实了温氏附红细胞体在湖北省的存在.将该序列与5种支原体、14种血营养菌及边缘无浆体等的相应序列进行比较,建立系统发育树,结果表明温氏附红细胞体同边缘无浆体的关系较远,而与肺炎支原体组的亲缘关系较近.     

利用半套式PCR扩增16S rRNA基因检测牛和猪附红细胞体

根据GenBank收录的猪和牛附红细胞体16SrRNA基因序列设计1对通用引物，在其上游引物内侧叉设计1条分别针对猪和牛附红细胞体的特异性引物。以这4条引物对出现附红细胞体痛典型症状及疑似症状的猪和牛的血样DNA进行半套式-PCR扩增。结果显示，该反应阳性率为58．3％，低于临床解剖和镜检结果。对谈基因的序列测定结果进行分析，表明不同动物附红细胞体的16SrRNA基因同源性在80％以上。从谈基因来看，附红细胞体与立克次氏体没有同源性，而与肺炎支原体和穿透支原体亲垮关系较近。     

牛附红细胞体16SrRNA基因的克隆测序及分析

无菌采集自然感染附红细胞体的牛血液,提取全血基因组,用血营养菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1 500 bp的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果,所克隆的牛附红细胞体基因片段大小为1 454 bp,GenBank登录号为FJ375309(丰都株).序列比对结果显示,牛附红细胞体丰都株与武汉株(AY946266)最高,达99.7%,与支原体科代表种同源性为60.7%～76.2%,而与立克次氏体科的立克次氏体和无形体科的无形体同源性仅为51.4%～56.4%,表明牛附红细胞体应归为支原体科,附红细胞体属,而不应属于立克次氏体目,无浆体科.对国内外牛温氏附红细胞体的亲缘关系分析表明,牛温氏附红细胞体无明显的地域性差别趋势.     

猪源附红细胞体rnpB基因的克隆与序列比较

为了解猪源附红细胞体(Mycoplasma spp.)RNA酶P RNA(RNase P RNA,rnpB)基因序列变异状况,将实验室保存的经16S rRNA基因序列分析鉴定的53份猪源附红细胞体阳性DNA样品用于rnpB基因的扩增,扩增产物克隆至pMD18-T载体并进行序列测定。将获得的序列与GenBank登录的猪附红细胞体(Mycoplasma suis)德国分离株rnpB基因序列(登录号:EF523602)进行分析和比对,利用MEGA5.0软件构建系统发育树,并与16S rRNA判定结果进行比较。结果共得到42条猪附红细胞体rnpB基因和11条小附红细胞体(M.parvum)rnpB基因序列。猪附红细胞体上海分离株rnpB基因与GenBank登录的猪附红细胞体德国分离株rnpB基因之间的核苷酸序列相似性为98.1%~100.0%;小附红细胞体上海分离株rnpB基因与猪附红细胞体德国分离株rnpB基因序列的相似性为91.0%,与猪附红细胞体上海分离株rnpB基因序列相似性为90.0%~91.0%。系统进化分析显示猪附红细胞体rnpB基因与小附红细胞体rnpB基因分布在不同聚簇上,与16S rRNA基因序列鉴定结果一致。     

梅花鹿α干扰素全基因的克隆与分子进化分析

根据GenBank中牛干扰素-α(IFN-α)基因序列(A00145),设计并合成了一对引物,以梅花鹿肝脏组织DNA为模板,采用PCR技术扩增梅花鹿IFN-α全基因,并克隆、测序。结果表明,梅花鹿IFN-α基因全长570bp,编码189个氨基酸,含有6个与二硫键形成有关的半胱氨酸;序列比较分析发现,梅花鹿IFN-α基因序列与GenBank发表的17种IFN-α基因核苷酸序列同源性为29.6%～93.7%,氨基酸序列同源性为18.4%～91.1%;梅花鹿与其他17种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化树分析表明,IFN-α基因存在种属特异性,亲缘关系越近,同源性越高。梅花鹿INF-α基因的成功克隆,为进一步研究梅花鹿INF-α基因表达、生物学活性和应用奠定了基础。     

绵羊肺炎支原体溶血素TlyC基因的克隆及分子特征分析

根据GenBank报道的绵羊肺炎支原体(MO)基因序列,设计特异性引物,对MO新疆分离株(MO XJ)溶血素TlyC基因进行克隆及测序;并对该基因及其编码蛋白进行分子特征分析,并与其他支原体相应序列进行同源性分析,构建该基因系统进化树。结果表明,TlyC基因全长为1 239bp,编码426个氨基酸,其中第1~23位氨基酸残基为信号肽,编码区含有跨膜结构域和CBS结构域,二级结构以α-螺旋为主。系统发生分析表明,MO与猪肺炎支原体232株和絮状支原体的相应序列亲缘关系较近,而与其他种支原体的亲缘关系较远。研究首次克隆了MOTlyC基因,为了解MOTlyC生物学功能及其致病中的作用奠定了基础。     

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场，无菌采集血样，抽提猪附红细胞体基因组DNA，采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增，对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明，3个猪场样品所测序列一致性达99．52％以上，具有相同的基因型，但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95％，属于同一基因群，但基因型不同；所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支，这类血营养菌与支原体科，支原体属的病原最靠近(75％)，而与立克次氏体目的病原较远(70％)。上述研究证实，广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体，建议命名为猪附红细胞体广东株型；为反映进化关系，猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。     

猪附红细胞体特异性基因的克隆和PCR诊断方法的建立

根据2003年Hoelzle发表的猪附红细胞体的基因组序列（AJ504999）设计一对特异性引物,对病料样品进行PCR扩增并将其产物克隆到pMD18-T载体后测序,结果表明扩增出的片段为603bp,同源性分析表明该序列与参考基因组序列同源性为100％,反映出我国分离株与国外株其基因无差异,特异性和敏感性试验表明,所建立的PCR诊断方法与常见的支原体、细菌及原虫无交叉反应,能检测到猪附红细胞体血液基因组DNA最低量为0．65ng／mL,该方法具有快速、特异、敏感等特点,为猪附红细胞体病的快速诊断及流行病学调查提供了新的手段。     

猪附红细胞体50S核糖体基因PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上最新发布的猪附红细胞体基因组序列(NC-015155)设计一对引物,并以吉林省延边地区猪附红细胞体基因组DNA为模板,建立猪附红细胞体50 S核糖体基因PCR诊断方法,通过特异性、敏感性及临床应用试验验证,快速准确的检测出猪附红细胞体.试验结果显示,建立的猪附红细胞体PCR诊断方法扩增片段大小为10...     

猪附红细胞体SRP54基因的克隆及真核表达质粒的构建

为了研究猪附红细胞体信号识别颗粒54（SRP54）基因的功能,试验根据GenBank上发表的猪附红细胞体KI₃806全基因组序列（登录号为NC₀15153.1）中信号识别颗粒（SRP）蛋白基因设计合成1对特异性引物,采用PCR方法扩增猪附红细胞体SRP54基因片段,将扩增产物克隆至pMD18-T载体上,重组质粒经PCR和酶切鉴定后测序,并将SRP54基因与pVAXⅠ真核表达载体连接。结果表明:克隆的SRP54基因片段长1 173 bp,与GenBank中原序列同源性为97%,构建的真核表达质粒pVAXⅠ-SRP54经PCR和酶切鉴定正确,为猪附红细胞体SRP54基因的后续研究奠定了基础。     

牛附红细胞体病PCR诊断方法的建立

根据已报道的牛附红细胞体16S rRNA的序列设计1对特异性引物,进行PCR.将PCR产物克隆并测序,结果显示所得基因片段为667 bp,与GenBank上Mycoplasma weyonii序列同源性达到98.83%.试验建立的PCR诊断方法特异性强,与健康牛血液、牛无乳链球菌、金黄葡萄球菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、大肠杆菌的DNA无交叉反应,能检测的牛附红细胞体最低DNA质量浓度是13.6 ng/L.应用该方法对130个奶牛血样进行牛附红细胞体病检测,结果表明总阳性感染率为24.62%.该方法具有快速、准确、敏感等特点,为牛附红细胞体病的诊断及分子流行病学的调查提供新的手段.     

猪附红细胞体PCR诊断方法的建立及应用

根据基因库中已登录的猪附红细胞体新的基因组DNA序列设计引物,从疑似猪附红细胞体(Mycoplasma suis)感染猪全血样品基因组DNA中扩增出了预期长度666 bp的目的DNA片段,通过对24份临床疑似病例样品的PCR扩增及其他病原微生物基因组DNA的特异性扩增试验,建立了E.suis的PCR诊断方法;进一步对PCR产物克隆、测序分析表明,与国外已报道的AJ504999株相关区域核苷酸、氨基酸序列同源性分别为98.19%和96.85%,表明我国分离株与国外株基因组存在差异。     

荣昌猪白细胞介素-6基因的克隆与序列分析

根据GenBank收录的猪白细胞介素-6(PIL-6)设计1对特异性引物,经刀豆蛋白素A(ConA)诱导猪淋巴细胞并提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上,经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明:该基因cDNA全长741 bp,开放阅读框由639个核苷酸组成,推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现:荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高,为99.8%~100%,氨基酸的同源性为99.5%~100%。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析,表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。     

奶牛温氏附红细胞体16S rRNA基因的克隆及系统进化分析

无菌采集感染温氏附红细胞体(E.wenyoni)的牛血液,抽提E.wenyoni基因组DNA,参考GenBank发表的E.wenyoni 16S rRNA基因序列(AF016546),设计1对特异性引物,扩增并克隆E.wenyoni 16S rRNA部分基因,基因产物大小为1 005 bp.序列比较结果显示,所测序列与参考序列(AF016546)同源性最高.达97.9%.系统发育分析表明,所测序列与支原体属病原代表种的序列接近.同源性约为70%,而与无浆体科病原代表种的序列相差较远,同源性约为50%.可见,E.wenyoni应归为支原体属,而不应属于立克次氏体目、无浆体科.     

猪附红细胞体DnaJ基因PCR诊断方法的建立及应用

为建立一种特异、敏感、准确的猪附红细胞体诊断技术,本试验根据GenBank上发表的猪附红细胞体全基因组(NC-015153.1)中的DnaJ基因序列设计合成了一对特异性引物,建立了猪附红细胞体DnaJ基因PCR诊断方法,进行了特异性和敏感性试验,并与姬姆萨染色镜检方法进行了临床应用比较.结果,猪附红细胞体DnaJ基因PCR诊断方法扩增片段大小为868 bp(GenBank登录号为;JN247670),与GenBank中(NC_015153.1)同源性为99％,该方法扩增不出犬新孢子虫、牛附红细胞体、犬附红细胞体等基因片段,最低检测猪附红细胞体DNA量为124 fg/μL,通过对53份猪血液样本的检测,并与血液涂片姬姆萨染色镜检比较,说明建立的PCR诊断方法具有特异、敏感、准确等优点,完全适用于猪附红细胞体的诊断.     

猪附红细胞体PCR检测方法的建立和初步应用

基于猪附红细胞体广东株16S rRNA基因的序列特点，设计合成种特异性引物，建立了猪附红细胞体PCR检测方法。该方法能特异性扩增523bp的猪附红细胞体16SrRNA基因片段，而对猪丹毒杆菌G4T10株、猪链球菌STl71株、多杀性巴氏杆菌E0630株、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体、鸡毒支原体和猫血巴尔通氏体CA株的基因组DNA没有扩增带出现。对猪附红细胞体基因组DNA的最小检测量为160pg。通过对38份临床样品的检测，8份为猪附红细胞体感染阳性，其余为阴性。结果表明，建立的PCR检测方法具有极高的敏感性和特异性，可用于急性猪附红细胞体病和临床健康带菌猪的诊断。     

猪巨细胞病毒(PCMV)四川株gB基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪巨细胞病毒(porcine cytomegalovirus,PCMV)gB基因的核苷酸序列(GenBank登录号:FJ870563.1)设计1对引物,采用PCR方法从确诊为猪巨细胞病毒的阳性样品中扩增gB基因,将其克隆到pMD19-T载体上,转化DH5α感受态细胞,提取重组质粒T-PCMV-gB,经PCR和酶切鉴定后测序,并与GenBank上gB相应序列进行同源性分析。结果表明,该基因片段长度为2580 bp,与其他参考株gB基因的核苷酸同源性达98.0%～99.6%;其推导的氨基酸序列与人疱疹病毒6型和7型比较分析结果显示,其同源性分别为42.9%～43.6%和40.5%～40.6%。这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究。