内含子与基因表达调控

近年来作为基因组主要成员的内含子其功能不断被发现。本文简要介绍了内含子的结构和类型、内含子在基因表达调控中的作用以及内含子突变对基因表达效应的影响。     

家鹅Myostatin基因内含子1序列分析

利用家鹅Myostatin基因第1外显子设计上游引物,第2外显子设计下游引物,两两配对形成4对引物,PCR法首次获得家鹅该基因内含子1全长2106bpDNA序列。该序列碱基组成中,A+T含量为61.21%,G+C为38.60%,另有4个碱基的序列未检出;比对发现其与家鸡的同源性高达82.7%。利用10个物种Myostatin内含子1构建的基因进化树表明,功能基因的非编码区能够为物种进化提供一定信息。     

鸡lmbr1部分内含子的克隆及其单核苷酸多态性

以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的基因组DNA为模板,采用PCR产物直接测序的方法进行鸡lmbr1基因部分内含子的克隆、单核苷酸多态性检测。结果表明,试验克隆了鸡lmbr1基因的10～14及16内含子序列,共计4 610 kb,从丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡中检测到67个单核苷酸多态位点（SNPs）。将提交序列与NCBI上公布的红色原鸡基因组序列比较,在这6个内含子内发现40个变异位点,其中20个为新的SNPs。基因组结构分析表明,鸡lmbr1基因约60 kb,为人类lmbr1基因的28%,内含子外显子的剪接方式符合GT-AG法则。     

牛骨骼肌α-actin基因5′上游调控元件及内含子功能的初步分析

采用PCR定点突变分析法确定牛骨骼肌α-actin启动子-361~-462bp区域的调控元件Sp1/KLFs、ZF5F和Pax3结合位点的功能;利用基因重组技术,将内含子Ⅰ和内含子Ⅱ分别连在启动子缺失片段的上游和下游,构建双荧光素酶表达载体,使其转染牛骨骼肌卫星细胞和胎儿成纤维细胞,进行活性检测。结果显示,Sp1/KLFs降低牛骨骼肌α-actin基因启动子活性,ZF5F和Pax3均能增强启动子活性。内含子在启动子上游增强了启动子活性,在其下游降低了启动子活性,且顺式调控元件和内含子均具有肌肉特异性。结果表明,初步确定了参与牛骨骼肌α-actin基因转录调控的负顺式调控元件Sp1/KLFs,正顺式调控元件ZF5F和Pax3,发现了内含子插入启动子的位置很重要,为以后构建牛骨骼肌α-actin高活性的启动子奠定了基础。     

藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性研究

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据CenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法.结果表明:第四内含子1169位有T→G的突变,1159位...     

4猪种Nramp1基因第6内含子多态性研究

天然抗性巨噬蛋白(Nramp)基因是与人、鼠的一些病原微生物的易感性和抗性有关的重要候选基因。为了研究猪Nramp1基因的多态性,利用PCR-RFLP技术检测了杜洛克、大白猪、长白猪和合作猪共270头个体Nramp1基因第6内含子NdeⅠ酶切位点多态性。结果表明,4个猪种群共检测到3种基因型(AA、AB和BB),其中AB基因型为杜洛克、大白猪和长白猪的优势基因型;AA基因型为合作猪的优势基因型。经卡方适合性检测,杜洛克、合作猪和长白猪处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),大白猪处于Hardy-Weinberg不平衡状态。多态信息含量分析显示,Nramp1基因的第6内含子NdeⅠ酶切位点在各猪种表现出中度多态性。     

微卫星标记在鸡遗传性状检测中的应用

现在，多数生物已经有了大量符合孟德尔规律的简单基因标记。基因标记是研究遗传多样性的强大工具。最早用于描述基因组特征的DNA标记是随机片断长度多态性(RFLP)，现在已在很大程度上被基于短的串联重复片断差异的标记所代替，这些标记统称为简单序列长度多态性simple—sequence length polymorphisms(SSLPs)。     

猪LPL基因内含子3的克隆、测序及多态性研究

脂蛋白脂酶(Lipoprotein lipase，LPL)是水解酶家族的一种三酰甘油一蛋白酰基水解酶。LPL主要是将乳糜微粒(CM)和极低密度脂蛋白(VLDL)中的三酰甘油分解成脂肪酸和甘油，并贮存在脂肪组织中。大部分的研究发现LPL缺乏或LPL活性缺乏则引起脂代谢障碍。     

松辽黑猪METTL23基因内含子4多态性及其与繁殖性状的关联分析

为寻找松辽黑猪METTL23基因第4内含子的多态性,探寻其与松辽黑猪繁殖性状的关联性,本实验选择178头经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测METTL23基因第4内含子的单核苷酸多态性（SNP）位点,使用SPSS 19.0软件分析METTL23基因内含子4的SNP与松辽黑猪繁殖性状的关联性。结果显示,松辽黑猪METTL23基因内含子4存在G/A突变;共检测到GG、GA和AA 3种基因型,G、A 2种等位基因,优势等位基因型为AA,优势等位基因为A;METTL23基因突变位点遗传杂合度（He）相对较低,在松辽黑猪群体中变异较小;χ2适合性检验表明,该SNP在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为低度多态（PIC<0.25）;关联分析结果表明,GG基因型个体3周龄重、断奶重显著高于AA基因型,其他性状3个基因型间差异不显著。综上所述,METTL23基因第4内含子存在突变位点G/A,该位点与松辽黑猪3周龄重和断奶重显著相关,但该突变位点能否作为松辽黑猪繁殖性状的遗传标记,需要进行更大规模的群体验证。     

miR-183的调控功能及在畜禽动物上的研究进展

MicroRNA-183(miR-183)是miR-183簇(miR-183 Cluster,miR-183C)包括定位于人7号染色体(7q31~34)上的miR-183、miR-182以及miR-96的一员,在物种进化上高度保守[1]。近年来,miR-183的功能研究主要有:(1)miR-183的异常表达介导了肿瘤的发生发展及诸多癌症如肺癌[2]等调控其增殖、转移以及入侵等,起着肿瘤抑制剂或促癌的作用,可作为其潜在的诊疗靶标;(2)miR-183参与其他疾病比如白血病[3]等的调控;(3)miR-183参与了感觉器官和神经系统的发育及部分功能的调控;(4)miR-183在动物的应激反应及代谢调控中发挥重要作用。本文就miR-183的功能及在畜禽动物身上的研究进行综述,为畜禽miRNA的深入研究提供理论参考。     

延黄牛ALDH1A1基因内含子4多态性及其与肉用性状的相关性分析

试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1（acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1）基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛,采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性（SNP）,运用SPSS 19.0软件分析ALDH1A1基因内含子4 SNP与延黄牛肉用性状（体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围、体重、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪）的关联性。结果显示,延黄牛ALDH1A1基因内含子4存在C/T突变位点,共发现3种基因型：TT、TC和CC,2种等位基因：T和C,其中TC为优势等位基因型,C为优势等位基因。卡方适合性检验结果发现,该SNP在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现,该突变位点的杂合度（He）相对较低,表明其在延黄牛群体中的变异较小,该位点属于中度多态（0.250.05）。结果表明,ALDH1A1基因内含子4在延黄牛中存在突变,能否作为延黄牛肉用性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。     

含第1内含子的猪生长激素cDNA基因的构建

以 PCR方法扩增了猪生长激素 ( p GH)基因的第 1内含子 ,经测序表明 ,扩增的 p GH基因第 1内含子的序列与 Vize发表的序列存在 6个碱基的差异 ,同源性达 97.5%,说明 p GH基因第 1内含子具有多态性。此外 ,还发现此内含子存在有转录因子 ATF的结合位点。利用第 2外显子的 Hinf 位点 ,采用将 3个 DNA片段一步连接的方法 ,将扩增的第 1内含子插入到 p GHc DNA的正确位置上 ,从而构建出含第 1内含子的p GHc DNA。     

含第一内含子猪生长激素cDNA基因在COS7细胞中的表达

以CMV真核生物启动子构建了含第一内含子猪生长激素（pGH）cDNA基因（pGHcDNA-in）的表达载体，经DEAE-葡聚糖介导在COS7细胞进行了瞬时表达，通过PP95生物学测定法测定，证明含第一内含子pGHcDNA基因能够在真核细胞中进行分泌性表达，表达出的pGH具有生物学活性。这说明通过该基因转录出的前体mRNA能够在COS7细胞中进行正确剪接，从而翻译出具有生物活性的pGH。加入第一内含子在一定程度上可提高pGHcDNA基因的表达效率。     

线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用

近年来动物线粒体DNA在遗传进化学方面的研究成为分子进化遗传学领域的研究热点,线粒体基因组已成为分子遗传学和系统进化的一个重要模式。作者就动物线粒体DNA的研究及其在家畜遗传多样性研究中的应用作一简要综述。     

文昌鸡GHR基因内含子2和5位点对文昌鸡繁殖性能的遗传效应研究

采用PCR-RFLP技术检测了文昌鸡GHR基因内含子2和5的多态性,并采用SPSS程序分析了GHR基因内含子2和5的多态性对文昌鸡繁殖性能的影响。结果表明:GHR基因内含子2等位基因C1、C2频率分别为0.06和0.94,内含子5等位基因D1和D2基因频率分别为0.19和0.81。GHR基因内含子2多态性与产蛋性状中的双黄蛋产量相关显著。经两两比较发现,GHR C1C1基因型个体比GHR C2C2基因型个体双黄蛋产量高0.70个(P<0.05),加性效应值为0.208。     

基于trnL内含子序列的桑属植物分子系统学初探

用PCR产物直接测序法对12份桑种质、1份无花果和1份构树的亮氨酸转运RNA基因(trnL)内含子序列进行了测定。trnL序列长度变异范围为534~561bp,平均核苷酸组成为0.39100(A)、0.27114(T)、0.17679(C)、0.16086(G),平均A+T含量为0.66214,说明该序列富含A/T。利用PHYLIP软件构建其最大简约数(maximum likelihood,DNAML)分子系统发育树,聚类结果表明桑属所有材料聚为一类,进一步证明桑属为单系,为探明桑属植物的亲缘关系提供了新的分子生物学证据。     

MSTN基因内含子2多态性与山羊体重性状相关研究

以波尔山羊以及波尔山羊与唐山奶山羊的杂交后代共计102只山羊为材料，根据山羊MSTN基因序列（GenBank登录号：DQ167575）设计一对引物，用PCR—RFLP法进行多态性分析。对该片段测序发现共有2处突变。对突变位点产生的不同基因型与体重进行分析表明：AA型个体的断乳重显著高于BB型和AB型（P〈0.05）。CC型个体的初生重显著高于CD型（P〈0.05）。由此初步推断MSTN基因可能是影响山羊体重性状的主基因或与主基因相连锁，可以用该位点对山羊体重性状进行标记辅助选择。     

SIGIRR对IL-1R/TLRs信号通路的负性调控作用研究进展

单免疫球蛋白白介素1受体相关蛋白（SIGIRR）是TIR超家族成员,最新研究表明它可负性调节IL-1R/TLRs受体介导的固有免疫应答,且在感染性疾病、肿瘤及自体免疫病诱导的炎症反应调节上所起的重要作用已经被阐明。作者主要综述了SIGIRR基因和蛋白表达模式在人、小鼠、牛等物种间的差异性,因其结构特异性所具有的对IL-1R/TLRs炎性信号通路的负性调控和具体的调控机理,以及在不同炎性相关疾病的发生和发展中抑制炎性反应的机制,进而为临床的炎性相关疾病治疗提供理论借鉴,同时也拓宽了SIGIRR基因在动物疾病治疗中的应用范围。     

Research Progress on the Negative Regulatory Function of SIGIRR to IL-1R/TLRs Signal Pathway

Single immunoglobulin IL-1 related receptor (SIGIRR) is a member of TIR superfamily.Recent evidences suggested that it could negatively modulate ILRs/TLRs-mediated innate immune response,and in particular its important role focused from infectious and intestinal inflammation to autoimmunity or cancer-related inflammation had been illuminated.Here,we summarized our current understanding of the expression patterns of SIGIRR gene and protein in different specises including human,mouse and bovine,its downregulate function of the IL-1/TLRs singal pathway and specific negative regulation mechanism ascribed to its structure specificity,and also its elaborate regulating process related to the occurrence and development of different pathogen condition.And then it can not only provide theoretical references for clinical inflammatory related disease,but also broaden the application scope of SIGIRR gene in the treatment of animal diseases.